整顿队伍
刘秀、谢躬两路人马连着攻打了一个多月，还不能把巨鹿城打下来。前将军耿纯（就是带棺材的那个人）说：“何必在这儿多费日子呢？不如直接去打邯郸。打下了邯郸，杀了王郎，巨鹿必然投降。”刘秀听了耿纯的话，留下一部分人马继续围攻巨鹿，自己带领大军去打邯郸。汉军接连打了几个胜仗，打得王郎支持不住。他派大夫杜威来求和，还说王郎实在是汉成帝的儿子。刘秀说：“就是成帝再活转来，今天也得不到天下了，何况是个假子舆呢！”杜威又要求说：“那么封他一个万户侯吧。”刘秀说：“让他留着一条命，已经算不错了。”杜威怒气冲冲地转身就走。刘秀知道王郎等人是不肯投降的，就叫将士们加紧攻打。汉军一连攻打了二十几天，王郎的少傅李立开了城门，汉军拥进城去，占领了邯郸。王郎、刘林连夜逃跑，刘秀的将军王霸、臧宫、傅俊率兵紧紧地追着。王霸赶上王郎，一刀把他劈死，割下他的脑袋。刘林可逃得不知去向。王霸、臧宫和傅俊都是颍川人。三个人又是同乡又是朋友，编在一个营里。这次都立了大功，王霸还封了侯。
刘秀进了邯郸宫殿，检点公文，都是各郡县的官吏和大户人家跟王郎来往的文书，其中大多是奉承王郎、毁谤刘秀的。刘秀特意在将士们面前把这些文书全都烧了。有的说：“哎呀，反对咱们的人都在这里面哪，现在连人名都查不到了。”刘秀说：“既往不咎。烧了这些文书，好让这些睡不着觉的人安心！”大伙儿这才明白过来，全都佩服刘秀。
汉军越来越多了。刘秀重新编排人马，整顿队伍，在可能的范围内让士兵们自愿地分配到各营里去。士兵们都说：“愿意拨在‘大树将军’的部下。”刘秀还不知道谁是“大树将军”。
原来“大树将军”是偏将军冯异的外号。冯异为人谦逊，从来不说自己的长处。上阵打仗，他跑在头里；平时行军或者不受敌人攻击的时候，他老落在各营的后面。将士儿郎们每次休息的时候，免不了要聊聊自己打仗的经过。就是将军们也会团团坐着谈谈自己是怎么样打败敌人的。打仗的次数越多，话就越长。有时候为了争功，甚至于闹得脸红脖子粗地各不相让。偏将军冯异听到将士们争功，就偷偷地溜了，坐在大树底下躲着。因为他不止一次地躲在大树底下，军队里就都称他为“大树将军”。刘秀听了将士们的话，对“大树将军”冯异就更加尊敬。
军队编好，阵容更强了。护军朱祐对刘秀说：“长安政治混乱（长安指更始朝廷，公元24年二月，更始迁都到长安），百姓失望；人心所归就是天命，请您别耽误了自己。”朱祐是南阳宛城人，刘
、刘秀哥儿俩一向跟他很要好。刘
做大司徒的时候，就派他为护军。刘秀进攻河北的时候，也派他为护军，还老跟他在一起，好像一家人似的。朱祐看出更始刘玄的朝廷眼光小，不能成大事。这会儿看到刘秀烧毁文书，更觉得他确有雄心，就向他说了这么几句话。
刘秀可不让他说下去。他说：“召刺奸将军把护军逮了去！”可是刘秀的口气并不严厉，好像就这么说说算了。因此，谁也没真去叫刺奸将军来。“大树将军”的称号已经够新鲜了，那“刺奸将军”又是怎么样的一个将军呢？
