奉行经理，推行改流
经过认真调查考察及系统缜密的思考筹措，鄂尔泰在奏请与实施改土归流的过程中，对西南改土归流形成了较为系统可行的方案。
首先，鄂尔泰提出对西南地区的土司要加以区分，慎重确定改土归流的对象。在雍正六年二月初十日（1728年3月20日）所上的《覆奏事》奏折中，鄂尔泰将土司分为七类：有应改者、有不应改者、有可改可不改者、有必不可改者、有必不可不改者、有应改者而不得不缓改者、有可不改而不得已竟改者。应该说，对土司加以区分，确定其是否要实施改土归流，这是非常正确的做法。因为，土司数量众多，分布范围较广。有学者对雍正《云南通志》、道光《云南志钞·土司志》所载的云南土司数进行了统计，雍正时期云南存有土司47家。[15]各土司在所属民族类别、自然环境和社会经济、文化发展诸方面都存在差别，实施改土归流的成熟度自然也就各不相同。然而，鄂尔泰甄别土司，确定是否对其进行改土归流，则主要看土司有无“过犯”，能否维持土民相安。“如果相安，在土原无异于在流；如不相安，在流亦无异于在土也。”这也就是说，如果土司守法“无犯”，即使是处在土司的统治之下，也与流官统治有同样的效果；而如果是改土归流后，社会扰攘不宁，虽然已处于流官统治下，与土司统治也没有什么区别。因此鄂尔泰认为，是否改土归流，重在审时度势，顺情得理，经过细心访察，确知土司已有过犯，危害社会安宁，才可决定进行改土归流；而对那些遵守朝廷法度、没有过犯的土司，则不能进行改土归流，否则只会使本来相安的土民变得不相安，反而造成边疆的动荡不宁。很显然，鄂尔泰以土司有无“过犯”，作为改土归流的区分准则，是雍正帝继位以来通过保甲制、绿营兵汛塘布防，增进社会稳定、边疆巩固的政治努力的反映。这一做法，对于加强中央王朝对边疆地区的统治，促进各族社会的稳定有积极作用。然而，过多强调土司是否“过犯”，以维护和强化王朝的统治为是否改土归流的标准，忽视了改土归流必须具有的经济、文化条件，强行改流，也有违社会发展的规律，容易引发社会的矛盾和动荡，这也正是滇东北改土归流后流血冲突的根源之一。
其次，鄂尔泰制定了改土归流的方式和方法。雍正四年九月十九日（1726年10月14日），鄂尔泰在《奏为剪除夷官清查田土以增租赋以靖地方事》的奏折中，明确提出了改土归流的方式和方法：“计擒为上策，兵剿为下策；令自投献为上策，勒令投献为下策。”这一方法，与鄂尔泰在相关奏折中提出的改土归流要“设法鼓舞，济以威严”“先怀以德，继畏以威”“威止可一举，恩可以先施”“或须擒拿，或令投献”等主张显然是一脉相承的，他希望能尽量通过和平方式实现改土归流。这种方法，在不少改土归流条件较为成熟的土司地区确实得以实现，收到了很好的效果，应该给予肯定。
鄂尔泰在西南地区实施的改土归流，开始于雍正四年（1726年）六月对沾益州土知州安于蕃的改流。九月十九日，鄂尔泰上《奏为剪除夷官清查田土以增租赋以靖地方事》较为坚决地提出了在西南实施改土归流的请求，获得雍正帝支持，朱批：“即如此议，好！”十月，鄂尔泰获云贵总督实授，加兵部尚书衔。雍正六年（1728年），鄂尔泰又被委任为云贵广西总督，并获太子少保衔。随着职务的升迁，权力的扩大，鄂尔泰改土归流的力度也逐渐加大。雍正五年（1727年），将乌蒙土府和镇雄土府由四川改隶云南，并于次年废除两地之土司统治，降镇雄土府为州，使之隶属于乌蒙府；又先后设镇雄州州同驻彝良，设州判驻威信，设府同知驻大关，设通判驻鲁甸（起初驻大关），设永善县于米贴，设恩安县于昭通。对于康熙三十七年（1698年）即已改土设流的东川府，则奏请于雍正四年划归云南，并于府下新设会泽县。在滇南地区，在雍正初年云贵总督高其倬对威远土知州（今景谷县）刀光焕进行改土归流的基础上，雍正五年鄂尔泰以镇沅土府（今镇沅县）土知府刀翰“贪劣”而革其土知府职衔，改置流官。雍正四年，改者乐甸长官司为恩乐县（今镇沅恩乐），委任流官统治其地，隶属于镇沅府。普洱地方原为元江府附带统治之地，雍正七年（1729年），以普洱等六大茶山及橄榄坝等车里宣慰司统治下的澜沧江内六版纳地设立普洱府，又设同知分驻攸乐，设通判分驻思茅。大体说来，因筹措得当，准备较好，云南的改土归流顺利推进，至雍正七年改土归流基本完成。
