三 消灭南宋残部
在伯颜占领临安的同时，江东、江西、湖南诸路也多半被元军占领，但是各地的抗元斗争仍在继续进行，其中特别是扬州、潭州、台州等地军民的抗元斗争更是英勇不屈、悲惨壮烈。
守卫扬州的抗元英雄李庭芝，早年曾是孟珙的部下，孟珙死后，在扬州驻守多年。襄阳失守前，蒙古军队曾企图攻占扬州，但李庭芝一面坚壁固堡，招收流民，组织防御，一面修筑民房，免除税役，恢复盐业等生产；襄阳危急时，他曾率军前往支援，却遭范文虎等人排挤、拒绝；襄阳失陷后，元军大举围攻扬州，当时贾似道兵败如山倒，沿江诸郡，或降或遁，独李庭芝坚守的扬州，依旧巍然屹立，元朝派南宋降人前来招降，他一概杀叛焚书，态度十分坚决。临安失陷后，谢太后和赵㬎曾两次以诏书命他投降，并无耻地声称：“今吾（指谢太后）与嗣君，既已臣伏，卿尚为谁守之？”[75]李庭芝以射杀来使作为回答。
李庭芝在扬州人民的支持下毫不动摇。当时高邮、宝应、通、泰、真州也都是继续坚守着，并以粮援扬。元军在扬州周围设南北两营，早晚合哨，死死围困，但各地人民仍不顾危险，趁哨过之时，以物资支援守扬军民。元军攻扬主帅阿朮，驱使夏贵的降兵到扬州城下以示夏贵已降，又派使者来招降，被李庭芝杀了；阿朮又奉诏赦他杀使、焚诏之“罪”，劝他投降，又遭拒绝。由于扬州周围州县相继失陷，城内粮尽，“兵有烹子而食者，犹日出苦战”，斗志仍然十分昂扬。
至元十三年（一二七六年）七月，益王赵昰诏李庭芝南下会合。李庭芝命朱焕守扬州，自率七千军队经泰州入海。不料，朱焕以城投敌，李庭芝等被围于泰州，被捕牺牲于扬州。
其他各地人民的抗元斗争也在继续坚持着，并给予元军以沉重的打击。
至元十二年（一二七五年）三月，元军阿里海涯攻占岳州（今湖南岳阳）后，沙市人民死守小城，城破被屠。次年正月，潭州守将李芾率领军民奋起抗敌，经过激烈搏斗后，城被陷，李芾等英勇牺牲。
在广西，当地汉族和少数民族军民团结起来，保卫家乡。邕州（今广西南宁）知州马塈率所部及诸峒兵守静江（今广西桂林），元兵攻了三个月，前后百余战，守卫的将士“死伤相籍，迄无降意”，阿里海涯、忽必烈前后以高官厚禄引诱马塈，均遭拒绝。外城破，马塈又率战士守内城；再破，巷战而死。其部将娄钤辖还死守月城十余日，最后自燃火，二百五十名战士与月城同归于尽。静江人民也遭到残酷屠杀。
在两淮，自从夏贵投敌后，两淮人民奋起抵抗。至元十四年（一二七七年）四月，淮人张德兴等起兵反元，据野人原、司空山（均在今安徽潜山县），收复黄州、寿昌军，势力波及湖北，并打死了镇压起义的叛将郑鼎。起义一直坚持到是年九月才失败。
四川军民从一二三四年蒙古入境，到至元十五年（一二七八年）合州失守，进行了四十多年的艰苦斗争。一二五九年，蒙古合诸道兵攻要塞合州，被击退。中统四年至至元元年（一二六三年至一二六四年），合州守将张珏组织了多次反攻，痛击敌人。至元四年（一二六七年），蒙古军数万人进攻合州，也为守军击退。以后又长期牵制了一部分蒙古军队，支援了襄阳的保卫战。到至元十二年之后，元军在击败了南宋主力之后开始大举进兵四川，并包围重庆。张珏等率兵支援，并重创敌军。到至元十四年后，四川许多州郡在顽强抵抗之后，相继失陷。至元十五年，元军攻陷重庆，张珏率军巷战，不支，以小舟走涪州，不幸被捕，在解送元京途中自缢殉职。(https://www.daowen.com)
