2 大乱后的京都
承久三年（1221）六月十五日，以北条时房、泰时为首的镰仓方东海、东山两道军实现了入京。根据仁和寺僧侣撰写的记录《承久三年四年日次记》同日条记载，辰时（上午8点左右），敕使小槻国宗在官掌二人、使部二十人等下级役人 (3) 的陪同下，在六条河原与镰仓方进行了会面。十分了解东国武士的中原俊职，即源实朝曾经的家司也在一行人中。北条泰时、三浦义村、堺常秀、佐竹能繁下马行礼，恭听敕定。其内容包括撤回“义时朝臣追讨之宣旨”、禁止在“帝都”中肆意妄为、一切经申请后由“圣断”裁决。北条泰时等作出回复，承诺停止武士参入御所。并且，三浦义村称受“关东之命”“另行守护宫中”，派出了大内守护赖茂之子右近将监源赖重等。
另一方面，《吾妻镜》同日条记载，辰时，奉院宣前来的敕使小槻国宗在樋口河原与北条泰时进行了会面。下马行礼的北条泰时在五千余勇士中召来了可以宣读院宣的武藏国住人藤田能国。藤田能国宣读的院宣内容是，此次大乱并不是依据“睿虑”即后鸟羽的意愿发生的，而是企图谋叛的“谋臣”发起的。事到如今，拟如北条泰时等人的申请颁布宣旨。可下令禁止麾下武士在洛中肆意妄为。其后，御随身秦赖武传达了后鸟羽的决定，称后鸟羽已经禁止武士参入院中。
帝王的责任回避
敕使最重要的作用，是向镰仓方宣告撤回“义时朝臣追讨之宣旨”。《承久三年四年日次记》的叙述十分详细，而且切中要领。与敕使会面的也并非如《吾妻镜》所载仅有北条泰时一人，而是三浦义村、千叶氏堺常秀、佐竹氏能繁等多名有力武士。这些人中，三浦义村存在的意义可谓十分重大，因为北条义时将宫中守护这一特别任务交给了三浦义村。
另外，《吾妻镜》中特别值得注意的是，后鸟羽主张此次大乱并非起于“睿虑”，而是“谋臣”的阴谋，其回避帝王的责任，将责任转嫁给家臣的意图显而易见。正是这种不负责任的姿态使三浦胤义等被拒之门外的武士们倍感失望、愤慨。然而，归根结底，帝王就是这样的一种存在。过去，后鸟羽的祖父后白河曾在源义经的胁迫下发出源赖朝追讨宣旨，犯下了十分失策的错误。而当北条时政作为责问使者上京时，后白河也采取了相似的应对，意图回避责任、转嫁责任。在第一章中曾经提及，这对祖孙之间存在诸多相似之处，这次也不约而同地采取了相似的行动。但是，作为发动大乱的始作俑者，后鸟羽所付出的代价却是其祖父无法比拟的。
北条时房、泰时等军队接到院宣后，在六月十五日巳时（上午10点左右）抵达幕府在京都的据点“六波罗”。北条朝时率领的北陆道军稍后也进入京都。其入京时间，“慈光寺本”中是六月十七日，《百炼抄》中是六月二十日，《武家年代记》中是六月二十四日。也就是说，北陆道军比东海、东山两道军迟到了四五日。
残党的扫荡
六月十五日傍晚，京方的数处宿所被放火烧毁。根据《吾妻镜》六月十六日记录，当日曾举行合议商讨减轻对可疑之人的刑罚，并且此举获得了世人的称赞。例如，得知佐佐木经高（法名经莲）逃往鹫尾后，北条泰时即派出使者，向其告知将向关东申请恩赦。但佐佐木经高以此为耻，遂自裁。还有，追随高仓范茂参与宇治之战的清水寺僧侣敬月（“古活字本”中为“镜月”），与弟子常陆房、美浓房一同被捕，将被处以斩刑。但当敬月向北条泰时献上“应敕舍身战沙场，宇治川流难立身（勅ナレバ 身ヲバ捨テキ 武士ノ ヤソ宇治河ノ 瀬ニハタタネド）”的和歌后，就被减刑为远流 (4) 。这些事情似乎在世间广为人知，甚至被收录在了文永年间（1264—1275）文机房隆圆创作的琵琶乐书《文机谈》中。
