幼苗期主要病害为紫斑病、霜霉病、疫病、灰霉病等，虫害主要是根蛆类，如韭菜迟眼蕈蚊、葱蝇。
旺盛生长期（葱白形成期）主要病害有大葱锈病、紫斑病、霜霉病、疫病等，虫害主要有潜叶蝇类、葱蓟马。
薹伸长期（蒜、韭）主要病害有枯萎病、灰霉病、白绢病等，虫害主要有甜菜夜蛾、棉铃虫、斜纹夜蛾等。
鳞茎膨大期（蒜、韭）主要病害有菌核、白腐病、黄矮病、病毒病、软腐病等，虫害主要有夜蛾类、潜叶蝇类、葱蓟马类。
