在许多的细胞生命活动中,例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及DNA与蛋白质之间的相互作用问题。现在的关键问题是如何揭示环境因子及发育信号控制基因的转录活性,为此需要分析参与基因表达调控的DNA元件,分离并鉴定这些顺式元件特异性结合的蛋白质因子等,这些研究都涉及DNA与蛋白质之间的相互作用。目前,常见的研究DNA与蛋白质相互作用的实验方法主要包括酵母杂交系统、凝胶阻滞实验、DNaseⅠ足迹法、甲基化干扰实验和噬菌体展示技术等。