第二节 明清时期
明
有明一代，白鹭洲书院的发展可以说是沉寂与辉煌相伴，波折起伏，历经劫难，浴火重生。
元至正十五年（1355）书院重修之后没几年，各地相继爆发了农民起义，元末明初的战火再次将白鹭洲书院摧毁。此后，白鹭洲书院一直沉寂无声，弦歌中断，白鹭洲上只有芦苇沙鸥与残垣断壁相伴。直到明代中期，白鹭洲书院才在官府的重视下得到重建。建成后的书院又连年遭受洪水，不得已，书院被迫迁出洲岛。迁出洲岛的书院有过理学大会的辉煌，也有生员稀少的凋敝，并险些在张居正“禁毁天下书院”运动中被废。直到万历二十二年（1594），书院才获得重生。
从明初，直至嘉靖初年，书院处于毁废状态。清康熙年间吉安知府罗京撰写的《重建白鹭洲书院碑记》一文中有记载：“明初毁于兵，嘉靖丙戌，郡守黄公宗明复之。”嘉靖丙戌，即嘉靖五年（1526），也就是说从明初（1368）至1526年，这期间共158年，白鹭洲书院中断办学。这一状况，在明初文人的诗作中亦有反映，如永乐二年（1404）进士、庐陵人李昌祺《访鹭洲书院遗址》一诗云：
宋家书院但空名，二水中分草树平。
陵谷变来基亦废，野人耕处草还生。
落花细雨文鱼上，残柳西风白雁鸣。
临眺不堪怀往事，城头画角更凄清。[13]
为什么明朝立国之后，白鹭洲书院迟迟未能恢复呢？这和明代前期的教育政策息息相关。明太祖朱元璋的教育政策是兴学校抑书院，他认为：“治国以教化为先，教化以学校为本。”而在宋代，大多数书院是以学术思想交流、士大夫传播个人理论思想为主的，这种言论“独立自由之精神”是朱元璋极力排斥的。因而，他在洪武元年（1368）下令“改天下山长为训导，书院田皆令入官”；在洪武二年（1369）“诏天下郡县立学”，要求郡设府学，县设县学；洪武三年（1370），又规定：“科举必由学校”；洪武五年（1372），进一步“革罢训导，弟子员归于邑学”。一系列教育制度改革，加上“科举必由学校”这一指挥棒作用，优秀士子纷纷涌到府学、县学接受教育。正是在这一政策的压制下，白鹭洲书院和全国其他书院一样，进入发展低谷时期，且持续百余年。这一教育制度发展到明代中后期，造成了学校的严重腐败。学校教育备受诟病，士子在校学习，只知背诵八股文或剽窃文章而获得科举，不知修身正己、道德仁义。士阶层的坏风气影响了政风、民风，百姓不知孝悌，官者不知忠义。正是在这一背景下，忧国之士纷纷重振书院教育。
嘉靖五年（1526）重建 嘉靖四年（1525），黄宗明任吉安知府。面对荒草废墟的白鹭洲书院，为不负书院创办人江万里的育人造士之心，次年，黄宗明主持重建书院。书院建好后，拨给书院必需的办学经费和学田院产，选召九县才俊到书院学习，恢复了白鹭洲书院中断158年的办学之路。正是因为黄宗明这一举动，这个几乎被人遗忘的著名书院，续写了新的篇章。所以，后人将黄宗明以及元代的李珏、纳速儿丁并祀于江文忠公祠，与江万里一同祭祀。
嘉靖二十一年（1542）迁建仁寿山 嘉靖五年维修之后，赣江连年大水，书院办学断断续续，刚修好的建筑也在一次次水患中几近倾圮。嘉靖二十一年（1542），吉安知府何其高接受吉郡士绅的建议，决定将书院迁出洲岛。
书院为什么要外迁呢？明代兵部尚书聂豹为这次迁建撰写的《道心堂记》，告诉了我们答案。他在文中写道：“盖螺川在九江上流，旧无水患，即有之，十数年而后一见。正德以来，或一年而再见，是书院之在所当复，而洲之不可基。”[14]“螺川”指赣江在吉安城的这一段。这段话的意思是说：赣江原来水患不多，十多年偶尔见一次，但从正德年间（1506—1521）开始，赣江开始连年水患，书院无法正常教学，洲上已不适应办学。水患频繁是白鹭洲书院迁出的根本原因。
几经勘查，士绅们相中了城南仁寿山这块风水宝地。仁寿山位于今天吉安城阳明路与吉安大桥连接处路北，原吉安采茶剧院所在地。这块地“凭高而宅胜，严城翼其左，通衢亘其右，赣江绕其前，其隆然盘礴江中者，白鹭洲也”[15]。仁寿山地势高坦，吉安城在其东，通达的驿道在其西，面临赣江，视野开阔，白鹭洲风光尽在眼底。
《城南白鹭书院记》
但此时，山上有座慈恩寺，怎么办呢？何知府效仿当年江万里劝说浮屠让地故事，也说服了慈恩寺僧人将山中平地让出，把白鹭洲书院迁建于此。
