1.元仁宗赐名
大河奔流，江山易主。元代中统元年（1260年），元世祖忽必烈登基后，尊崇儒学，要走文治天下、德泽四海、化育万民的治国之路。
崇尚武力的元代统治者忽必烈，为什么要用儒家思想治国呢？
忽必烈从小就对儒家文化有着强烈的兴趣。1215年，大汗蒙哥委任他主管漠南汉地军国诸事，其间他招纳了一批汉族儒士谋臣。一次，他问起治国方略，刘秉忠说：“儒家的典章、礼乐、法度和三纲五常，是帝王成功的保证，谁能这样做，谁就能成为贤明的君主。”顿了一下，刘秉忠又说，“武力固然可以夺取天下，但不可以统治天下。统治天下必须有一套完善的官吏体制，而依据儒家学说建立起来的王朝官吏体制，历史证明是行之有效的……”
大儒士刘秉忠的一席话，对久有帝王之志的忽必烈产生了巨大影响。因此忽必烈即位后，力排众议，坚定地选择了这条路。国号“大元”，也是刘秉忠提议选定的。后人评价刘秉忠：“参帷幄之密谋，定社稷之大计。”
诸葛亮是儒家的杰出代表，自然而然地受到了元朝统治者的尊崇。
大德二年（1298年），南阳监郡马哈马拜谒武侯祠时，看到四间庙堂因年久失修而破烂不堪，于是重修武侯祠。之后，在其旁划地200多亩，为岁时香火之用，并请太虚观道人张志和任住持。
一天，河南行中书省平章政事何玮，到南阳视察农业水利建设，其间率官吏们到卧龙岗谒拜了诸葛亮。拜毕，何玮环顾四周，沉思片刻，说：“眼下，全国各地兴建书院蔚然成风。南阳应该考虑在卧龙胜迹旁，建一座庙学。”
“何大人说得好。”南阳知府当场表态，“我们马上筹办，逐级上报朝廷。”
不久，元仁宗看到了南阳拟建庙学的奏章，赞不绝口。
南阳庙学于1309年春开工建设，历时三年竣工。庙学有礼殿、祠堂、讲堂、诸生斋等四十六间，是全国兴建的最大的四所书院之一。祠堂是祭祀崇奉诸葛亮之地。讲堂两旁悬挂着诸葛亮“非学无以广才，非志无以成学”的励志名言。
这天，元仁宗看了南阳庙学竣工的奏章后，欣喜不已。思忖再三，觉得庙学二字气势不够，于是赐名为“诸葛书院”。元仁宗意犹未尽，接着又给卧龙岗诸葛庵古建筑群赐名为“武侯祠”。
从此，南阳武侯祠声名更加响亮。
元代的官吏、名家蜂拥而至，追忆先贤，抒发情怀。