六 迁都北京
成祖以边藩篡逆得位，深恐其他藩王也学他的办法再来一次靖难，即位之后，也采用惠帝的削藩政策，以此收诸藩兵权，非惟不使干预政事，且设立种种苛禁以约束之。建文四年（1402）徙谷王于长沙，永乐元年（1403）徙宁王于南昌，以大宁地界从靖难有功之朵颜、福余、泰宁三卫，以偿前劳。削代王、岷王护卫。四年（1406）削齐王护卫，废为庶人。十年（1412）削辽王护卫（辽王已于建文元年徙荆州）。十五年（1417）谷王以谋反废。十八年（1420）周王献三护卫。尽削诸王之权，于护卫损之又损，必使其力不足与一镇抗。到宣宗时汉王高煦，武宗时安化王真鐇、宁王宸濠果然援例造反，遂更设为厉禁，诸王行动不得自由，即出城省墓亦须奏请。二王不得相见。受封后即不得入朝。甚至在国家危急时，出兵勤王亦所不许。只能衣租食税，凭着王的位号在地方上作威作福，肆害官民。王以下的宗人生则请名，长则请婚于朝，禄之终身，丧葬予费。
仰食于官，不使之出仕，又不许其别营生计，“不农不仕，吸民膏髓”。生齿日蕃，国力不给，世宗时御史林润言：天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留一百五十二万石，而宗禄三百一十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄一百九十二万。
不得已大加减削，宗藩日困。枣阳王祐“请除宗人禄，使以四民业自为生，贤者用射策应科第”，不许。万历二十二年（1594）郑靖王世子载堉请许宗室皆得儒服就试，无论中外职，中式者视才品器使，从此宗室方得出仕。国家竭天下之力来养活十几万游荡无业的贵族游民，不但国力为之疲敝不支，实际上宗室又因不能就业而陷于贫困，势不能不作奸犯法，扰害平民。这也是当时创立“祖制”的人所意想不到的。
成祖削藩的结果，宁、谷二王内徙，释诸王兵权，北边空虚。按照当时的情势，“四裔北边为急，倏来倏去，边备须严。若畿甸去远而委守将，则非居重取轻之道”。于是有迁都北京之计，以北京为行在，屯驻重兵，抵御蒙古人的入侵：太宗靖难之勋既集，切切焉为北顾之虑，建行都于燕，因而整戈秣马，四征弗庭，亦势所不得已也。銮舆巡幸，劳费实繁。易世而后，不复南幸，此建都所以在燕也。
合军事与政治中心为一，以国都当敌。朱健曾为成祖迁都下一历史的地理的解释。他说：
自古建立都邑，率在北土，不止我朝，而我朝近敌为甚。且如汉袭秦旧都关中，匈奴入寇，烽火辄至甘泉。唐袭隋旧都亦都关中，吐蕃入寇，辄到渭桥。宋袭周旧都汴，西无灵、夏，北无燕、云，其去契丹界直浃旬耳。景德之后亦辄至澶渊。三治朝幅员善广矣，而定都若此者何？制敌便也。我朝定鼎燕京，东北去辽阳尚可数日，去渔阳百里耳。西北去云中尚可数日，去上谷亦仅倍渔阳耳。近敌便则常时封殖者尤勤，常时封殖则一日规划措置者尤亟。是故去敌之近，制敌之便，莫有如今日者也。
建都北京的最大缺点是北边粮食不能自给，必须仰给东南。海运有风波之险，由内河漕运则或有时水涸，或被“寇盗”所阻，稍有意外，便成问题：今国家燕都可谓百二山河，天府之国，但其间有少不便者，漕粟仰给东南耳。运河自江而淮，自淮而黄，自黄而汶，自汶而卫，盈盈衣带，不绝如线，河流一涸，则西北之腹尽枵矣。元时亦输粟以供上都，其后兼之海运。然当群雄奸命之时，烽烟四起，运道梗绝，惟有束手就困耳。此京师之第一当虑者也。