“刺奸将军”是颍川人，名叫祭（zhài）遵，从小喜欢读书。他家里很有钱，可是他非常节俭，不讲究穿衣吃食，对待别人十分恭敬。刘秀在昆阳打败王寻、王邑以后，路过颍川，碰到了祭遵。刘秀因为他名气大，又喜欢他的风度，就把他收在部下，叫他管理有关军营里法令的事。有个伺候刘秀的小郎犯了法，祭遵把他杀了。俗语说，打狗要看主人面，刘秀的小郎就算犯了法，也该让刘秀自己去办，至少得向他请示一下。现在祭遵自作主张地把他杀了，这就难怪刘秀发了脾气。他叫左右去把祭遵抓来。当时就有人拦住他，说：“您一直吩咐我们奉公守法。现在祭遵不顾利害，执行法令，这是他执行您的命令，怎么能把他办罪呢？”刘秀给他们这么一提醒，不但不把祭遵办罪，还拜他为“刺奸将军”。他对将士们说：“你们都得防备着祭遵哪。我身边的小郎犯了法，都给他杀了。他这么铁面无私的，一定不肯袒护谁的。”将士们听了，有些平日不大重视纪律的，都偷偷地擦了一把冷汗。
这会儿朱祐一听到刘秀要召刺奸将军来，他就不作声了。可是劝刘秀及早脱离更始的，不光是朱祐一个人。别看耿弇才二十一岁，他就有这个心。刘秀攻下邯郸，消灭了王郎以后，更始刘玄的朝廷封他为萧王，吩咐他撤兵回去，耿弇急得什么似的，非把刘秀留住不可。他一直跑到刘秀睡午觉的地方，站在床边，向他央告，说：“请大王让我回到上谷去招兵。”刘秀说：“河北已经平定了，还招兵干什么？”耿弇说：“王郎虽然灭了，天下还正乱着呐。更始不能成大事，非失败不可。我看他长不了。”刘秀坐起来，说：“你说什么？我应当把你斩了。”耿弇说：“大王平日对待我像对待儿子一样，我才敢赤胆忠心地替大王打算。”刘秀一瞧，没有别人，就笑了一下，说：“我跟你开玩笑。你说吧。”
耿弇说：“当初天下百姓因为受不了新朝的残酷统治，才想念着汉室。一听到汉兵起义，各地纷纷响应。现在更始君臣只知道享乐，不知道处理朝政；皇亲国戚在京都里欺压百姓，横行霸道；将士们在各地掳掠财物、强抢妇女。以前人心思汉，现在回过头来又想念着王莽了。再加上铜马、赤眉、青犊、大彤等几十处，每一处有几万、十几万，甚至几十万人马，更始没法对付他们。所以我说他长不了。大王您呢，在南阳首先起义，在昆阳消灭了敌人的百万大军。现在平定了河北，巨鹿也投降了，天下归心。只要大王登高一呼，准能天下响应。为什么把天下让给别人呢？听说更始打发使者来，要大王撤兵回去。大王千万别听他们的。”
萧王刘秀听着，不说话。虎牙将军铫期也进来了。他说：“河北接近边界，壮士都能打仗，原来是出精兵的地方。只要大王能够顺从万民的心愿，谁敢不听指挥？”刘秀说：“你别瞎说。”
刘秀出去对更始的使者说：“王郎虽然灭了，河北还没平静，我一时动身不了。”他就留在河北，还拜耿弇为大将军，派他跟吴汉往北去征调各郡的兵马。有几个郡守抗拒命令，都被耿弇和吴汉杀了。赶到这两个将军带领着北方的大军回来，萧王刘秀的兵力更强了。他亲自带领大军打败了另一支农民起义军铜马。可是除了铜马以外，还有十几处起义的军队。他们在各地杀了王莽的官吏，推翻了王莽的政权，但是他们大多继续用抢掠财物的手段来维持生活，因此，纪律很差，不符合人民的愿望。这就给萧王刘秀一个有利条件。他的军队中也有掳掠的行为，但是他尽力整顿纪律，争取民心。这时候，他以平定海内、恢复秩序的统治者自居，毫不留情地镇压和消灭各地的农民起义军。
