2 从妥协到敌对
摄家将军的选择
建保七年（1219）四月十二日，朝廷更改年号，是为承久元年。但是，《吾妻镜》中没有同年四月一日至七月十八日的记录。无从判断这是单纯的缺失，还是故意未进行编纂。总而言之，为了解这段时间的动向只能利用其他的史料。
《愚管抄》记载，后鸟羽尽管以亲王下向会导致国家分裂为由否决了原先的协议，却称“如是关白、摄政的子嗣则会如幕府所请予以许可”。可以说这是最大可能的让步了。得知这一消息后，三浦义村提议或迎请摄关家九条道家10岁的长子教实下向镰仓，或“迎源赖朝妹妹的孙女所生子嗣（教实的同母弟弟）至镰仓，予以抚养并拥立为将军，守卫君主（后鸟羽）”。交涉的结果是，令“由祖父大纳言西园寺公经养育的、九条道家的2岁幼子”下向。至此，双方的交涉基本告一段落，后鸟羽与幕府间达成了妥协。“寅月寅岁寅时出生”的“三寅”即是后来的摄家将军藤原赖经。
在朝廷与幕府达成妥协的过程中发挥重要影响的，是三寅的外祖父西园寺公经。西园寺公经出身闲院流藤原氏，以待贤门院璋子之兄通季为开祖。另外，通季的兄弟中，实行是三条家、实能是德大寺家的开祖。通季的曾孙公经迎娶一条能保之女全子，与幕府建立了密切的关系。受正治元年（1199）二月发生的三左卫门事件（一条家家臣中原政经、后藤基清、小野义成袭击源通亲未遂事件）影响，公经曾一度幽居家中，但除此之外，公经的晋升之路可以说十分顺遂。
不过，建保五年（1217）十一月，西园寺公经再次遭遇了幽居的困境。在与卿二位的丈夫、前太政大臣大炊御门（藤原）赖实（因平治之乱下台、后得以复归的藤原经宗长子）之弟，后成为赖实养子的大纳言师经争夺右大将之位落败，错失任官机会后，西园寺公经误以为后鸟羽出尔反尔，因此不服输地说出了“我与源实朝有亲缘关系（正室全子是源实朝的表妹），东下镰仓也可以勉强度日”。这番被认为是西园寺公经打算向源实朝控诉的话，无意间被后鸟羽得知，结果后鸟羽勃然大怒。翌年二月，在源实朝的多番求情下，西园寺公经总算被赦。可见，虽然西园寺公经拥有幕府这一后盾支持，但他在朝廷中的地位也因此大起大落。
镰仓将军家的姻亲关系
（数字代表将军就任的顺序）
三寅与尼将军
由其养育的三寅下向关东，就任将军，可以说正中西园寺公经下怀。因此，西园寺公经比其父九条道家更加积极。《吾妻镜》一度中断的记录从七月十九日开始恢复，根据同日记录，六月三日获得下向宣旨后，经过一系列的手续，六月二十五日，三寅与北条时房、泰时、三浦义村等负责迎接的武士一同从六波罗出发。京都方面的随行者共有十人，包括殿上人“伊予少将实雅朝臣”，诸大夫“甲斐右马助宗保”“善式部大夫光衡”“藤右马助行光”，家臣“藤左卫门光经”“主殿左卫门尉行兼”“四郎左卫门尉友景”以及医师、阴阳师、护持僧各一人。殿上人实雅是一条能保之子、公经的犹子，诸大夫中的光衡是西园寺家家司三善长衡之子，家臣中原友景是西园寺家家臣，其他人也都或多或少与西园寺家有所关联。显而易见，朝廷方面支持三寅的是西园寺公经。
三寅历时三周多时间于七月十九日午时（正午左右）抵达镰仓，进入“右京权大夫”北条义时的“大仓亭”。酉时（下午6点左右）举行“政所始”仪式，此后便由“二品禅尼”北条政子代替年幼若君“于帘中听断理非”。这就是尼将军的登场。毋庸置疑，对于幕府首脑层而言，最理想的是拥戴最为尊贵的王家亲王为将军。不过，拥戴出身仅次于王家的摄家幼子为未来将军，在尼将军政子的主持下，以北条义时为首的幕府首脑层既可以保持向心力，又能够自如地运营幕政。这是退而求其次的最佳良策。可以说，幕府在与后鸟羽的博弈中领先了一步。
一条家略谱
大内里火灾
另一方面，后鸟羽所在的京都发生了骇人听闻的事件。象征王权的大内里（大内）殿舍、诸门、宝物等全部毁于火灾。综合《愚管抄》《吾妻镜》《仁和寺日次记》《六代胜事记》《百炼抄》等史料来看，事件的经过大致是这样的。
源三位赖政之孙右马权头源赖茂，在源实朝横死后，自诩出自世代出任大内守护的摄津源氏名门，且在源实朝实施强化将军亲裁政策过程中就任政所别当之职，企望“我为将军”。但是，由于朝幕之间达成了以三寅为后继将军的协议，因此赖茂“尽管侍奉于大内里，但心生谋反之意”。“在京武士们上诉后鸟羽”，但赖茂不应召唤，于是后鸟羽便发出了追讨院宣。
