鸦片战争后《南京条约》等系列条约规定：洋商船只进口不在规定时间内将船牌缴存领事官，船长呈送的舱单有误或系伪造，未经许可擅自开舱起卸货物，未经许可将货物非法转船，以及在非通商口岸从事贸易等行为，海关均可在领事参与下予以查处。但由于外国领事对本国商人的偏袒与纵容，加上清政府设在通商口岸的海关内部腐败，纪律松弛，对违章走私行为查缉不力，致使各通商口岸鸦片等走私活动日趋严重。

1854年由英、美、法三国司税组成的江海关税务监督委员会，接管江海关夷税征收业务，增设盘验所并建造一艘专门用于缉私的海关巡艇，配置外籍船长及钤字手、水手等担当巡查人员。自咸丰九年（1859年）起，各通商口岸陆续设立新关。同治八年（1869年），根据总理衙门颁布的《大清国海关管理章程》，总税务司署正式将海关征税部门划分为内、外班。各关征税部门的外班巡查、验货人员担负主要的查缉走私职责，部分口岸海关还指定专人专司关区缉私事务。光绪元年（1875年），总税务司署在海关征税部门增设海班，由管驾官、管驾、管轮及水手、差役等组成，主要负责海关巡缉船只的驾驶和沿海巡岸缉私。至光绪三十三年（1907年），全国各口岸海关共有海班人员500余人，各种巡缉舰船（艇）44艘。宣统二年（1910年），全国海关外班人员共计4 000余人，海班人员700余人，各种巡缉舰船（艇）增至60艘。民国初期，总税务司署曾要求各通商口岸海关自行设立缉私机构，缉查处理走私案件，但各关除于1913年起根据总税务司署指令，将本关征税部门所属外班、海班分别改称为稽查课、巡缉课，继续承担海关缉私工作外，并未单独设立专门的缉私机构。

晚清海关查缉走私的重点放在货运渠道上，在设立海关及分支关所的沿海、沿江、沿边各口岸或其他地方，通过对运输工具及其所载进出口货物的监管，查缉违章走私行为。除货运渠道外，海关亦在行邮渠道查缉旅客行李物品和邮递物品的违章走私。对未设关区域，尤其是各沿海海域的船只走私，海关采用巡缉的方式进行查缉。

从新关设立之初，即运用情报开展缉私工作，利用探子（线人）察访告密获取走私情报及动态，并在主要口岸建立情报工作网，定期收集走私情报或线索。为鼓励线人举报及海关缉私人员缉查私货，总税务司署制订缉私奖金及线人赏金发放办法，从罚款和私货变卖款项中按比例提取一定数额的奖金或赏金予以奖励。

走私、偷漏等违法行为应受相应处分，这在任何国家的海关都有明确的规定。海关对进出口货物的检查、搜索和处分的权力，属于国内海关法的范围，不容任何国家、任何商人的干涉，这是各国公认的原则。各地新关设立前，走私案件的处理主要由各口岸的海关监督负责，各地海关监督依据《大清律例》（又称《清朝刑法典》）处理走私案件。但是，外籍税务司制度建立之后，面临的严峻问题之一就是关于缉私及其处分问题。由于条约国洋商享有领事裁判权，洋商便以遵循领事按其国家法律处理为由拒绝清政府所设海关监督的管辖。例如香港商会就曾提出要求，对涉及英国商人违反中国税法的案件，非经英国领事公开审理，海关不得自行作出处罚决定。(www.daowen.com)

同治二年（1863年），英美两国提议，由外国领事和海关税务司组成会讯公堂，共同审理外国商人的走私案件。在此基础上，1867年由赫德拟订了《船货入官会讯章程》草案，1868年总理衙门批准实行。该章程规定：各通商口岸涉及外国商人的海关处罚争议案件，由各国领事官与各口税务司会商处理。洋商船、货在口岸因涉嫌违章走私被海关扣留的，洋商可向本国驻口岸领事官提出申诉，领事官将洋商申诉提交由领事、海关监督和海关税务司组成的会讯公堂调查。领事官如未致函或转请海关咨情要求共同查核的，海关可直接对涉案船货予以罚没处理。会讯公堂审理的案件分为两类：入官（没收充公）案件在海关审理，安排有领事席位；罚款案件在领事官署（馆）审理，设置有海关税务司席位。如会讯公堂判定海关的入官处理正确，则商人不得上诉。会讯审理中如领事持有异议，可经由领事向公使上诉，海关如有异议则由海关监督呈报总理衙门。在会讯公堂裁决前，海关对洋商船货可按申报价值收取保结（担保）具保放行。

《会讯章程》是不平等条约有关领事裁判权和领事干预海关行政各条款的进一步具体化，也是海关包庇、宽处外商走私、漏税案件的重要法规。会讯章程施行后，总税务司赫德曾饬令各关税务司，应特别注意领事在会讯公堂审理判决入官案件中所持的反对意见，在审理判决罚款案件中如税务司无充分理由，不可对领事判决持有异议，亦不得轻易上诉，以免因缉私问题增加了海关和英商的矛盾。

中华民国成立后，北洋政府依然沿用海关外籍税务司管理制度，海关对违章走私案件继续参照以往规定处理。缉私和走私违章处分是联系在一起的，没有适当的处分，就达不到惩戒和制止走私违章的目的，因而影响缉私的效果。从晚清新式海关创立直至20世纪20年代，不存在严格意义的缉私制度和缉私机构。《会讯章程》于1933年8月4日终被宣布无效，对海关处罚有争议的案件，取代办法则是国民政府指令财政部关务署设立海关罚则评议会，违章处分管辖权至此被全部收回。