“我们要澄清一下，什么是马克思主义哲学？”
钱学森对马克思主义哲学的理解，可以从涵义、范畴与目标三个角度看待。
从涵义上看，钱学森的科学技术观与哲学观是统一的。对什么是科学技术，钱学森说：“马克思主义哲学认为，客观世界是不以人的意志为转移而存在的，人首先要认识客观世界，才能进而改造客观世界。从这一基本观点出发，认识客观世界的学问就是科学，包括自然科学、社会科学等等。……有11大部门，其飞跃就是科学革命。”“改造客观世界的学问是技术。”
对于“什么是马克思主义哲学”，钱学森说：“那就是恩格斯说的‘我们从实实在在的研究客观世界的知识总结提炼所得出来的哲学’。”“这样的哲学，不是别的，就是科学的哲学，是人类科学技术知识的最高的概括所得出来的哲学。”“只此一家，别无分号。”“马克思主义哲学、辩证唯物主义是人类一切知识的最高概括。”马克思主义哲学“也是人的一切实践的概括”，是“人类实践最概括的总结”。
钱学森晚年着力于构建现代科学技术体系，体现了他对人类认识客观世界、改造客观世界的整个知识体系的重新思考与整理。他认为“现代科学技术不单是研究一个个事物、一个个现象，而是研究这些事物、现象发展变化的过程，研究这些事物相互之间的关系。”“今天，现代科学技术已经发展成为一个很严密的综合起来的体系，这是现代科学技术的一个很重要的特点。”
整个体系在纵向结构有三个层次：最高层次是马克思主义哲学，即辩证唯物主义，最下面的层次是现代科学技术十一大部门，其间通过十一架“桥梁”把马克思主义哲学与十一大科学技术部门连在一起。
体系中十一大科学技术部门是：自然科学、社会科学、数学科学、系统科学、思维科学、人体科学、地理科学、军事科学、行为科学、建筑科学、文艺理论。
在横向结构上，“每个部门，除了文艺理论（文艺工作的实际是艺术和技巧，不是现代含义的科学），又可分为三个层次，即基础科学、技术科学（应用科学）、工程技术三个层次”。部门内的这三个层次是按照是直接改造客观世界，还是比较间接地联系改造世界的原则划分。直接改造客观世界的，属于工程技术（应用技术）一类，是最低层次，然后是工程技术共用的理论——技术科学，更基础的就是基础科学。
钱学森构建的“现代科学技术体系”结构图
钱学森认为，“从这三个层次过渡、上升到人类知识的最高概括马克思主义哲学还需要一架桥梁。”十一个科学技术部门过渡到马克思主义哲学的“桥梁”分别是：自然辩证法、历史唯物主义[12]、数学哲学、系统论、认识论、人天观、地理哲学、军事哲学、人学、建筑哲学、美学。十一架“桥梁”分别“把这个部门里头的原则性的东西概括起来”，是各个部门的概括总结，可视作为部门哲学，是带有普遍性、原则性、规律性的内容。
钱学森指出马克思主义哲学的核心是辩证唯物主义。这个核心加上十一个科学技术部门的桥梁，就形成马克思主义哲学本身的体系结构。
对于马克思主义哲学在这一体系中的位置，钱学森是这样阐释的：
把马克思主义哲学放在科学技术整个体系的最高层次也说明了马克思主义哲学的实质：它决不是独立于现代科学技术之外的，它是和现代科学技术紧密相连的。也可以说，马克思主义哲学就是全部科学技术的科学，马克思主义哲学的对象就是全部科学技术。
到了今天，既不会有马克思主义哲学以外的科学技术，也不会有科学技术以外的马克思主义哲学。科学技术要靠马克思主义哲学来指导；而马克思主义哲学是建立在科学技术之上，靠科学技术的发展来深化的。
