源赖朝的幕府草创
源赖朝的举兵
治承四年（1180）五月，后白河的第二皇子以仁王与摄津源氏源赖政筹谋打倒平家的计划被发觉，是为以仁王之乱。遭到追讨的以仁王与源赖政在逃往南都的途中，在宇治与平氏追兵交战，双双战死。但是，催促雌伏于全国各地的源氏起兵打倒平氏的令旨（皇太子、亲王、皇后、女院等下发命令的文书）却已经被送往各地。永历元年（1160）三月被流放至伊豆伊东，后转移到北条时政据地附近蛭小岛的源赖朝也在四月二十七日收到了令旨。
另一方面，平清盛在治承四年（1180）六月，强行将都城迁至摄津国福原。并且，在对京都周边的反平家势力进行敲打后，平清盛就把矛头指向了源家嫡流的源赖朝。急报很快便由源赖朝乳母妹妹的儿子三善康信送到了源赖朝处。坚定起兵决心的时刻到了。八月十七日，源赖朝为壮军威，对平氏一族的山本兼隆发动夜袭。治承、寿永年间的内乱由此爆发。
不过，此时的源赖朝麾下仅有北条时政、义时父子，狩野茂光、亲光父子，土肥实平，大庭景义，三浦一族的冈崎义实等伊豆、相模的部分武士，以及出于个人缘故跟随源赖朝的安达盛长与佐佐木四兄弟（参照219—220页）。为与三浦氏的大部队会合，源赖朝等向相模进发。但是，在石桥山遭遇了大庭景亲、伊东祐亲等平氏方的三千大军而大败。险些丧命的源赖朝败阵而逃，渡海去了房总半岛的安房。
从这里，源赖朝开始了奇迹般的东山再起。在安房，源赖朝不仅实现了与三浦氏的会合，而且还召集了千叶氏、上总氏、畠山氏，在十月六日进入了与源家渊源颇深的镰仓。并且，十月二十日在骏河富士川迎击了以平清盛之孙平维盛为追讨使的追讨军。不过，由于平氏军在任命追讨使前已经延误了时机，而且在向东国的途中以宣旨进行募兵的计划也没能顺利实施，结果平氏军心不稳。正是因此，水鸟突然飞起拍打翅膀的声音就引起了平氏大军的恐慌和混乱，溃不成军的追讨军随即败走。这就是富士川之战时有名的插曲。
其后，源赖朝接受麾下武士的谏言，放弃进军、入京的想法，返回了镰仓。直至建久元年（1190）率一众御家人（与镰仓之主“镰仓殿”即“将军”结成主从关系的武士）上京为止，源赖朝始终没有离开镰仓。并且，通过派遣密使与后白河进行政治交涉、派遣大军追讨平氏等方式，不断地强化了其自身的存在感。
缺少神器的践祚
治承四年（1180）十一月，平清盛将都城从不受好评的福原迁回了京都。但仅时隔一个月，其子平重衡便上演了火烧东大寺大佛等南都寺院的失态之举，状况随之恶化。翌年治承五年（1181）闰二月四日，平清盛在留下必取源赖朝之首级于其墓前的遗言后，便因热病去世，享年64岁。
平清盛长子平重盛在两年前的治承三年（1179）去世，因此平氏家业由三子平宗盛继承。另一方面，在源赖朝举兵后一个月，源（木曾）义仲也在信浓国举起反旗。寿永二年（1183）七月，源义仲进军京都，平宗盛携安德天皇逃离京都。当时，平氏一并带走了保证天皇正统性的三种神器，即神镜“八咫镜”、神玺“八尺琼勾玉”以及宝剑“天丛云剑”（草薙剑），此举对后来的历史发展产生了非常大的影响。
王家略谱①
（数字表示皇位继承顺序）
为了避免天皇不在的异常事态发生，后白河作为治天之君决定册立新天皇。备选的皇子，有治承五年（1181）去世的高仓的三宫与四宫，以及源义仲拥立的以仁王遗孤北陆宫。根据占卜的结果，最终决定三宫为新天皇人选，但在后白河宠妃丹后局（高阶荣子）的劝说下，后白河最终令四宫践祚。是为后鸟羽天皇，时年4岁，在没有神器的前提下即位天皇。