这次迁建规模宏大。明代著名理学家、思想家泰和人罗钦顺为这次迁建撰写的《城南白鹭书院记》中写道：“为屋大小凡数百楹，名虽仍旧，而实则新作也。其制：绰楔前起，表其书院之名，次为聚秀楼，下设关键，即大门也；次为仪门，门内有廊，中为崇正堂，后为适轩、为云章之阁，阁与堂皆为夹室；仪门外，两序各启侧门，左达尊德斋，右达集义斋，附斋两旁是为书室。堂、斋门阁以间计者各三，而深阔不等；书室以间计者二百，则广狭如一。仪门左右及两斋之后，皆有憩厅。阁后隙地，则为江文忠公祠，为道心堂、时雨亭，皆因地势而面南。庖湢稍近适轩，左右分置。基周围总若干丈，其费凡若干千金，皆收诸公帑之余，罚锾之入。”[16]
从这段文字看，此次迁建规模宏大，堂室斋舍，井然有序，亭台楼阁，鳞次栉比，蔚为大观。因书院已经不在洲上了，所以门额为“白鹭书院”，以示与“白鹭洲书院”的渊源与区别。迁建工程“经始于嘉靖壬寅（1542）仲夏，逾年，工乃告完”[17]。历时近一年，嘉靖二十二年（1543）完工。
正德、嘉靖年间，阳明心学在吉安盛行。明代心学集大成者——王阳明，于正德五年（1510）任庐陵县令，此后又常年在南昌、赣州做官，公务闲暇之时，以收徒讲学、化育人心为乐。一大批吉安士子为其“知行合一”说折服，拜之为师，并终身以传播心学、化育人心、移风易俗为己任，纷纷办书院开讲会。白鹭书院是久负盛名的理学传播中心，自然会受到理学家们的青睐。知府何其高也想借白鹭书院重建之东风，再现吉安理学盛况。
于是，他邀请了十余位当时闻名全国的吉安籍理学家，莅临书院讲学，并请他们为书院迁建撰写文章。泰和罗钦顺撰写了《城南白鹭书院记》、安福邹守益撰写了《聚秀楼记》、泰和欧阳德撰写了《集义堂记》、永丰聂豹撰写了《道心堂记》、永新尹台撰写了《学田记》、庐陵胡经撰写了《乐育堂记》等等。
这些吉安人既有闻名全国的思想家、教育家、哲学家，又有身居高位、为国建功者，说明这一时期吉安人文鼎盛。他们纷纷为白鹭书院的迁建撰文记录，也充分说明白鹭书院在他们心目中的位置，在吉安教育界、理论界的地位。
在此之后的嘉靖二十五年（1546）和嘉靖三十六年（1557），邹守益、罗洪先、聂豹等在白鹭书院先后举办了两次大型会讲，千名学子与会聆听，江西提学副使王宗沐亦慕名率众而来，开创了白鹭书院会讲参与人数之最。白鹭书院，也当仁不让成为这一时期江右王学传播交流中心，有力地助推了阳明心学在吉安的蓬勃发展。
迁至城北庐陵县学 隆庆六年（1572），在白鹭书院迁至城南仁寿山30年后，江西巡按任春元“从诸生请，改仁寿山白鹭书院为庐陵县学”，万历元年（1573），又“改旧学明伦堂为书院，于是，白鹭书院迁郡城北隅”。[18]
白鹭书院在仁寿山办得好好的，为什么要和庐陵县学互换呢？事情总是有原因的。
隆庆元年（1567）开始，张居正为相，柄持朝局十余载。张居正为相的十余年间，对王阳明的心学理论很是反感，认为是旁门左道，与程朱之学背道而驰。加上王门后学发起的聚众讲学之风尤盛，张居正更是倍加打压。受朝局影响，这一时期书院发展亦陷入低谷，才有白鹭书院和庐陵县学的互换事情。
主持这件事情的江西巡按任春元，是浙江余姚人，王阳明的老乡。有意思的是，他在完成这件事之后，请时任副都御史的泰和人曾于拱写记，但被拒绝了。任春元调走后，时任郡守雷以仁又请曾于拱写记，且对曾说“记事备训，郡人职也，宜勿固辞”，不得已，曾于拱为此次迁学写了《城北白鹭书院记》。[19]
他在记中写道：“考书院之再建也，先正罗、邹、欧阳三文庄公皆有《记》。”说书院重建在仁寿山，他的老师罗钦顺，还有他的师友邹守益、欧阳德都给书院写了记文。随后，他在文中大段地引用三位前贤记文中的话，以阐明罗钦顺的理学与邹守益、欧阳德的阳明心学“可谓同得圣学之正传也”，诸多前贤兴建白鹭书院、在书院讲学的目的亦是为了“光绍前哲，乐育英才”“其所以属望吾党之士，必不外于二先生之学矣”。最后他引用曾子“尊其所闻，则高明矣；行其所知，则光大矣”之句感慨：“高明光大，在乎加之意而已，此希贤希圣之实功也，愿相与共勉焉。”