要解决这两个困难，第一必须大治河道，第二必须仍驻重兵于南京，镇压东南。成祖初年，转漕东南，水陆兼挽，仍元人之旧，参用海运，而海运多险，陆运亦艰。九年（1411）命宋礼开会通河，十三年（1415）陈瑄凿清江浦，通北京漕运，直达通州，而海陆运俱废。运粮官军十二万人，有漕运总兵及总督统之。十九年（1421）迁都北京后，以南京为留都，仍设五府六部官，并设守备掌一切留守防护之事，节制南京诸卫所。
永乐元年（1403）以北平为北京。四年（1406）诏以明年五月建北京宫殿。十八年（1420）北京郊庙宫殿成，诏以北京为京师，不称行在。在实际上，自七年（1409）以后，成祖多驻北京，以皇太子在南京监国。自邱福征本雅失里汗败死后，五入漠北亲征。自十五年（1417）北巡以后，即不再南返。南京在事实上，从七年（1409）北巡后即已失去政治上的地位，十九年（1421）始正式改为陪都。
迁都之举，当时有一部分人不了解成祖的用心，力持反对论调：初以殿灾诏求直言，群臣多言都北京非便。帝怒，杀主事萧仪，曰：“方迁都时，与大臣密议，久而后定，非轻举也。”
仁宗即位后，胡濙从经济的立场“力言建都北京非便，请还南都，省南北转运供亿之烦”。于是又定计还都南京，洪熙元年（1425）三月诏北京诸司悉称行在。五月仁宗崩，迁都之计遂又搁置不行。一直到英宗正统六年（1441）北京三殿两宫都已告成，才决定定都北京，诏文武诸司不称行在，仍以南京为陪都。
成祖北迁以后，三面临敌，边防大重。东起鸭绿，西抵嘉峪，绵亘万里，分地守御。初设辽东、宣府、大同、延绥四镇，继设宁夏、甘肃、蓟州三镇，又加上太原、固原，是为九边。每边各设重兵，统以大将，副以褊裨，监以宪臣，镇以开府，联以总督，无事则划地防守，有事则掎角为援。失策的是即位后即徙封宁王于江西，把大宁一带地，送给从征有功的朵颜三卫，自古北口至山海关隶朵颜卫，自广宁前屯卫西至广宁镇白云山隶泰宁卫，自白云山以北至开原隶福余卫。而幽燕东北之险，中国与夷狄共之，胡马疾驰半日可抵关下。
辽东广宁、锦义等城自此与宣府、怀来隔断，悬绝声不相连。又以东胜孤远难守。调左卫于永平，右卫于遵化而墟其地。兴和为阿鲁台所攻，徙治宣府卫城而所地遂虚。开平为元故都，地处极边，西接兴和而达东胜，东西千里，最为要塞。自大宁弃后，宣、辽隔绝，开平失援，胡虏出没，饷道艰难，宣德五年（1430）从薛禄议，弃开平，徙卫于独石。后来“三岔河弃而辽东悚，河套弃而陕右警，西河弃而甘州危”，国防遂不可问。初期国力尚强，对付外敌的方法是以攻为守，太祖、成祖、宣宗三朝皆大举北征，以兵力逼蒙古人远遁，使之不敢近塞。英宗以后国力渐衰，于是只以守险为上策，坐待敌来，诸要塞尽弃而边警由之日亟。正统十四年（1449）瓦剌也先入寇围北京。嘉靖二十九年（1550）鞑靼俺答入寇薄都城。这两次的外寇都因都城兵力厚不能得志，焚掠近畿而去。崇祯十七年（1644）李自成北上，宣府和居庸的守臣都开门迎降，遂长驱进围北京，太监曹化淳又开门迎入，明遂亡。由此看来，假如成祖当时不迁都北京，自以身当敌冲，也许在前两次蒙古人入犯时，黄河以北已不可守，宋人南渡之祸，又要重演一次了。