二、 走出中世纪
中世纪的理性屈从于信仰，并在这种屈从的地位上与信仰共存，这是由两者的实力对比决定的——社会生活的基础使信仰居于更强有力的地位。然而，随着社会重新恢复了它的生气和活力，信仰与理性之间的冲突就不可避免了。十字军东征，意大利城邦共和国的繁荣，马可·波罗游记的出版，都诱惑着人们进行新的追求，并把目光从遥远的天国转移到变化中的现实世界上来。
随着新大陆的发现和新航道的开辟，人们重新发现了“人”，重新认识了自己。这一系列伟大的发现极大地开阔了人们的眼界，推动人们产生新的需求和欲望，并由此形成了某种使生产和流通有更大自由的新经济社会制度。新的制度逐渐冲破了旧的经济形式的束缚，彻底改变了人们的生活方式，并使那种静止地看待事物的方法逐渐地被动态地看待事物的方法所取代。于是，一场伟大的观念革命便由此开始了。
在这种人们的价值取向发生变化的时代，作为提供精神食粮的教会却再也拿不出像样的东西。不仅如此，教会还以很多不光彩的方式损坏了自己的形象。
几乎从十字军东征时起，教会就开始以买卖教职作为自己的收益来源。许多把自己的土地留给教会“照管”的农民和骑士丧身沙场，他们的财产便顺理成章地转移到了教会手中。即便能有人生还，他们也大多不能收回自己的财产，不归还的理由是，教会以祈祷保佑了他们，为此必须得到酬谢。除此之外，教会还将“神恩”如同商品一样出卖，开始了大规模的出售赎罪券的活动。
赎罪券是视所犯罪恶的轻重而按照不同的价格来出售的，因而每种罪行都标定了价格。按照1470—1520年间教会铅印的价目汇编，“谁若杀害了父母、兄弟、姊妹、妻子或其他任何一个亲属，只要缴纳5—7枚土耳其金币，便可洗净罪恶”；“如果一个人同时同案参与谋杀数人，只要缴纳131枚利维尔、14个苏和6个杰尼叶，就可免予任何惩罚”；“谁若杀害了妻子，并想另娶，要是缴纳8枚土耳其银币、2枚杜卡特，便可获赦”；“鸡奸罪和兽奸罪赎价定为131枚或219枚利维尔”，“凡血亲相奸者，缴纳4枚土耳其银币即予赦免”。 (24)
教会如此贪婪，竟然利用自己神圣的地位来大发不义之财，使一些有头脑的正直之士不能不哀叹：“在这些日子里所有的人追求的就是发财，每个人都是自私和贪婪的，他们的生活一片混乱，大人物们通过暴力夺走了一切，没有人再为公共幸福操劳……最伟大的人物都淹没在罪恶的湖泊之中了，地球马上就会被贪婪所毁灭。因为人们除了填满自己的腰包外什么也不关心。” (25)
在这种人欲横流的时代里，教会不仅不按照基督的正统教义对自己的行为加以克制，反而推波助澜，败坏了自己应有的形象，不仅在金钱的诱惑方面，而且在肉体的诱惑方面，教会都以自己的丑行泯灭了自己头上的灵光。正如薄伽丘在《十日谈》中描述的：“我亲眼看见过成千个神父都是些色中饿鬼，他们调戏、勾引民间妇女，这还不算，竟然还要诱奸那修道女；而正是这班人在礼拜堂的讲坛上声色俱厉地谴责这种行为。”
一般的民众也逐渐识破了一向被人顶礼膜拜的上帝的仆人们的真面目。中世纪末一个流传的民间故事形象地反映了民众的这种心情：当一个神父在黑夜中迷路，走近一间房子叫门问路时，屋中的人便问他是谁。答曰神父。屋中人立即以异常惊奇的口吻问：“什么？神父？”神父便问屋中人为何惊异。答曰：“在我们走向地狱的途中所遇到的神父太多了，所以我想地上已不会再有神父留下。我听到仍然有一个神父还活着时当然会感到惊奇，因为我想他们已全部到地狱里去了。” (26)
在宗教改革前夕，人们已开始这样公开地诅咒教会：哦，我的上帝！那些似乎最有精神生活的人——教士、神父、修士——生活是多么荒唐！他们关心的不是服务于上帝的工作而是替魔鬼的工作做掩护！他们所做的都是表面文章，没有一点真理，一切都被掩盖在冰雪之下，绝无丝毫正义与诚实的光彩。……正义的光彩融化冰雪的一天终会来到，你们这些家伙的本来面目终会暴露。…… (27)
在这种情况下，不仅教会的威信下降，就连宗教本身，也失去了以前那种绝对神圣的光彩。在平民的日常生活中，大家随意地用上帝、圣母、圣子、圣徒以及“圣经”的名义开玩笑、赌咒发誓，已成为一个相当普遍的现象。它表明，在宗教的代表机构不能及时提供合适的精神产品时，信徒们便开始以自己的理解来对待宗教，从而使宗教本身更带“人”的味道。
信徒们这种观念的转变首先开始在爱情领域出现。
爱情作为婚姻的基础是现代社会的特征。但在中世纪并非如此，个人的意愿、感情在婚姻中往往被压制到几乎可以不予考虑的地步。
最初的基督教流派，本着纯善之情和兄弟之爱，对爱情和婚姻有美好的期望，认为上帝曾将人类的心灵与肉体完美地系于圣洁的婚姻之中。不幸的是，这种宽厚的态度未能持久，随着社会权势的日益强大以及对人们精神生活的控制，极端主义的观点取代了早期的教旨。基督教中希伯来的桎梏与希腊哲学的结合，使灵与肉的二元论变成了一座隔绝心灵与肉体的鸿沟。二元论中的所谓堕落部分，即上帝亲手创造的感官世界，几乎遭到被彻底排斥和谴责的命运。不仅爱情遭到蔑视，甚至婚姻也被视为向人类弱点作出的让步和对抗基督教完美性的挑衅。
在中世纪初期，教会把女人视为邪恶的化身而对她们表现出来的怀疑是惊人的。“所有基督教文学都极力强调男人所能感受到的对女人的厌恶感。特图里安把女人定义为‘建立在阴沟之上的庙宇’；圣奥古斯丁怀着恐惧提醒人们注意性交和排泄是两种器官的污秽结合……直到12世纪末，圣塞姆之外的所有神学家都认为，根据圣奥古斯丁的教义，本源之罪就包含在生殖的规律之中：‘性欲为恶……通过性欲而产生的肉身是罪恶的肉身。’圣奥古斯丁曾这样断言：‘自从人类堕落以来，两性的结合就一直伴随着性欲，因此它将本源之罪传播给人们的子女。’” (28)
正因为这样，教会制定了抑制法规，并以极大的规模强制推行。这部法则基于一个残酷而又荒唐的反自然观念，即认为人类的性爱至多不过是一种令人遗憾的必需，它甚至要求已婚夫妇都要尽量避免拥抱。
婚姻尚且如此，婚姻之外的情感当然更不能为教会容忍。因而，教会的一个重要任务就是将这种不得不允许存在的“罪恶”限制在婚姻这样一个范围内。在中世纪早期的英国，教会的第一个任务就是确立人们终身不渝的一夫一妻的婚姻制度，足见教会对此事的重视。而且，这种婚姻基本上是男方和女方家庭精心安排的，大体以一种交易形式进行。当双方家庭都认为满意时，婚姻就被确定下来，婚姻当事人的意见是无关紧要的。于是，青年男女，无论他们对自己的感情生活是否满意，都只能在一种不是按自己意愿确定的结合中终其一生。