平家的灭亡
寿永二年（1183）十月，后白河发出宣旨，认定源赖朝为第一功勋者，并公认了他对东国的支配权，是为十月宣旨。这是源赖朝政治交涉的成果。源义仲得知这一消息后激愤异常，十一月毅然发动军事政变，攻击了后白河的院御所法住寺殿。其后，源赖朝应后白河的要求，派出其弟源范赖、义经讨伐源义仲。结果，寿永三年（1184）一月，源义仲在近江粟津败死。
在这样的混战中，平氏趁势重整旗鼓，在摄津国福原、生田、一之谷布下军阵。此时，后白河提出了和解的议案。但是，二月七日，源范赖、义经，摄津源氏的多田行纲以及甲斐源氏的安田义定等率军袭击了放松警惕的平氏大军。结果，平忠度、通盛、敦盛等众多平氏方武将战死，平重衡亦被生擒，是为一之谷之战。一之谷之战后，后白河提议以三种神器交换平重衡。但平宗盛指责后白河此前提议和解实为骗局，拒绝了后白河的提案。是否是故意为之的阴谋无从判断，但为夺回三种神器，后白河确实是费尽了心思。
然而，武力已然是唯一的解决途径。源范赖、义经在赞岐的屋岛之战中再次获胜后，乘胜追击，将平氏围困于长门的坛之浦。这个海峡的潮流特别快，宛如河流一般。源义经等利用潮流最终取胜。尽管源赖朝依后白河旨意下令以夺回神器为首要任务，但宝剑还是遗失了。装入唐式柜子之内的神镜在船内被发现，而宝剑与神玺却在平清盛遗孀二位尼时
桓武平氏略谱
子留下一句“波浪之下亦有吾都”、怀抱安德天皇跳入水中时一同落水。装有神玺的箱子后浮出水面得以寻回，但宝剑却随安德天皇一起沉入了水底。至此，集齐三种神器，实现从安德到后鸟羽的让位永远失去了可能。
镰仓幕府的成立
源赖朝将平家没官领（被没收的平家方土地）作为恩赏分给了武士。这是源赖朝自举兵以来，便在其占领的土地上实施的做法。高桥典幸认为，在内乱终结后，源赖朝继续维持、继承了其在战乱中开创的制度、军事组织，使这种战时体制转换为平时体制并得到了朝廷的认可，这正是以东国反乱军出发的源赖朝树立镰仓幕府的方式和手段。另外，本书所言幕府，是意味着武家政权的历史学用语，有别于古代、中世时期人们用于称呼近卫大将及其居馆的幕府。
另一方面，众多研究者都曾指出，朝廷的传统权威对武士来说充满魅力，武士们都竞相希望出任卫门尉、马允等官职。但是，御家人私自与朝廷联络，极有可能导致源赖朝向心力的下降。为此，源赖朝严禁武士在没有其推荐的条件下出任朝廷官职，对随意任官的御家人更是严加惩治。
但源义经没能理解源赖朝的政治意图，在后白河的授意下出任了左卫门尉兼检非违使。结果，就遭遇了被排除的命运。于是，源义经将错就错，逼迫后白河发出了追讨源赖朝的院宣。不过，当他发现自己无法获得武士们的支持后，便隐匿了踪迹。相反，源赖朝则趁机在文治元年（1185）十一月，令北条时政上京，以搜索源义经为由令后白河敕许了其设置守护、地头的权限。这样，全国性政权的框架基本形成。以此作为镰仓幕府成立节点的学说至今仍十分具有说服力。
征夷大将军
源义经最终逃亡奥州，受到奥州藤原氏的庇护。文治五年（1189）七月，源赖朝亲率大军出征，以包庇源义经的罪名对奥州藤原氏的第四代泰衡发动了讨伐，是为奥州之战。但事实上，在源赖朝的重压之下，藤原泰衡已经逼迫源义经自裁。因此，这一战更像是源赖朝为向内外彰显其霸权而上演的一出政治戏码。