但是，同《吾妻镜》中与敕使会面的记录一样，《吾妻镜》明显具有刻意赞扬北条泰时的一面。现实中，镰仓方进行了彻底的残党扫荡。根据《承久三年四年日次记》六月十九日条的记录，当日追讨逃亡“藤原秀康以下”的“宣旨”就被下发至“京畿诸国”。同日，被评价为“弓马、相扑之达者壮力过人之勇士”（《吾妻镜》同日条）的锦织义继在六波罗被佐野太郎等捕获，六月二十日，前章第3节提及的美浓源氏神地赖经在贵船附近被生擒。此外，六月二十八日，北条泰时下令命伊予国内武士诛伐京方的“张本”（罪魁祸首）之一伊予国河野通信。进入九月以后，六波罗收到消息，称藤原秀康、秀澄兄弟藏身南都，于是，北条时房派出家臣进行追讨。此二人一度逃至河内国，但最终还是在十月六日被捕。被遣送至六波罗后，藤原秀康、秀澄兄弟被处以斩刑。
对残党的扫荡持续了很长时间，六年后的《吾妻镜》嘉禄三年（1227）六月十四日条记载，六月七日，院近臣僧侣二位法印尊长在鹰司油小路被捕。尊长自行了断未果，六月八日被抬到六波罗后死去。此外，六月十四日，和田朝盛也被抓捕。第二章第2节中提及，和田朝盛是和田义盛之孙，以和歌同源实朝建立了非常紧密的关系。和田合战后逃亡的和田朝盛，为讨伐一族的敌人北条义时而加入了京方的队伍，乱后虽然隐匿了行迹，但还是在这一天被抓获。
功勋的判定
与扫除残党同时进行的，是北条时房、泰时等对镰仓方武士功勋的判定。这也是武士们最关心的大事。六月十七日，围绕宇治川之战的头阵，佐佐木信纲与芝田兼义在北条时房、泰时面前进行了激烈的争论。《吾妻镜》同日条记载，佐佐木信纲指出，率先进入宇治川的是芝田的战马，但所谓头阵以进入敌军阵营为准，而率先抵达敌军所在对岸的则是信纲。芝田兼义进行反驳，称佐佐木信纲之所以能渡过宇治川，有赖于其找到浅滩并加以引导，若佐佐木信纲不知道浅滩所在则全无可能抢先。于是，北条时房等向一起渡河的春日贞幸询问事情的经过，春日贞幸书写起请文 (5) 后，上交了证言文书。结果证明，佐佐木信纲比芝田兼义更先渡河。北条泰时唤来芝田兼义，告知他将向镰仓报告该内容，但芝田兼义无法接受这个判定结果。
此外，通常认为《平家物语》中佐佐木高纲与梶原景季关于宇治川的头阵之争，很有可能也是以佐佐木信纲与芝田兼义的“相论”（就各自主张进行争辩。诉讼）为基础创作的。不管怎么说，这场争论都非常生动地表现出了东国武士对头阵名誉、功勋恩赏抱有的强烈执着以及武士们拼命战斗的真实活法。如果无法理解武士们的思想、无法统御武士们的行动，必然无法获得他们的支持。这大概是一个后鸟羽无法理解的世界。
另外，后藤基纲在关实忠、金持兵卫尉的协助下，制成了有功武士及战死武士的名簿，并上交给了北条泰时。《吾妻镜》同日条中记录了以下三种名簿：“六月十四日宇治之战杀敌之人”，“六月十三、十四日宇治桥之战负伤之人”，“六月十四日宇治桥之战期间，过河之时，御方战死之人日记”。由第一个名簿可知，镰仓方杀死京方255人；由第二个名簿可知镰仓方负伤者共132人；由第三个名簿可知在宇治桥之战中镰仓方溺亡96人。这是一份向现在的我们传达此次战役之激烈程度的珍贵史料。作为论功行赏的依据，北条泰时六月十八日派飞脚将这些名簿送至了镰仓。
战胜的报告及北条义时的反应
在送出名簿的前两天，六月十六日，北条泰时向镰仓派出了汇报战胜捷报的飞脚，同飞脚在六月二十三日深夜丑时（夜里2点左右）进入了镰仓。《吾妻镜》同日条记载，当打开详细记录着与京方战斗取得胜利，天下归于静谧的经过的书信时，北条义时于公于私都非常高兴，喜悦之情无以言表。“慈光寺本”这样描述了北条义时异常的喜悦：“现如今，义时无所思之事。义时之果报犹胜帝王之果报。此乃前世善行报于今生，然生为武士，身份低下，不足为报。”
一个月前的五月二十二日，北条义时下令命以嫡子北条泰时为先遣的镰仓方军队出击。之后，北条义时便先后在鹤冈八幡宫、胜长寿院、永福寺、大慈寺进行祈祷，祈愿战事得胜、世间太平。六月八日，北条义时宅邸的釜殿（釜是料理汤水、饭菜的器具，釜殿即放置釜的殿舍）遭到雷击，一人因此死亡。对此，北条义时心生畏惧，担心这是凶事的前兆。但大江广元却以奥州合战时军营也曾遭遇雷击为先例，认为没有担心的必要，而阴阳师们也都占卜出了“最吉”的结果。在无法预知未来的状况下，尽管北条义时做出了最好的选择与决断，但其内心却仍然十分不安。当捷报传来时，那种涌上心头的喜悦与安心定然无以言状。
