基内菌丝分离法
所谓基内菌丝分离法，就是分离食用菌天然寄主或菇（耳）木中的菌丝体而得到纯菌种的一种方法。这种方法较易受污染。能用孢子分离或组织分离法获得菌种的食用菌类，一般不用此法。银耳菌丝，只有与香灰菌丝生长在一起才能产生子实体，采用基内菌丝分离，就可同时得到这两种菌丝的混合种。生产上常用此法获得银耳菌种。要挑选菌丝发育较好的基质作为分离材料。在木材内，凡有菌丝活动的地方，颜色往往变浅，或有特定的斑纹，应在菌丝分布范围内切取接种块;分解纤维素能力旺盛的菇类，要在木材深部取接种块，这样可以减少污染;分解纤维素能力较弱的菇类，要在木材浅层取接种块，最好在靠近子实体生长处，可以提高成功率。基内菌丝分离法获得的菌种一定要进行出菇试验后才能用于生产。
（一）菇（耳）木分离法
1.菇木或耳木的采集 生长香菇的段木叫菇木，生长木耳的段木叫耳木。采集菇、耳木都要在子实体发生的季节进行。在栽培场所寻找已长过子实体的木材中的食用菌菌丝发育良好的第一年或第二年耳（菇）木作为分离材料。
2.菇木或耳木的选择 在分离之前，对采集来的菇木或耳木进行比较，将菇木从中间锯断，可以初步判断菌丝生长情况，并能判断是否遭受木腐菌侵染。遭木腐菌侵染的菇木断面会出现浅黄褐色的拮抗线。选菌丝发育旺盛、木材未腐烂、看不见杂菌生长的菇木或耳木做分离材料。
3.菇木与耳木的风干 在子实体发生季节，菇（耳）木含水量较大，细菌能随木材导管进入木质部，致使分离过程中有大量细菌发生。此时不要将菇木马上锯断，应将菇（耳）木风干，以减少杂菌污染。另外，分离时应使用酸化培养基或加抗菌素培养基，培养基表面应该干燥无水。(https://www.daowen.com)
4.菇（耳）木的表面无菌处理 菇（耳）木的分离部位是取得纯菌种的关键。把采集到的菇（耳）木，在长有子实体处的两侧，锯下约1 cm厚的木段置于接种箱内。再从耳或菇基穴周围，切取一个三角块，浸在75％的酒精溶液中表面消毒15 s至1 min，取出用无菌水冲洗，再用无菌纱布吸干水分，移至另一块无菌纱布上。
5.接种块的选择 接种块必须在菌丝蔓延生长的范围内切取。菌丝生长缓慢的菇类应取离树皮稍近的部位，即耳根周围处。为了防止污染，菌丝生长迅速的种类（如香菇）应取离树皮较远的部位。用解剖刀将木块从中间切开，用小刀在切面挑取米粒大小的接种块，接入斜面上。接种块应尽量小，以减少污染的机会。接种后放在22～25℃下培养。
（二）袋栽银耳菌种分离法
选取菌龄为25～28 d、朵径5～6 cm的适龄银耳子实体作分离材料。将银耳用解剖刀切去，再将耳基从培养料中剥出。此时的耳基为一充满致密白色菌丝体的硬块。用刀片将耳基切开，切除上部和下部，留厚1 cm左右的中间一层供分离用。将留下的分离材料四周的基质切除，再将中心部分切成麦粒大小的许多小块，一一接种到斜面培养基上，于25℃下培养，经7～10 d，银耳菌丝可恢复生长。也可将挖出的耳基在瓶内充分捣碎后接种到木屑培养基上，于25℃培养。经7～10 d，木屑培养基上会出现白色绒毛团状的银耳菌丝，用接种针小心挑取白毛团菌丝，接种到斜面培养基上，再经7～10 d培养，可形成银耳菌丝。再经过10～15 d，接种块周围会出现红或褐色分泌物，继而形成原基，即成为银耳菌种。这两种方法得到的银耳菌种均为银耳、香灰的混合菌种，不需再进行混合培养。
还可选取生长期约20 d的原种，除去耳基和幼耳，将耳基下的菌丝团分割成小块，接种在木屑培养基上，于23～25℃下培养。12 d后，选取菌丝健壮、“白毛团”长势旺盛、色素分布均匀的作为分离材料。从瓶内挑取一粒“白毛团”，移接到木屑培养基上，于25℃下培养15～20 d即为木屑母种。一瓶母种可接30～40瓶原种。
