“05方案”实行前期的马克思主义理论学科建设
2004年1月，中共中央发出《关于进一步繁荣发展哲学社会科学的意见》，提出实施“马克思主义理论研究和建设工程”（下文简称“马工程”），4月27日至28日，中央召开工作会议，标志“马工程”正式启动。这是中国共产党历史上第一次以“工程”的方式进行大规模的马克思主义理论研究和教学工作，巩固了马克思主义在意识形态领域的指导地位，是一项重大的理论创新工程。“马工程”的实施为“05方案”的施行提供了全面系统的支持：包括马克思主义理论学科建设的学理支撑、高素质的师资队伍的主体保障和高水平教材建设的基础保障等。
2005年2月，中共中央宣传部、教育部《关于进一步加强和改进高等学校思想政治理论课的意见》和2005年3月《〈中共中央宣传部、教育部关于进一步加强和改进高等学校思想政治理论课的意见〉实施方案》，强调“学科建设是加强和改进思想政治理论课的基础”，思想政治理论课教育教学所依托的学科是我国特有的一门政治性、科学性和实践性很强的学科，只能加强，不能削弱。2005年12月，国务院学位委员会、教育部《关于调整增设马克思主义理论一级学科及所属二级学科的通知》（学位〔2005〕64号），决定在《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》“法学”门类下，增设“马克思主义理论”一级学科，把马克思主义作为研究对象并从整体上进行综合研究。“马克思主义理论学科”下设五个二级学科：“马克思主义基本原理”“马克思主义发展史”“马克思主义中国化研究”“国外马克思主义研究”和“思想政治教育”。将原政治学一级学科下的“马克思主义理论与思想政治教育”二级学科的内容，分别归入“马克思主义基本原理”和“思想政治教育”学科。这种大刀阔斧的系统改革，改变了以往马克思主义理论“借船出海、就汤下面”的情况。这五个二级学科的主要研究内容包括：
（1）“马克思主义基本原理”
该学科是马克思主义科学体系的基本理论、基本范畴，是其立场、观点和方法的理论表达。在“马克思主义理论”成为独立的一级学科之前，作为马克思主义三个组成部分的“马克思主义哲学”“政治经济学”和“科学社会主义与国际共产主义运动”，是分属于“哲学”“理论经济学”“政治学”一级学科下的二级学科，其他与马克思主义研究和教学相关的内容，也从属于其他学科和专业的研究方向。“马克思主义理论”一级学科设立后，并没有将原来的相关二级学科“收编”，而是开设“马克思主义基本原理”的二级学科，重视从整体上理解和把握马克思主义基本原理，为“05方案”中的“原理”课提供了学术支撑。而且有效解决了师资队伍的来源问题，避免“85方案”中“大原理”课因后继乏力，导致教学效果有限，最终“夭折”，未能在随后的“98方案”中继续开设的现象。
（2）“马克思主义发展史”
这是马克思主义理论学科中具有“史学”性质的学科，是一门研究马克思主义的产生、发展的历史过程和规律的科学。坚持马克思主义的指导地位，不仅要准确理解和运用马克思主义的最新成果，更要弄清楚马克思主义产生的来龙去脉。
（3）“马克思主义中国化研究”
这是专门研究马克思主义中国化的基本历程和基本经验、基本规律以及马克思主义中国化理论成果的学科。研究不同时期马克思主义中国化理论成果的内涵、特点、地位作用以及各个理论成果的相互关系。(https://www.daowen.com)
（4）“国外马克思主义研究”
这是对当代国外马克思主义相关的理论、思潮、流派的发生和演进及基本思想进行研究的学科，能够增强当代中国马克思主义的对话能力、传播力和影响力。
（5）“思想政治教育”
这是运用马克思主义理论与方法，研究人们思想品德形成、发展和思想政治教育规律，培养人们正确世界观、人生观、价值观的学科。思想政治教育要以最具现实性、实践性的课题为重点，“但并不意味着只局限于微观思考，更不能只是就事论事。科学研究的本质就是探索、揭示客观规律性，追求发展、创新”[14]。20世纪80年代，曾设立过独立的“思想政治教育”学科，1997年后合并为“马克思主义理论与思想政治教育”二级学科，对于加强“两课”之间的整合和公共课的师资建设起到了重要支撑作用。学位〔2005〕64号文件颁布后，“思想政治教育”成为从属于“马克思主义理论”一级学科下的二级学科，从独立到合并再到从属的变迁，体现了对思想政治教育认识的深入。
2008年，为进一步强化对高校思想政治理论课的学科支持，国务院学位委员会在马克思主义理论一级学科下又增设了“中国近现代史基本问题研究”二级学科：在广泛了解中国近现代经济、政治、文化和社会发展历史的基础上，在全方位的分析和比较中阐明历史和人民是怎样在指导思想上选择了马克思主义、在政治组织上选择了中国共产党、在制度上选择了社会主义，体现理论逻辑和历史逻辑的统一。
随着实践的发展，2017年又在“马克思主义理论”一级学科下增设了“党的建设”的二级学科。该学科的设立，是经过长期酝酿，最终成型的：2010年6月，《中共中央关于加强和改进新形势下党史工作的意见》提出要“把党史作为各级各类学校思想政治课的重要内容，开展形式多样的党的历史知识、光荣传统和优良作风、英雄模范事迹教育”；2017年2月27日，中共中央、国务院印发的《关于加强和改进新形势下高校思想政治工作的意见》明确指出，“支持有条件的高校在马克思主义理论一级学科下设置党的建设二级学科”，该学科具有鲜明的现实关照和实践性，并且为“概论”“纲要”等课程提供学术养分和理论支撑。
马克思主义理论学科建设为加强高校思想政治理论课建设夯实了学理基础，为思想政治教育工作队伍的培养和统一规范的教材的出版，以及高校宣传思想工作的开展，提供了有力的学理支撑。对于巩固马克思主义在高等学校教育教学中的指导地位，推进党的理论建设也有重要的意义。马克思主义理论一级学科的建立，提升了我国高校学科体系的合理性和完整性，是我国学科发展和布局的一件大事，也是马克思主义发展史上的一次重大突破。