我国绿色金融债发展存在的问题
（一）绿色项目分类存在相互交叉的现象
就中国人民银行《绿色债券支持项目目录》（2015年版）来说，绿色项目的分类存在互相交叉的现象。工业节能类项目包含了生物质、低热值燃料供热发电等项目，而在资源节约和循环利用类别项目中同样也包含了农林生物质发电、供热装置/设施，同类项目在不同分类下都有涉及。这在实务中会给发行人和金融机构造成困惑，无法清晰判断一些项目到底归属哪个类别。另外，同样性质的项目不同发行人理解不同，可能归属的绿色项目类别也不一样。
另一个会让市场产生困惑的问题在于目录类别的划分依据，如前文提到的生物质发电和供热，生物质发电、供热属于生物质能利用的两种方式，而从产业划分角度看，生物质能利用属于可再生能源利用的范畴，这点从国家能源局印发的《可再生能源生源发展“十三五”规划》中将加快发展生物质能利用同推动太阳能、风电、水电等清洁能源开发利用并列作为“十三五”时期的主要任务便可印证。而目录中清洁能源类别中包括了风电、光伏发电、水力发电等项目，却没有将生物质能利用单独放入其中。另外，清洁能源类项目单独设立了分布式能源这个子类，而分布式能源只是能源的一种利用方式，其一次能源可以是气体燃料（天然气、生物燃气、煤制气等），也可以是可再生能源（风电、光伏），但目录分类是将分布式能源同风力发电、光伏发电、水力发电等并列放入了清洁能源类别。
（二）发行认证信息披露不完善
中国人民银行针对绿色金融债已经明确指出，发行人要定期进行信息披露，包括资金的使用情况。但在实际执行过程中，信息披露不完善、不及时、不规范等问题普遍存在。
（三）绿色金融债券投资人的绿色意识仍需提高(https://www.daowen.com)
绿色金融债券由于其项目的特性，其投资周期一般都比较长，因此刚开始现金流相对比较低，相对的项目收益率也会比较低。那么对于发行人来说，就会希望发行利率低一些，但是对于投资人来说，还是希望达到投资时间短、投资回报率高的情形。因此，培育绿色金融债券投资人的绿色意识很有必要，让绿色投资者愿意为环境效益而降低投资的收益率。
（四）相同评级下绿色金融债券的利率和普通债券的利率并没有明显的优势
虽然发行绿色金融债券的审批程序有些快速通道，但是如果在利率上没有降低，长期下去，发行人的积极性可能不会持续。
（五）我国绿色金融债的国际认证问题
我国是仅次于美国的全球第二大债券市场，但是总体而言外资持有的比例非常低。跨境资本流入受限的原因既有绿色因素也有非绿色因素。绿色因素主要是指国内对于绿色的定义与国际标准存在差异以及国际市场缺乏对中国绿色债券市场的相关信息的了解。非绿色因素主要是指市场准入限制、资本流动管制以及国际投资者对中国的债券市场信用评级和具体操作规程不熟悉等。