1949年天津解放以后,市军管会文教部即任命父亲为南开大学校务委员会主席,父亲从此开始担任南大的行政领导。同年9月,父亲被推为教育代表,出席了在北京召开的中国人民政治协商会议第一届会议,并参加了10月1日的开国大典,在天安门城楼上,周恩来总理把父亲引荐给毛主席,介绍说:“这是天津南开大学的负责人,老科学家杨石先同志。”毛主席紧紧握着父亲的手说:“你在教育岗位上付出了多年辛勤的劳动。”党和国家领导人对父亲的亲切关怀使他久久不能平静,他感到这不仅仅是对他个人的关心,而且是对全体教育工作者的关心。

1954年9月父亲在北京开第一届全国人民代表大会期间,向周总理倾吐了兼职过多,处理不好行政、教学、科研关系的烦恼,希望能派一个懂得党的方针政策的行政领导干部来接替他的工作。周总理耐心地听完后,亲切地对父亲说:“我们刚建国不久,有许多事情要做,而现成的人手又很少,没有人可以派。有才干的人为什么不能多做些事呢?兼两三个职务还是可以的,当然,兼二十多个职务就太过分了。”总理又询问了父亲的兼职情况,然后又帮助安排工作,劝他在学校就不要搞教学了,可以让过去得力的学生和助手去教;行政事务可以找个有行政能力的老党员去干,再找个有威望、能办事的老教师校长助理。前半年自己抓紧些,叫他们经常汇报,半年后如称职,就可以让他们当副校长,这样行政工作不就减轻了吗?周总理还对父亲说,你今后应当把力量集中到科研方面来,因为我们这方面工作力量很薄弱,要尽可能加强这方面的工作。周总理的一番话,使父亲的心情豁然开朗,他认真地按周总理讲的去做,果然把各项工作处理得都比较妥当,科研工作也能顺利进行了。

1956年周总理亲自主持了我国十二年科技发展远景规划的制订工作。父亲参加了化学组的工作。为了适应我国农业发展的需要,受周总理的委托,父亲毅然接受了农药的研制任务,并动员化学系的一批中、青年骨干教师一起搞有机磷杀虫剂的研制工作。1958年8月13日毛主席亲临南开大学,视察了父亲和师生们自己动手办起来的“敌百虫”和“马拉硫磷”两个农药车间,毛主席对他们的工作给予了很高的评价。

1960年8月,父亲实现了他多年的夙愿,加入了中国共产党,从此他更加努力工作,以自己的实际行动去实现无产阶级的奋斗理想。(https://www.daowen.com)

1962年父亲参加了全国第二次科技发展规划会和农业规划会,会后他着手创建了我国高等院校的第一个化学研究机构——南开大学元素有机化学研究所(简称元素所)。除开展有机磷农药的研究外,又组织其他教师和研究人员开展了对有机氟、有机硅、有机硼及金属有机化学等新领域的杀虫剂、杀菌剂、除草剂以及植物激素等多方面的研究。不久就研制成功了一批高效低毒的新农药,为我国农药现代化做出了贡献,同时也培养出很多科研人才。

父亲一直认为,高等院校应当担负教学和科研两方面的任务。他在1954年曾提出,要发挥科研潜力,积极开展高校的科研工作。他说,高校有三部分人员可以进行科研,一是教师,二是研究生,三是每年的应届毕业生。教师可以一面进行教学,一面开展研究;教学理论可以指导研究,研究成果可以丰富提高教学。所以科研是教师工作的一部分,而且是不可缺少的部分。因此父亲非常重视高校科研工作的开展。

另外,父亲还针对当时有些人轻视基础科学的观点,提出了基础学科(数学、物理、化学、生物、自然、地理等)要全面发展的观点;同时指出,不但要重视基础理论学科,也要重视应用学科,培养学生又红又专,专就是指要一专多能。因为现代科学是相互渗透、相互影响的,没有全面坚实的基础,培养人才就是空中楼阁。