通观这篇记文，对迁学过程没有只字片言，只用前贤的理论阐明理学与心学其实同宗同源，希望不要有学派之分。
白鹭书院由此迁至城北县学内，这一迁就是20年。这20年，白鹭书院生员锐减，景象萧萧，还差点遭受毁废之难。万历年间，首辅张居正要求禁毁书院，《明纪》载：“七年（1579）正月戊辰，诏毁天下书院，自应天府以下，凡六十四处，尽改为公廨。”[20]这64处书院，包括吉安白鹭书院。万历七年，书院改为“湖西公署”，万历十年（1582），张居正死后，又改回“白鹭书院”。由此可见，张居正毁天下书院并不得人心，或许，当时地方官只换书院门额以应对，也未可知矣！
万历十四年（1586）修缮 万历十四年（1586），庐陵知县钱一本对位于城北的白鹭书院进行了修缮，并在院内增设道心堂。这次修缮，安福人王时槐写了《重修白鹭书院记》[21]。
王时槐在文中对白鹭洲书院的历史沿革做了简要介绍，并谈道：“书院在郡城内之北，然规制未甚备也，诸生亦无复讲肄于其中者。”一句话，道出书院惨淡之状。
王时槐在文中讲述了钱知县重修书院的原因、经过和效果。“邑侯毘陵启新钱公潜心正学，重念诸生徒以剽掠枝蔓、缀饰浮词以侥进取，不知反躬以自尽人道而一尊孔孟之道矩。是以士习日污，民俗愈敝，家鲜孝弟廉靖之风，人恣争攘嚚憸之行，有足悲者。以移风易俗当自士始。”夸赞钱知县是个潜心正学、正直清廉的好官，对当时读书人为应对科举而抄袭剽窃的学习风气很不满意，认为儒士风气不好，把民俗民风也带坏了，孝悌清廉之家越来越少，愚顽奸佞之人越来越多，认为，要移风易俗，必须从士人开始。于是，钱知县“政暇则临学宫，横经讲授，命题课艺，第其等差，复集两庠博士诸生月再聚于院中，示以正心修身之学，俾实体力行，以追迹濂洛而上溯周鲁”。亲自给诸生讲课、批改课业，希望能端正学风，学子们能诚心修习孔孟程朱之学，修身正心以涵养品格。
钱知县见书院只有一阁一堂，且败落凋敝，竭力振兴，县衙没钱，他捐出自己的俸禄扩建修缮书院。他还在书院内增设了阳明祠，祭祀王阳明，并以邹守益等十二位著名的阳明后学配祀，书院环境焕然一新，庄严肃穆之气立现。“入是门、与是会者，皆肃然饬敬慎之容，而恍然脱凡近之志，或默坐澄心，或质疑请益，礼静而不烦，故尘襟自敛，言简而义晰。”在钱一本的教育引导下，庐陵文风学风大变，士子们不再以科举为目的，而是相互砥砺，以“正心修身为学”，而后，“果有出于词章科目之外”的贤达之士。
文章最后，王时槐感慨道：“窃惟国家定制，俾诸生治六经四书，以圣贤之言反诸身心而实践之，且联师儒以督其成，以为士能。是则，退而处为乡之善人君子，出而仕为世之良臣名吏，此国家造士之本意也。世降道衰，士之所学直曰“以文词博进取”云尔，不知有所谓反身实践者；师之所教亦姑听，诸生自为文词已耳。甚则诸生有累年不见其师长者，即月课犹为旷典，又安能责其反身而实践也？教学之法名存实亡，是以士退而处或败类于乡，出而仕或播恶于国。有道君子位兼治教者，恻然忧之故既临黉舍以课艺文，复集书院以劝德义，庶孔门四教、周家三物之学不致偏废。若朱子之知南康军用此道也，江文忠公为吾创白鹭书院，实本朱子之意。而今邑侯启新先生重修书院，以续江公之遗迹，盖亦与朱子之意同，庐陵人士何其幸哉！”[22]言辞之间，对当下“以文辞博进取，不知反身实践”的教风学风深感不满，对钱知县躬身实践、言传身教，教育学生要“以圣贤之言反诸身心而实践之”的教育理念，培育“退则为乡之善人君子，出则为世之良臣名吏”的教育目的大加赞赏，称此法为庐陵士子之福，庐陵百姓之福！
万历二十二年（1594）迁回白鹭洲 就在书院看似与白鹭洲缘分将尽之时，一个关键人物的出现，让书院重新回到洲岛之上，这人就是明朝万历间吉安知府汪可受。
汪可受，湖北黄州人，万历进士。万历十九年（1591）任吉安知府，次年，倡议官绅商贾捐款，决定在白鹭洲上重建书院。