刘秀又到了蓟城，派耿弇、吴汉、景丹、盖延、朱祐、邳彤、耿纯、刘植、岑彭、祭遵、坚镡、王霸、陈俊、马武等十四个将军彻底消灭了铜马这一伙儿。投降的人就有几十万。刘秀把这一支起义军接过来，把几个归顺他的头子封为列侯。尽管如此，投降的人还是怀着鬼胎，放不下心去。刘秀了解了他们的心情，叫他们各归各营，各位头领照样带着自己的兵马，然后他自己骑着马，带着几个随从人员，好像老朋友串门子似的到各营去看看他们。这些投降的人大受感动。他们彼此之间很诚恳地说：“萧王把自己的心挖出来搁在咱们的胸膛里，咱们还不该跟着他同生共死吗？”打这儿起，他们服了刘秀，愿意听他的指挥，愿意重新编队，分配在各将军的营里。这一来，刘秀的军队扩充到了几十万人，关西一带只知道有铜马，就管刘秀叫“铜马皇帝”。接着，刘秀进了河内，还想去进攻燕、赵。
北方还没平定，东边的赤眉军反倒越来越强大。赤眉兵大多是朴实的农民。他们虽然屡次打了胜仗，可是并不想割据地盘，他们的首领樊崇压根儿没有要做皇帝的打算，只要推翻残暴的政权，渡过灾荒，能够回家安心生产就是了。因此，他们占领了濮阳和颍川以后，一听到刘玄做了皇帝，恢复了汉朝，就按兵不动。更始从宛城迁都到洛阳的时候，派使者去叫赤眉归顺。樊崇愿意率领赤眉的二十万大军去和更始合作，他就带着二十几个首领跟着使者到了洛阳。更始认为樊崇等人不是自己人，就敷衍了一下，把他们封为列侯，可是光有个空名，没有封地，二十万赤眉兵也不供应粮饷。樊崇和他同去的二十多个首领大失所望，他们找个机会都逃回来了。他们担心要再这么待下去，军心必散，因此决定跟更始干一下子。
公元24年（更始二年）二月，更始迁都到长安。樊崇就率领着二十万大军往西去进攻长安。他们很顺利地进了函谷关。萧王刘秀一得到报告，就知道更始敌不过樊崇，长安一定保不住，就打算派邓禹往西边去打樊崇。可是更始的大将朱鲔和李轶还在洛阳，随时可以打到河内来。刘秀自己又想去进攻燕、赵，那么叫谁守在这儿呢？他就问邓禹。邓禹说：“从前高帝信任萧何，嘱咐他守住关中，供应军粮，高帝才能够一心一意地去收服山东，终于成了大事。现在河内地势险要，物产富庶，北通上党，南近洛阳，要挑个文武全才的人守在这儿，再没有比寇恂更合适的了。”
刘秀听了邓禹的话，拜寇恂为河内太守，对他说：“从前高帝派萧何镇守关中，我现在把河内托给你。你也要像萧何那样供应军粮，鼓励士兵防备着别的兵马进来。”他又拜“大树将军”冯异为孟津将军，统领河上的兵马，防备着洛阳那边。他这么布置完了，就拜邓禹为前将军，分给他三万兵马，向关内进攻，自己带着吴汉、耿弇、耿纯等人，率领着大军去进攻燕、赵。
河内太守寇恂吩咐各县练兵，尤其是练习射箭。他用竹子做了一百多万支箭，养马两千匹，收租谷四百万斛作为军粮，源源不绝地运到前方去。他真是个“赛萧何”。孟津将军冯异这会儿独当一面，也不能再躲在大树底下了。果然，镇守洛阳的朱鲔、李轶一打听到萧王往北去了，就趁着机会去进攻河内。
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冯异跟随刘秀上阵打仗，总是跑在前面。在征战间隙，休息的时候将领们常常聚在一起聊天，话题无非是聊聊打仗的经过，那些将领喜欢自述战功，胡吹乱侃，有时候为了争功互不相让，甚至闹得脸红脖子粗。每到这个时候，冯异总是偷偷走开，一个人默默地躲到大树下面。于是，士兵们便给他起了个“大树将军”的雅号。“大树将军”一词后用来指代不居功自傲的将领。