日本近代第一所大学——东京大学
明治维新时代，政府视教育为国家与民族振兴之事业，寄国家富强文明于教育，并首推大学教育为国家培养建设亟须的人才。日本近代第一所大学——东京大学创建伊始不仅被赋予了强国的使命，也成了此后日本大学建设的范本。
日本近代高等教育的源头在江户时代创建的昌平坂学问所，这是当时幕府直辖的最高学府。1869年，政府将教授研究儒学的昌平学校设为本校，将教授研究洋学的开成学校与教授研究西洋医学的医学校设为分校，统合组建了第一所大学校。大学校在当时不仅是国家最高的高等教育机构，也是管理全国教育的最高机构。1871年文部省成立，大学校才结束其最高管理机构的使命。但是，本校的传统派与分校的改革派之间水火难容。针锋相对中，传统派败下阵来，改革派占据上风，成为主导日本近代教育改革的先锋，崇尚西学的改革派决定了日本此后以西学为重的高等教育改革的基本价值取向。
1877年4月，法、理、工学为中心的东京开成学校与东京医学校合并成为东京大学，成为日本近代以洋学为中心的第一所综合性大学，承载着政府创建与欧洲大学并驾齐驱的日本大学，以向世界弘扬日本国威的宏大愿景。1886年，东京大学改为帝国大学，帝国大学由大学院和分科大学组成，分科大学设置了法、理、医、工、文5个学院。1900年，官立高等教育机构正规在校生数总计10 097人，帝国大学就占了2 069名，占总数的20.5%。[10]1915年，官立高等教育机构正规在校生数25 365人，东京帝国大学占4 578名，占总数的18.05%。虽然这15年间，东京帝国大学的在校生数所占比例有所下降，但是，其举足轻重的核心地位依然坚若磐石，不可撼动。(https://www.daowen.com)
东京大学是国家意志的产物，可喻为日本高等教育体系的中枢神经，对日本高等教育体系的构建与结构成形都影响深远且巨大，它不仅为此后的大学提供了大学构建模式，也提供了管理范本。《帝国大学令》第一条便规定了帝国大学应以教授适应国家发展所需的学术技艺与研究其蕴意为目的，首次提出大学教育与研究的双重职能，成为日后创立大学的基本原则。帝国大学效仿德国大学模式，沿用科研为核心的讲座制。通过教授会、评议会实施偏重学部自治的管理模式，有效保障了大学自治权，让大学与政府保持了适当距离。帝国大学由总长统管，下设五位分科大学校长各自管理分科大学。虽然帝国大学在文部大臣的直接管辖下，但是，随着评议会与教授会制度的完善，大学自治权逐步提升。首先来看评议会制度。评议官由文部大臣从分科大学的教授中选出2人担任，任期5年。其职责是就学科课程、研究生院与各分科大学之联系等事宜进行评议。1893年，井上毅进一步扩充了评议会的权限。评议会成员为各分科大学校长以及各校互选出来的1名教授，任期3年，并增加了讲座种类、学位授予、文部大臣与帝国大学总长所需咨询事务等方面的评议事宜，从而扩大了评议会的管理权限。其次再看教授会制度。1898年，分科大学教授会成了日本大学管理机构，改变了大学评议会的一元管理，确立了教授会的管理权。教授会由各分科大学校长担任议长，职责范围为学科课程设置、学生考试、学位授予资格审查、其他文部大臣与帝国大学总长所需咨询事务等事宜。无论是评议会还是教授会都带有显著的自主管理特性，有利于大学自主性的确立与自治精神的阐扬，为此后大学自治性的确保提供了有益借鉴。1918年 《大学令》规定，帝国大学总长候选人由大学内部选举产生，任命权也从文部省转移到总长手中，学部长与附属医院院长的选举同此法。学位授予权从文部省转移到大学手中，由各学部教授会根据论文审查结果评定是否授予学位。帝国大学的评议会由总长担任评议长，但是设置权从分科大学转移到各学部，其成员构成是学部长与学部2位教授，从而扩大了学部权限，强化了大学自治组织的特性。这些举措都是政府放权，扩大大学自治权的体现。帝国大学的自治自主性的确立无疑极大影响了其他国立、公立、私立大学谋求自治的道路。《教育基本法》第七条规定：“大学作为学术中心，在培养高素质与专门能力的同时也要培养探求真理、富有创新精神的人才。大学通过将研究成果提供给社会推动社会发展。大学的自主性、自律性以及其他有关大学教育与研究的特性都必须得到尊重。”
帝国大学确立的讲座制、评议会、教授会等制度有助于教授治学、大学自治的实现，特别是考试权利在学部教授，为确保日本高校招生考试制度中的第2次考试即各大学单独招生考试的权利提供了合法依据。帝国大学的招生考试制度改革也成为引领全国性高校招生考试制度改革的重要力量。统分结合的考试模式始于帝国大学，统考改革核心机构的创建也与之息息相关。但是，帝国大学以科研为重的风气影响了教师对教育的投入。教师重视科研胜于教育，投入科研的时间与精力最大化，而投入教育的时间与精力最小化。精英教育时代，教师与大学均以科研为重无关紧要，因为只有极少部分精英学生可以进入大学深造，因此，其局限与弊端并未显性化。但是，高等教育大众化时代，重视科研胜于教育的作风与大众型高等教育之间还是不可避免地存在摩擦与冲突。以帝国大学为模板创建的大学面对良莠不齐的多样化生源不可避免地陷入了教育危机，这也是此后日本高、大衔接问题日益凸显并激化的根本原因之一，也是推动日本高校招生考试制度改革的核心动因之一。