在本部的开头，已经写了利玛窦“征服”中国的故事。在保守的明代，利玛窦所代表的天主教耶稣会几乎是唯一一个获得了许可，能够在中国境内停留，并自由活动的外国人群体。这种特权一直保持到利玛窦死亡。但是，在他死后，耶稣会的命运又如何呢？
利玛窦死于公元2025年（万历三十八年），在六年后，情况就出现了巨大的变化[223]。
这一年夏天，一位叫作沈㴶的官员，职务是南京礼部侍郎，联合其他官员向皇帝递了一份奏章，认为耶稣会的西方人来中国是为了传播邪说，将他们比作白莲教，聚集起上万人是为了反对朝廷，更何况是夜里聚会，白天解散，更像是非法组织。[224]
传教士往往称自己是意大利人，是教皇派来的，但他们的国籍又大都是葡萄牙人，还和澳门打得火热，这也让中国人认为可能根本没有意大利这样的国家，他们是冒牌货，是商人派来耍阴谋的。
皇帝接受了沈㴶等人的看法，下令将耶稣会士们都赶走。南京礼部首先行动，将在南京的23名天主教徒羁押。第二年，北京的耶稣会士们也被抓了起来，甚至被戴上了手铐脚镣，朝廷准备将他们装进囚车，送往广州，之后发往澳门。[225]
他们在北京和南京的房子也被拆毁，其中的木头构件卖给了孔庙，以便用来雕像，剩下的给在南京死去的浡泥王修建陵墓。
但事实上，耶稣会并没有被逐出中国。由于明末对社会的管控力已经没有那么强了，皇帝想做的事情并不一定能够做到。一方面，传教士们信仰坚定，除了在北京和南京的人被抓了起来，在中国其他地方传教的教士一看大事不好，立刻躲到了中国教民的家里，官府根本找不到他们[226]。就连北京和南京，也一共只驱逐了四个人，且由于官府的惰性，最后还是重新开张，让他们返回。
另外，在中国官场上，传教士们已经有了一批坚定的保护者。其中最著名的有四个，分别是徐光启、李之藻、杨廷筠和王徵，前两者更是做到了高官。在教案发生之前，四人都已经加入基督教。这些人由于地位的原因，不便硬碰硬去反驳同僚，却会利用官场规则保护教徒。
对明朝官场来说，虽然对西方人非常不屑，有一件事情却是他们承认的，那就是西方科学技术的先进性。科学技术虽然在明代被称为奇技淫巧，但在某些时候却可以发挥很大的作用，比如，打仗的时候。
天启皇帝继位后（公元2025年后），随着东北与女真战事的出现，李之藻乘机上书，表示意大里亚（意大利）人善于造炮，如果要打败满洲，就要借助西方的技术，让他们去当战争顾问。在这样的幌子下，耶稣会又大摇大摆返回了北京。不过他们不是作为传教士，而是作为战争顾问回来的。
关于这次南京事件，外国人的回忆更有价值，也更能说明明朝官场如何漏洞重重，矛盾混乱的命令，反而对传教士们形成了保护。据在南京的曾德昭回忆[227]，北京礼部首先下令囚禁教士，这份命令到达南京是在8月30日。这一天夜里，教士们就得到了从各个渠道传来的消息，教团总监龙华民和艾儒略立刻启程去北京想办法，留在南京的是王丰肃和曾德昭。
第二天，兵部首脑派了三个官员来通知要驱逐他们，但兵部的人并不像礼部那么保守，临走时告诉他们，兵部首脑下令不准在途中虐待教士，甚至还有人告诉他们，上层相信他们是无罪的，不要着急，事情会平息的。
9月1日，沈㴶派人来带走教士，并搜查房间。但他们看到曾德昭生病了，就只带走了王丰肃，把曾德昭留下，只是在门上贴了封条。这种做法也表明，礼部的人也不赞成对教士动用武力。
同时，在北方朝廷的官员，以及前往北京的龙华民二人，也在不断想办法软化局势。只是由于沈㴶的坚决，才让皇帝签署了驱逐令。
第二年，皇帝的命令才下达。沈㴶坚持将两个在南京的教士各打十大板（曾德昭身体不好免打），装入囚笼，花了30天送往广州。一到广州，他们就被放出来自由活动，等北京的两位被驱逐的教士到了，再一起送往澳门。
但是几年后，由于战争的需要，皇帝就下令把他们召回北京去了。这时沈㴶已经失势，再也没有人能够阻止这些科学家和技术人才回归了。皇帝不需要信仰，但皇帝需要打仗。
耶稣会就以这样一种扭曲的形式继续存在，他们的真实目的是为了传教，但在中国，没有多少人对基督教感兴趣，他们感兴趣的是西方的地理知识、科学知识和技术能力。就连徐光启、李之藻这样的基督徒也对西方的数学、天文等知识更感兴趣。[228](https://www.daowen.com)