大乱的战后处理
但是，北条义时等幕府首脑层不能完全沉浸在喜悦之中。因为还存在大量需要严格且迅速处理的乱后问题，如对以后鸟羽为首的京方公卿、殿上人的处罚，对朝廷人事的刷新等等。在接到捷报的六月二十三日当天，大江广元就依据文治元年（1185）平家灭亡时的先例制成了指示文书，翌日寅时（清晨4点左右）派使者安东光成送往京都。北条义时还十分谨慎、细致地将指示内容讲述给了安东光成。
根据“慈光寺本”记述，北条义时做出的指示包括以后鸟羽兄“持明院之宫”守贞亲王为院，以守贞之“三郎宫”茂仁亲王为下任天皇，“本院”后鸟羽流放隐岐国，“宫宫”雅成、赖仁亲王由“武藏守”北条泰时裁断流配适宜之处，公卿、殿上人遣送关东，公卿、殿上人以下身份的众人一律杀无赦；禁止在京都肆意妄为，特别确保“近卫殿下”家实、“九条殿下”道家、“七条女院”殖子、“六条院”、“仁和寺之宫”道助法亲王（法亲王是在出家后得到亲王宣下的皇子）、“德大寺大臣殿”公继、“中山太政入道殿”赖实、“大宫大将殿”公经等人的安全。违令者，即便是镰仓方也处以斩首。这样的叙述应该是以实际实施的战后处置为基础的。
不过，在镰仓的指示送到京都前，北条时房、泰时、三浦义村等驻留京都的镰仓方已经开始采取行动。《承久三年四年日次记》六月十九日条记载，当日后鸟羽移至四辻殿，土御门、顺德及雅成、赖仁两亲王返回了本来的御所。这是因为镰仓方怀疑院御所高阳院殿内还残存京方之辈。翌日，仲恭天皇也还御闲院内里。另外，《吾妻镜》《百炼抄》《公卿补任》记载，依据北条时房、泰时的申请，六月二十四日，被认定为“合战之张本公卿”的藤原光亲、源有雅、中御门宗行、高仓范茂，翌日坊门忠信、一条信能、僧人长严、观严被移送六波罗，并由武田信光、小笠原长清、小山朝长、北条朝时、千叶胤纲、结城朝光、远山景朝等有力御家人负责看管。
六月二十九日，镰仓使者安东光成进入六波罗。北条时房、泰时、三浦义村、毛利季光等举行评议，对指示的内容进行执行。首先，七月一日，朝廷根据幕府的申请发出宣旨，下令对“张本”公卿以下断罪。随后，北条泰时命负责看管公卿的武士们将这些公卿护送至关东。翌日，以西面武士的身份加入京方的御家人后藤基清、五条有范、佐佐木广纲、大江能范被处枭首。
后高仓院与后堀河天皇
七月九日，朝廷举行了仲恭向茂仁让位的仪式。是为10岁践祚的后堀河天皇。前日的七月八日，持明院入道行助即守贞亲王作为治天之君开始了院政，所谓后高仓院政。前关白近卫家实代替九条道家出任摄政。
野口实认为，在对宫中的乱后处理中，三浦义村发挥了最重要的作用。如前所述，北条义时将“可另守护宫中”的特别任务交给了三浦义村。而且，将在北白河殿中平静度日的茂仁亲王“强行带出，拜请”（《贺茂旧记》），令其践祚的，以及在将后鸟羽的所领进献给后高仓院时，进言“武家要用之时，可返还”（《武家年代记》下之背书）的，都是三浦义村。《吾妻镜》将焦点集中在北条泰时身上，倍加称颂，但实际上恰如野口实所指，三浦义村才是至关重要的人物。
此外，在幕府的乱后处理中，给世人造成巨大冲击的无疑是将后鸟羽流放隐岐国。作为具有超乎常人能力且多才多艺的文化巨人，作为凭借公认强大的权力及权威君临的帝王，被武家从京都流放至偏远的孤岛。当时人们所受到的冲击必然是我们现代人完全无法想象的。
但是从历史的角度来看，更加令人注目的，是幕府决定了新的天皇与院。院政期，掌握选定天皇人事权的是治天之君。但是，却发生了治天之君被幕府处以流刑这一史无前例的异常情况。结果，在获得压倒性胜利的幕府面前，王家、摄关家、公卿们的合议变得毫无意义，天皇、院的人事权被幕府掌控手中。
