胆道细菌学
在正常生理状态下，胆汁是无菌的。当胆道有疾病时，胆汁内有细菌滋生，称为菌胆症。各种原因引起的胆道细菌感染是胆道手术后最常见的并发症。一些常见的胆道疾病，在其发生与发展过程中与胆道的细菌感染关系密切，如原发性胆管结石症、胆道寄生虫病等，手术中胆汁细菌培养阳性率在90%以上，甚至接近100%。一般认为是“代谢性”疾病如胆囊结石，胆囊胆汁培养的高阳性率也不容忽视。经验证明，手术中胆汁细菌培养为阳性者，手术后感染并发症发生率也升高。
一、胆囊结石病
胆囊结石病的胆囊胆汁培养的阳性率在不同文献报道间有很大差别。这主要与不同国家、地区、胆道病种类、病程、抗生素使用、患者年龄、细菌检测手段等多种因素的影响有关。其中，以胆石症过程中是否有急性胆囊炎发作、有无胆管梗阻以及患者的年龄的关系最为密切。Keighley在英国伯明翰总医院对此问题有过详细的研究：胆囊结石合并急性胆囊炎发作时，胆汁细菌培养阳性率为82%；合并胆总管结石者，胆汁培养阳性率为84%；但是虽有胆囊结石而胆囊尚属正常者，则胆汁细菌培养阳性率仅为11%～17%。这说明疾病因素对产生菌胆症的影响。就年龄因素而言，在单纯的胆囊结石患者，70岁年龄组和80岁年龄组的细菌阳性率分别为33%和50%，而年轻患者的阳性率却小于20%，说明随着年龄增长，胆道感染率有明显增加。老年、胆总管结石、梗阻性黄疸时，均有很高的菌胆症比率。在胆囊结石患者，抗生素使用可能影响胆汁细菌培养的阳性率，使胆囊胆汁在常规的细菌培养下呈无菌生长。某医学院微生物教研室研究了123例慢性胆囊炎患者的胆囊组织和胆汁以及262粒胆石中的细菌，检测其细菌型的阳性率和细菌L型的阳性率。结果发现，常规检查时，细菌型在组织和胆汁中的阳性率分别为27.27%和27.95%；但采用非高渗透压培养法时，检出细菌L型者则分别为94.54%和86.02%；在胆石中，细菌L型阳性率为100%。这些结果说明，胆道内细菌在慢性胆囊炎和胆石的发生发展过程上亦起着重要作用。近年来，采用分子生物学方法亦证明，在胆汁细菌培养阴性的胆囊结石中，亦存在细菌的因素。当胆囊胆汁细菌型培养为阳性时，据Keighley的资料，胆管内胆汁细菌培养亦均为阳性，而胆囊壁、胆囊淋巴结、邻近肝组织的细菌培养阳性率则分别为88%、60%和80%。故在胆囊结石病时，细菌并非只限于胆囊内，在胆囊周围的组织、器官内均有细菌居留，形成一个潜在的感染区。因而在预防胆囊手术后感染性并发症上，这是值得着重考虑的一方面。当胆汁细菌培养为阳性时，胆囊手术后的感染性并发症比胆汁培养为阴性者明显升高。Keighley分析英国某医院的胆囊切除术在常规使用抗生素以前的资料，胆汁细菌培养阳性者39%发生伤口化脓性感染，20%发生菌血症，比胆汁培养为阴性者（分别为11%及3%）明显增多，而当并发菌血症时，90%血培养生长的细菌种类，与胆汁培养所分离出的菌种相同。
二、胆管结石病
胆管结石可以分为原发性胆管结石（含肝内胆管结石）和继发性胆管结石，后者指由胆囊结石下降至胆总管内的结石。胆管结石的胆汁细菌培养阳性率均较高，但原发性者远较继发性者高。在扫描电子显微镜下，可见成堆的细菌遗体构成原发性胆管结石的一部分。我们比较了原发性胆管结石和继发性胆管结石手术中胆汁细菌培养的结果，前者的阳性率为98%，后者则为60%。原发性肝内胆管结石症亦同样有极高的细菌感染率。胆汁细菌培养阳性，并非细菌只存在胆汁中，因而在胆管结石病时，不能单独地只认为胆汁内有细菌可能引起手术后感染，而应该把整个肝脏胆道系统作为一个感染的环境来对待。
