韬光养晦
忽必烈组建了庞大的智囊团，并没有马上争夺皇位，因为当时的形势还不容许他进行这一步。虽然他有帝王之志，但他也非常明白，事情必须一步步进行，时机不到，不可轻举妄动。在等待机会之时，又不能无所作为，必须积聚势力，以便机会到来之际，能够一举成功。
当时的形势是乃马真氏摄政已到第五年，她借口君位不能久虚，授意窝阔台与察合台系的宗王，提出让窝阔台的儿子贵由继位。拔都仍然不来参加宗王大会，于是乃马真氏的阴谋得逞，贵由得以继位为帝。
但此人体弱多病，才能也似不足，在成吉思汗的子孙中属于无能之辈，故而朝中大政仍掌握在乃马真氏手里。贵由继位的第二年，乃马真氏病殁，贵由在位也仅三年，一病而亡，朝政落在贵由的皇后斡兀立氏手里。
总之，从窝阔台死后，在位之人或摄政之人，均属不得人心之辈，加之最有资格与能力称帝的拔都根本无意继位，因而促成其他王子王孙的争位。像忽必烈这样的英才，当然不会对此无动于衷。贵由死后，此时的摄政皇后还想指使一些人推举贵由的儿子继位，企图把皇权永远掌握在窝阔台一系的手中。当时成吉思汗的子孙为争夺王位，已分为两派。窝阔台系与察合台系为一派，术赤系（拔都为首）与拖雷系为一派。拖雷虽死，但其部属甚多，他不像其三位兄长都远封在外，而是一直留在蒙古本土，所以他的部属与亲信在朝中的势力最大。
拖雷之妻莎儿合塔泥是个非常精明能干的人物，为拖雷部属所归心。她曾参加几次宗王大会，参与讨论王位继承人的问题。已经了解到拔都与皇后与贵由等人的不和，见拔都又有威望，便与拔都联合，抵制窝阔台系与察合台系。
贵由死后不久，拔都就与拖雷之妻等人在阿勒台忽剌兀（今新疆精河南）召开了宗王大会，拔都不愿自己来继位，就提出让拖雷的长子蒙哥（莎儿合塔泥所生）继位。但窝阔台、察合台派，欲立贵由长子忽察或失烈门（贵由之侄）为大汗，对拔都的提议群起抗议，认为拔都等人召开的宗王大会所选地点不当，属于不合法的宗王会议。拔都不得已，宣布明年再到蒙古本土召开宗王大会。次年拔都派遣大军，保护蒙哥赴会。开大会时，窝阔台与察合台一派的王子们不到会，企图使大会再次成为不合法之会。拔都此时显示了处事果决、知人善任的特点，毅然宣布蒙哥为大汗，亲率群王诸将，举行了共立蒙哥为大汗的仪式，于是蒙哥成为元朝第四位皇帝元宪宗。
蒙哥上台后，首先毒死了贵由的皇后斡兀立氏与失烈门的母亲，又将贵由的长子忽察及其侄失烈门幽禁起来，并尽迁窝阔台的后裔诸王于边境，由此以巩固自己的帝位。对蒙哥的上台，忽必烈可以说是满意的，因为蒙哥是他的亲哥哥，且蒙哥十分赏识忽必烈的才能，对忽必烈委以重任，让他全权负责对付南宋的军政之事。
蒙哥称帝，说明蒙古的帝位已由窝阔台一系转移到拖雷一系，他们兄弟几人早就看不惯六皇后、贵由等人的无能与专横，此时掌握了大权，当然会紧密地团结在一起，继承成吉思汗未完的大业，把蒙古帝国的势力推向四方。不过，此时忽必烈心中的帝王梦想，已让位于对蒙哥的忠诚，至少表面上是这样。
忽必烈在蒙哥在位期间，不肯显露帝王之志，因为他认为此时仍非公开争夺王位之时。在表面的平和之下，忽必烈没有放松积聚势力的步骤。