但是，人的感情生活和自然本能一样，是不可能被完全压制的，与正统观念作对的放肆行为在中世纪仍然随处可见。普通人如果不能按照教会的戒律循规蹈矩，成为一个修士或禁欲主义者，他便可以以两种方式处理自己的感情生活：一种是极度放荡不羁地纵欲作恶，一种则是骑士式的对罗曼蒂克恋爱的追求。而后者这种最初由少数高贵人士所追求的能在精神和肉体两方面都能超脱教会关于性肮脏的说教的罗曼蒂克恋爱，在中世纪后期逐渐开始成为社会生活的主流。在英国，罗曼蒂克式的恋爱至迟在13世纪就开始了。
下面一份资料非常形象地记载了社会生活的这种变化：
13世纪初，一位牛津的青年姑娘，在与同一城镇的一个青年男子结婚之后，却对另一位青年小伙燃起了更为强烈的爱情之火，并由此径自离开她的丈夫，公然与她的情人同居一处，俨然已经成为他的妻子。她的丈夫谴责她，劝她回头，然而她毫不理会，于是她的丈夫便向教会控告她。主教立即严厉地训斥了这个姑娘并要求她立即回到她的丈夫身旁。但这位姑娘得到母亲的支持，竟然宣称她宁愿死也不愿和她丈夫生活在一起。为了解决这件伤风败俗之事，神父把她和她的丈夫都召到教堂，并要求她给她丈夫一个吻，她丈夫也给她一个吻，以便和平地了结此事。结果这位姑娘当着神父的面在圣坛前往她丈夫脸上吐了一口唾沫。神父当场宣布开除她的教籍，她根本无动于衷，回到家后，她依然我行我素，毫不动摇，也无任何悔改之意。于是，她突然被魔鬼闷死，受到了应有的惩罚。 (29)
不难看出，无论哪一种宗教或文化，都不可能完全驯服人类心中的爱情之神。在中世纪后期及近代后期，这种状况更为普遍。其主要表现形式，就是过去完全为世人所不齿的私奔成了一种时尚的行为。英国的诸家报社，只要有可能，就经常刊登“格莱特纳·格林村”长盛不衰的私奔生意。
私奔的情侣最先是偷偷乘船逃到根西岛或其他距英格兰海岸不远的小岛上，当英国国会将这些岛关闭之后，这些被爱情所驱使的男女们便把注意力转到苏格兰的更为便当的“格莱特纳·格林村”，因为英国的婚姻法案对苏格兰不具有效力，只要私奔的男女逃到那里，他们就算躲过了亲友的追踪，并在一名所谓的“婚仪牧师”的注册下完婚，而这些“牧师”往往是些酒肉之徒，甚至连挂名的牧师职位都没有。在那样的岁月里，任何一个人，只要他在距苏格兰边界一英里的地方散步，就有可能目睹被作家们以戏剧性色彩描写的情景：
卡莱文镇上某一客栈提供的轻便旅行马车，套着四匹快步如飞的驿马，以每小时十六英里的速度风驰电掣而来。每个驭手一边用脚镫使劲踢刺坐骑那汗淋淋的两肋，一边不停地挥动手臂，猛抽狂奔的前马。当这些面如死灰，策动奔马，犹如在一场不分高低的赛马中作最后冲刺的驭手们从他身边掠过时，他看到车内的新郎从前窗伸出头来，声嘶力竭地高喊：“快呀！快呀！我们把他们抛下啦！准时赶到那儿，每人五十个几尼！”五分钟后，两名年长的追逐者，以同样疯狂的速度疾驰而来。只听其中一个人问道：“前边还有多远？还能抓着他们吗？”“还剩五分钟，晚了就全完啦！”答话人的话音未落，只见前面逃跑着的马匹突然栽倒，挽具顿时折断，马车随之掀翻；或者发生其他不测事故，将逃难者的满腔希望化作泡影。一场追逐赛以追逐者的胜利而告终。 (30)
显然，从13世纪起，在欧洲各国已开始了一场静悄悄的“性革命”，或称“罗曼蒂克革命”。参与这场革命的年轻人，他们更注重内在感情而不是外在条件，诸如财产或父辈的希望。而当这种感情生活成为一种社会潮流，并向旧有的婚姻形式提出挑战时，它就蕴含着一种转变，即以集团、宗教、血缘关系为基础的社会向以个体为基础的社会转变。这种转变中包括着：绝对财产权的确立与集团所有制的衰落，作为生产与消费基本单位的大家庭的消失，货币商品经济的发展，永久性工资阶级的成长，谋利动机增强并得到适当的鼓励，城市的扩展，现代工业的出现，妨碍合理追求经济成功的“魔法”和“非理性”力量的消灭，社会流动性的增加，个人独处机会的增多，等等。于是，个人从家庭、村庄、宗教的约束下解脱出来，其罗曼蒂克恋爱成功的概率大大提高，于是，以往只是个别的、偶然的悄悄燃烧的爱情之火，如今开始成为一场燎原大火了。
人们感情闸门在爱情方面的启动，不仅意味着社会的客观环境使人们开始有“能力”谈恋爱，而且也标志着他们价值观念的变化。这种变化被马克斯·韦伯称为“世界的复苏”。它表明人们的内心世界开始从一种中世纪的、神秘的、不可捉摸的魔咒世界转变成为一种职员、商人式的理性化的世界。这种转变意味着对旧观念的告别，而首先告别的是中世纪的绝对善恶的概念。
绝对善恶这种概念发生转变的社会经济根源在于，许多新的被人们所渴望得到的美好的东西产生于非个人力量所能控制的外部世界，要获得这些东西，只有通过货币交换、雇工、短期的契约合同、常年的对外贸易等新的方式。人们的交往增加了，传统的对外封闭式的心理让位给一种开放的、理性的人生态度与世界观。
黄金在这一转变的过程中起着重大作用，对金钱的追求使人们再也无法清楚地证明什么是恶，什么是善。这种善恶界限的模糊或是交融在弥尔顿的长诗《失乐园》中表现得最为明显，这是一场善与恶的斗争，然而斗争却不是在对立的两方进行，而是在同一原则的基础上进行。诗中提出：善与恶虽完全不同，却又是同一回事。人们得到的欢乐、幸福是善，上帝赐给了人们幸福生活的权力，因而人们应该尽情地享受上天的恩惠。弥尔顿又在《科马斯》中写道：
大自然伸出手来，好不慷慨豪爽，
让大地布满芳菲、牛羊和瓜果，
让大海中繁殖不知其数的鱼虾，
无非要取悦满足贪吃的口腹？
她命令千千万万纺织的虫做工，
纺出柔软的丝，在绿色的工厂中，
为了装饰她的儿子。没有一个地点，
缺乏她的财富。在她自己的腰间，
有宝石和人人羡慕的那种金矿，
为她儿女贮藏着。要是世上个个
都喜欢刻苦节约，吃些粗粮豆菽，
喝些清泉水，只穿一件粗毛衣衫，
赐福的主就会受不到感恩、颂赞。
财富发现不及半，却被看作不屑，
这样岂不把他当作吝啬的主人，
把他看成死不放手的守财奴。
我们像大自然的私生子，不像亲儿郎。 (31)
然而，正是这块善的土地，却产生了恶，对物质享受的追求和对黄金的渴望，使原有的人际关系和观念发生了颠倒。正如莎士比亚在《雅典的泰门》中描写的那样：
金子！黄色、闪光、宝贵的金子……