三、胆道置管引流与胆道细菌
胆道置管和引流是胆道外科中最常采用的诊断和治疗手段，此种医源性措施可以极大地改变胆道内的细菌环境。胆总管内T形管放置与T形管引流是胆道外科最常用于治疗胆道感染的手段。但是，T形管放置在胆管内时，由于外物的存在本身，却又是引起和维持菌胆症的原因。在T形管引流下，胆汁的细菌培养通常均为阳性，并且此时不论采用何种抗生素治疗，均极难消除T形管胆汁的细菌，直至把T形管拔除，这已是临床上熟知的事实。(https://www.daowen.com)
T形管作为一种生物材料，在胆管内与胆汁接触，将吸附胆汁中的成分于其表面，形成一生物膜。生物膜中的一些大分子物质和蛋白质（包括纤维联结素等），将为胆汁中的革兰阴性杆菌的细菌衣提供黏附的依托，细菌便可以在生物膜上繁殖形成菌落，因而能抵抗抗生素的作用。这是在T形管放置时，胆汁中的细菌难于消除的原因。根据此原因，胆管内放置引流管后，早期使用像环丙沙星一类的抗菌药以抑制革兰阴性杆菌生长，可望减少细菌附着和其随后形成的胆泥而堵塞引流管腔。
细菌集结在胆道引流管表面的情况，与引流管的物理构形、表面光洁度、不可打湿性的特点相关。表面光滑的硅橡胶引流管，比乳胶管在胆管内能更好地保持通畅，较少发生胆泥沉渣堵塞。但因硅橡胶管对组织的刺激性小，不易与组织间形成粘连，故不适用于暂时性的胆道引流。
胆管内引流管经皮肤引出体外，虽然皮肤上的细菌亦可以沿T形管引流道进入胆道，但是，临床上所见到的T形管胆汁中的细菌种类，却主要是来自肠道。Keighley观察50例胆囊切除术后放置T形管引流的患者，其中只有24例（48%）原来的手术中胆汁细菌培养为阳性，但在术后第5天时，胆汁细菌培养阳性率上升至80%，并且50%的菌种有别于手术中胆汁培养出来的细菌，而这些新的菌种都属于肠道细菌。可以认为，胆管引流后胆汁中细菌的来源，主要来自肠道菌经括约肌反流，但亦不除外由于腹腔内置入生物材料和手术本身所造成的肠道细菌移位所致。胆管内支架引起的胆道细菌感染，一般较外引流者轻。
四、胆肠吻合术
胆肠吻合是胆道外科中最常用的手术之一，此手术取消了胆管下端防反流的解剖生理学结构——Oddi括约肌的作用，使胆管与肠道双向性沟通。临床上胆肠吻合术常用于原有胆道感染，或原来虽无胆道感染但胆管梗阻的胆道重建术，手术后将无例外地造成胆道慢性感染，胆汁细菌培养阳性率达到100%。更值得注意的是，胆肠吻合术后不仅胆汁细菌培养的阳性率高，并且胆汁中细菌的密度大，而菌谱更接近于结肠的细菌谱，即厌氧菌的数量占优势。临床上所熟知的是，胆肠吻合术后的急性胆管炎发作，一般较手术前更为严重，更常出现休克型的急性梗阻性化脓性胆管炎，而且若再次施行手术，更容易发生感染性并发症和腹腔内脓肿形成，这些特点均可能与胆道内细菌的密度高和厌氧性肠道菌的比例大有关。
胆肠吻合术后，除了肠液和细菌向肝胆道内反流之外，尚有旷置肠段所造成的问题。例如最常用的Roux-en-Y胆肠吻合术，输出空肠段长度一般为50～60cm，此段空肠与胃肠的主通道隔离而只有胆汁流过，故类似一“盲襻”。在正常情况下，肠道是依靠本身的蠕动将肠内容物（包括细菌）定时向下排放，以保持肠腔内细菌在一定数量范围内而不致滋生过盛。排除在主通道外的肠段，因得不到肠内容通过的冲刷效应，故肠腔内的细菌量大增。旷置的肠段越长，肠腔内的细菌量也越大，并且厌氧菌的增殖大大超过了需氧菌群。因此，长段旷置空肠的胆肠吻合术后，将给胆道感染的细菌源提供了一个巨大的细菌库。