（二）消极影响
1．太湖流域水系蓄泄能力总体下降
虽然联圩并圩使联圩区内排涝能力得到了增强，但从整个太湖流域来看，太湖水系的蓄泄能力在下降。据有关资料分析，20世纪50年代初期，5—9月流域面雨量达900毫米以上时，太湖才出现超过4米水位，而80年代流域面雨量仅400毫米—500毫米，太湖即出现超4米的高水位，这表明太湖水系蓄泄洪水的能力明显下降了[53]。
造成这种现象的原因定是多方面的，除太湖上游入湖水量比例增大[54]及下游黄浦江泄洪能力下降等外，联圩并圩、围湖造田引起的调蓄水面积的减少与下游排水河道的堵塞也是重要的原因。
几十年来的联圩并圩使许多河网湖泊被圩堤圈圩封隔，使圩内河道、湖泊成内港、内湖，“联圩并圩后，圩外的水面积相应的缩小了，减少了外港口河槽容积，降低了外港的调蓄能力”。[55]20世纪60年代，皇坟圩、斜桥头圩、中星圩、陶南圩、双阳圩、大新圩等的水面积占圩区总面积的比例均在10%以下，有的甚至不到1．5%（见表8－7）。
表8－7 1963年皇坟圩等10联圩水面积比重表
资料来源：水利电力部上海勘测设计院：《太湖流域低洼圩区典型调查研究报告》（1963年6月），吴江市档案馆2012—2—35。
吴江县潭坵公社桥门联圩，总面积2 235亩，但水面积仅20亩，占0．95%。由于水面积过少，形成“一落就满，一抽就干”，不能预降。湖滨公社向阳联圩水面积只占总面积的4．6%，无法坚持预降，如日降雨量100毫米，积水面积达1 020亩，占32%，成涝面积74亩，占2．5%。[56]
新中国成立以来，尤其是六七十年代以来，在“与湖要粮”、“以粮为纲”的口号下，开展了大规模的围湖造田活动，更是直接降低了湖泊滞洪调蓄作用。据中国科学院南京地理与湖泊研究所对太湖流域的调研，湖荡围垦共建圩498座，面积为528．55平方公里，占新中国成立初期原有湖泊面积13．6%，其中垦殖面积359．06平方公里，湖泊围垦直接减少了调蓄水面。（见表8－8）
表8－8 太湖流域围湖利用动态变化统计表
资料来源：窦鸿身等：《太湖流域围湖利用的动态变化及其对环境的影响》，《环境科学学报》1988年第1期。
据20世纪80年代末的实际量算和调查结果，“近20年来太湖平原就圩外水面积减少了650平方公里，占太湖平原总圩外水面积的26%，其中以湖西地区圩外水面积的减少最多，竟比60年代减少42%。若与1954年汛期水量平衡实况相比，全流域河湖调蓄容积现已减少近10亿立方米，太湖的调蓄容积比60年代减少了2亿立方米以上”[57]。加之近年来，在开发建设与城镇化进程中，一些地方对河道、湖泊的重要作用认识不够，保护意识不强，随意侵占和填堵河湖水面的行为时有发生，太湖流域调蓄水面更趋减少，圩区防洪压力进一步增强。
同时，“由于联圩并圩及围垦工程，也堵死了一些排水河道，使下游宣洩不畅，影响排水”[58]。如由澜溪塘、頔塘、运河等河道组成的杭嘉湖排水走廊，由于1958年后在太浦河以南吴江县境内联圩并圩，兴建万亩以上大圩21座，使頔塘、澜溪塘、运河等排水河道出现许多“卡脖子地段”，河道断面上游宽下游狭，排水不畅。据20世纪80年代调查，杭嘉湖排水走廊的河道在吴溇—乌镇线堵塞原断面的71．3%；庙港—澜溪塘、严基线已堵塞原断面的50．2%；乌镇至王江泾线已堵塞69%；頔塘南浔—章湾荡线已堵塞53．6%。[59]又如，上海青（浦）松（江）大包围实施后，在昆山县境内沿青松边界原有25个向东的排水出口，仅剩2个，过水断面减少90%，结果造成汛期坝上下游水位差可达0．3米—0．5米[60]。
2．水域生态环境遭到一定程度的破坏