这么一点点就足够颠倒黑白，
美丑，是非，尊卑，老少，勇懦……
这黄色的奴才，
能制造或破坏宗教；祝福罪人，
麻风病人被当作情郎；有了它，
在元老会议上，强盗可以封官获爵，
受人们的跪拜，颂扬，有了它，
老朽的寡妇也能再作新娘。
基督使徒圣保罗曾说，“喜欢金钱是万恶之源”， (32) 这本是以基督教为本体的西方文明的主要精神支柱之一。但是与商品有关的贸易等追求金钱的活动同样也是西方文明的一个主要支柱。这两者之间一直存在着一种内在的有机联系，因此，如果寻根究底，便会发现万恶之源也是万善之源。甚至在伊甸园那样的天堂中，恶也会不可避免地存在，并且最终战胜了善（受魔鬼的引诱而追求尘世生活的幸福）。于是，善恶的界限便不可能截然地加以划分，人们在中世纪的禁欲主义氛围中，根据教会的标准制定出绝对的善恶标准，但这样的标准只适合于特定环境下的非商品经济的社会生活，一旦商品经济开始占据社会生活的主导地位，绝对的善恶标准便不复存在了。人们只有将这种标准置于特定的环境和背景中，加以理智地分析和考察才能做出结论。这样，在有意无意之中，人们思维的世俗化和理性化的程度就得到了提高。通过对新的社会生活方式的观察，人们发现，新的天堂竟然是建立在地狱之上的，而地狱的基础恰好又是天堂。这种考察的结果必然否定过去的善恶标准，而英国人在好几个世纪里已经习惯在一个并非绝对的世界里生活，而是在一个相对主义的世界里生活。这样，金钱在这里起作用的速度自然也就超过了西欧的其他国家。
当然，善恶观念改变的一个最重要的因素是人类控制自然能力的提高，从而使自己不再惧怕那种非自然的神秘力量。随着生产水平的逐步提高，新的发明和新的发现一个接一个地出现，自中世纪以来一直生活在恐惧之中的人们现在开始有了自信心，他们生活中的危险和不安定因素减少了，意外的打击（如瘟疫、天花等）也不再如过去那般严重和频繁，对于一个逐渐变得“可知”、变得可以通过人类自身努力去驾驭的世界，非理性的思维结构便自然而然地被一种合乎逻辑的思维结构所代替。在一个能够通过人类意志去计划、去控制、去建设和改造的世界中，邪恶的、过去无处不在的魔鬼便再无藏身之地了。既然恶魔已被根除，就迫使人们反过来寻找自己不幸的真实原因，于是“科学”便开始渐渐取代了“咒语”的位置。
现代意义上的“科学”虽然直到16世纪才开始形成，但其根源可以追溯到文明的初期。它既起源于巫师、僧侣或哲学家的有条理的思辨，也起源于工匠的实际操作和传统知识。人类的理论活动和实践活动的交互作用是科学发展的重要原因。不幸的是，在中世纪，从事理论科学工作的人——主要是僧侣，完全与从事直接技术生产的人们脱节，僧侣们的生活优于工匠而且更受人尊敬，这项职业往往也就能吸引最有才华的人。对于生活有保障而毋须关心世俗之事的人来说，神学和形而上学是一种有趣的智力游戏，他们并不关心他们的研究与思考是否与实用技术有关，相反，由于中世纪的教会希望保持自己对思想的统治地位，也由于中世纪的人们面对的几乎是不变的世界与生活，理论家与实干家工作性质的脱节就不会引起社会的干预。另一方面，与实践挂钩的科学研究往往得出与《圣经》不符的结论，这也是一件危险的事，它会导致对正统思想的怀疑并最终因此而获罪。只要有可能，教会总是千方百计地压制真正的科学思想的发展。从这个角度考察，中世纪式的、以原始的经济为基础的、以思想控制为特征的社会，既不需要先进的科学，也不愿为科学提供发展的机会。类似于哈格里夫斯的珍妮机的纺纱机在13世纪就出现过，但不久就因其“破坏了”中世纪的社会经济生活秩序而被禁止使用。 (33)
依靠对科学思想的控制，中世纪建立起相对稳定的社会制度，然而，正是由于这种稳定是以停滞不前为代价的，它的稳定状态也就不可能持久。商业贸易活动的存在始终是欧洲经济生活的一个特点，社会秩序和安定有助于贸易，贸易使财富积累起来，而财富积累到一定的程度便会要求社会提供新的科学技术，当原有的社会框架不能满足这样的要求时，各种各样的变革和革命就开始了。
变革首先在天文学领域内开始。在这个领域内，理论与实践从未完全脱节，这是天文学的特殊性质所决定的。农业和历法的制定需要天文学，商船航海也需星座来指引航向，这种实用性使天文学不可能成为完全脱离社会生活的玄学，而是能不断吸引人类各项智慧成果的学科。天文学是可以用数学对外部世界作出有效解释的唯一领域，星体的运行是有规律的，并且极为复杂，这就迫使天文学家们一连数代人运用已有的科学知识对星体的运行进行观察，并加以合理的解释。这样，近代科学思想在这一领域的突破，也就不是偶然的了。
新大陆的发现和新航道的开辟，在欧洲掀起了航海的热潮。航海成为推动科学技术发展的强大的新动力。它不仅向天文学提出了新要求，而且为天文学的发展指出了新方向。航海中不但要辨别方向，而且要确定船只在一望无际的大海中的位置。参照天空的星体可以确定船只所在的经纬度，这就要求天文学家编制出精确的航海行星运行表。托勒密的地心学说体系明显不能满足这一要求，新的理论需求便由此产生。海上强国西班牙、葡萄牙和荷兰都曾悬赏征求经度测定法；哥白尼也是在这种航海大发展的年代里开始研究天文学；伽利略则通过望远镜发现木星有四个卫星，制定了木星卫星的运行表，他把这个表作为测定经度的一种方法去应征。在航海活动的推动下，欧洲各国相继建立了天文台，学校开始讲授天文知识，确立新的天文学体系，一场静悄悄的革命由此开始。
天文学的发展直接促进了数学的发展。这种数学主要不是抽象数学或纯数学，而是与实践活动如天文、航海、地图学、机械、发射学等紧密相关的应用数学。 (34) 伦敦的商人甚至建立专门的数学讲座来训练航海人员。
航海同时推动了力学的发展，不仅船体的设计需要准确的力学知识，精密的计时器也需提供新的力学概念，于是，在科学的这一领域，新一代人的思想开始冲破中世纪宗教神学的经院哲学的框架。他们不再重视出身、血统以及经典的理论，而是重视金钱、实验知识与个人的奋斗。这种思想解放的趋势影响和鼓舞着工匠、技师、工业家、商人、自由职业者、科学家乃至贵族们一起来探求自然的奥秘，理论与实践开始更紧密地结合起来，而过时的、不再能给实践以正确指导的理论与神律，也就逐渐丧失了它们在思想领域中的主导地位，而那种静止地看待事物的方法也就随之被能动地看待事物的方法所取代。这种方法导致了真正的近代思想的产生，它使人们终于开始挣脱宗教的束缚，并以科学和理性的眼光来看待自己和周围世界的关系。