消灭奥州藤原氏后，源赖朝成了唯一的军事权门。翌年建久元年（1190）十一月，源赖朝终于实现了上京的夙愿，时隔近30年再次踏上京都的土地。其本人大概也是格外感慨吧。并且，源赖朝还与同他多番展开虚实较量的后白河以及亲幕派公卿九条（藤原）兼实会面，并出任了权大纳言、右近卫大将。但是，源赖朝很快便辞退了两职，年内便带着前权大纳言、前右近卫大将的名誉称号返回了镰仓。
建久三年（1192）三月，历经保元之乱、平治之乱以及治承、寿永之乱等一系列战乱，饱经时代动荡的后白河去世，享年66岁。在迂回曲折中实施了34年的后白河院政落幕，后鸟羽开始亲政，时年13岁。初期，由亲幕派的关白九条兼实主导政治。同年七月，源赖朝出任征夷大将军之职。
近年，樱井阳子根据新史料《三槐荒凉拔书要》中所见《山槐记》的记录，指出源赖朝期望得到的是具有超越“将军”权威的“大将军”之号，而朝廷则是从“征东”“征夷”“总官”等称号中以排除法选择了“征夷”“大将军”。过去的学说通常认为源赖朝之所以迫切地希望获得征夷大将军之职，是因为这是可以在远离京都的东国行使巨大权力的官职。如今，这种说法已经遭到了否定。
晚年的源赖朝
出任征夷大将军后的第二年，即建久四年（1193）三月，后白河周年忌结束后，源赖朝在信浓国三原野、下野国那须野、骏河国富士野，接连进行大规模狩猎。这是迎来鼎盛期的源赖朝向内外彰显武威的仪式活动。但是，五月二十八日，在富士野的围猎场发生了曾我十郎祐成、五郎时致两个年轻兄弟为父报仇、斩杀有力御家人工藤祐经的事件。所谓富士山下的复仇事件。而且，除工藤祐经外，此次事件还造成了多名御家人的死伤，甚至源赖朝本人也险些遇害。对将军源赖朝支配体系心怀不满的不安分子参与其中的可能性很大。
以此次事件为契机，源赖朝将可能代替自己的弟弟源范赖、源氏一门的安田义定等人以及政权内的不安分子一举清除。并且，在任命可信御家人为东海道诸国守护，加强对东海道诸国的统治后，建久六年（1195），借出席再建东大寺大佛殿落成供养仪式之机再次上京。在再建东大寺大佛殿的过程中，源赖朝曾应后白河任命的大劝进俊乘房重源之请，大力支持大佛殿的再建工程。而在这一巨大标志建筑的落成仪式上出席，也是源赖朝支持“王法”与“佛法”的表现。
另一方面，朝廷中九条兼实的竞争对手村上源氏公卿源通亲开始掌握主导权。权谋家源通亲，接近后白河宠妃丹后局高阶荣子，辅佐继承长讲堂领的荣子之女宣阳门院觐子。另外，还迎娶了后鸟羽的乳母刑部卿三位藤原范子，将范子之女在子（生父是法胜寺执行能圆）收为养女，并令在子入宫，成了后鸟羽的后宫妃嫔。源赖朝在意识到王权的存在后，也计划令长女大姬入宫，并同亲幕派的九条兼实保持距离，积极地接近源通亲与荣子。佐藤进一认为，晚年的源赖朝或许设想拥立大姬与后鸟羽所生皇子为将军，并由自己及源赖家进行辅佐。借助传统公家政权的王权为自己建立的史上最初的武家政权增加权威。
但是，源通亲的手腕显然更胜一筹。在子（女院号为承明门院）于建久六年（1195）末产下皇子为仁后，通亲便在翌年十一月发动政变，将九条兼实赶下了台（建久七年政变）。源赖朝为取悦源通亲对此事予以了默认，但这显然是一种失策。而且，被寄予厚望的大姬还在建久八年（1197）七月早逝，源赖朝的构想遭遇顿挫。在此过程中，建久十年（1199）一月，源赖朝突然离世，享年53岁。