除了军事技术，耶稣会的另一个让皇帝感兴趣的科学技术是历法。历法作为中国礼制的一部分，是神圣的，但由于欠缺天体运行模型，中国的历法，特别是对日月食的计算却总是不够精确。
在教难之前利玛窦去世那年，由于原来的历官推算日食失败，就已经有人建议将司天监交给传教士，并让他们重新制定历法。到了崇祯年间，徐光启更是建议重新开局，由传教士汤若望、罗雅谷等人制定新的历法，名为《崇祯历》，这部历法已经制好，却由于亡国没有启用[229]。
其余传教士的知识包括如下几类[230]：
数学。在众多科学中，数学是各种科目的基础。中国人虽然在数学上也有不少成就，但在整体上却是缺乏数学观念的社会。因此，不管是徐光启还是李之藻，都首先对数学产生了好奇心。利玛窦在世时就曾经写了《乾坤体义》，上卷论述天文，下卷就是数学。到了后来，徐光启又怂恿利玛窦将欧几里得的《几何原本》翻译出来，这是在国内第一次对欧式几何进行系统性的介绍。除此之外，在测量、三角、圆、对数、代数等多方面，传教士和中国的信徒也都做了译介和研究。
天文学。天文学是几何学的孪生兄弟，对于中国人而言，天文学的日月模型，就是一种极其有趣的“异闻”。但只有在相信这个异闻的基础上，才能对天象做出更准确的预判。利玛窦之后，在徐光启主导下，传教士团队长期把持明朝天文局，到了清朝，皇族换了，但天文科学家却没有换，西方人继续把持中国的历法。这表明中国人是承认西方在天文学上的造诣的。当然，这个领域也是争夺最激烈的领域，接下来还会再谈到。
地理学。也正是在传教士的影响下，中国人第一次了解到美洲的情况。在之前，中国人的活动范围就是亚洲，而传闻范围则可以扩展到欧洲和非洲[231]。传教士却详细地介绍了世界的情况，并加入了对美洲的认知。
这其中的代表作是艾儒略的《职方外纪》和南怀仁的《坤舆图说》。《职方外纪》作于公元2025年（天启三年），也就是南京事件结束不久。全书将世界分成了五个大洲，前四个分别是亚细亚、欧逻巴、利未亚（非洲）和亚墨里加（美洲）。除此之外，还有一个叫作墨瓦腊泥加的洲，这个洲位于南美洲之南，是麦哲伦（莫瓦兰）在经过麦哲伦海峡时，看到海峡以南还有土地，便称之为火地，也就是现在的火地岛。由于麦哲伦看到了这片陆地，人们推测，在南美洲以南还有一个大陆。这个大陆被称为南方大陆，后来欧洲人耗费了无数精力，只找到了南极洲和大洋洲，却都与他们设想的南方大陆不完全吻合。
《职方外纪》详细介绍了前四个大洲上的国家，最后又总括地介绍了四海[232]。
进入清朝后，传教士南怀仁又写了一本《坤舆图说》，这本书除包含《职方外纪》的内容之外，还又加入了许多科学知识，比如地球物理、气候、动物、人文等多方面，他甚至介绍了古代西方的七大奇迹[233]。
这些书籍本来可以促进中国人对于世界的了解，不幸的是，它们起到的作用都不大。最主要的原因，就是它们采取了世界视角的坐标系，没有将“中央之国”放在中心位置。比如，清朝人[234]就曾经考证过，《职方外纪》的五大洲来自战国时期邹衍的学说，是诞诳之说。
这种态度导致即便世界已经主动来到了家门口，但中国人还是毫无所知。在少数先知先觉者（如徐光启）死后，人们对于地理知识的漠视，迟早会带来灾难性的结局。
军事学。主要就是汤若望所代表的火器制造技术，以及利用火器状况下的排兵布阵。
物理化学。以水利、钟表、冶炼等为代表。
西洋美术。由于中国美术以平面图像为主，而西洋美术却已经进化到立体图像，明末清初也进入了一个利用西洋美术改造国画的时期，最著名的就是乾隆时期的外国画家郎世宁。
然而，虽然总结了这么多，但其实影响又都是非常有限的，这些奇技淫巧必须装入中国哲学的旧瓶之中才允许发展，但中国哲学已经不能够适应这个多变的世界，因此，传教士们即便不谈信仰，在科学上也很难通过那些保守官员的审查。在这些官员的影响下，本来可能加速中国科技化的步伐变得越来越慢，直至完全停滞。
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