新的社会需求的出现，教会威信的丧失，对爱情的渴望，对尘世幸福的追求，善恶观念的变化，科学技术的突破等等，标志着中世纪的思想体系已经开始崩溃，一种新的思维体系就要诞生了。
理性主义即产生于这种旧体系即将终结、新体系朦胧形成的精神解放的氛围之中。它受自由、发展和进步这样一些观念的支配，反对因循守旧，反对专制统治，维护思想自由，倡导批判自由。理性主义是新兴阶级的哲学，它在理性的口号下，坚持维护新兴阶级的创新行动及其在经济、政治和社会方面的目标；它反对把一切既定制度看作是永恒的、不可改变的东西，主张批判现存的不合理的状况；它首次勇敢地提出：世界并不完善，要使世界具有与理性相一致的内容和特点，就必须改变这一世界。
这种新的思想与人们渴求尘世幸福的强烈欲望汇集在一起，成为一股不可阻挡的历史洪流，迅速地改变着中世纪欧洲遗留下来的政治社会框架和思维框架。由于各国文化传统的差异，理性主义——这种近代思想的主要标志，在各国也经历了各不相同的发展道路。
在德国，由于农民战争失败而受到挫折的资产阶级，不得不长期仰仗旧贵族的鼻息。《威斯特伐利亚和约》的签订又造成了民族国家四分五裂的局面，心灰意懒的资产阶级，只好把自己的目光重新从世俗转向宗教。最早由德国宗教改革产生的理性主义，由此绕了一个圈，重新回到了宗教和纯粹思辨的领域，结果，理性主义在德国最重要的成果只是留下了一套过于畸形发展的哲学。
在法国，由于王权的强大和国家机器的庞大，新兴的资产阶级支持君主反对贵族。因此，法国的理性主义从一开始并不直接反映资产阶级的具体要求，而是以比较抽象、较空洞的观念形态去表述经济社会制度中正在发生的变化，并揭示理性的行动怎样才能在历史的进程中取得进展。它使进步蒙上了一层唯灵论的色彩，认为人的作用就在于能通过获得更多的知识和追求更高的道德境界而达到一种使个人和所有的人都融为一体的完美境界。所以，法国最初的理性主义表现为普遍的人寓于每个个人之中这样一种抽象的观念。法国大革命后理性主义虽然日益同社会现实结合起来，却仍然带着一种浪漫的、富于幻想的特质。
理性主义在英国的发展却迥然不同，资产阶级在那里通过与君主制度和贵族的妥协而获得了掌握权力的入场券，理性主义因之带上了一种有节制的、半保守的、异常重视实际的色彩，它倾向于为现实存在及新兴阶级的利益进行实在的辩护。在这样基础上产生的英国式理性主义的最大特征不是把精神同物质对立起来，也不是把人与自然界对立起来，而是致力于揭示那些把人束缚于自己所处环境的各种关系，因而较快地从唯灵论发展为唯物主义，并表现为经验论和感觉论。
当然，理性主义在任何地方的发展都不可能一帆风顺，由于千百年来宗教势力和传统习惯势力的强大影响，要使理性主义变成英国民族思想一个重要的组成部分，也必须经历漫长的发展过程。理性与宗教、科学与迷信之间在思想领域的斗争一直持续了几个世纪。
认为中世纪初期的人都是虔诚的信徒显然是荒唐的，但有一点是肯定的，那就是的确没有人敢于公然嘲讽教会所奉行的原则。 (35) 随着教会威信的丧失，人们对宗教的教义也开始冷淡和怀疑起来。这首先反映在很多行吟诗人的诗歌中，他们对教会规定的一些名不副实的戒律表示不满，讽刺僧侣的欺骗行为，揭露教会对人民的压迫。但在思想领域里正式与正统教义交锋的第一个英国人，却是约翰·威克里夫（John Wycliffe）。
威克里夫于1372年获得了牛津大学神学博士学位，并在牛津任教。他是个实在论者，认为上帝的命令不是任意的，现实世界并非许多个可能世界中的一个，而是唯一可能的世界，因为上帝担负着选择最善的义务。然而使他成为一个思想异端分子的倒并不在于他的这些主张，而在于他在牛津所作的系列演讲“论公民统治权”。
他提出只有正义才配享有统治权与财产权；不义的僧侣是没有这些权益的，至于一个教士是否应保留其财产权则必须由俗界政权来决定。他更进一步地教导说财产是罪恶的结果，基督和使徒们都没有财产，因此，僧侣也应该无产。对教义的这种解释几乎触犯了一切教士，但英格兰政府欢迎这些教义。按照罗马教廷的说法，教会源出于神，国王和王公都必须服从教会，所以教皇可以理所当然地从英格兰调走巨额贡赋。现在威克里夫则把两者的关系颠倒过来，主张教会必须服从国王，教权必须服从世俗政权，这当然对英格兰政府有利。
以后，威克里夫继续发挥自己的论点，认为国王才是上帝的代理者，因而主教应该服从国王。他甚至认为教皇是敌视基督的人，又说承认君士坦丁的赐予一事使得以后的历代教皇都成为叛教者。最后，他又攻击祭司权，并进而否定了化体说，把化体称作是一桩欺骗和渎神的蠢事。 (36)
威克里夫最后严厉谴责了教士们的不轨行为，认为他们盗窃、偷奸，干了不少坏事，并要求教会、教士和教皇停止一切罪恶活动，重新过一种和耶稣基督一样的贫困生活，这样才能表明他们是虔诚的信徒。 (37)
威克里夫并不想否认上帝至高无上的权威，但他要求宗教必须适应变化了的社会状况。于是，他把对上帝意旨的解释权从教会那里转到了世俗政权那里。这不是一个简单的变化，它表明，为了信仰而理解的中世纪时代正在结束，为了理解而信仰的时代正在到来。威克里夫从自己理解的角度向教会的正统教义提出了强劲的挑战，那就是，上帝不是一个亘古不变的神圣原则，它必须为现实世界的改变而调整自己的形象。
那么根据什么原则进行这种调整？威克里夫并未直接回答。然而他自身的经历却已表明了这种原则。威克里夫的学说引起了教会的惊恐，并一度受到迫害，但他受到了英国王权和民众的保护，从而避免了类似布鲁诺那样的厄运。王室与民众的行动表明，他们意识到了威克里夫捍卫的是他们自身的利益，因而，保护威克里夫就是保护自身。那种为了信仰而盲目行动的时代似乎已告结束，人们已开始用较为理智的眼光来重新审视现实世界。一种新的原则也就不为人觉察地出现了，那就是现世需要应高于宗教需要，宗教应能为现世服务。
这时候，民族主义的兴起已使人们的观念发生了变化。不少英国的有识之士已认识到：在政治方面，国家的政策在不同的时期有不同的变化以便与变化了的环境相一致，这是一种正常的现象，尤其这种变化是非常必需并有着明显好处时更是如此。他们甚至到宗教中去为自己的原则寻找依据。认为上帝自己也是主张变革的，基督本人不也就把某些“旧约”里的东西在“新约”里加以改变了吗？ (38)
