1937年“七七”事变以后,日本侵略者的飞机大炮对南开大学进行了狂轰滥炸,使这所由张伯苓校长惨淡经营了近二十年的高等学府变成一片瓦砾。所幸的是,事前我父亲与黄钰生、陈序经、冯文潜诸同事一起,组织师生做了紧急转移的应变工作,将部分贵重仪器设备和大部分图书运到了当时的英租界,才免遭破坏、在炮火的硝烟中,父亲和黄伯伯又指挥师生疏散和撤退,避免了人员的伤亡。他们是学校负责人中最后撤离的,当时父亲身上只穿了一套单衣,唯一的随身物品是一架照相机,而黄伯伯随身携带的只是一串钥匙。我们两家的财物全被侵略军洗劫一空。

1937年9月,清华、北大、南开三所大学由平津撤退到长沙,成立了临时大学,后因遭飞机轰炸,又迁往云南,于1938年在昆明成立了西南联合大学,父亲被大家公推任化学系主任。1943年又被大家推荐,兼任教务长。由于工作关系,有些人为了找父亲给他们解决困难,往往带一些礼品来家里,但父亲总是坚持按原则办事,应当解决的事,一定想办法帮助解决;不符合原则的事,绝对一件也不办。不论是该办还是不该办的,一律不收礼。

父亲在西南联大化学系工作时,与他的助教(大部分是他的学生)的关系十分融洽,尽管平时父亲对他们要求非常严格,态度也很严肃,但对他们的生活十分关心。当时昆明生活条件比较艰苦,物价一日三涨,货币贬值很快,那时父亲的教授工资想要维持我们一家五口的生活,也是很困难的。母亲和冯伯母(冯文潜教授的夫人)、傅伯母(傅思龄教授的夫人)只好做些童装,搞点刺绣,甚至做些点心去卖,以勉强贴补家用,至于青年助教,本来工资就很低,有的还要接济家里,因此困难更大。父亲有时在节假日让母亲做些点心给助教们送去,或邀请他们来家里吃吃点心喝喝茶,边吃边谈,亲密无间。学生经济上有困难,父亲就想法给以支援;有的毕业生毕业后找不到工作,父亲尽量帮助联系;遇有兼课的机会,父亲就把它让给那些经济上有困难的教师,因此,他的学生和同事们都非常尊重他。(https://www.daowen.com)

父亲在西南联大除了承担普通化学和有机化学教学之外,还承担教高等有机化学的课程,同时从事药用植物的化学研究。1945年他以访问教授和研究员的名义第三次赴美国考察,此间他完成了《中国抗疟药用植物——常山的化学性能的研究》的论文,受到有关方面的重视,被美国化学会推选为美国化学荣誉学会会员。在美国,他还看到了一些科技新成果,例如植物激素的研究成果。我父亲认为这一研究成果对于我国这样一个农业大国,有十分重要的意义。因此他把研究重点由药物化学转向农药化学方面,并购买和收集了许多这方面的资料。

在美国考察期间,父亲还肩负着为南开大学化学系聘请教授的任务。父亲认为,南开化学系就其规模和物质条件讲,是无法与北大化学系相比的。要办好南大的化学系,就要有自己的重点和特色。他首先考虑到的是要有一批爱国、爱教育、有较强业务水平的教师,因此他从美国聘请了有机化学、高分子化学、无机化学、物理化学、分析化学等方面的专家学者,他们大都是父亲以前的学生和助教。他们的到来,为南开大学化学系的发展奠定了良好的基础,后来这些人中有五人成为中国科学院的学部委员,其余的人也都成了教学和科研的中坚和骨干。

1947年底,父亲结束了在美国的考查访问,准备返回祖国。当时国内正进行解放战争,许多外国朋友都出于好心挽留父亲在美国定居,但父亲婉言谢绝了他们的好意,说:“我们国家正需要人,我应该回去。”于是,他在1948年初回到了天津。