这次重建，为根本解决书院的水患之害，汪可受听取了府司马尹学孔的建议，在洲北“增庳垫欹，垒石为台”。啥意思呢？就是用石头砌筑高台，在高台上建房子，将洲北整个儿垫高来，以防建筑遭受水淹。这个台子有多大呢？“崇九尺，修三十五丈，广视修十之六”，即高有九尺，长三十五丈，宽二十一丈，换算成如今通用的单位，这个台子高约3米，长116米，宽70米。同时，为了最大限度减轻洪水对书院的冲击，还在台子的南边建了一圈宽阔的防护堤，“极台而南，聚土筑堤以捍冲决，广三十丈有奇，周五十丈有奇”，后人称此台为“吉台”，此堤为“永堤”。此后几百年，在吉台、永堤的护佑下，白鹭洲书院水患锐减，书院办学因此得以延续至今。[23]
重建于洲上的白鹭洲书院，规制更完备，建筑更恢宏，风景更绮丽。吉水人刘应秋为此次重建撰写了《重修白鹭洲书院记》，他在记中对书院的恢宏建筑和宜人风光进行了详细而生动的描述：“南有重门，北为巍阁。有堂有楼，有池有亭。堂曰道心，楼曰风月，阁曰云章，其下曰山长厅，亭曰浴沂，皆仍宋时故额，而总署其名曰‘白鹭洲书院’云。阁高五丈，翼以栏楯，可俯可眺，沓嶂环青，万顷一碧。朝旭夕映，花雨涛雪，千姿万态，靡不呈奇献秀于棂栊几席之间，书院之大观备矣。前乃为楼五，筵祀二程夫子，而以一峰、整庵二罗先生配之。又前筵为大堂，则所谓道心堂也。阁之后植竹万竿，洲水支流绕出其下，可濯可风，是为浴沂亭。门以外为月池，环池左右翼为舍百楹……当两翼夹路中，为坊者三，曰理学、忠节、名臣。”
此次重建工程，始于万历二十年（1592）十月，建成于万历二十二年（1594）二月。包括筑吉台、永堤，建书院，如此浩大工程，在当时全靠人力作业的条件下，一年半时间就完成了，不得不说是一个奇迹。这次重建的资金都是由府衙募集而来，官府一声号召，十县士绅踊跃捐款，捐来的钱不仅重建了书院，还给书院置办了丰厚的学田院产，可以保障书院长久的运转。由此可见，复建书院于洲，亦是民心所向。
在这次重建过程中，除了知府汪可受的鼎力支持，还有一个人值得后人铭记，那就是提出建吉台、永堤的尹学孔。尹学孔，吉安府永新人，时任吉安府别驾，亦称司马，即协助知府主管文事工作。他不仅学识渊博，还出身堪舆世家，懂营造和风水。他详细考证了白鹭洲历年洪水的最高水位，提出了吉台的合理高度。经过历史检验，他提出的这个高度非常精准，百年一遇的大洪水才会漫过吉台。新中国成立70年来，据白鹭洲中学年长的教职工讲述，只有1962年的大水，漫过了吉台，进入了建筑内。
尹学孔还负责了整个工程的实施。实施过程中，他精打细算地使用每一两银子，天天守在工地上督工，几个月没有回家。后来，他提出在吉台之南再建永堤，以防洪水直接冲击吉台，当时筹集的银子不够了，他就动员家族捐款，尹氏家族全族动员，“义助700余金充堤费”，这才将永堤建好。吉台、永堤，成为白鹭洲上的永固工程，如今已经与洲合为一体。
白鹭洲书院重建后，立即成为吉安文化教育的旗帜，江右学术中心和人才培养中心。书院自此讲会不断，诸多名贤大儒来书院讲学，讲学盛况一直持续到清代康乾时期，前后百余年。
值得一提的是，汪可受还答应了僧人东晖的请求，在洲上重建了净土庵。岁月轮回，时隔三百余年，白鹭洲又重回“儒佛双修”气象，从此，白鹭洲上，风声雨声波涛声，声声入耳；钟声鼓声读书声，弦诵相闻。
崇祯八年（1635）维修 天启年间（1620—1627），权宦魏忠贤为排除异己，发起了禁毁天下书院之祸，白鹭洲书院声名卓著，未能免遭罹难，毁废于时。直到崇祯七年（1634），福建甫田人林希有任吉安知府时，才得以兴复，时隔十余年。
其时，学生们在城内塔水桥的依仁会馆学习。依仁会馆为名儒李邦华创建，李邦华是当时闻名全国的硕儒邹元标的弟子，本就对弘扬正统儒学有着强烈的责任感。天启、崇祯年间，李邦华两次罢官回乡，闲居十余载，在郡城内创办了依仁会，常在会馆讲学。
依仁会会馆驻于吉安城塔水桥旁，吉安十县俊秀因白鹭洲书院毁废，全都汇聚在会馆中求学。林知府刚一上任，十分关心白鹭洲的兴废状况和学子们的学习情况，他亲临会馆看望并考校生员，又登临白鹭洲，实地考察书院残损现状。他看到书院内杂草丛生，荒凉凋敝，感叹道：“白鹭洲书院百余年育才造士，声名籍籍，如今数年任其湮沉破败，以至圣道不明，士习日下，这是官府的责任、官员的责任啊！”于是，立即决定修复书院。
他责令庐陵知县核查书院账目，用现有可用资金启动修复工程，同时号召官员捐俸，民众义输，尚有的资金缺口，衙门想办法补足。崇祯八年（1635）书院修复工程启动，只用了4个月时间，书院即修葺一新，并新建了几排号舍，满足学子住宿需求。