威克里夫向中世纪观念宣战的过程中似乎没有获得什么明显的成果，也未确定信仰与理性之间谁更重要。因为威克里夫本人是一个虔诚的信徒，他并不想推翻整个宗教体系，而只是想将过去的过时的教义改变为一种新的哲学。然而，他的行动本身却为英国理性主义的形成铺下了第一块基石，即世间没有亘古不变的原则，经常的、适时的变化是必需的。
英国早期理性主义者活动的一大特点是：它并不想否认宗教在社会生活中的作用，而只是力图将其按照理性的模式进行改造。他们企望与宗教进行妥协的特点在时隔不久的罗杰·培根（Roger Bacon， 约1214—约1292）身上表现得十分明显。他认为理性的方法是实验的方法，神学的武断教义在逻辑上也许讲不通，但在宗教上来说则是真实的。这是一种折中的妥协，但是一种“势力范围”划分的尝试。它表明理性主义的成分已进入基督教徒的生活中，理性已不再是需要信仰来制约的力量，而应成为人类在处理自己事务时的合法助手。
这种特点在托马斯·莫尔（Thomas More）那里表现得更为明显。托马斯·莫尔以其《乌托邦》一书而闻名于世。乌托邦是一个近代人道主义的理想乐园，然而有趣的是，在这个乐园中，人们在形成自己的伦理道德标准时，不仅遵循理智的指引，而且仍然信守宗教。乌托邦人有自己的宗教，但主张每个人都享有信教的自由，整个社会实行宗教宽容的原则。乌托邦人在宗教上的共同之处是全体公民必须严格遵守有利于全社会的理智道德准则和业已制定的政治条例，即人类的高尚道德——仁慈，还有个人利益与社会利益的结合，以及不准不同教派互相倾轧。
莫尔认为，要遵守这些理智的道德和政治准则，最可靠的保证就是相信灵魂不灭。也就是说，必须依靠信仰来保护理智的准则的实施。谁不相信灵魂不灭，乌托邦人就指责他是一个不承认任何伦理道德标准并把满足“自己的个人欲望”看得比公共利益还重的人。对这种人的罪过只能绳之以法。 (39) 当然，乌托邦人并不赞成对这些人加以迫害，因为他们相信，这些丧失理智的人，最终会向理智让步。
乌托邦人仍然相信上帝，然而上帝的形象已经改变。因为每个人都可以依据自己的宗教，自由地想象上帝的形象。不仅如此，虔信上帝的传教士，其主要义务却是教养正在成长的一代，使他们关心科学，关心义务，关心社会风气，关心道德。事实上，不管莫尔自己是如何地虔诚，他的理想传教士不是教堂的牧师而更像是穿着宗教制服的启蒙学者。
莫尔的观点如果仅从表面看，似乎仍然在强调信仰的重要性，强调理智居于信仰之下。但实质上绝非如此，这在他与路德的争论中表现得尤为突出。路德认为，信仰的好处在于它能摧毁理性并扼杀惨无人道的人，否则，此人就有可能毁掉整个世界及其一切生物。他甚至说，理性是“恶魔的第一个荒淫女人”。因此，路德认为，在偏重信仰和拒绝理性时，“我们向上帝奉献了只能给他的最适宜的祭品”。 (40)
莫尔坚决反对路德的观点，他承认增加人的智慧与加强道德理性、传播知识和发展文学的重要意义，承认宗教在哲学方面的探索原则。莫尔反复强调不能把理性和信仰对立起来，并证明理性不是信仰的敌人，而是信仰的仆人。就宗教改革的激烈程度而言，路德是远远超过莫尔的，在对待传统封建意识的堡垒天主教的态度上，他比莫尔更激进，更加不可调和；然而，他试图取代旧宗教的不是理性，而只是一种新的宗教，这种新的宗教狂热和他对理性的世俗知识的藐视已经隐含着一种危险的倾向，一种绝对主义的、反科学的倾向，因此，当新教运动的发源地并未成为近代思想的摇篮时，也就毫不使人感到奇怪了。
莫尔并非反对宗教改革，但他希望的改革是在理性控制之下的改革，而决不是用一种更为极端的宗教取代原有的过时的宗教。因而，在变革的方式上，莫尔坚决主张应该在原有的框架和体系内进行，而不是将原有的体系彻底毁坏。重要的是取得实质性的进展，而不是取得某种形式上的胜利。
莫尔与路德的争论并没有解决信仰与理性的关系问题，但在这一场争论中已显示出英国早期理性主义者的特点：他们主张变革，但并不希望这种变革向极端主义的方向发展。影响这种特点形成的，除了英国已有的政治传统外还有一个因素，就是英国教会一开始就有的弱点，他们从未获得天主教会在欧洲大陆各国那种君临一切的主宰地位，因而，教会利用宗教的权威对思想的压制也从未达到欧洲大陆那样骇人听闻的地步。就是在中世纪最黑暗的日子里，英国的大学也享有足够的学术自由，威克里夫的“异端邪说”能长期在牛津大学的校园中流行，就是一个例子。正因为如此，理性主义者在考虑宗教改革时，首先考虑的是如何不要损坏人类的精神财富，尽可能利用原有的框架进行改革，而不是怀着仇恨的怒火，把过去的思想遗产（无论其对现实有益或有害）一把火烧掉。应该说，正是英格兰教会从来不具备事实上的行使极端主义的权力，使理性主义者对其也采取了相应的宽容的态度。
教会的权威受到了来自两方面的挑战，首先是世俗政权的挑战。早在1515年，就有一次重大事件动摇了英格兰教会的权威。伦敦的成衣商理查德·亨尼（Richard Hunne）起来反对教会征税，结果这场纠纷发展成为对教会权威的勇敢挑战。亨尼被捕，被教会关进罗拉德塔，后来有人发现他吊死在那里。这究竟是自杀还是他杀？教会做不出令人满意的解释。议会和伦敦市的反教会态度越来越强硬，它们甚至反对伦敦主教本人。几年后，下议院起草了必要的议案，要求修改避难权，取消殡仪费和遗嘱检验费。这个举动遭到了费希尔主教的非难，他认为这是议员们缺乏信仰的缘故。当愤怒的议员们获悉了这一非难的内容后，以议长为首的三十多名议员立即组成代表团向国王申诉，迫使费希尔主教改口向议员们认错，然而议员们仍不满意。此后，国王亨利八世又借口教士违犯了为限制教皇权力而制定的《普雷穆奈尔法规》，在赦免他们的同时，向宗教会议索取了大量金钱。其中有坎特伯雷大主教辖区的10万英镑，有约克大主教辖区的19 000英镑。经过进一步谈判，亨利还得到了一个新头衔，1531年2月7日，教士们承认国王是他们的“特殊保护人和唯一的最高君主”，甚至在不违反宗教法的情况下，奉他为“最高的宗教首脑”。 (41)