另外，成为院的守贞亲王在寿永二年（1183）因与其兄安德一起被平家带去西海，结果未能继任天皇位。平家灭亡后，返回京都的守贞亲王被交由后白河之姐上西门院抚养。其后，守贞亲王与上西门院的乳母之子持明院基家的女儿结婚，居住于持明院殿，出家后称持明院入道行助。幕府令守贞的皇子茂仁践祚，而守贞作为其父则成为治天之君，开始实行院政。没有即位天皇却直接成为治天之君，在日本史上仅有守贞一人。
幕府这样破例的举措，说明天皇的直属尊系作为治天之君主宰政治的政治形态即院政，已经在社会中形成定例，同时，从守贞到茂仁的让位，还表明了幕府拥立与后鸟羽不同皇统的强烈意志。
此后，院政这种政治形态仍然持续了很久，但是与白河、鸟羽、后白河、后鸟羽四代时期的院政不同的是，武家处于优势地位。因此，可以说在幕府主导下实现的后高仓院政以及后堀河的践祚，具有划时代的重大历史意义，是时代的转折点。
胜因、败因的最终分析
在看战败的后鸟羽、贵族及武士们的命运之前，让我们再次分析一下镰仓方取胜与京方失败的原因。按照前章中的分析，当时后鸟羽采取二重、三重的攻势战略，发出了追讨北条义时的院宣与官宣旨，对此，幕府方面也积极地以攻势进行回应，从使者处夺取院宣、官宣旨，在将情报藏匿后，采取迎击而非防守的战略，命令大军出击。
并且，在惊天动地的意外事态下，镰仓方以“镰仓团队”的方式发挥出了十二分的团结力与综合实力。相反，由于在所有方面都构成巨大存在的后鸟羽独断专行，京方仅发挥了“后鸟羽一人团队”的力量，帝王缺乏对武士现实认识的弱点直接暴露为京方的弱点。结果，本不草率也不乐观的战略却生出破绽，尽管后鸟羽先发制人，却反而陷入劣势。
不过，此时战争尚未打响。双方交战过程中，京方仍有机会挽回劣势。比如，在接到镰仓方出击的消息后，后鸟羽若立刻制定官宣旨的加强策略，大量动员畿内近国、西国的武士，抑或将兵力集中于前线某处，挫伤镰仓方气势，争取时间的话，很有可能使战争发展成为镰仓方最为忧惧的持久战。但是，后鸟羽的初期对应却十分缓慢迟钝。
于后鸟羽而言，作为君临各方势力之上的君主，不惜中断再建象征王权的大内里对北条义时进行追讨，大概对取胜充满信心。当然，这只是后鸟羽的主观认识，全无任何客观的根据。然而，这样的想法越是强烈，当遭受出乎意料的反击时，初期对应就会越迟缓。而且，后鸟羽并没有实战的经验。后鸟羽不仅对镰仓与东国武士缺乏现实认识，而且对战争也全无真实的认知，这无疑是很大的问题。
另一方面，镰仓方在不久的八年前，即建历三年（1213）的和田合战中经历了激烈的战斗。北条义时、泰时、时房、三浦义村以及女性北条政子、文士御家人大江广元、三善康信等人也都体验过命悬一线的危险。正是因为有这样的实战经验，所以镰仓方前线的指挥官们可以根据战况做出准确的指示。在美浓之战中，北条时房察觉到武田、小笠原二人军心不稳时，提出具体恩赏，防倒戈于未然，即是非常典型的例子。
京方中也有大内惟信、五条有范、后藤基清、佐佐木广纲等身经百战的勇士，但在检非违使、武者所（负责警卫内里、院御所的机关）、西面等处侍奉的武士中，仅有三浦胤义等个别武士经历过和田合战的激战。而且，藤原秀康、秀澄兄弟等前线指挥官也都是后鸟羽身边缺乏实战经验且惟命是从者。因此，不仅将原本就为数不多的兵力分散于数处要害，而且还出现了驳回像山田重忠一样熟知当地情况的在地武士献策的失误。在宇治、濑田之战中，大雨过后河水上涨，这样的自然条件使京方获得了优势，战役进入激战局面，但结果京方还是束手无策并最终败走。总而言之，在双方交战的过程中，京方再次亲手放弃了可能实现逆袭的选项。
由此可见，在第三章分析结果的基础之上，加上实战经验的有无、对战争现实认知的有无，便构成了决定战乱整体胜负的原因。