临安投降前夕，恭帝赵㬎异母兄益王赵是、异母弟广王赵昺逃到温州。至元十三年五月，陈宜中、陆秀夫等拥赵是在福州即位，建元景炎，是为端宗。文天祥在被元军押送至真州途中脱逃，经高邮航海至温州，旋即赶去福州，被赵是任命为右丞相，与张世杰、陆秀夫等抗元将领会合在一起。当时，元军已占领广州，李庭芝等所固守的两淮地区已经沦陷，四川张珏等所固守的重庆地区也陷入重围，元军对南宋的包围圈越来越小，但文天祥仍抱着“但今身未死，随力保乾坤”的决心，竭尽全力以图收复失地。
这年冬，文天祥率军入赣，相继收复宁都（今江西宁都）、雩都（今江西于都），江西许多地方起兵响应，一时军心大振。但是浙江与福建方面的战事却十分不利。十一月，宋福建招捕使王积翁叛于福州，赵是由海道欲走泉州，泉州为宋朝重要外贸港口，设市舶司，回回商人蒲寿庚“提举泉州市舶司，擅蕃舶利者三十年”，[76]宋授以闽广招讨使，但他早存降元之意。赵昰欲入泉州，寿庚闭门三日，不予接纳，张世杰又以船只不够，夺蒲氏船舶及资财，寿庚被激怒，杀泉州赵氏宗室、士大夫及淮兵数千人，陈宜中、张世杰只得奉赵是离福州后去潮州（今属广东）。十二月，蒲寿庚与知泉州田子真正式以城降元。
至元十四年，文天祥、张世杰等在江西、广东等地与元军激战。广东、湖南、江西、福建等地人民纷纷起兵配合。前述淮人张德兴等起兵克服黄州、寿昌军，衡山赵璠、抚州何时等也起兵响应，特别是福建的农民起义领袖陈吊眼、许夫人等，率领汉、畲各族人民，也投入了反元斗争，使南宋的兵势稍有振作，给元军以不小的打击。许多抗元军民，继续写下了壮烈的诗篇。例如至元十二年（一二七五年）元军破饶州（今江西波阳），宋前左丞相赵万里被执，声言“吾宋臣，宜当死于宋土”，[77]与子镐等赴水死。福建兴化（今福建莆田）的军民在守吏陈文龙率领下，拒绝元军招降，斥责劝降的叛徒，发动民兵固守小城，城破被捕，不食而死。他的儿子陈瓒又召集义兵500人响应张世杰，攻复兴化，坚持了七个月之久，在重创来犯的敌人之后，又进行了巷战，最后壮烈牺牲。是年底，赵昰自潮州逃至陆丰甲子门时宋军与元军争夺广州。次年，赵是等移驻今香港的官富、古墐、浅湾等地，因无法入广州，故在香港驻跸达10个月之久。十二月，赵是逃至香山井澳（今珠海大横琴岛），在谢女峡（今珠海小横琴岛）败元军。
陈宜中力主走占城，为诸臣所反对，宜中遂独走占城。至元十五年（一二七八年）初，赵是逃至碙州（今广东湛江硇州岛）。四月，赵昰死，赵昺即位，及至翌月，改年号为祥兴元年。六月，移驻广东新会海中厓山，元遣张弘范率水陆之师2万南下，沿海漳、潮、惠、潭、广、琼诸州相继被陷。十二月，文天祥被捕于五坡岭（今广东海丰），张弘范等千方百计要使文天祥投降，均遭文天祥严词拒绝，并在招降书上留下了不朽的诗篇——《过零丁洋》，最后两句曰：
人生自古谁无死，留取丹心照汗青。
后来张弘范不得不把他押送至大都，至元二十年（一二八三年）正月，文天祥被杀，死时仅四十七岁。他在临刑前作赞词一首：“孔曰成仁，孟曰取义，唯其义尽，所以仁至。读圣贤书，所学何事，而今而后，庶几无愧！”[78]
至元十五年底，元江东宣慰使张弘范率舟师自漳、潮，江西行省参政李恒以步骑出梅岭向南宋残余势力发动进攻。十六年初，元军抵厓山，张世杰联结战船千余作水砦，为死守计。元军封锁海口，宋军被困，士兵舀海水解渴，纷纷呕吐。元军用火攻，被宋军击退。二月初六，元军发起总攻，突破宋军阵角，宋军大败。陆秀夫见不可逃脱，抱卫王赵昺投海死。宋将士家属纷纷投海殉难。张世杰拥杨妃冲出重围，准备招集旧部，找寻赵氏后裔，再图恢复。不幸遇飓风，战船覆没，溺死在平章山下。南宋的残余部队最后被元军消灭。