首先，联圩并圩打乱了原有的水文系统，导致水域生物资源的破坏。
联圩并圩和围湖垦殖虽有助于阻止洪水对圩区的威胁，但也导致圩外水面积的下降和湖泊的萎缩，水生植物分布面积和浮游动物、鱼类赖以生栖空间的缩减。20世纪50年代的太湖芦苇面积和产量分别为73．3平方公里和13．2万吨，至80年代分别减至15．0平方公里和2．7万吨[61]。太湖浮游藻类的种类数不断减少，藻类优势种群由50—60年代的硅藻演变为80年代的绿藻、硅藻和蓝藻。进入90年代，蓝藻已成为太湖的优势藻类。据调查，1981年太湖有高等水生植物66种，到90年代初仅剩17种。70年代五里湖几乎无水生植物，沿岸带水生植物大量萎缩。至90年代，原竺山湖生长旺盛的沉水植物亦近绝迹。[62]水生植物的演变的原因虽是多方面的，如太湖淤浅、营养物质增加等，但联圩并圩无疑也是重要的因素。
联圩并圩使一些河网湖泊被圩堤圈圩封隔，严重影响洄游性或半洄游性鱼类的自然繁衍。太湖20世纪60年代有鱼类101种，到80年代降为72种，90年代更进一步减少到不足60种。大中型鱼类数量大幅度下降，经济鱼类种群减少，经济价值较低的小型杂鱼成为优势种群。[63]
其次，联圩并圩的配套工程对河道水势产生重要影响，水体自由交换功能减弱。
联圩的配套工程，如套闸、防洪闸、分级闸及机电灌排等在一定程度上提高了圩区抵御洪水的能力，但对河道的水势也产生了重要影响。“一方面，汛期联圩关闸，内外河道隔绝，特别是低洼湖荡地区，关闸时间长达数月之久，各类污水长时间汇集在圩内河道，形成一个相对于圩外河道的污染源。另一方面，由于联圩的防洪排涝工程大部分设在河道的口门处，地处较低，加上地面沉降的原因，很多联圩在一年中的大部分时间要关闸，以确保下水道的正常排水需要。”[64]这样，使得圩区内外水体自由交换和自净能力削弱，联圩内河流容易形成死水，造成水质的下降。
再次，联圩并圩将部分城镇、工厂纳入联圩，圩区水质受到严重污染。
随着工农业生产的发展和圩内居住人口的增加，大量的工厂废水和群众生活用水被排入圩内河道，加之化肥农药的污染、牲畜粪便的排放和私自筑坝、河道被占、鱼塘开发等，引起的水容量减少，都加剧了水质的恶化。沉积物中的污染物和浓度不断升高，湖区富营养化逐步加深，生态系统的正常功能受到严重威胁。据研究，1960年太湖水体中主要污染指标总氮（TN）、总磷（TP）和化学耗氧量（CODMN）的含量均较低。此后，逐步攀高，从20世纪80年代初至1995年，全太湖TP增加了5．65倍，TN平均值增加2．49倍，CODMN增加0．58倍。至2001年6月，太湖大部分水源区为Ⅳ类水质，而竺山湖、梅园、直湖港等区域均为劣于Ⅴ类的水质。分布于太湖的24个水质监测点，29%为中富营养水平，71%为富营养水平，局部湖区已处于严重的富营养化状态。[65]
3．工程效益未能充分发挥
联圩并圩存在规划不合理、工程不配套问题，从而影响工程效益的发挥。在联圩并圩过程中，一些圩区未能因地制宜，合理规划，充分考虑局部利益和总体利益的关系，而是一味要求缩短汛线，扩大包围圈，从而，“引起了航运、排涝和水费负担等方面的矛盾，因而发生并后又分的不稳定局面，既造成工程上的浪费，而且也影响了圩区的生产”[66]。如吴江县北王大圩，因面积达3．7万亩，联圩后影响上游排水和地区航运，圩内排水和灌溉等，矛盾很多，后被迫拆成六个圩区。