李邦华听闻白鹭洲书院重修，非常高兴，慷慨倡议为书院捐输，并带头给书院捐助数十亩学田，连同学田上的33户佃户，以及菜园、水塘、房屋等一并用于膳学。诸生十分敬仰李邦华的学识品德，又见其对书院如此关心，感奋异常，于是联名写信给林知府，希望能请李邦华任书院主讲。
李邦华是邹元标高徒，深得理学精义。知府林一柱也是一位以“兴贤育才、阐扬圣道为守土第一事”的有识之士，对圣贤之学极为推崇，也正有此意请李邦华任白鹭洲书院主讲。于是，林知府“从诸生之请”，挑选良辰吉日，备好请帖，派出府中官员、城中名士和白鹭洲书院诸多学子敲锣打鼓登门拜访，以显恳切之情。
李邦华欣然答应了大家的请求，赴白鹭洲书院开坛讲学。林知府亲自提前到书院扫室布席，张罗准备，其对李邦华的尊崇敬仰之情由此可见。讲学当日，各方名士云集，堂内堂外，廊前廊后，听者众多，盛况空前。这天，李邦华讲的是《孟子·万章上》中《伊尹耕于有莘之野》，整堂课程“清言楚楚，名理娓娓，环桥观听，肃肃雍雍”，听者“欣洽”，谓公“以内沟之真心，抒知觉之实事，尧舜君民事业，此稍露其一斑乎！”[24](https://www.daowen.com)
讲课之后，林知府又陪同李邦华登云章阁，观水光山色，谈国事民生，诗词唱和，欢声笑语。直至日落西山，林知府又设宴答谢，酒过数巡方整肃衣冠拜别圣像，再互相揖别。这次李邦华赴白鹭洲书院开坛主讲，堪称吉安士林一次盛会。
时人感慨道：“鹭洲十余年来会事不举，人心风俗亦稍自异，识者每以为忧。此番盛典，自公首倡，规制仪节备极情文，将来必无废坠之虑。”[25]
此后，李邦华担任盟主、主讲多年，此事亦有李邦华的诗作为证：
白鹭洲书院得举学会，余忝司坛坫，喜而有作：
后死谁人是，斯文任仔肩。经营还故址，类萃步前贤。
堂奥亲周孔，羹墙见峻元。高山流水在，千载续灯传。[26]
另外，《白鹭洲书院志》中还有《十学启请李忠肃公讲公呈》（因标题为后人补录，故用李邦华谥号“忠肃”）可以佐证此事。
清
有清一朝，白鹭洲书院重建次数最多，办学也曾有短暂中断。但书院一直是吉安书院的翘楚，士林心中的圣地，其主要表现为历届科考中，鹭洲书院上榜人数较多，仅咸丰元年（1851），吉安中举者15人，而鹭洲书院就有8名。清代历任吉安知府，只要是科甲出身的有学之士，都对白鹭洲书院的教育教学倾注了热切的关注，亲自登坛教学育人。清代，白鹭洲书院有记载的维修迁建共有16次，也正是在官府的重视下，白鹭洲书院才得以留存至今。
顺治三年（1646）重修 在明末清初朝代更替的战火中，位于洲岛的白鹭洲书院再次被毁。顺治三年，时任湖西道守杨春育来吉安视察。身为士林俊秀，杨春育非常仰慕白鹭洲书院历代先贤，而书院在明末理学教育的辉煌亦让杨春育不胜敬仰，“得门升堂，必最白鹭洲书院，即慕者不能时至，犹企以梦”。他见书院毁于战火，至今尚未修复，不由怆然。于是，和吉安知府晋承露一同倡议募集资金重修书院。
这次重修得到庐陵人、监军黄鼎象的慷慨捐助，工程于顺治三年（1646）冬季动工，知府衙门里的几位官员，都在工程现场亲自张罗督战，两个月就得以完工，“雄丽如旧观”。湖西道守杨春育非常高兴，欣然为此次维修撰写了碑记。
顺治十二年（1655）重建 顺治八年（1651），河北遵化人李兴元出任吉安知府。李兴元早就听闻庐陵白鹭洲之名，读史之时，常梦想登临白鹭洲与江万里、文天祥等诸位先贤时空对话。当他得知朝廷任命他为吉安知府时，心情激动，乘船一路南下，连路过南京白鹭洲时，也不停留，一心盼望早日到达庐陵。
可是，此时的白鹭洲因连年遭受洪水，已是荒草萋萋，渺无人烟。史书记载，顺治四年（1647）大水，此后连续十年吉安水旱交替，顺治三年（1646）刚修好的白鹭洲书院，在连年水患中已荡然无存，只剩吉台孤零静卧，沙碛磷磷。李兴元见此景象，久久叹息。他很想重建书院，可一是水患不断，二是官府连年赈灾，拿不出银子，只好暂时搁置。