七月十三日，在京武士们纷纷奔赴大内里，对占据“昭阳舍”的赖茂发起攻势。赖茂关闭诸门，仅打开承明门应战。一番激战后，赖茂最终被围困于仁寿殿，放火自焚。火势不仅烧毁了仁寿殿，还蔓延至宜阳殿、校书殿，将仓库所藏“观音像、应神天皇御舆”以及大尝会、御即位式使用的装束、灵物等累代宝物悉数烧毁。大内里殿舍毁于战火是前所未闻的。对于始终致力于成为正统帝王的后鸟羽而言，王权的象征被烧毁定然痛心疾首。源实朝横死以来，与幕府的交涉等造成、积累的压力不断侵蚀着后鸟羽强健的身体与坚韧的精神。而这次火灾无疑是致命的一击，结果，如前节所述，从八月中旬开始，后鸟羽便患病卧床，持续一月有余。
内里
赖茂谋反事件的本质
另外，《愚管抄》中提及了作为要求幕府取缔地头使者而获提拔的院近臣藤原忠纲的“僻事”。后鸟羽有意以忠纲养育的九条道家异母弟基家为养子，并扶持其为将军。结果，后鸟羽的这一计划被忠纲泄露给了赖茂。如此不可靠之人，在事件后，被后鸟羽处以解除官职、没收领地的惩罚。
但是，赖茂的谋反事件并非起于忠纲这样小人物的暗中活动。也有观点认为后鸟羽曾考虑以赖茂为源实朝的后继，讨伐赖茂实为将其灭口，但这种观点缺乏确凿的依据。事件的本质，正如目崎德卫所指，是幕府自创立以来便多次上演的幕府内部权力斗争，特别是围绕将军地位产生的内部纷争。此处无暇细致展开，如曾我兄弟复仇事件后源赖朝肃清其弟范赖及源氏一门的安田义定、义资父子，北条时政、牧方夫妇拥立平贺朝雅为将军的未遂事件（牧氏事件），公晓暗杀源实朝，阿野时元意图成为源实朝后继者而发起的谋反等，都是幕府内围绕将军之位发生的权力纷争。
幕府内部的权力斗争还被带到了京都。后鸟羽既然认可了三寅的后继将军地位，那么当赖茂意图推翻这一决定时，便只能发出追讨院宣。结果，在京御家人、西面众等在京武士依院宣采取军事活动，竟然造成了火烧大内里的后果。
在京武士的军事行动
另外，长村祥知曾对在京武士进行详细的论述。长村祥知认为，后鸟羽将“把武力基础分配给在京御家人并推荐在京奉公的镰仓幕府”作为必须要素纳入自身的权力体系，以“公权力”对“包括京武者与在京御家人双方在内的在京武士”进行了动员。原本在京御家人即具有同时从属于幕府与朝廷的双重性格，也可以依据院宣采取军事行动。而关于西面武士，长村祥知认为那是后鸟羽全新组织、培育的武装，是“将不同于有力在京御家人的个别弱势武士进行整编而成的部队”，而后在京御家人也逐步被纳入西面武士的组织。并且，联系元久二年（1205）闰七月的牧氏事件，长村祥知还认为在京御家人受“关东之命”追讨平贺朝雅或许是后鸟羽考虑培育西面武士的契机。
赖茂谋反之际，在京武士们应后鸟羽院宣对其进行征讨。尽管这次事件是幕府的内斗，而且还是事关将军职的重大事件，但追讨的军事行动却并非受自“关东之命”。从告发到发出召唤命令、院宣等一系列手续来看，应该没有足够充裕的时间向幕府请示。当然，也有一些特殊情况发生，伊贺光季的使者七月二十五日抵达镰仓后报告称，由于三寅当时正在下向途中，因此京都方面推迟了派出信使的时间。不过，与追讨平贺朝雅时不同的是，这次是在京武士们依据自身的判断向后鸟羽进行告发并依院宣采取了军事行动。换言之，在京御家人们采取了无关镰仓幕府首脑层的自主行动，与后鸟羽的公权力结合在了一起。
在此之前，后鸟羽也曾向在京御家人下达过军事行动的命令。大抵是为了应对寺社强诉或维护京中治安。但是，此次在京御家人的自主军事行动却让后鸟羽自信倍增，令他以为将在京御家人与镰仓隔绝，煽动幕府的内部对立并为其所用，并非难事。
敌对的契机
然而，在京武士的军事行动导致大内里被烧毁，却令后鸟羽遭受重大打击，乃至卧床不起一月有余。建历、建保年间（1211—1219），后鸟羽举行习礼、公事竖义等，积极复兴朝廷政治，但也正是因此，当王权的象征被烧毁时反而造成了更大的冲击。想必卧于病榻之上的后鸟羽也不禁思考为何事态会发展至此，大概十分后悔应在京武士之请发出了追讨赖茂的命令吧。
但是，归根到底，在追讨赖茂方面具有不可推卸责任的，是放任源实朝暗杀事件发生，又围绕将军职问题发生内乱的幕府。尽管已经做出了以摄关家子嗣为后继将军的妥协，但幕府的权力斗争仍然波及了京都。在后鸟羽百般思虑的过程中，其对源实朝死后失去控制的幕府的敌意日益加深。
承久元年（1219）八月至九月期间，以大内里烧毁为契机，后鸟羽对幕府的态度发生重大转向，由妥协转为敌对。并且，埋下了引发承久之乱的危险导火索。但是，还不能马上点燃导火索，因为后鸟羽还有必须优先去做的事情，即重建大内里。