一、组织分离法
组织分离法是将子实体部分组织接种于培养基上，经培养获得纯菌丝体菌种的方法。它是一种无性繁殖方法。
食用菌的子实体都是菌丝体的特殊结构，只要切除一小块组织移到合适的培养基上，就可以生长成为营养菌丝，从而获得纯菌种。组织分离法操作简便，取材广泛，又能保持原品系的遗传特性，容易成功，是生产中最常用的一种方法。
在生产中能否长期采用组织分离法来获得纯菌种，还没有定论。据报道国外有人长期采用组织分离法分离香菇、双孢蘑菇纯菌种，也没有出现种性退化的现象。用处于正在旺盛生长中的幼嫩子实体或菇蕾作为组织分离的材料较好。生长较弱，成熟过度，有病虫害的子实体均不适合作组织分离的材料。
虽然食用菌子实体的各个部分均可作为组织分离的材料，但由于各部分组织细胞存在差异，所以分离出的菌种的生活力就有所不同。对一般菇类来说，取种菇菌盖与菌柄交接处的组织分离效果最好;有些菇类有菌幕保护，取菌幕保护下的菌褶作分离材料效果更好;菌根菌的组织分离，选用靠近基部的菌柄组织作分离材料才能成功。
有些菇类可以利用子实层进行组织分离。食用菌的个体发育是按菌柄、菌盖、菌褶的顺序进行的。因此菌褶两侧的子实层细胞最幼嫩。子实层菌丝恢复生长能力强于菇体其他部位的菌丝。子实层菌丝生活时间长，具有较强的抗逆性。子实层菌丝是从幼小担子和囊状体以及子实层细胞发育而来，是生殖细胞转化成营养细胞的结果，因而具有较强的生活力。利用子实层组织分离法只适于有菌幕保护的菇类，如双孢蘑菇、草菇、鸡腿菇等。
分离伞菌类食用菌时，如使用菌盖中的菌肉作分离材料，先用经过火焰灭菌的剪刀将菇体表皮剪断，用镊子将菇体表皮拉开，露出洁白的菌肉，再用镊子将菌肉截成小块，取一块放入试管斜面中培养。用菌盖菌柄交接处或菌盖菌柄较厚处的菌肉作分离材料时，也可以用撕裂法露出内部菌肉组织，再用无菌镊子夹取一块菌肉直接接入试管斜面中。但应该注意镊子不能接触任何菇体外表皮，包括菌褶，以免发生污染。如果菇体较大、结构紧密，可用75％的酒精棉球擦拭菇体表面，如双孢蘑菇;如果菇体组织疏松，一般不进行表面消毒，更不能将菇体放在消毒剂中。经过消毒剂浸泡的菇体含水量高，分离成功率低。
食用菌的组织分离法基本相同，下面介绍几种有代表性菇类的分离方法。
（一）平菇组织分离法
1.种菇选择 选择能代表该品种原有遗传特性的平菇个体，从出菇早而均匀、生长旺盛的菌袋上选取长势好、菇体完整、菌盖适中、肉厚、无病虫害、刚进入成熟初期的菇作为种菇。种菇采收前两天要停止喷水，以保持菇体的干爽，提高成功率。
2.种菇的处理与消毒 将采收的种菇去掉杂质，放置1～2 h，让菇体散失过多的水分。菇体含水量过大，不易分离成功。然后在无菌条件下用75％的酒精进行表面消毒。
3.分离与移接 在无菌条件下，用无菌纱布吸干菇体表面水分，将分离用的小刀和接种针在酒精灯火焰上灼烧至发红，冷却后用灭过菌的小刀把菇体纵剖为二，在菇盖与菇柄相接处的部位切取绿豆大小的菌肉组织，迅速移接在斜面培养基中央。(https://www.daowen.com)
4.菌丝培养 将接过平菇组织块的试管放入恒温培养箱中25℃培养，即可萌发出白色的平菇菌丝。在培养过程中要经常检查，及时去除污染菌种。如果培养基表面有黏稠状物，是细菌或酵母菌污染;如果培养基表面有各种颜色的绒毛状菌丝或蜘蛛网状物，是霉菌感染。如果一支试管中大多数菌丝长势良好，只有少部分污染，可采取超前分离法将其纯化，即从菌丝生长健壮、远离污染点的地方切取一小块带有菌丝的培养基移到新的培养基上培养，也可以得到纯菌丝体。
挑选菌丝生长健壮、浓密洁白、长势旺盛、无杂菌污染的菌丝再进行转接。这样得到的平菇母种必须进行出菇试验，确认其菌丝生长良好、出菇正常时再用于大面积生产。
香菇、双孢蘑菇、白灵菇、杏鲍菇、鸡腿菇、金针菇、草菇等多数伞菌组织分离方法与平菇组织分离法相似。
（二）木耳组织分离法
木耳、银耳等胶质菌类，子实体耳片较薄，质地坚韧，且菌丝量少，操作难度大。因此，在过去的分离法中很少采用耳片组织分离。其实采用组织分离法，操作简便，只要消毒操作严格，分离也易成功。
分离木耳菌种可采取剥片分离法：将种耳冲洗干净，再用无菌水冲洗数次后用无菌纱布或滤纸擦干水分后，进行组织分离。不同的木耳，分离方法有区别。分离毛木耳时，将毛木耳腹（子实层面）背面剥离，用锋利小刀刮取少量菌肉接种到斜面培养基上。分离木耳、皱木耳时，它们的腹背面不好分离，可用解剖刀在子实体边缘切一个小断面，再沿断面方向剥开，使之出现一个较大的斜断面，用接种钩在断面上刮取少量菌肉接种到斜面培养基上。
（三）灵芝组织分离法
成熟的灵芝子实体细胞已木栓质化，不宜作为分离材料。应选取尚未木栓质化的幼嫩子实体做分离材料。可以选用尚未形成菌盖的幼蕾作为分离材料，取生长前端的浅黄色的幼嫩组织进行分离。要选择出芝早、个体粗壮、生长旺盛、外观鲜嫩、色泽均匀、无病态及畸形、具有本品种典型特征的个体，在灵芝菌盖前端呈浅黄色时采收。
把采回的种芝及时放入无菌接种箱内，放入75％的酒精溶液中浸泡1～2 min，取出用无菌水中涮洗，然后用灭过菌的纱布擦干表面的水，用解剖刀把菌盖表层切去，取菌盖前端的浅黄色的幼嫩组织进行分离。切取绿豆大小的组织块，迅速接进灭过菌的斜面培养基上，并及时塞好棉塞。
将接好组织块的试管置于25～28℃的恒温箱内黑暗条件下培养。有光时，灵芝菌丝很快革质化，不利于转管时的操作。3～4 d后，组织块上开始出现白色绒毛状菌丝。挑出菌丝洁白、长势旺盛的试管，在无菌条件下将菌丝再转入新的试管中，在25～27℃下培养5～7 d，菌丝发满，便制成了灵芝母种。
多孔菌类组织分离均可参考此法。