顺治十一年（1654），江西巡抚蔡士英下令各地，将省内知名的书院尽快修复，白鹭洲书院亦在名单之中。湖西道兵备观察鲍公是位重视教育的有识之士，他“捐俸首倡”，组织湖西道三府各级官员士绅纷纷为白鹭洲书院重建捐款，将筹集到的银两交给吉安府，责令李兴元尽快将书院修复。
所捐银两不多，连年水旱灾害，哀鸿遍野，李知府不忍心再增加百姓负担，于是“拮据图之”。他亲自谋划实施重建工程，亲力亲为，精打细算使用每一两银子，不足部分，拿出自己的积蓄补贴，没有向民间摊派一两银子、一个劳力。李兴元拳拳爱民之心令人泪目。
修缮完成后，李知府感触尤深，自己撰写了《重建白鹭洲书院记》，他在记中写道：“自乙未仲春营卜，至孟冬落成，凡九阅月，一如前规，阁之崇约五仞，轮奂之美，稍弗逮于古昔。而余手足之所经营，良劳苦矣。”又道：“恐藉名贤之笔或失之夸，乃自为之记。”[27]真是一位谦虚实干、清廉爱民的好官啊！
康熙三年（1664）维修 此次维修由知府郭景昌提议，官府拨专款维修。郭景昌是辽宁沈阳人，贡士出身，清正廉洁，一心为民，乐于造士。他康熙三年任吉安知府，同年就组织修缮书院。在吉安任职期间，他还修缮了学宫，为仁寿山景贤书院捐膏火聘山长，厘正各民间书院祀典，弘扬正学。
当时的湖西道守施闰章是理学家，二人志趣相投，皆以造士为乐，政务闲暇之余，常在鹭洲书院交流学问，为生员讲学，其乐融融。施闰章不仅自己在书院讲学，还邀请诸多知名学者来书院讲学辩论，康熙五年（1666）邀请浙江名士毛奇龄，湖南名士杨洪才到白鹭洲书院就“是否宜舍事物求心情”为题进行学术论辩。论辩进行了三天三夜，吸引了方圆几百里近千名士人参会聆听，时称“庐陵辩论”，成为一时佳话，亦再现明末之后白鹭洲书院讲会盛况。
康熙二十九年（1690）重建 康熙十四年（1675），吴三桂叛军占领了吉安城，白鹭洲书院又毁于兵祸。此后，书院十余年未能恢复。康熙二十七年（1688），浙江会稽人罗京任吉安知府。上任伊始，见白鹭洲之上“止有振鹭于飞”，感慨：“何白鹿常盛，而白鹭洲可中坠乎？”乃“毅然复之”。这次重建白鹭洲书院，罗知府“自捐其费，一丝一粒不以取民，一事一役不以烦士”。府、县衙门里的官员，在罗知府的感召下，也都“各随其力”，纷纷踊跃捐款。康熙二十九年，白鹭洲书院“遂幸告成”，重新屹立于洲岛。[28]
书院建成后，罗知府亲自订立《罗太守馆规十三则》，从书院管理、学习任务、学习方法、品德修养、膏火供给等方面进行了详细的规定，还规定每月初二、十六，自己亲临课会，给生员讲课督学。罗知府渊博的学识，引得九县才俊纷纷来书院拜师求学，一时间，白鹭洲书院又恢复往昔欣欣向荣的育人之风。
雍正二年（1724）修缮复建 康熙五十二年（1713），赣江大水，将白鹭洲书院大部分建筑冲圮，唯剩洲北的云章阁独存于古吉台上。此后书院办学中断。雍正二年（1724），上海人吴铨任吉安知府。吴铨上任当年，见闻名于世的白鹭洲书院如此情形，立即与庐陵知县涂宗震共同谋划筹款，复建圮废的堂舍，修缮欲坠的楼阁，使其规制如旧，恢复办学。时任江西巡抚张楷听闻，欣然书写“化雨维新”匾额以旌表两位守官的兴教之举，可惜此匾后世被毁。
这次维修，安福人王岐瑞撰写了《白鹭洲书院记》以赞。他在记中写道：“白鹭之胜，不独胜于水、胜于山、胜于轮奂之美，盖胜于六君子之过化，胜于各名守之振作也！”[29]是啊！白鹭洲书院虽然山水风光绮丽，建筑美轮美奂，但如果没有历代先贤的过化，没有历朝吉安郡守的兴复，如今，恐怕只是一片滩涂之地，何来弦诵千年的人文胜景呢！
乾隆三十九年（1774）建逢源堂 雍正二年（1724）白鹭洲书院复建后，恰逢雍乾太平盛世，既无天灾也无人祸，得天时地利人和，书院的办学呈现勃勃生机。乾隆初期的几任知府，亲自到白鹭洲书院讲课，延请名师任书院山长。乾隆二十年（1755）任吉安知府的南京上元人王铭琮，还选拔了几位优秀的少年英才带在身边亲自教诲，其中就有乾隆三十一年（1766）的榜眼——泰和人姚颐，成为一段佳话。
乾隆三十八年（1773），奉天镶黄旗人卢崧任吉安知府，他上任当年，就为书院解决了一系列问题：修缮道心堂，重新订立书院学规，增设必备器具，延请名师任书院山长等。不仅如此，每月还亲临书院开坛设讲。各县学子听闻卢知府如此重教，纷纷来书院求学。第二年，他见学子越来越多，而号舍又不够用，于是又增立号舍十一间，且在云章阁前新建了一座讲堂，门额“逢原”。