蒙哥任命忽必烈全权负责进攻南宋的军政事务，忽必烈也想趁此机会在汉族文化区建立新的王朝，这也与蒙古诸王在其他方面的发展不矛盾，也是自己可以积聚政治势力的一个突破口。而要在汉人地区形成至高无上的影响，必须赢得汉族知识分子的心。他网罗一大批汉族知识分子组成智囊团，既是为了日后的政治军事斗争，也有这方面的用心。但是，汉族知识分子的人数太多，不可能全部召集到智囊团中，要安抚广大汉族知识分子，他还有其他办法。
忽必烈此时做了一件令蒙古人大惑不解的事，他亲自主持了祭祀孔子的典礼。当然，这并非忽必烈自己想到的，而是他的汉人谋士劝说的结果。忽必烈本来不知这种活动有何意义，问谋士张德辉：“为什么要祭祀孔子？”
张德辉告诉他：“孔子是万世帝王之师，统治了天下的帝王，都要祭祀孔子，把孔子庙修得极其庄严辉煌，并且按时进行祭祀。帝王尊崇孔子与否，对圣人本身无所损益，但可看出帝王的政治水平是高是低。”
忽必烈于是宣布：“从今之后，祭孔之礼不得废弛。”忽必烈此时虽未称帝，但他是蒙古的一位亲王，所以他能主持祭孔之礼。按照中国的传统，只有正式统治天下的皇帝，才能这样做。忽必烈在未称帝之前就祭孔，表示了他的帝王之志，也反映出他要安抚广大汉族知识分子的用心。
蒙哥称帝之后，让忽必烈总管汉人地区的军政事务，这表明蒙哥对忽必烈非常信任，忽必烈对此非常满意，召集属下，举行宴会，进行庆祝，准备利用这个职权大干一番。
此时，忽必烈的智囊团为他出谋划策，告诉他目前最重要的是暗中积聚实力，而非过早暴露实力，以免引起蒙哥的怀疑。
忽必烈的幕府设在金莲川，他设宴庆祝，宴会结束，单独留下姚枢，问：“刚才大家都表示祝贺，独有你一言不发，是何原因？”
姚枢回答说：“当今天下土地之广，人民之多，财赋之富，有能比得上汉人地区的吗？大王如果把它全部据为己有，则皇帝还干什么？以后皇帝必然后悔而来削夺，不如现在就向皇帝表示只掌管汉人地区的兵权，而不干涉政务，让皇帝放心，这样才可长保无虞，否则，必有意料不到的灾祸。”
这番话提醒了忽必烈，他连说：“不是你的提醒，我根本没有想到这一层。”于是，忽必烈向蒙哥提出，蒙哥当然同意，也使蒙哥更加放心。
忽必烈在南方的势力逐渐增强，就算蒙哥对他完全放心，也难免会有人在蒙哥面前进谗言诋毁忽必烈，这种事对于饱读中国史书的汉族谋士来说，是非常熟悉的。因此，他们劝告忽必烈一定要注意这一点，而且要防患于未然，采取各种措施，增强蒙哥对忽必烈的信任程度。
正巧这时蒙哥因为刚登基不久，为了巩固自己的地位，准备更新庶政，对蒙古的制度进行改革。姚枢、张文谦、刘秉忠等人，认为这是可以利用的大好机会，就积极筹划，提出了各个方面的改革措施，提供给忽必烈，让他利用各种机会向蒙哥报告，以示自己对蒙哥的忠心及对国家大政的关心。
这一招受到蒙哥的欢迎，因为蒙哥身边缺乏汉族的知识分子出谋划策，虽有更新庶政的愿望，却拿不出一套成熟的方案，为此十分苦恼。忽必烈把姚枢等人精心构思的改制方案奉献给蒙哥时，蒙哥如同久旱逢甘霖，感到十分解渴。这就大大增强了蒙哥对于忽必烈的好感，同时也为忽必烈以后全面实行汉族制度打下了良好基础。