焚书坑儒
秦始皇在政治、经济上实行的改革，并不是一帆风顺的，在统一之初，就在要不要分封诸子为王的问题上发生了一场争论。
以丞相王绾为首的一批官吏，请求秦始皇将诸子分封于占领不久的燕、齐、楚故地为王。认为这样有利于巩固秦的统治。但廷尉李斯则坚持反对态度。认为，春秋战国诸侯之所以纷争，完全是西周分封制造成的恶果，只有废除分封制，才可免除祸乱。
秦始皇采纳了李斯的意见，认为立封国，就是树敌兵，于是在全国确立了郡县制。
八年以后，到始皇三十四年（前213年），在秦始皇于咸阳宫举行的宫廷大宴上，又发生了一场师古还是师今的争论。
这天，为了庆祝北征匈奴、南征百越取得的胜利，秦始皇在宫中设宴款待群臣，有帝国的元勋、有文臣武将，一派祥和的景象，随后，众臣向秦始皇祝酒，并高呼万岁，秦始皇享受着众星捧月般的感觉。
在宴会上，仆射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德。博士淳于越针对周青臣的腴词提出了恢复分封制的主张。他说：“臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为辅枝。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面腴，以重陛下之过，非忠臣。”秦始皇听后不动声色，把淳于越的建议交给群臣讨论。
丞相李斯明确表示不同意淳于越的观点。他反驳说：“三代之争，何可法也，儒生不师今而学古，道古以害今，如不加以禁止，则主势降乎上，党与成乎下。”
这句话的意思是：战国时期，诸侯割据，各国为了富国强兵，广纳人才，现在天下已定，百姓们应该安心生产，而知识分子应该学习法律。但实际上情况呢，知识分子不去学习现在的法律制度，反而琢磨过去的陈旧东西，质疑朝政，干扰百姓们的思想，只要国家出台一项新的政策，他们就评头论足，以此获得虚名，这样的行为如果不禁止，会威胁陛下的权威。
为了“别黑白而定一尊”，树立君权的绝对权威，他向秦始皇提出焚毁古书的三条建议：
（1）除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子和其他历史古籍，一律限期交官府销毁。令下三十日后不交的，处以黥刑并罚苦役四年；
（2）谈论《诗》《书》者处死，以古非今者灭族，官吏见知不举者，与同罪；
（3）有愿习法令者，以吏为师。秦始皇批准了李斯的建议。在宴会散后第二天，就在全国各地点燃了焚书之火。
不到三十天时间，中国秦代以前的古典文献，都化为灰烬。留下来的只有皇家图书馆内的一套藏书。
在焚书的第二年，又发生了坑儒事件。坑儒不是焚书的直接继续，而是由于一些方士、儒生诽谤秦始皇引起的。
这要从秦始皇统一六国后的心态转变开始谈起，在兼并六国、统一天下的过程中，秦始皇无疑是现实主义者，否则，无法实现他的宏图大业。但是当他坐拥江山、屹立于成就前时，他反而变得脱离现实了，开始追求长生不老之术。秦始皇巡游，一面是为了彰显帝王之威，一面就是为了寻求仙丹灵药，甚至为了达成目的，他不惜被方士愚弄。
什么是方士？
方士者，古代自称能访仙炼丹以求长生不老的人。信仰神仙学说，擅长为周天子祭拜鬼神，炼丹长生，也称法术之士。在周朝被赐予同名官职，兼管刑狱。
方士起源于战国时燕、齐一带濒海地区。从战国末年，即齐威宣王时候，这些人便已经有了他们自己的传授系统，《史记》中将他们叫作“方仙道”。同时还提到了其中的几个典型人物，宋无忌、正伯侨、充尚和羡门子高。
方士侯生、卢生等人迎合其需要，答应为秦始皇找到这种药。按照秦律谎言不能兑现，或者所献之药无效验者，要处以死刑。侯生、卢生自知弄不到长生不死药，不但逃之夭夭，而且还说秦始皇天性刚愎自用，专任狱吏，事情无论大小，都由他一人决断，贪于权势等。
秦始皇知道后，感觉自己被愚弄了，盛怒不可抑止，以妖言以乱黔首的罪名，下令进行追查，并亲自圈定四百六十余人活埋于咸阳。这即是所谓的“坑儒”事件。
后来，秦始皇找到了侯生、卢生二人，秦始皇决定亲自审问他们，侯生说：“人之将死其言也善，现在我什么也不怕了。”
“你还有什么可说的呢？”
“古时的大禹曾立‘诽谤之木’。目的就是广开言路，听听大家的意见，看看自己的不足，而陛下呢，纵情享乐、奢侈成风，你搜刮百姓财物却不自知，更不允许别人说真话，一旦有人说了违逆的话，就急于镇压，所以我们才逃跑。我听说古代贤明的君主只需要吃饱穿暖，有地方住就行了，因为这样上天才会眷顾。五帝中的尧帝，住的就是茅草房，但是他内心舒适，因为他是为人们谋福祉，而不是追求自我享乐，他的儿子丹朱就不同了，他脾气暴戾，骄奢淫逸，自行德行不够，所以没有继承帝位，而如今陛下相对于丹朱来说简直是有过之而无不及，这简直就是自取灭亡啊。”
侯生、卢生这样说，是希望恒横征暴敛的秦始皇能以平常心治天下，但是早已被欲望充斥了双眼的秦始皇哪能听得进去，更别说被人当众批评了，果然，听了这一番话后的秦始皇怒不可遏，立即下令将侯生施行五马分尸之刑。
秦始皇焚书坑儒，意在维护统一的集权政治，进一步排除不同的政治思想和见解，但并未收到预期的效果。这一点和秦始皇采用的其他措施有所不同，是秦始皇、丞相李斯所始料不及的。
纵观春秋战国的始末，秦朝统一是历史文化发展的必然。周围各个诸侯国斗争主要围绕政权割据吞并进行，百家文化渐渐统一，各国军事和行政渐渐被儒家等主流文化所渗透，导致战争机器的发展被文化束缚。受文化影响，例如孙子兵法战例等，战争被文化和文化所带来的其他变化所改变，从而使战争机器无法达到杀伤力的最大化。这就使得一支能够不受传统影响的军队能够战胜传统的军队，从秦国这架战争机器的发育到扬威，秦始皇很好地利用了这一点。看秦国统一历史，就是一部文化与杀伐博弈的大戏，文化讲求道义，战争讲求杀伤力，最后不仅是新型战略思想的胜利，还是秦始皇立国战略思想的胜利。焚书坑儒仅仅是秦始皇立国思维在治道上的投影，对于嬴政来说，作为旧道的代表，大儒们的作为无疑会给大秦带来危险，他害怕国家和军队的软化。对于这种力量的恐惧，导致嬴政确定了他的一套治国方略，最后反而加速了秦朝的灭亡。