由于亨利八世与教皇在离婚案上的仇怨，他便渴望进一步控制教会，以便彻底与罗马教廷分离。亨利的下一步行动是迫使教土服从国王的无上权威。他责令下议院准备一份文件，叫作《关于取消主教审判权的呼吁书》，目的在于打击宗教法庭的权力。宗教会议起初采取强硬态度，后来含糊其辞地表示顺从，但是亨利拒绝让步。最后，教士们同意了他提出的条款，使他成为英格兰教会的实际首脑。当1532年5月16日下午这份文件重又送交国王批准时，他已经取得了对英国教会的控制权力。以后，亨利又指定下属起草了《上诉法案》，废除了教皇在英格兰的残存权力。又过了一个月，亨利写信说，他是“国王和君主，除了上帝外不承认任何权威、不服从世间的任何法律”。英格兰从此同罗马完全决裂。 (42)
宗教势力的代表——英格兰教会由于受到这一打击，在思想控制方面履行职责的能力大为削弱，但除了受到政治上的压力外，教会的权威还受到了自然科学发展的挑战。
自然科学很长时间之内一直被包容在占星学的领域内。占星学在中古世界具有特殊的意义和作用，它提供了一个诱人的知识结构，提供了一个对人类自身各种无法预测的行为以及自然规律的解释系统。从理论上讲，没有占星学所不能解释的事，正如一个中世纪的权威所讲：“谁要是熟练地掌握了占星学，除了他应该由此拥有知识外，世界上便再也没有什么可以通过理智去获取的东西了。” (43)
在不受任何科学解释系统的挑战，甚至除宗教外根本不存在任何独立思维体系的情况下，占星学几乎承担了对人类所有不幸、所有烦恼的根源的解释工作。也正是由于缺乏科学的解释系统，占星学取得了在知识和实验技术领域内无可替代的地位。这种地位的权威性以及它在现实生活中的实用性，要求它能提供一种对普遍的自然规律的解释。在中世纪，占星学与宗教各自发挥着不同的作用，宗教提供一些大的伦理及人生准则，而占星学则必须对某一事件给予确定的解释。由于必须经常与给定的事件联系在一起，尤其是要与事件或人物的因果相连，这就使几乎与巫术等同的占星学具有了一种介于宗教与科学之间的性质。它不仅在普通人中，而且在知识阶层中都造成一种状况，即人们如果不去相信占星学的逻辑推导出来的知识，那就根本不会相信通过理性可以获得任何知识。
占星学首先解释了人与人之间为什么存在着巨大差别。根据占星学的理论，星座在不断变化，每一个人在出生之时都受这种变化的影响，并由此影响到个人的性格、能力与命运。这种解释尽管有时显得离奇荒谬，如两个在同一时间出生的人命运完全相反等，但它毕竟产生了人类第一套系统的分类学，并创造出一整套专门的学术用语，为以后的社会科学家和自然科学家用科学的方法使用同一套语言系统进行研究奠定了基础。
不过，占星学有自己致命的弱点，除开它的非科学基础，它的解释系统还过于僵化。星星和星座的数量是有限的，变化也是可以计算的，因而占星学也就只好在一个狭窄的范围内解释。为克服这一弱点，很多明智的占星学家便尽力将占星学与某些种类的科学联系起来分析事件和预测未来，这样，有意无意地将其他领域中卓有成效的方法引进了占星学的体系，使它渐为精确，并带有越来越多的科学的成分。
占星学家们的一个重要的努力方向就是使事物变得更有秩序，以便按照这种秩序给予事物以确定的解释和预测。同时，它还努力创造使世界万物变得有秩序的工具和手段——各种观测仪器，以及相应的考察方法。
正是这些观测仪器，尤其是观测星象所用的望远镜，引起了一场否定占星学本身的革命。虽然在望远镜发明之前哥白尼的日心说已动摇了中世纪关于地心说的基础，但教会还可用很多借口来对其学说进行非难。然而，当伽利略利用荷兰眼镜商的成果制造出第一架天文望远镜后，形势便发生了巨大的变化。这种望远镜起初只能放大三倍，经改进后能放大32倍。伽利略用这个望远镜观测到：太阳上有黑子；月亮上有的地方平原千里，有的地方却高山耸峙；木星有四个小卫星绕它旋转，就像月亮绕地球转动一样；银河是由许许多多恒星组成的。这一系列通过观察而不是通过推理得出的结论轰动了欧洲，人们认为，哥伦布发现了新大陆，而伽利略发现了新宇宙。
伽利略的发现沉重地打击了经院哲学和教会，对占星学本身也是一场革命。过去人们一直认为上帝创造的世界是完美无缺的，但现在不但月亮有了斑点，连太阳也有了缺陷。这就根本动摇了上帝创造世界的基本宗教信条。与哥白尼不同之处在于，伽利略的发现可以“眼见为实”，他一再邀请经院哲学家和神学家用望远镜观测天象，他们不但加以拒绝，反而诬蔑伽利略是骗子，望远镜是“魔鬼的发明”，是伽利略用符咒把新星星从天空中“咒”出来的。
为此，伽利略在不久之后也受到了教会的迫害，这使以后的科学家在涉及宗教与哲学的问题时不得不十分谨慎小心。然而伽利略使用望远镜却是一个重要标志，它表明曾是宗教的分支和支柱之一的占星学开始和宗教告别而转上了沿着科学轨道发展的道路。虽然占星学中一直隐含着科学的因素，但只是到伽利略，占星学才开始与宗教分道扬镳，科学的方法与实验的方法逐渐占据了主流。于是，孕育在占星学母腹中的科学也就此脱胎而出，开始独立发展成社会生活中一支日益重要的力量。
与旧的占星学相比，新科学的基本特点之一就是坚持所有的真理都必须得到证明，并强调直接经验的重要性，对不加试验就加以接受的先验做法表示厌恶。这实际上已经开始形成了另一种新的思维方式，正如塞缪尔·巴特勒（Samuel Butler）所说：“不通过检验就不会有确切的知识。” (44) 正是这种科学的信念，解释了为什么著名的医生敢于亲手将中世纪人们视作巫婆精灵的蛤蟆的头脑进行分割解剖，以探求里面究竟藏着什么奥秘；也解释了另一位著名的占星学家亨利·布里格斯（Henry Briggs）转向改行的行为——他发现占星学的很多原理得不到证明，便放弃了他对占星学的兴趣转而研究数学，最后成为著名的数学家。
自然科学的进展使得过去曾是教会支持力量之一的占星学变成了它的挑战者，教会的权威显然进一步遭到了削弱。如果说在欧洲大陆罗马教廷尚可利用自己的力量来压制科学与理性的发展，可以通过火烧布鲁诺、禁止哥白尼的著作、审判伽利略来威吓具有新思想的人们，英国的教会则没有如此效法的可能性——因为它事实上已不具备独立压制思想或控制思想的能力了。正是在这样的背景下，弗兰西斯·培根（1561—1626）提出了自己的革命性思维方法。
自然科学的进展与英国社会的发展迫切地需要解决一个思维方面的根本问题，即信仰与理性之间，谁的地位更高？当两者发生不可避免的冲突时，究竟是由理性还是由信仰充当最后仲裁？
培根正是在这一点上提出了自己革命性的见解，他以洪亮的声音指出，“知识就是力量”。值得注意的是，他在这里强调的知识不是来自上帝或先哲的典籍，而是来自人类自身的实践经历：