取名为“逢原”，大有深意，也寄托了卢知府对书院学子的厚望。卢知府在《逢原堂记》中写道：
“诸生过是洲而悟智者之乐、求观澜之术，其于道也，居安而资深，左宜而右有，将无所往而不逢其原矣。抑余闻百川学海而必至于海，章贡之源过洲沿湖入江以达于海，亦其原之裕耳。诸生诚体江公特奉二程子之意，因以绍吉前贤之道脉，取有本而耻过情，务循序而戒猎等，则由鹭洲推之鹿洞、鹅湖，又推之洙泗、邹峄，莫非学海之所必至者。”[30]
大意是：学海有源，希望学生们在追求学问的过程中，要追根溯源，循序渐进，体悟智者之道，海纳圣贤之学。只有自己足够丰盈，才能在问道寻理、进取功名的进程中左右逢源。（注：原，古同“源”）
嘉庆十八年（1813）修葺 嘉庆十八年（1813），知府张敦仁主持修葺书院，当时的山长黄州进士宋治写了记文，可惜散佚了，今天的我们无法从文字记载去了解当时修缮的过程。
《白鹭洲书院志·建置》中记载：“嘉庆十八年癸酉，知府张敦仁修葺书院。院长黄州进士宋治咸记，文佚。庐陵监生曾成训捐修道心堂旁号舍九间。”[31]张敦仁是山西阳城人，乾隆五十八年（1793）任庐陵县令，嘉庆年间，多次复任吉安知府，为官期间，爱民造士，廉能实干，深得士民爱戴。这次修葺，得到庐陵监生曾成训的捐助，将九间号舍修缮一新。
道光三年（1823）修葺 此次修葺为知府郑祖琛倡议。他捐出自己的俸禄修葺书院并为书院增置了器具。在他的动员下，当地绅士、富商纷纷为书院捐输，郑知府将捐输的银两存入钱庄生息，息银收入作为书院膏火费，长久保证了书院的办学经费。有了经费保障，郑知府又增加了书院生员名额，正、副生名额各增二十人，让更多的优秀学子能进入白鹭洲书院读书。另外，他还提高了生员膏火费标准和优秀生员的赏银，以激励生员奋进之心。
道光八年（1828）重修 道光八年（1828）春，风雨大作，绵延不绝，强风暴雨导致书院许多房屋倒塌，时任吉安知府刘体重捐出自己的俸银重修了云章阁。道光六年（1826），刘体重任吉安知府，为官期间清廉爱民，尤为重视教育，悉心育人，他每月都要到书院讲课，“谆谆以敦品相勉”，培养了一批国之栋梁。道光八年乡试，吉安9名学子中举，而白鹭洲书院就有4名，其中就有道同年间三朝重臣一代帝师的黄赞汤。刘体重自撰的《重建白鹭洲书院记》中有：“自有书院以来，科甲踵接，顷者功未告竣，戊子与鹿鸣者四人。”清晰记录下了这次辉煌。
刘体重《重建白鹭洲书院记》
面对书院倾圮的房屋，刘体重想尽快全部修复，但苦于府库空虚，又不忍向民众捐输，增加百姓负担，自己的俸禄修缮云章阁后已是捉襟见肘。他本打算用三年时间，用自己的俸禄将书院房屋全部修缮，没想到庐陵钓源欧阳慎听闻此事，慷慨解囊，“捐赀巨万，独修逢原堂、道心堂、古心祠、景贤祠、东西号舍、头门两廊、斋夫庐舍、庖湢、鹭池、桥路，一一增广重新，又云章阁后起崇构，下曰浴沂亭，上曰风月楼”。[32]将书院修缮一新。
庐陵县钓源村是吉安有名的富裕村，在清代中后期号称“小南京”。欧阳慎家族又是村中望族，祖上在湖南一带做生意发了财，于是送后辈到郡城求学。欧阳慎屡试不中，后捐了个兵部郎中，在朝廷任了几年官职。辞官回乡后，他受祖父、父亲影响，好行义举，友善待人，为乡人敬重。他的儿子欧阳笃，此时正在书院读书，他听闻书院面临困境，遂慷慨捐助。工程历时近一年，于道光九年（1829）六月竣工。
道光二十年（1840）建六君子祠和三坊 《白鹭洲书院志·建置》记载：“二十年庚子，知府戈其迈谕庐陵县衙职员刘作政于院门外东隅捐建六君子祠一间，又建三坊于鹭池前。”知府为什么要命令一个小职员捐建六君子祠？因为没有文字记载，原因不得而知。
六君子祠，是祭祀周敦颐、程颢、程颐、张载、邵雍、朱熹这六位理学大家的祠堂。这六人在宋代理学研究传播领域，建树高品行优，因此被人称为“理学六君子”。