鄂尔泰在改土归流过程中，对于土司处理和安置改流，确实针对不同的情况加以区别对待，体现了他奏报中提出的改土归流的原则和方法。对沾益土知州安于蕃、者乐甸长官司刀联斗的改土归流，即为两种截然不同的典型。经“屡据呈诉，访察确实”，鄂尔泰确切地掌握了沾益土知州安于蕃的不法罪行，即“势恃豪强，心贪掳掠，视命盗为儿戏，倚贿庇作生涯，私占横征，任其苛索，纵亲勾党，佐其恣行，卷案虽多，法不能究”，不法之举，不胜枚举。据此，鄂尔泰将其归为“过犯”土司，列为通过军事手段“擒获”改流的对象。于是，鄂尔泰于雍正四年六月二十九日（1726年7月28日），秘密派遣直属于他的抚标左营游击署寻沾营参将祝希尧，率绿营兵设法捉拿安于蕃。七月初四日，安于蕃被一举擒获，押赴曲靖转解。[16]其后，鄂尔泰将安于蕃迁徙安置于江宁（今属南京），以其原来管辖之地设置了宣威州。与沾益州安于蕃改土归流不同，镇沅府者乐甸长官司长官刀联斗，自知罪无可逃，主动出迎，投献印信号纸，但求免死，愿意接受改土归流。鄂尔泰遂将该长官司地改为恩乐县，派流官统治。因刀联斗系自动投献，鄂尔泰只是收其田赋、稽其户口，但仍然留给其足量田粮以资养赡，并保留了刀氏职衔、冠带终身以示鼓励。(https://www.daowen.com)
在鄂尔泰对西南地区的改土归流中，今云南东北部的乌蒙土府、镇雄土府的改流无疑是重中之重。因为筹措周密，准备较好，这一区域的改土归流却进行得很顺利（尽管善后阶段发生了较为严重的动荡与冲突）。这两个土府与东川府一样，明代以来隶属于四川；为保证改土归流的顺利进行，鄂尔泰首先于雍正四年十二月奏请雍正帝，将乌蒙、镇雄两个土府及已经改土归流的东川府划归云南管辖。这一调整改变了此前这一地区归属于四川管辖时，四川有管辖权却鞭长莫及、难以行使权力，而云南虽比较接近，易于管辖却又无权过问的弊端，为有效改土归流提供了保证。其次，鄂尔泰还从大局出发，暂时将原拟处置的东川府巧家六营土目事宜搁置起来，让东川府知府黄士杰与云南粮储道张允随一道，以东川府为基础积极准备乌蒙土府的改土归流问题。再次，深入了解乌蒙土司内部情况，合理开展改土归流。鄂尔泰等经过调查，了解到乌蒙土知府禄万钟，不仅年仅15岁，且“毫无知识”，对局势的影响力较小，其母子又与掌握乌蒙实权的禄鼎坤（万钟之叔）不和。针对这种情况，鄂尔泰将改土归流的中心工作放在对禄鼎坤的劝谕上。在对乌蒙土府的改土归流中，又将政治劝谕与武力改流相结合：一面由署东川府知府黄士杰秘密派遣干练之人深入乌蒙府辖区，打探、寻找与禄鼎坤熟识的土目，委托他们前去开导禄鼎坤、晓以利害，明确告知改土归流的要求；另一方面又委派总兵官刘起元、云南粮道张允随前往东川府料理一切，做好军事部署。鄂尔泰本人也亲赴贵州威宁坐镇，沿途调集官兵及各路土兵，安排他们秘密潜伏于各营，听候调用。结果，禄鼎坤被劝说后率亲信到江界会面，商议改流事宜。会谈时，鄂尔泰仅派东川府署知府黄士杰带几个人前往，并无一兵一卒。黄士杰仅仅是谕以顺逆，晓以祸福。禄鼎坤因此大为感动，率领他的两个儿子及各头目随黄士杰到东川府治（今会泽县城），“剃头改服，以明输诚之意”。雍正五年十二月十三日（1727年1月4日），鄂尔泰由贵州前往东川府，禄鼎坤父子提前一天到达百里之外，“匍匐道左，情词哀切”，将鄂尔泰迎接到东川府治。鄂尔泰不但赏给禄鼎坤绸缎银两，而且还将其委任为土守备，命令他随同游击张鹤前往乌蒙土府招纳禄万钟。[17]这样，鄂尔泰对禄鼎坤的和平招纳，奠定了乌蒙土府成功改土归流的基础。
