废立专权，野心未遂

桓温北伐本意是欲先立功河朔，然后还受九锡，渐窃朝柄。既有枋头之败，威望顿减。参军郗超乃劝桓温说：“明公既居重任，天下之责将归于公矣。若不能行废立之事，为伊、霍之举者，不足镇压四海，震服宇内，岂可不深思哉！”桓温素有野心，他曾卧对亲信说：“为尔寂寂，将为文、景所笑”，接着又抚枕而起说：“既不能流芳百世，不足复遗臭万载邪！”其部下见桓温出此不臣之言，莫敢答对。又桓温对于叛逆王敦甚为倾慕，经过王敦墓，连声说：“可人，可人”，称赞王敦能行非常之举[56]。这时与郗超一拍即合，遂定废立之事。

由于海西公司马奕（366—371在位）平素谨慎，没有过错，桓温与郗超商量，乃诬海西公有痿疾，是太监之身，并说海西公使嬖人相龙、计好、朱灵宝等与美人私通，生下二子，将要冒充皇子建储为王，改变皇家血统，倾移皇基。太和六年十一月，桓温率军从广陵返回姑孰，半路止军于白石（今安徽当涂西），带兵入朝，威逼褚太后废海西公帝位，立会稽王司马昱为帝，并草拟好诏令呈之于太后。褚太后在逼迫之下，只得同意。桓温集百官于朝堂，依《汉书·霍光传》所记废立故事，宣太后令，废海西公，立司马昱为帝，桓温命督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收海西公皇帝玺绶，又亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝。于是司马昱即帝位，改年号为咸安，司马昱是为简文帝。简文帝诏桓温依诸葛亮故事，甲仗百人入殿。赐钱五千万，绢二万匹，布十万匹。

桓温废掉海西公后，对朝中的异己力量大加废徙。太宰武陵王司马晞好习武事，为桓温所忌，殷浩之子殷涓、广州刺史庾蕴素与桓温有隙，又庾、殷二姓势力很强，亦为桓温所忌，桓温皆欲除之。乃使其弟桓秘逼迫新蔡王司马晃自首，称与司马晞、殷涓、庾蕴之弟庾倩、庾柔等谋反，然后将他们全部收付廷尉。又使御史中丞谯王司马恬上疏，请依律处死司马晞，简文帝不许。桓温又亲自上表请杀司马晞，言辞激烈。简文帝手诏答桓温说：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”[57]桓温这才作罢，改请废司马晞及其二子，其家属皆徙于新安郡。不久，殷涓、庾倩、庾柔等都遭族诛，唯庾蕴因其侄媳乃桓豁之女，桓温使其饮鸩自尽。桓温既诛庾、殷之族，“威势翕赫，侍中谢安见而遥拜。”简文帝下诏进桓温为丞相，桓温辞让不受，带兵返回白石，还镇姑孰。

前秦主苻坚闻知桓温行废立之事，很不以为然，说：“温前败灞上，后败枋头，十五年间，再倾国师。六十岁公举动如此，不能思愆免退，以谢百姓，方废君以自悦，将如四海何！”[58]

简文帝虽身为帝王，但慑于桓温权势，常惧被废，“拱默守道而已”[59]。曾对郗超咏庾阐诗曰：“志士痛朝危，忠臣哀主辱”[60]，在位不到二年，便忧愤而死。

咸安二年（372），简文帝病重，急召桓温，一昼夜四诏，桓温不至。几天后，简文帝病死。群臣惧于桓温，不敢拥立太子，有人认为应该请桓温来朝后再说，尚书仆射王彪之说：“天子代立，大司马（桓温）何容得异！若先面谘，必反为所责。”[61]于是群臣才敢立太子司马曜即帝位，司马曜是为孝武帝。简文帝临死，遗诏使太子家国事一禀之于桓温，如诸葛亮、王导故事。桓温本以为简文帝临死将禅位于己，不然便会使己如周公行居摄之事。见简文帝遗诏，很不高兴，给其弟桓冲写信说：“遗诏使吾依武侯、王公故事耳。”桓温未能遂愿，疑心是侍中王坦之、吏部尚书谢安从中作梗，心中愤愤不平。

孝武帝宁康元年（373）二月，桓温带兵入朝，朝中人心惶惶，传言桓温将要杀掉王坦之、谢安，取代晋室称帝。孝武帝诏令王、谢率百官至新亭（今南京市西）迎接桓温。王坦之恐惧不安，谢安说：“晋祚存亡，决于此行”。[62]桓温至新亭，百官拜伏于道，桓温大陈兵卫，和百官相见。于时气氛十分紧张，朝中位望稍高者皆惊慌失措，王坦之汗流遍体，错将手版倒拿。但谢安神色不变，就座与桓温谈笑自若，答对得体，气氛渐渐缓和，二人交谈多时，竟尽欢而散。

桓温入朝，因当时发生的卢悚入宫事，将尚书陆始收付廷尉，连坐者甚众。三月，桓温染病，于是回姑孰养病，在建康只呆了十四天。

桓温回至姑孰，病渐沉重，但其野心未已，逼迫朝廷加其九锡，屡屡使人催促。谢、王等人闻知其病重，故意拖延，时桓温使其记室袁宏撰九锡文，谢安屡次修改，多日不成。宁康元年七月，桓温病重身死，年六十二岁。终于没能实现他先加九锡，再渐移晋室的野心。