4.6.2　基因芯片技术原理

任何线状的单链DNA或RNA序列均可被分解为一个序列固定、错落而重叠的寡核苷酸，又称亚序列（subsequence）。例如，可把寡核苷酸序列ATACGTTAGATC分解成5个8 nt亚序列，这5个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基（图4-17）。亚序列中A、T、G、C 4个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有65536（48）种。假如只考虑完全互补的杂交，那么48个8 bp亚序列探针中，仅有上述5个能同靶DNA杂交。可以用人工合成的已知序列的所有可能的寡核苷酸探针（65536种）与一个未知的荧光标记DNA/RNA序列（TATGCAATCTAG）杂交，通过确定荧光强度最强的探针位置，获得一组序列完全互补的探针序列。检出所有能与靶DNA杂交的寡核苷酸，从而推出靶DNA中的所有8 bp亚序列，最后由计算机对大量荧光信号的谱型数据进行分析，重构靶DNA的互补寡核苷酸序列。

图4-17　基因芯片技术原理