目前常用于HPV的检测方法
HPV不能培养，只能从检测其DNA来识别，感染细胞中的微量病毒DNA可通过PCR和RNA-DNA等检测手段检测出。鉴于高危型HPV感染与宫颈病变及宫颈癌的密切关系，HPV检测用于宫颈癌的筛查正逐渐在临床展开，但HPV检测不等同于宫颈癌筛查。研究发现，只有感染病毒达到一定载量（阈值）及持续一定时间时，其致病的风险才增加。检测高危型HPV筛查宫颈癌的目的是查出病毒载量超过阈值的人群，低于阈值的感染也有致病的可能，但致病风险很低，临床上似可忽略。传统的PCR只要病毒载量为10个病毒拷贝数就可以测出，但这仅仅是所谓的“实验敏感性”。而临床医师实际需要知道的是“临床敏感性”，筛查的目的是发现宫颈癌及CIN而非患者是否有HPV感染。
纵观美国阴道镜及宫颈病理学会（ASCCP）提出的关于宫颈癌筛查的HPV检测方法的要求：需经临床验证、良好的重复性、≥CIN Ⅱ的敏感性达到90%以上、以最大化筛查的益处和最小化筛查的风险的标准，目前被美国食品和药物管理局（FDA）认可的能够符合进行宫颈癌筛查的HPV商业化产品只有4个：①digene HC2 high-risk HPV-DNA test（2003）；②cervista HPV（2009）； ③cobas 4800 HPV（2011）；④aptima HPV（2011）。这些产品均经过了临床验证，如HC2-HPV 设定的阈值是1 pg/mL，相当于5000个病毒拷贝数。实际上阈值的设定是平衡筛查的敏感性和特异性的，当HC2-HPV检测值≥1 pg/mL时，≥CIN Ⅲ的敏感性和特异性均为95%。HC2-HPV也是WHO 2013年宫颈癌筛查及处理指南推荐的方法，也被作为“即筛即治”使用的检测产品。
1.高危型
HPV-DNA HC2法 HC2检测的原理是将基因杂交、信号扩大后，用RNA探针与标本DNA结合，再用标记了荧光发光体的第二抗体进行显色测定。该方法可检测13种常见的高危型HPV的全长DNA，有高度重复性，实验室要求简单，检测高度病变的敏感性达88%～100%，阴性预测值高达99%，较高的阴性预测值意味着如果HC2检测为阴性，几乎没有患病的可能，这对宫颈疾病的初筛、分流、治疗及追踪都具有重要意义，并且可以报告病毒负荷量，便于临床随访。
2.高危型HPV-DNA酶切信号放大法（cervista HPV-HR，genfind DNA extraction）
检测14种高危型HPV（包括HC2的13种亚型和66型）致瘤株，且具有防止假阴性结果的内部质控功能的HPV检测方法，同时还能降低与低危型的交叉反应而导致的假阳性结果。另一种检测用于检测HPV16和HPV18并分型。这两种方法均是应用恒温酶DNA扩增和荧光发光判读结果的原理，而且都通过了新柏TCT标本进行的临床验证。
3.cobas 4800 HPV（linear array HPV genotyping test，CE-IVD）(https://www.daowen.com)
将全自动样本制备与 PCR技术相结合，准确度和精确度可通过高质量的核算提取而实现更快的处理速度，进而达到更高的通量。全自动样本制备，自动化核酸提取，一次检测14个HPV高危型，同时能对HPV16及18进行基因分型。
4.aptima HPV（the aptima E6/E7 mRNA test）
aptimaHPV检测技术，是检测HPV 病毒两个致癌基因的mRNA，与单纯检测DNA相比，有效减少对一过性HPV病毒感染的检出，从而减少后续不必要的阴道镜组织学检测。
5.免疫组织化学法
利用抗原抗体反应和组织化学原理，在组织切片或细胞涂片中原位显示HPV抗原成分，操作简便，可作回顾性研究。以往经此方法检测的是HPV16及18的E6蛋白，但此方法的假阴性率较高，敏感性及特异性均比原位杂交和PCR低。目前采用此法检测的为L1壳蛋白。
L1壳蛋白为HPV病毒的主要结构蛋白，也是一种糖蛋白、核蛋白，在宿主细胞质内完成翻译加工后迅速定位于细胞核中。L1约有530个氨基酸残基，其分子量为55～60 kD，与其他病毒的衣壳蛋白相比具有较强的保守性，这种保守性表现在两方面：①病毒的衣壳在外界环境的作用下变异很小，而其他病毒变异较大；②不同型的HPV的L1蛋白的氨基酸序列的同源性在60%以上，故有利于检测的稳定性。利用抗原抗体反应和组织化学原理，用抗L1蛋白特异抗体对组织切片或细胞学涂片进行检测，被感染的细胞核明显着色，偶尔也可见细胞质内囊泡样染色，可能为核糖体产生的L1衣壳蛋白所致。只要出现阳性细胞即可认为存在HPV感染，该方法操作简单，敏感性、特异性均较高，但不能提示病毒负荷量。
近年来的研究认为，HPV-L1衣壳蛋白具有刺激机体产生保护性抗体的作用，HPV感染后可以激发机体产特异性体液免疫和细胞免疫，针对衣壳蛋白L的IgG和IgA中和抗体在病毒感染的早期较为重要，可能有助于病变稳定或消退，不少报道发现在ASCUS和LSIL中HPV-L1高表达的患者病变消退或无进展，而在HSIL患者中HPV-L1表达率低甚至无表达，此类患者病变大多进展。