重庆缙云山国家级自然保护区内的植物资源十分丰富，部分植物起源古老，珍稀濒危植物品种多，是长江中上游地区典型的亚热带常绿阔叶林区和植物基因库。缙云山银杉、红豆杉是国家一级保护植物，也是裸子植物的典型代表。裸子植物出现于古生代，中生代最为繁盛，后来由于地势的变化，逐渐衰退。现今存活的裸子植物多为第三纪孑遗植物，被称为植物“活化石”，这些植物对研究第四纪的气候变迁、植物的适应能力有很重要的学术价值。
