婚姻危机与玛丽娅·葛培特
玻恩的妻子海蒂常对别人抱怨，玻恩陷入量子力学太深而忽视了她，于是她找到了别人。此人就是赫格洛茨，是哥丁根数学研究所的教授，他与玻恩早就熟识。玻恩在哥丁根读书时，赫格洛茨担任讲师，同时也是希尔伯特和闵科夫斯基的研究助手。玻恩研究刚体的相对论时，赫格洛茨也写过几篇关于相对论的论文，不仅论文写得漂亮，还澄清了玻恩的一些模糊概念，玻恩对他的才华很是钦佩。
1898年，赫格洛茨在维也纳大学读书时，与埃伦菲斯特成为好友，由于这一层关系他与海蒂相识，关系也日渐亲密，以致愈陷愈深，不可自拔，玻恩的家庭气氛也随之变得冷漠而紧张起来。1927年10月，玻恩到苏联参加第6届物理学讨论会，在会上他的哮喘病发作，不得不放弃数学课题的讨论。当他返回家里时，海蒂却离开家与爱因斯坦的养女玛格丽特外出度假去了。后来，玻恩与拉登堡去了蒂洛尔（Tirol），待他回到家时，海蒂不仅离家去往伯尔扎诺（Bolzano），还向他提出了“分手”。受到这样的打击，玻恩的精神一下子崩溃了。1928年10月，玻恩全家和朋友乘火车去阿尔卑斯山滑雪，玻恩却在中途下车回到了家。这天晚上，7岁的儿子古斯塔夫发现爸爸躲在浴室中哭泣。这个情景令古斯塔夫终生难忘，成了他一生最为伤心的一件事［90］。
这年冬季，玻恩的精神几近崩溃。在心情最沮丧的时候，他来到康斯坦斯（Constance）湖畔。湖面上结着冰，从冰面上可以直接走到瑞士。他原计划在湖边坐一坐，借着清新的空气，使自己冷静下来，但发现这几乎是不可能的，只得回到屋里。他强迫自己安静地休息，可是头脑中却总盘旋着孩子和妻子的影子，他不断地自问，这样下去，今后这个家、孩子和妻子该怎么办？［91］他不得不写信给爱因斯坦和哥丁根大学的校领导，说需要离开3周的时间，以调整自己的失眠和精神症状。事实上，他用了整整一年多的时间，才逐渐调整过来。
1929年2月底，玻恩回到了哥丁根，在他离开期间，他的助手罗森菲尔德（Rosenfeld）和海特勒（Heitler）接替了他的课。此时玻恩的身体尚未完全恢复健康，只能参加讨论会，其余时间就在家里写书，一部关于量子力学，另一部关于光学。量子力学这部书充满了矩阵运算，前后共花了玻恩3年时间，先后因病痛和约旦的离开中断数次，在精疲力竭的挣扎中，这部书终于在1930年初完稿。
1932年12月11日，正好是玻恩50岁生日，为了让玻恩散心，他的学生和朋友为他举办了一次生日庆祝会。海森堡也从莱比锡赶来，在会上演奏了巴赫和贝多芬的作品，有的学生仿照德国歌剧《三便士》里的小曲“使刀子”的格式，编了一首打油诗：
嘿，这个矩阵呀有一个指数，
嘿，这个指数呀又有个因数，
读呀，读呀，反复地读呀，
始终还是一头雾水。(https://www.daowen.com)
原文是：
And the matrix has an index
And the index has a prime
And one reads and reads it again
Still one cannot understand
这一时期，给予玻恩慰藉的，还有一位名叫玛利亚·葛培特（Maria Goppert）的女弟子。她不仅数学、物理的水平很高，而且年轻漂亮。1906年葛培特生于德国普鲁士西里西亚（Silesia）省的坎罗维茨（Katlowiz）市。1910年，她的父亲被指派为哥丁根大学的小儿科教授，兼任哥丁根城诊所的儿科医生，葛培特随父亲来到哥丁根。她是个独生女，在哥丁根众位大师的眼皮底下成长起来。在哥丁根学术气氛熏陶下，她自小就喜欢数学、物理，希望将来也能成为一名像这些大师那样的教授。在她准备考大学这年，有一天玻恩在街上遇到了她，劝她来听听他们的学术讨论会，从此葛培特步入物理生涯。
1928年，葛培特成为玻恩的学生与亲密的朋友。然而在一些人，例如韦斯科夫看来，他们之间并不是普通的师生关系。［92］由于这种关系在哥丁根很少见，使他们不得不避讳和疏离。玻恩写给她的信开头总是“最亲爱的玛利亚”，结尾总是“永恒的爱”（in old love）。这是玻恩一生中，唯一一个相处这么随便又这么上心的人。对自己婚姻的秘密，玻恩从不向她隐瞒，在感到最悲痛的时刻，毫无保留地把伤痛倾诉给她。在最难熬的日子里，也是葛培特在暗中支撑着他。葛培特曾对弗兰克说：“这是一个很不幸福的人……他一生中的难题太多了，他过的是一种艰涩的生活。”［93］1930年博士考试后，葛培特与弗兰克的助手，来自美国的迈耶尔（Mayer）结婚。新婚后，她随丈夫去往美国。1963年，在芝加哥大学因为核壳层结构模型的建立，葛培特与詹森（Jensen）和维格纳（Wigner）共同获得当年的诺贝尔物理学奖。