人类获得力量的途径和获得知识的途径是密切联系着的，二者之间几乎没有差别；不过由于人们养成一种有害的积习，惯于作抽象的思维，比较万全的办法还是从头开始，阐明各门科学是怎样从种种和实践有关的基础上发展起来，其积极作用又怎样像印戳一样，在相应的思辨上留下印记并决定这种思维的。
他进一步宣称：“人，既然是自然的仆役和解释者，他所能做的和了解的，就是他在事实上或思想上对自然过程所观察到的那么多，也只有那么多；除此之外，他什么都不知道，也什么都不能做。” (45) 也就是说，人的经验是一切知识的来源。
培根第一次在科学上最完备地制定了认识的归纳法。他认为感觉是完全可靠的，是一切知识的源泉，科学是实验的科学，科学就是用理性的方法去整理感性材料。培根断言，在认识过程中必须从因果关系、从分析个别事物和现实着手，任何可靠的真理都必须用大量事实做根据；人们把大量事实加以比较，就可能从单一的、个别的认识上升到一般、上升到理论。他认为人不能学蚂蚁，只是收集；也不能学蜘蛛，只从自己肚中抽丝；而应该像蜜蜂，既采集又整理、选择，这样才能获得准确的知识。培根还把归纳、分析、比较、观察和实验看作是理性思维的主要方法。
与此同时，培根还强调了科学的目的性与重要性。他认为科学的真正目标，就是用新发明和新发现来改善人类的生活，在所有能够给予人类利益的事物当中，没有什么比发现新技艺和新商品来改善人类的生活更重要的了。人类的先进社会与野蛮部落之间的重要差别不是别的，恰恰就是科学水平的状况。也正是在这个意义上，人们可以自豪地宣称，知识就是力量。
在科技进步日趋发展的潮流中，培根已经提出了一种新的思维方式和新的哲学。正如马考莱所说：
那么培根为自己提出了怎样的目标呢！用他自己说过的一个强调的词来说，便是“果实”，这便是增加人类幸福和减轻人类痛苦，这便是改善人类的境况。……这便是不断为人类提供新方法、新工具和新的途径。这便是他在科学的一切部门，在自然哲学、立法，政治和道德等方面所进行的一切思考的目标。培根理论的关键就是“功用”和“进步”两个字眼。古代哲学不屑于对人有用，而满足于保持停滞不前的状态。它主要研究道德完美的理论，想去解决无法解决的谜团，想去规劝人们到达无法达到的心理境界。这些理论是如此崇高，以至于永远不过是理论而已。它无法屈身从事为人类谋安乐的低贱职能。一切学派都把这种职能看作是有失身份的，有的甚至斥之为不道德的。 (46)
一切注重实用，一切着眼于现世人类的幸福生活，这就是培根新哲学的宗旨，他把中世纪末人们对尘世幸福追求的欲望上升到了理论的高度，并指示出从此以后近代思想应该遵循的方向。
培根的哲学对宗教和经院哲学是一个真正的打击。中世纪的基督教徒都毫不怀疑地相信自己的能力来自创造万物的上帝，自己的力量来自对上帝虔诚的信仰。而培根却公然宣称知识就是力量，唱起了与信仰就是力量完全相反的调子。同时，培根还指出，诡辩、迷信的哲学体系对理智有很大危害，因此，真正的科学知识，应当是实验与理性密切结合的产物。这样，培根实际上已把科学和理性放在了一切事物之上，成为判断和衡量真理的标准。同时，培根的哲学开始显示出英国理性主义的特点，那就是强调实践，厌恶空谈。实践的或经验的理性主义一直是英国理性思想发展的主流，培根则是这一思想潮流的先驱。
虽然英国的教会不大可能像在欧洲大陆那样迫害有新思想的人，但在那个特定的时代里，中世纪的阴影依然是可怕的，因此，培根的作为毕竟太大胆了，大胆得令他自己也有些惶恐。于是，当他最后不得不涉及宗教与哲学的关系时，他作了一个辉煌的，然而却是折中主义的解释。他说，从哲学之杯啜饮一口会导致无神论，但是当把整杯都喝完时，就会成为宗教信徒。关于哲学的三个伟大对象——上帝、自然和人，他认为，自然以直射的光、上帝以间接的光、我们自己以反射的光照耀着我们的心灵。这样，科学与宗教又开始有机地结合起来，科学与理性思想的斗土再次用一层宗教的外衣遮住了自己的锋芒。
然而，这毕竟是一次对中世纪宗教和上帝权威在思想领域中的真正挑战，培根在英国响亮地吹起了理性主义和科学主义的号角。不论他自身是否意识到这点，一个新的时代也已经由此开始。培根思想的影响是如此巨大，正如几百年之后的学者所评论的：
随便问一个培根的信徒，新哲学为人类做了些什么，他就会立即回答说：“它延长了寿命，减少了痛苦，消灭了疾病，增加了土地的肥力，为航海家提供了新的安全条件，向战士提供了新武器，在大小河流上架设了我们祖先所不知道的新型桥梁，把雷电从天空安全地导入地面，使黑夜光明如同白昼，扩大了人类的视野，使人类的体力倍增，加速了运行速度，消灭了距离，便利了交往、通信，使人便于执行朋友的一切职责和处理一切事务，使人可以坐着不用马拖曳的火车风驰电掣般地横跨陆地，可以乘着逆风行驶每小时时速十海里的轮船越过大洋。这些只不过是它的部分成果，而且只是它的部分初步成果。因为它是一门永不停顿的哲学，永远不会满足，永远不会达到完美的地步。它的规律就是进步。昨天还看不到的一点就是它在今天的目标，而且还将成为它在明天的起点。” (47)
值得注意的是，培根在思想领域的大胆表露并未遭到教会的迫害，甚至也未遇到任何有力的反击。事实上，他的思想几乎没有经过任何激烈的冲突就获得了社会的承认。这种奇怪的现象是与英国的现实密切相关的。英国的宗教界正经历着以社会变革为背景的宗教冲突，新的力量正以清教作为思想武器捍卫自己的利益。这种激烈的宗教冲突，不仅导致了英国的宗教变革和政治变革，还进一步加强了清教自己的合理主义倾向。因而，冲突反而有利于科学和理性的发展，成为理性主义的另一种表达形式。在这种宗教冲突的大背景中，无论激进还是守旧的教派势力，无论是清教徒、国教徒或天主教徒，置身于动荡的变革漩涡之中，谁都不可能腾出手来去干涉纯粹思想领域的问题。宗教内部各派的自顾不暇，无疑给理性思想的发展创造了一个有利的宽松环境。同时，培根的新哲学满足了整个英吉利民族对财富和经济成就渴求的愿望，因而它也就比任何纯理论更易为社会所接受。新阶级把培根的理论与自然科学视做自己的神明，他们解开钱袋创办学院，资助学会，其中最有名的例子是格雷山姆学院。
