一、洗乖声谐音律
音乐是语言的延长，所谓“歌永言”（《尚书·尧典》），因此音乐的疾徐、升降、轻重的走向，也就是节奏快慢、旋律高低以及音量大小的变化，必须大致符合语言所固有的行进规律，才能较好地传达出“言”中所蕴含的“志”即思想内容。以这一认识为基点，古人又强调“律和声”（《尚书·尧典》），这儿所谓的“律”既是音乐的乐律，又是语音的音律，这是由汉语以单音节字为基本单位而每个字的音节包含声、韵、调三个要素的构成特点所决定的。因此，所谓声腔改革的首要任务无疑是理顺腔调和语音的关系，使之和谐协调。魏良辅对此有足够的认识，指出：“五音以四声为主，四声不得其主，则五音废矣。”因此，必须“将平上去入，逐一考究，务得中正。如或苟且舛误，声调自乖，虽具绕梁，终不足取”（《曲律》）。于是，将“字清”列为“曲有三绝”之首。
昆山腔是建立在吴语的基础上的。在古代，吴语不是一种普通的方言。自公元3世纪初叶迄于6世纪末的六朝时代，江东地区一直是中国的政治、经济和文化中心，流行当地的吴语成为中古时期的官方语言或“普通话”，影响之巨，甚至波及日本、朝鲜等东亚邻国。以吴语读书音为主要基准，产生了《切韵》系统的几百种音韵学论著，形成了风行唐宋之后的近体诗和曲子词的格律规范，为千百年来骚人墨客、功名之士之所必从。这也致使吴语始终在很大程度上保存着中古官话的风貌。所谓吴侬软语，其主要特点是富有音乐性以及与此相关的长于表情，因而有人称之为“诗的语言”。吴语的音乐性物化为声母、韵母以及声调的极其丰富，与北方方言不同。吴语保留着全浊声母和尖音，保留着许多单元音，尤其在声调方面，不仅保留着全套入声字，而且平上去入各分阴阳，原则上具有八个调类。吴语的语音特点决定了南曲缠绵婉转的整体艺术风貌。而吴语区域几乎是百里不同音，小方言种类之繁多又导致南戏声腔杂沓纷纭，乃至地方小戏种遍地开花。
吴语区的传统中心是苏州，因而南戏声腔最终向苏州归并可以说是历史的必然。正如王骥德所说：“在南曲，则但当以吴音为正。”（《曲律》）与王骥德同为浙人的李渔解释道：“吴音便于学歌者，止以阴阳平仄不甚谬耳。”“乡音一转而即合昆调者，惟姑苏一郡。”因而“选女乐必自吴门，是已。”（《闲情偶寄》）而在这个归并过程中，魏良辅曾起了关键作用。沈宠绥说他“生而审音”（《度曲须知》），张大复说他“能谐声律”（《梅花草堂笔谈》），看来他在音韵学方面确有很深的造诣。他“愤南曲之讹陋也，尽洗乖声，别开堂奥”（沈宠绥《度曲须知》）。所谓“乖声”，是指违背音律的唱腔，略同于现代戏曲术语“倒字”。如把上声字唱成去声，或把平声字唱成上声，令听者感到别扭，歌者也难以准确传达词义曲情，因而被认为是曲唱之大忌。这也是当时南戏各大声腔所面临的共同问题。魏良辅一眼看准了这个最困扰人同时也最关紧要的症结所在，从此处入手“转喉押调，度为新声，疾徐、高下、清浊之数一依本宫”（余怀《寄畅园闻歌记》），“声则平上去入之婉协，字则头腹尾音之毕匀”（沈宠绥《度曲须知》），从而促使昆山腔脱离里巷歌谣、村坊小曲的初级阶段，逐渐走向雅化。
昆山腔曲唱艺术按照唱词的四声阴阳配制谐调唱腔的格律称为腔格，而制定腔格的主要语言依据是苏州话。数百年间，作为吴语区的标准语言，除受共同语影响，部分地区（主要是城区）阳上类字调趋同于阳去类外，苏州话语音的声调类型和调值一直保持基本稳定而未有显著变化。其所谓“平上去入，各分阴阳”的具体情形如下：
与之相对应，昆唱的腔格规范主要体现为以下三方面：
1.总体规范：在平上去入四声中，“去声当高唱，上声当低唱，平、入声又当酌其高低，不可令混”（沈宠绥《度曲须知》引沈晞语）；在同声调中，阴声高唱，阳声低唱。
2.具体规范：
（1）阴平——高平调，单长音。如：诗。
（2）阳平——单音较低，或多音渐次上升。如：时。
（3）阴上、阳上——单音极低，或低起递降，或降而复升。如：好、雨。
（4）阴去——高起高揭，落于比起音低一音处。如：试。
（5）阳去——平起高揭，落于比起音高一音处。如：事。
（6）阴入、阳入：分别与阴平、阳平同高，出口即断。
3.口法规范：昆唱口法非常复杂，其中有一些是同四声腔格有关的，如用于平声字的叠腔，用于上声字的嚯腔与
腔，用于去声字的豁腔，以及用于入声字的断腔等。
关于昆唱的四声腔格，明代曲学家、吴江人沈宠绥所著《度曲须知》中论析最详，兹择录于下：
