回购面临的问题
1.人才问题
乡镇卫生院转制后面临的最大问题就是人才不足，这是访谈中卫生局领导和院长的共识。由于乡镇卫生院的基础薄弱，8年转制期间流失了大量的专业技术人员。虽然转制后流失的人员有部分回到原单位，但人力资源在层次上并没有明显提升，也没有新的高层次人才的补充。加之乡镇卫生院收入少、工作量大，对年轻卫生技术人员的吸引力就更低了。
2.投入问题
尽管M市政府对这次转制的投入力度空前，但能否有一个长效的保障机制还是让卫生局领导有所顾虑。因为这次转制是将原先基本民营化的镇、村两级卫生服务机构全部收归公有，实行收支两条线，政府要负担所有的运营经费，财政压力增加了很多。“现在在财政补助方面是这样的，乡镇卫生院的补助标准是辖区服务人口平均25元，每个卫生室每年补6万元的应急经费。每人25元，70万人，共1700多万元，再加上××经费，一共2000多万元。1700多万人，村卫生室运行费每年2000万元（政府投入）。那么我们乡村医生的平均补助标准大概就是3万～4万元。从乡村医生的层面看，对一体化管理也有不同的想法。目前乡村卫生院收入很高的，十几万二十几万的都有。不在少数的乡村医生年收入都在10万元以上，5万元以上是很普遍的，5万元以下只是少数。所以，这个补助怎么补，补太高，说实在的财政也承担不起。”前文提到，M市由于经济条件较好，因此从上级省市得到的卫生转移支付经费本来就不算多，大部分经费要地方政府自筹，这无疑又增加了投入的压力。
3.管理问题
在卫生院回归公立，同时基本药物制度全面推行后，新旧体制的过渡期也出现了一些管理上的问题，影响了医院的正常工作。例如，“实行基本药物制度后，药品上不能赚钱。现在门诊留观的病人静脉输液收费6元。如果诊疗人次费用统一收费10元/人次，如配个药10元，挂个水10元，老百姓就不愿意了，所以现在还是分项目收费。医院还有检查（仪器）的收入，村卫生室主要就是诊疗费，如果收费10元/人次，虽然药费下去了，但是诊疗费太高。政府投资改革，老百姓还是没有享受到实惠。政府不允许二次议价，599种基本药物制度，还是有厂家、规格、产地等选择。这个也受经济利益驱动，如果这样下去，这个局面还是会被打乱的。”(https://www.daowen.com)
从镇村一体化管理的方面来看，“这里面难度最大的就是药品的统一配送和财务的统一结算，这是管理的重中之重。村卫生室24小时都有机会赚钱，如在没有监管的情况下，他们是不是把钱放进口袋里，不开发票，不入账。这是我们以后管理上面需要研究和讨论的。一体化的管理是刚刚启动，乡镇卫生院的管理需要更加规范，更上一个档次。”可见，政策的消化、完善还需要一个长期的过程。
4.激励问题
回归公立后面临的一个很现实的问题是职工工作激励的下降。“前3个月，医务量基本不增长，职工想反正公立了，我做不做都能拿到工资。这是一个自然的心态。”“转制前，卫生院的营利意识很强，抓住一个病人，能不放就死抱着不放。改为公立医院后，这么重的病人，我看什么，担什么风险，让他们到区医院去。在公立医院这种体制，他不愿意承担太多风险。由于没有竞争意识，没有积极性，最后造成效率低下，这是我们最担心的，也是最不愿意看到的。”
对于实施的卫生院绩效考核，院长表示改制方案的出发点是好的，但力度不大，可能无法实现预期的效果。“回购后的绩效工资是2个280元，即560元，是浮动的，但是以我多年基层院长的经验来看，是没用的，560元是职工工资的一部分，而不是额外拿出来的。在管理上还是有点困难的，560元浮动幅度太小了。上面认为，如果人与人之间相差太多的话会有不稳定因素，这些职工都是经历了8年的改制生活的。于是，做得好和不好的，相差70～80元，职工没什么动力。”而院长们目前主要还是从思想工作上着手，动员职工积极工作。
然而，对于职工的工作积极性也不能一概认为转制后必然会降低，事实上，转制也在一定程度上激发了职工的工作热情。有的职工就表示，“现在回公家了，工资有保障了，我们的干劲也上来了。”在工作积极性的激励上，院长的管理能力与技巧显得格外重要。例如，S镇院长谈到他在管理上的看法时说：“我们是一个团队。他们干活，我从来不看的，只有他们自己想给你干活才行。我说，如果你有本事1个月拿1万块，我再给你发红包。只有员工满意了，好好看病，病人才能满意。我宁愿多给你1000块钱，你可以为医院多赚4000～5000块钱。”而另一位院长在谈到回购后的管理时也提到，“我去了医院，首先和他们交朋友。我在职工大会上也讲，人要讲道德，无论做什么事情，都要讲道德，我要求他们遵守我们的规章制度。既然定了规章制度，能够发到你们手里，肯定不会出现违法的事情。在遵守规章制度的基础上，什么事情大家都好商量。如果没有这两条，什么事情也不好商量。我和他们多进行感情上的交流。感觉回购以后，大家比以前更稳定。”由此可以看出，职工的激励是政府和医院管理者需要长期面对的问题，协调运用规范考核和情感沟通这两方面的手段，保持对职工在卫生服务上的长期激励，是关系卫生院发展以及农村卫生服务水平提升的重要环节。