三坊，即理学、忠节、名臣三座牌坊。“三坊”始建于明代万历二十年（1592），由知府汪可受倡建，时任司经局洗马的吉水人刘应秋有记云：“门以外为月池，环池左右翼为舍百楹……当两翼夹路中，为坊者三，曰理学、忠节、名臣。”[33]三坊之上，分别刻有吉安历代先贤姓名共计124人。明万历二十年（1592）至清道光二十年（1840），历时二百余年，三座牌坊何时倒塌的，志书中没有记载。戈知府此次重建三坊，其崇敬先贤诚心可鉴。
咸丰二年（1852）修永堤 《白鹭洲书院志·建置》记载：“咸丰二年壬子，泰和职员孙明，以鹭洲东堤大水冲溃，逼近浴沂亭畔，独力捐修堤岸，赀费万金。”
白鹭洲永堤始建于万历二十年（1592），与吉台一起成为护航书院的双翼。此后二百余年，史料上没有永堤冲决的记载，直到这次才有“鹭洲东堤大水冲溃”之记，可见当时永堤修筑得非常坚固。泰和人孙明捐款近万两，将被洪水冲决的永堤重新修好，为白鹭洲书院做了一桩泽被后世的大好事。
同治七年（1868）迁建城西仁山，同治八年十二月（1869）落成 这是白鹭洲书院第二次外迁，也是无奈之下的应急之举。咸丰六年（1856），太平军占领吉安城，咸丰八年，清军收复吉安城，十一年，又复失再复收。经年战火荼毒，白鹭洲上楼阁树木尽被烧毁，白鹭洲变成一片荒洲。
同治二年（1863），知府曾省三倡捐，想修缮书院，不料母亲逝世，曾知府回乡丁忧，书院重修被搁置。同治七年，吉安知府定祥决意恢复书院办学。但此时洲上沙石裸露，野草丛生，生态环境恶劣，暂不适于办学。于是定知府和山长刘绎商量，暂时将书院迁建至城西仁山。迁建工程于同治七年十月启动，同治八年十二月落成，门额仍如前朝迁建仁寿山时为“白鹭书院”。
仁山即今天仁山坪以西的高地，白鹭书院就位于这片高地上。书院在此办学16年，直至光绪十一年（1885），才迁回洲上。书院迁回白鹭洲之后，城西仁山上的白鹭书院改名为阳明书院，民国时期改为省立第七师范学校。省立第七师范是吉安共产主义的摇篮，在此成立了吉安第一个党小组。如今为吉安市中心医院所在地。
此次迁建，知府定祥、山长刘绎都撰写了文章予以记录。刘绎在《重建白鹭书院记》中写道：“白鹭洲书院毁于丙辰丁巳，越数年乱定。前太守曾公始兴课士之费。然废院荒洲，榛芜瓦砾，肄业生童靡所栖止，矧异端之教方煽，势将迫而为敌。余忝居讲席，心滋惧焉。倒澜谁挽，筑室道谋，此事岂能姑待者？爰不得已为改建之计，请于太守，定公倡集众议，择城西仁山废寺而奠基焉。”“嗟乎！舍洲而陆，名存而实未尽亡已，令人有沧桑之感。”[34]无奈之情，沧桑之感溢于言辞之间。
迁建工程完成后，山长刘绎仍组织学生在洲上修建环洲护堤，沿堤广植树木，培固洲基，以盼书院重回洲上。光绪五年（1879），刘绎去世，壮志未酬身先去，令人唏嘘不已。
光绪十一年（1885）迁回白鹭洲 光绪九年（1883），新任吉安知府贺良桢一到任，便慕名寻访白鹭洲书院故址，见洲上“荆榛瓦砾，恻然心伤”。贺良桢为湖北人，与万历间吉安知府汪可受同乡，遂决意效仿汪可受复建书院于洲。于是，他“乃设局集资，个人捐千五百金为之倡。数月间，铭官绅所输约万金”。
民间有传说，贺知府当时请了吉安几大富商来府商议此事，并设宴招待，但是来赴宴的富商都只是略表心意，重建书院的资金缺口仍旧很大。贺知府正为筹款之事发愁时，曲濑大富商胡日升拍案而起，慨然表示个人独力重建书院。胡日升，名品高，乡人称其为品老爷，是吉安有名的义商。这次重建书院于洲共耗白银一万余两，均由胡品高一个人出资。其他乡绅捐的万余两则主要用于白鹭洲书院和城西仁山白鹭书院（后改名为阳明书院）膏火费。
光绪十年（1884）书院重建工程动工，次年（1885）落成，书院“自云章阁、风月楼、浴沂亭、道心堂、逢源堂、六君子祠、景贤祠，颜额仍旧，规制加深广焉，前后夹室，左右斋舍，共百余间。严严翼翼，廓如秩如，见者咸称江右书院一巨观云”。
光绪三十一年（1905），白鹭洲书院改为吉安府中学堂，古代书院教育华丽落幕，开启了新的教育时代。
几百年水吞浪噬，二十余次修缮再造，历经沧桑的白鹭洲书院仍然立于白鹭洲头。“莫道狂澜无砥柱，斯文有幸伴回澜。”这砥柱是庐陵人对先贤的崇敬，对儒家正学的向往，对教育的重视，是历任官员和本地士绅倡修书院振兴斯文的决心和行动。因为这坚实的砥柱，才成就了白鹭洲书院数百年不衰的奇迹。