去声高唱，此在翠字、再字、世字等类，其声属阴者，则可耳。若去声阳字，如被字、泪字、动字等类，初不嫌稍平，转腔乃始高唱，则平出去收，字方圆稳。不然，出口便高揭，将被涉贝音，动涉冻音，阳去几讹阴去矣。
上声固宜低出。第前文间遇揭字高腔，及紧板时曲情促急，势有拘碍，不能过低，则初出稍高，转腔低唱，而平出上收，亦肖上声字面。古人谓去有送音，上有顿音。送音者，出口即高唱，其音直送不返也；而顿音，则所落低腔，欲其短，不欲其长，与丢腔相仿，一出即顿住。夫上声不皆顿音，而音之顿者，诚警俏也。
凡遇入声字面，毋长吟，毋连腔，出口即须唱断。至唱紧板之曲，更如丢腔之一吐便放，略无丝毫粘带，则婉肖入声字眼，而愈显过度颠落之妙。不然，入声唱长，则似平矣；抑或唱高，则似去；唱低，则似上矣。是惟平出可以不犯去上，短出可以不犯平声，乃是绝好唱诀也。
若夫平声自应平唱，不忌连腔。但腔连而转得重浊，且即随腔音之高低，而肖上、去二声之字。故出字后转腔时，须要唱得纯细，亦或唱断而后起腔，斯得之矣。又阴平字面必须直唱，若字端低出而转声唱高，便肖阳平字面。阳平出口虽由低转高，字面乃肖，但轮着高徵揭调处，则其字头低出之声，箫管无此音响，合和不着，俗谓之“拿”，亦谓之“卖”，最为时忌。然唱揭而更不拿不卖，则又与阴平字眼相像。此在阳喉声阔者，摹肖犹不甚难；惟轻细阴喉，能揭唱，能直出不拿，仍合阳平音响，则口中勍节诚非易易。其他阴出阳收字面，更能简点一番，则平声唱法当无余蕴矣。
沈宠绥还将魏良辅以来的昆唱经验归纳成十六字的《四声宜忌总诀》，曰：“阴去忌冒，阳平忌拿，上宜顿挫，入宜顿字”。这就是所谓“声则平上去入之婉协”，是就声腔与字调的关系而言的。至于语言的另外两个要素——声母和韵母，在昆唱艺术中也绝非无关紧要，这就是沈宠绥所说的“字则头腹尾音之毕匀”。
“字头”指声母，古人称为五音。沈宠绥《度曲须知》则喻之为“字音始出”时的“几微之端”，“一点锋芒”，必须分辨喉舌齿牙唇以及清浊尖团，轻轻吐出，“似有如无，俄呈忽隐”，既清晰又圆净，方为合格。如果含糊不清，“则其审音察字犹鲜精到也”；反之，如果粘滞不净，俗谓“装柄”或“摘钩头”，或称“字疣”，更是曲唱之大忌。由于“计算磨腔时候，尾音十居五六，腹音十有二三，若字头之音则十且不能及一”，字头所占时值既少，往往容易为曲家和听客所忽略。因而魏良辅谆谆嘱咐唱曲要留意“出字难”，听曲则首先要“听其吐字”“得宜”（《曲律》）。
“字腹”、“字尾”都与韵母有关。“字腹”指韵母的前半部分，包括韵头（介音i、u、ü）和韵腹（主要元音）。它介乎字头与字尾之间，起着“过气接脉”的作用，并决定字声的开口、齐齿、合口、撮口“四呼”形态。沈宠绥举例说：“如东钟之腹，厥音为翁红；先天之腹，厥音为烟言；皆来之腹，厥音为哀孩；尤候之腹，厥音即侯欧；寒山、桓欢之腹，厥音为安寒。”唱曲时必须“由腹转尾，方有归束”。昆唱实践中，老曲家常常在出字后便将口型固定在字腹以度唱过腔，直到落腔时才宛转收入尾音，以求“声调明爽”。
“字尾”，略等于韵尾，分为阴声（收i、u、ü）和阳声（收n、ng、m）两类。如“齐微、皆来两韵，以噫音收；萧豪、歌戈、尤侯与模三音有半，以呜音收；鱼之半韵，以于音收”，是为阴声；而“东钟、江阳、庚青三韵，音收于鼻；真文、寒山、桓欢、先天四韵，音收于舐腭；廉纤、寻侵、监咸三韵，音收于闭口”，是为阳声。至于车遮、支思、家麻三韵没有韵尾，“勿虑不收者也”。字尾能否处理得当，是极见功夫的。“音路稍讹，便成别字”，尤其是阳声字尾，最难“收拾得好”。沈宠绥曾批评虎丘中秋曲会上有人度“花阴夜静”之曲，“殊欠收拾，凡东钟、江阳字面，一概少收鼻音。珑字半近于罗，桐字半混于徒，广或疑于寡，王或疑于华”。“又有唱‘拜星月’曲者，听之亦犯此病。其忙字尾似麻，则音不收鼻也；其军字尾似居，亲字尾似妻，先字尾似些，此音不收舐腭也。”“此皆字面之没了当者也”。尤其是闭口三韵，“廉纤必犯先天，监咸必犯寒山，寻侵必犯真文，讹谬纠索，将无底止”（《度曲须知》），几成吴中曲唱之通病。故而魏良辅将“转收入鼻音难”列为“曲有五难”（《曲律》）之一。
音韵学的导入和规范使昆山腔率先跨越了横亘于“俗乐”和“雅乐”之间的河界，成为读书人乐于接受并热心参与的艺术形式。