每一种病原体表面都有其独特的分子结构，这种分子结构被称为病原体相关分子模式（pathogen-associated molecular patterns，PAMPs）。巨噬细胞等一类吞噬细胞，通过其表面的模式识别受体（pathogen-recognition receptors，PRRs）识别这些入侵的病原体，随之启动炎症反应等一系列抗菌机制。在这一过程中，有多种信号通路被激活以保证能快速有效地清除病菌。