排灌站位置、渠系布置不合理情况大量存在。如昆山县江浦圩，机房位于北部边缘，东南干渠和西南干渠由于距机房远（渠道末端距机房约10公里），输水路线太长，再加之渠系工程质量较差，渗漏量大，渠系利用系数只有0．4，致使二干渠的供水发生困难，部分农田得不到灌溉。[67]有些圩区在渠系布置上因要求方正，过多的裁弯取直，未能很好利用原有的河网，如江浦圩就形成了沟边开沟、河边开河的现象，共开挖土方79万立方米，平均每亩耕地负担97立方米，共挖压耕地817亩，占耕地总面积的10%，且圩内河渠过多，桥梁较少，民众意见较多。[68]
联圩工程也还存在不配套现象，“有的排灌站动力设备与渠系尺寸不配套，渠道断面偏小，与排灌站全部水泵的出水能力不相适应”[69]。如吴江县大新圩渠道断面过小，不能满足全部水泵的出水能力。也有渠系建筑物不配套，渠道过河建筑物的尺寸太小，在进口处产生壅水现象，加大了水头损失。一些圩区渠系则没有建立相应的防洪闸或排水涵洞，如吴江县铜罗公社高路包围总面积16 356亩，涉及5个大队65个生产队，只有1个套闸，阻碍交通，影响积肥，每逢修闸则全部不通；谭坵公社6 069亩的谭东联圩没有一座套闸；湖滨公社向荣圩有860亩排涝田，其中115亩高田本可外排，因未建外排涵洞而转入内排，占14%；其他联圩田面在4米以上的，由于没有外排工程，也未进行外排[70]，这都影响到工程效益的发挥。
4．部分联圩因施工质量低下和其他原因，存在安全隐患
联圩内虽不乏质量较好，符合基本要求者，如吴江双阳圩、青浦尤浜圩、吴兴皇坟圩等，但也有一些联圩因赶工程进度或缺乏经验与技术指导等存在严重的质量问题。
圩堤达不到设计的标准。如吴江县大新圩“由于工程施工质量较差，渠道断面浅狭，边坡陡直。渠底凹凸不平，纵坡无一定比降，甚至出现倒坡现象，未达到设计要求，加之平时重视保养不够，质量退化特别严重”[71]。20世纪70年代初，吴江全县有险工圩（含部分联圩）391只，险工地段（包括险工坝）640处1 985．565公里，影响面积244 984亩，占联圩水稻总面积的44 197亩的60%[72]。防浪作物也大为减少，不符护堤要求，全县护堤水生作物52．9公里，芦苇、蒿草28．7公里，只占防洪堤2．88%[73]。至1987年，全县还有58只联圩治涝能力在150毫米以下，面积达25．2万亩[74]。
由于缺乏严格管理，有人在圩堤上乱垦乱种，扒堤取土。如20世纪70年代铜罗公社高路联圩总长15 855米圩堤上，到处被工农、红旗、民丰、跃进等大队群众扒堤种菜，仅工农大队从鸭娘浜到高路闸就种了3 750米，红旗大队从高路闸到大德塘桥种了1 944米，平均扒低堤顶35公分。湖滨公社新跃大队一度把沿太湖的向荣圩圩堤2 550米划作自留地，后虽经制止，但部分群众仍乱垦乱种，削弱防洪能力。[75]有的群众为建窑掼坯，擅自从圩堤上取土，有的甚至任意开缺堵口，如湖滨公社长扳、向阳、胜利、胜建、新港等6个联圩中，任意开通坝头31条，加重了防洪压力。
水利矛盾，造成互不修圩。一是邻省之间，如浙江省北里公社东南大队第一生产队，有108亩田在吴江县青云公社金光联圩内，因怕控压土地，长期不肯修圩，造成650米险工地段，影响面积2 637亩。二是邻县之间。如吴县郭巷公社塘东大队140亩田在吴江县湖滨公社城东联圩内。因田少堤长标准差，对所属地段长期失修，造成50公尺长险坝1个和640公尺险工地段，影响面积近万亩。三是邻社之间，如吴江县同里公社献中大队为在坎头拔船的方便，不肯加高圩堤，使水田长期低于洪水位，一出险情就影响面积1．2万亩。[76]
除圩堤外，也存在其他工程质量问题，如“排灌站机房发生不均匀沉陷，造成机轴歪曲和机房外墙裂缝；渠道没有夯实，漏水严重；斗门门槽变形，门板失散，不能很好地进行配水；水闸止水不严，渗漏很大等等”[77]。这都一定程度上影响了联圩并圩工程效益的充分发挥。