尽管禄万钟母子在属下刘建隆等的唆使下，没有顺利接受改土归流，并在镇雄土府的协助下派土司兵进攻鲁甸；但经禄鼎坤带领土兵三千余人协助清军进击，乌蒙土兵溃散。十二月二十七日（1月18日），鄂尔泰派总兵刘起元等率领清军进抵乌蒙土府府治，“乌蒙各寨头目等沿途投诚者前后已三千余户，相约剃头者无算”，禄万钟母子率少量亲信逃匿。这样，清政府登记了乌蒙土府的财产，对归附之民给予妥善安置和奖赏，乌蒙府改土归流的基础性工作完成。
与乌蒙府类似，镇雄土府势力也较强，且“怙恶不悛”，必须进行改土归流。鄂尔泰了解到该土府内部的实情，担任土知府的是陇庆侯，年仅十五岁，执政能力较弱，很多事务受其手下范掌、案纽、纽巴等操纵。土府内掌握实权的其实是他的胞叔陇联星。于是，鄂尔泰除部署威宁镇绿营兵作为威慑外，还命令威宁镇总兵孙士魁、知府杨永斌等主动联络陇联星，喻以形势和叛服后果。陇联星表示“服罪，归命军前，愿求效力”。陇联星的归附，不但使镇雄之势“已分其大半”，对镇雄土府改土归流影响较大，而且还作为前导，有力帮助了清兵在鲁甸挫败乌蒙土府禄万钟土兵的反叛，进而在进取陇庆侯的军事行动中发挥了重要作用。最终，鄂尔泰派清军于雍正五年正月初七日（1727年1月28日）攻占镇雄土府，陇庆侯出逃四川凉山。
在鄂尔泰派兵控制乌蒙、镇雄两个土府后，走投无路的乌蒙土知府禄万钟及其母于雍正四年十二月二十九日投首四川总督岳钟琪，献土归印，雍正五年正月十四日镇雄土知府陇庆侯又向四川地方官投首。在此局势下，鄂尔泰遂在滇东北正式实施改土归流：废除乌蒙土知府，改设流官知府，仍称乌蒙府；废除镇雄土府，将镇雄降为州，派流官知州掌治其地，隶乌蒙府管辖；在乌蒙土府原辖地鲁甸地方新设一县。
总体说来，经过鄂尔泰等的努力，自雍正四年至六年（1726—1728）云南的改土归流包括：雍正四年，废除阿迷州（约今开远市）土知州李氏、邓川州土知州阿氏，在二州改派流官知州统治；同年，废除沾益州土知州安氏，改设宣威州，由流官知州统治；废除者乐甸长官司长官刀氏，以其地设恩乐县（今镇沅县东北恩乐镇一带），由流官统治；雍正四年底，废除乌蒙土知府禄氏，改行流官知府统治，九年改称昭通府。雍正五年初，废除镇雄土知府陇氏，降为镇雄州，派流官知州统治，隶属于乌蒙府，其后又设镇雄州州同驻彝良，设州判驻威信，设昭通府同知驻大关、设通判驻鲁甸（起初驻大关），设永善县于米贴、设恩安县于昭通；同年，废除镇沅土府刀氏，仍设镇沅府，派威远厅同知署知府事；同年，以罪革除永平县土县丞马氏。六年，取消车里宣慰司宣慰使刀氏对澜沧江以内思茅等地的统治，设置普洱府，由流官知府统治其地。另外，为了加强对藏区的统治，清廷决定于雍正五年“以红石崖为分址，凡江外中甸、江内其宗、喇普、阿墩子等地方，俱还滇辖”[18]。鄂尔泰遂于这一地区设维西厅和中甸厅，隶属于鹤庆府[19]，并于同年四月戊申（1727年6月11日），移鹤庆府通判驻维西，添设剑川州判一员驻中甸，这一地区也首次由王朝直接设官统治。
除云南外，鄂尔泰还在其管辖的广西、贵州实施改土归流，开辟“苗疆”，派官加以统治。在广西，于雍正五年对“地方二千余里，承袭数百余年”的泗城土府（今贵州西南部、广西西北部地区）实施改土归流，并以红水江（今称红水河为界）将江北之地划归贵州管辖，广西仅辖江南之地。在贵州于雍正五年将康佐长官司长官薛世乾、平浪长官司长官王秉乾改土归流；雍正八年，将把平长官司长官肖来凤改土归流。雍正七年又大力开辟贵州东南部以古州为中心的八百里苗疆，在派兵驻守的基础上，设八寨、丹江、清江、古州、都江五厅，委派通判或同知统治其地。这片广阔的苗疆之地，由此被直接纳入了中央王朝的施治范围。