钱学森也指出，马克思主义哲学作为指导思想并不会束缚科技活动，因为各个科学技术部门的发展也会通过相应的桥梁进行反馈，“一方面是马克思主义哲学指导科学技术的研究，另一方面科学技术的发展又去深化发展马克思主义哲学，有来有往，通过这种往来使整个科学技术的发展生动活泼”。马克思主义哲学作为科学技术的最高概括，“是扎根于科学技术中的，是以人的社会实践为基础的。哲学不能反对、也不能否定科学技术的发展，只能因科学技术的发展而发展，不然岂不僵化了吗？哲学家们要看到今天自然科学、科学的社会科学正处于重大突破的前夕，正酝酿着一系列技术革命，所以要力求主动，不断吸取新科学新技术的成就作为发展马克思主义哲学的素材”。
钱学森对于马克思主义哲学涵义的理解及阐述中包含了对马克思主义哲学与现代科学技术两者间内在关系的表达，即两者是统一的、彼此促进的、发展的。
在马克思主义哲学的范畴方面，钱学森并没有回避“非马克思主义的学问”的存在，而是指出了其与马克思主义哲学之间的互动发展关系。
钱学森首先提出了一个基本问题，即现代科学技术是人类认识客观世界的总和了吗？他的答案是否定的，他说：
科学技术是不是认识客观世界和改造客观世界的学问？当然是，但认识客观世界和改造客观世界的学问远不止于科学技术。什么是全部认识客观世界和改造客观世界的学问？我认为这学问非常重要的组成部分是现代科学技术体系。
钱学森指出，现代科学技术是“条理系统化了的那部分的总和”，“但人类掌握的知识远比现代科学技术整个体系还大得多。例如：局部的经验，专家的判断，行家的手艺，文艺人的艺术，点滴知识和零金碎玉等都是宝贵的知识，但还未纳入现代科学体系，还不是科学”。
对于这些“还不是科学”的知识，钱学森进一步指出：
“它是有用的知识，这种不是科学但是有用知识的宝贝还很多，我们不妨称之为‘前科学’，也可以说前科学的量远大于科学技术的量。”“此外，资产阶级的社会科学等当然也在体系之外，这是由于其指导思想的不同。”“这种知识很重要，但暂时还不能纳入科学，因而有局限性，用它时要注意，弄不好会犯‘经验主义’，出差错。将来条理化系统化了，进入科学，就可以摆脱这种局限性。”“非马克思主义的观点可以参考，但一定要去其糟粕。”
对于它们与现代科学技术、与马克思主义哲学之间的关系，钱学森指出：
“科学技术的发展总是不断地把前科学变成科学，同时也发展和深化了科学技术本身。前科学逐渐进入科学技术体系，前科学会慢慢消失吗？不会的，人在继续实践，会不断积累新经验，生产新的前科学。”“非马克思主义的学问不包括在其中[13]。但是，划在体系之外不等于不予考虑，不，我们应该认真地考虑。”“我们的科学技术体系是个开放体系。我们与许多非马克思主义的知识要有来往。”“要重视研究体系外的知识，经过整理和鉴别，有的还要随时吸收到体系中来。”
钱学森认为现代科学技术体系是“在全世界人类不断认识并改造客观世界的活动中发展变化的体系”，他对人类知识的进行了全部地讨论，以辩证的、发展的观点看待马克思主义的学问与“非马克思主义的学问”的关系，进一步明确了科学技术与马克思主义哲学的范畴，他的知识观与哲学观也是辩证统一的、明确无疑的。
从目标和作用来看，钱学森多次强调“马克思主义哲学作为科学技术的最高理论，就必须用来指导科学技术的进一步发展”。“马克思主义哲学居于科学技术以及知识体系之首，才是触类旁通的钥匙。创造力来源于马克思主义哲学，而用这个观点看科学技术以及知识体系就是大成智慧学。”以马克思主义哲学为指导的现代科学技术体系结构“是学习掌握认识世界和改造世界学问的锐利工具”，钱学森认为应当运用这个科学体系去解决中国社会主义建设中的问题，“如果我们掌握了认识客观世界和改造客观世界这么大的学问，可以相信，建设社会主义现代化强国的任务再艰巨也能完成”。