格雷山姆（Thomas Gresham）是麦塞斯公司的阔老板，又是英王的财政代理人和皇家交易所的创办人。他的遗嘱规定，把自己在伦敦的房地产和住宅用来建立一所以科学活动为主的学院，它不像一般大学那样，由教会管理，而由麦塞斯公司以及伦敦市长和市参议员管理。所有伦敦市民都可以进学院自由听讲，不收学费。遗嘱中规定天文学教授的职责是：“天文学的讲授者应当在他的庄严讲稿里，先讲述天体的原理，行星的学说以及望远镜、观测杖和其他通常仪器的使用，来增进海员的能力……教授应当每年用一学期左右的时间通过讲授地理和航海术，把天文学加以应用。” (48)
由此可见，科学已开始正式摆脱教会的束缚。1645年，自由的、团结一致的科学家们聚集在一起，在英国组织了一个“无形学院”。它在王政复辟之后成为皇家学会。皇家学会的章程简直就是培根思想的翻版，以至某些语言都极其相似：
……我们明白，再没有什么比提倡有用的技术和科学更能促进这样圆满的政治的实现了。通过周密的考察，我们发现有用的技术和科学是文明社会和自由政体的基础。它们通过奥菲士的魔力把众人组织成城市，结合为行会。这样，通过把好几种技术和工业生产方法汇集起来，就可以用互相交流的办法使全体都学会每个人的特殊才能；因而，脆弱人生的种种痛苦和劳累就可以通过同样多的各种现成办法，来消除或减轻；于是财富和富足便会按照每人的勤劳，也就是按每人的功绩，公平分配给每个人。
……
因此，我们的理智告诉我们，我们自己在国外旅行的见闻也充分证明：我们只有增加可以促进我国臣民的舒适、利润和健康的有用发明，才能有效地发展自然实验哲学，特别是其中同增进贸易有关的部分；这项工作最好由有资格研究此种学问的有发明天才和有学问的人组成的一个团体来进行。他们将以此事作为自己的主要工作和研究内容，并组成为拥有一切正当特权和豁免权的正式学会。 (49)
这种自由的科学研究机构不仅没受到英国王室的刁难，反而受到了查理二世的大力支持。他在给皇家学会颁布的特许状中简短而严肃地表达了他的想法：
朕获悉，一个时期以来，有不少一致爱好和研究此项业务的才智德行卓著之士每周定期开会，习以为常，探讨事物奥秘，以求确立哲学中确凿之原理并纠正其中不确凿之原理，且以彼等探索自然之卓著劳绩证明自己真正有益于人类；朕且获悉他们已经通过各种有用而出色之发现、创造和实验，在提高数学、力学、天文学、航海学、物理学和化学方面取得了相当的进展，因此，朕决定对这一杰出团体和如此有益且堪称颂之事业授予皇室的恩典、保护和一切应有的鼓励。 (50)
于是，在近代一个非常重要的转折点上，英国理性主义几乎在没有面临值得一提的反抗的情况下就取得了迅速的进展，并巩固了它的阵地。也正是在这种大背景下，英国向全世界贡献出了牛顿这样的科学巨匠，并将英吉利民族的理性主义推向一个新的高度，使人们在思维方式与认识论等方面，最终告别了中世纪。
伊萨克·牛顿（1642—1727）这个名字现在比任何帝王的名字都更响亮，它已成为近代科学的象征。牛顿出身贫苦农家，从小喜欢手工，成为著名科学家后，仍然十分重视科学实验，他绝大部分时间在实验室里度过，亲自动手制成各种仪器，并且不满足于纯粹的实验结果，而是在实验的基础上整理分析，研究纷繁庞杂的各种材料，使之上升为系统的、科学的体系。牛顿所做工作的实质是把培根的新哲学方法和笛卡儿的逻辑几何学应用到了自然科学之中，并取得了令人惊异的成果。
牛顿的成就是人们所熟悉的，“牛顿由于发明了万有引力定律而创立了科学的天文学，由于进行了光的分解，而创立了科学的光学，由于建立了二项式定理和无限理论而创立了科学的数学，由于认识了力的本性而创立了科学的力学”。 (51) 牛顿是名副其实的现代科学之父。
与牛顿同时的另一位自然科学大师是著名的化学家和物理学家波义耳（1627—1691）。他曾访问过意大利，受到文艺复兴运动的感染，并得益于培根的新哲学。波义耳认为科学的任务就是从比较清楚的事实中推导出对另一事实的解释，而不必去追求最后的原因。他继承了英国科学家的实验传统，反对经院哲学，在大量实验的基础上提出了化学元素的概念。由于波义耳等人的努力，化学终于从炼金术的迷雾中走了出来，走上了科学的轨道。
随着牛顿、波义耳、哈维等一大批科学家的出现，17世纪英国的自然科学得到了蓬勃的发展，很快居于世界之先，并且非常有力地加强了英国理性主义的地位。
有趣的是，在这样一场思维的巨变中，人们未能欣赏到冲突必然引发的种种壮观的战斗场面，相反，看到的却是胜利者们主动妥协的景况。
17世纪英国自然科学的主帅牛顿是一位非常虔诚的教徒。当他所创立的力学体系对天体运动的本质和天体横向速度的来源无法解释时，他就把上帝请进了他的科学体系。他宣称：“没有神力之助，我不知道自然界中还有什么力量能促成这种横向运动。”“没有神的力量就决不能使它们作现在这样的绕太阳而转的圆周运动。” (52) 并且非常自觉地、不遗余力地运用自然科学的成果来论证上帝的存在。甚至晚年他还孜孜不倦地写下了150万字的有关宗教与神学的著作。无独有偶，对工作异常严肃的自然科学家波义耳，也是一个虔诚信教的贵族，在去世时留下的遗嘱中，念念不忘的居然是用他的年薪设立宗教讲座，用自然科学的知识来宣传教义！
看来，英国的自然科学工作者们似乎并未能意识到自己工作的真正意义，他们在无意之中已经将人类思想的轨迹从中世纪移到了近代，然而却还在喋喋不休地宣称要坚决地捍卫中世纪的信条。这是一种奇怪的矛盾现象，但也许正因为如此，当英吉利民族告别中世纪跨进近代时，没有激起守旧势力疯狂的反扑。
事实上，17世纪的科学工作尽管十分成功，但并没有像培根希望的那样，立即满足人类的各种需要。然而，主要是通过牛顿的工作，科学已经确立了自己的地位，成为在力学和物理学领域进行定量计算的非常有效的方法。牛顿把一切物质都归纳为受到各种力的作用的密实粒子，为科学的进步提供了巨大的动力。除此之外，牛顿的方法还有一个巨大的优点：它至少在天文学和力学中是实际有效的。人们开始把牛顿的方法普遍地应用于整个自然科学，甚至应用到神学和伦理学中去，而这恰恰就是牛顿本人的做法。然而，在这种做法的背后，已经隐含着一种完全不同于中世纪的信念，即认为人类单凭理性和计算就可以解决一切，这就远远超出了神学思想的范围。理性与信仰之间的地位问题，被虔诚的牛顿在不知不觉中解决了，并由此开拓了一个人类的新纪元——理性的纪元。
经过漫长的岁月，英吉利民族终于在思想上走出了中世纪。