5．圩区内外的交通受到影响
联圩并圩后，将一些地区性的排水干河、航运要道、荡漾围入圩内，或堵塞了一些重要河道，致使圩区“较普遍地存在着圩内外的航运交通问题，对积肥及圩内外物资运输均有一定影响”[78]。根据水利电力部上海勘测设计院1963年对嘉善、吴兴、吴江、昆山、青浦5县10个圩区的调查，交通问题主要有以下三种类型[79]：
第一，部分圩区虽建造了水闸，但因水闸位置不合适，航运交通仍有不便。如昆山县江浦圩，套闸建于圩区西南角，远离水闸东部及北部地区，运输还是依靠翻坝驳运。而位于套闸附近地区的民众，要去县城还需从外港绕过半个圩区才能抵达，延长了通航时间。
第二，少数圩区（如嘉善中星圩及陶南圩）在汛期开坝通航。汛期堵封，排汛期开坝通航是圩区较普遍的方式，但少数圩区在汛期亦开坝。其问题是：一方面每年需花一定劳力进行开坝堵坝，圩区土源成问题；更严重的是，如遇暴雨堵坝不及时，会造成外水倒灌，加重排涝负担。如吴江县大新圩1962年9月第14号台风暴雨，未能及时封坝，外港水倒灌，内水位达3．75米，田内最深积水达1．3米，增调80匹马力流动船机，排水9天方得脱险。
第三，部分圩区常年封坝，圩内外交通依靠翻坝驳运。如吴兴斜桥头圩，常年封坝，1962年均有40万斤货物转运过坝，耗费2 000工日。吴江县大新圩、嘉善县中新圩在打坝并圩时，分别将地区性重要河道大龙港、翁江汶港筑坝封堵，使该地区航运受到影响。由于常年封坝，也使一些圩区原来的活水河港变成死水河港，水质变坏，影响到村镇居民生活用水。
6．各种矛盾分歧屡有发生。
联圩初期，虽有部分圩区成立了相应的管理组织，管理制度能够执行，但“有些圩区（如青浦崧泽圩和尤浜圩）缺乏统一的管理组织；有些圩区（如吴兴斜桥头圩和嘉善陶南圩）虽有管理组织，但制度不健全，发挥作用不大。还有些圩区管理人员的水平跟不上要求；尤其在包括几十个生产队的大圩区，管理工作更是复杂”。因此，“经常在用水、水费负担、水利建设出工以及管理人员的报酬等问题上发生矛盾，又得不到及时解决，影响圩区正常生产”[80]。如青浦青山圩有六个生产大队，因没有统一的管理组织，由排灌站所在地的青山大队暂管。由于管理水平较差，账目不清，甚至将1962年青山大队捕鱼所花的电费亦纳入水费内，引起其他大队的不满并拒缴水费。1963年修建水闸时，由于没有做好各大队的协调工作，有一大队认为受益少，拒绝出工，宁可退出圩区，独自成立小圩，其他生产大队对联圩并圩亦兴趣不大，因此打算拆成三个小圩区，从而又带来了新的矛盾[81]。据1973年统计，吴江县“套闸有专人管理、制度健全的有58座，占55．77%；兼职管理、制度不太健全的有13座，占12．53%；无人管理，放任自流的有33座，占31．7%。所有防洪闸全部无人管理”[82]。至于圩区内大队间互相抢水、任意搭接电线造成人员伤亡的情况亦屡有发生。
20世纪八九十年代以后，圩区工程管理机构和管理方式有很大的改变，“直管型”、“转制型”、“托管型”等相继出现，如苏州市652个联圩中，由乡镇水利站直接管理的占22%，由乡镇管理的占24%，由专业组织管理的占1%，由村级管理的占53%。[83]但由于管理模式和标准不一致，部分圩区防洪排涝设施分属多部门管理，技术人员“青黄不接”的现象依然存在。为此，一些圩区开始探索和创新管理方法，按照“宏观调控、经济调节、市场监管、社会管理、公共服务”的要求，逐步将圩区的运行、维护管理经费纳入各级公共财政预算，实行管养分开；逐步将圩区建设与管理纳入科学化、标准化、规范化、制度化的管理轨道。