独立监管原则是指食品生产、加工、流通的全过程由一个特定主管部门统一监管、其他部门协调的原则。2013年之前，我国在食品安全监管体制设计上采取分段监管为主、品种监管为辅的原则。分段监管，是指按照食品生产、加工、流通等各个环节分别由一个相应的行政部门负责监管。

我国的食品安全监管，长期以来实施分段监管为主，将食品安全执法权限分属农业、商务、卫生、质检、工商、环保、法制、计划和财政等部门，形成了“多头分散、齐抓共管”和“多头有责、无人负责”的局面，严重影响了监督执法的权威性。分段监管还常常导致管理活动的重复、法律实施的不稳定、管理活动缺乏一致性和管理盲区的现象等。缺乏一个独立负责食品安全的部门，而由多个部门分段监管，必然降低监管的效率。

由于缺乏专门的监管部门，致使有些行政机构在兼具食品安全管理之外还有其他行政管理方面的职责，在监督管理食品安全工作时往往还要顾及其他方面的工作，从而降低了食品安全工作的效率和质量。各个部门之间缺乏沟通交流，也会由此而降低行政效率。另外，各部门之间存在的利益冲突、资源配置和其他利益的竞争等也同样不利于食品安全工作的展开。因此，需要进一步调整食品安全的监督管理体系，构建统一的监管部门。

2013年3月，十二届全国人大一次会议通过了《关于国务院机构改革和职能转变方案的决定》，将原国家食品安全办公室的职责、国家食品药品监督管理局的职责、国家质量监督检验检疫总局的生产环节食品安全监督管理职责、国家工商行政管理总局的流通环节食品安全监督管理职责实施整合，组建国家食品药品监督管理总局。国家食品药品监督管理总局的主要职责是：对生产、流通、消费环节的食品安全和药品的安全性、有效性实施统一监督管理等。(www.daowen.com)

为做好食品安全监督管理工作的衔接，明确责任，该《决定》指出：新组建的国家卫生和计划生育委员会负责食品安全风险评估和食品安全标准制定；农业部负责农产品质量安全监督管理；将商务部的生猪定点屠宰监督管理职责划入农业部。

独立监管的基础是在一个授权明确的单一部门或独立机构下，整合了保护消费者和保障食品安全的所有职责和资源。这种体制强调政府将食品安全问题放在优先考虑的位置。其优点是明显的，能够协调统一食品标准，在食品产业链的所有环节统一采用保护措施，并且能够迅速在食品产业链的所有有关环节采取行动，从而有效保护消费者的利益，及时应对可能出现的挑战和国内及国际市场的变化。另一方面，能够提高效率、有效地利用资源和专长，提供更多精炼和有效率的服务，有益于食品工业发展和促进食品贸易[1]。另外，相对于分段监管，独立监管更加具有时效性，减少食品安全信息在各个部门之间的流通，加快了食品安全应急机制的反应速度；防止各个环节部门之间在食品安全监管上责任互相推诿，增强了监管部门的监督管理责任；合理配置政府资源，降低不同部门对于食品的检验检测的成本；全程获取食品的有效信息，有利于构建食品安全信息的可追溯制度；能够统筹管理整个食品产业链的食品安全，提升食品安全监管部门的公信度。因此，独立监管原则能够为我国在构建食品安全管理职能机制方面提供最基础的行为准则。