战区的变动与司令长官的任免
抗战初期，为应付战局，国民政府还在部分战区设置了战区前敌总司令部，就近辅助长官司令部对战区前线部队的部署和指挥。 (47) 例如，淞沪会战开始后，蒋介石即考虑以陈诚或顾祝同出任第三战区前敌总司令，最终决定指派陈诚为第三战区前敌总司令。 (48) 1937年11月，第三战区奉蒋介石的指令正式发表陈诚为第三战区前敌总司令， (49) 并对战区长官司令部与前敌总司令部的职权进行划分：（1） 长官司令部秉承大本营之意旨，决定本战区作战宣传指导要领及基础之兵团配置，并监位置指导实施之。（2） 前敌总司令部本长官司令部所定之作战宣传指导要领及基础之兵团配置，策定关于各时期之会战计划，并负指导战斗实行之责。（3） 各集团军以上之总司令部及直属各部，对于战况及部队位置等，应分报长官司令部及前敌总司令部。但请示作战行动事项，由前敌总司令批复之。（4） 长官司令部除控置必要之战略预备队外，其他各部队之作战行动，概指示前敌总司令命令行之。（5） 关于战地部队教育、后方阵地构筑及战区行政等，概由长官司令部办理。（6） 长官司令部与前敌总司令部及与各翼总司令部间之水陆交通及通信联络，归长官司令部办理，各翼军以下由前敌总司令部办理。 (50)
此外，各战区成立后，为作战指挥便利与党政协同容易起见，国民政府最高统帅部又通令各战区司令长官成立党政委员会，并颁布该会组织大要：
一、 主席由战区司令长官兼任之，副主任由省政府主席兼任之，委员九至十一人，选派中央党政方面适当人员为委员。
二、 委员会设秘书长一员，下分三处：（一） 党务处办理战区之民众组织训练并指导党部工作事宜；（二） 政务处掌理战区行政机关之指挥并维持整饬之；（三） 国民军训处掌理战区内民众、学生、公务人员之军事训练事项。
三、 详细组织着由战区司令长官按照情况拟定方案呈候核定。 (51)
各战区司令长官奉此即先后着手组建战区党政委员会，并组编大纲。 (52) 1939年初，在蒋介石的指示下，国民政府又着手建立健全战地党政委员会，以推进战区党政等各项工作。 (53) 可见，在战区司令长官的职权问题上，国民政府最初并无意将战区内的一切大权托诸战区司令长官，特设立党政委员会处理军事以外的党政事宜。但随着战争的进行，战区司令长官的职权范围逐渐扩大。1938年4月，冯玉祥更是提请国民政府方面赋予各战区司令长官最高事权：
各战区司令长官指挥全区内各集团军、各总司令驰骋战场，督队杀敌，责任甚重，若不假以事权，使得便宜行事，恐不免有应付为难之虞。我公自抗战以来，于各战区司令长官开诚布公，信任甚专，而任职者亦皆竭其忠诚，以报国家，用能内外一致，捷音屡传。愚意以为，凡其本区内生杀予夺之权，均宜付与〔赋予〕。至于财款之开支、奖励之需用，尤宜任其支配，虽每月多费二三十万元，只要能打胜仗，亦属可行。风闻各战区因款项支绌，不免感受困难，拟请我公假以特权，复充分予以大宗之款。如虑漫无限制，则令于用后，实报实销，亦无不可。 (54)
1939年1月，国民政府军事委员会又颁订新的战区长官司令部编制及其组织大纲。虽然该大纲对长官司令部编制进一步缩减，但其职权大为强化：“为期作战指挥灵敏便利起见，特设战区长官司令部，隶属于军事委员会”。战区长官司令部设正副司令长官各一人，承委员长之命统辖区内一切军事、政治、党务事宜。 (55)
在抗战以前，按照国民政府《省政府组织法》的规定，“现任军职者不得兼任省政府主席或委员”。 (56) 但抗战开始后，这个规定无形中被打破。随着战争的进行，战区军事长官兼任辖区内省政府主席逐渐提上议程，其用意在于使地方行政机构切实配合军事上的需求，军政合一，以利抗战。1938年初，徐州会战期间，国民政府即发表第一战区司令长官程潜兼任河南省主席，第五战区司令长官李宗仁兼任安徽省主席。 (57) 此后，作为战时的应变之举，战区司令长官兼任省主席的情况逐渐增多。 (58) 战争期间，战区司令长官是辖区内最重要的人物，因而省政府主席的地位同时也被提高。至此，战区司令长官可谓战区内党政军最高指挥者。
作为抗战时期主要的作战单位，战区的设置和调整当主要出于作战的需要。因此，战区的变动与战局的变动密切关联。抗战初期，以蒋介石为首的国民政府即根据战局的变化，陆续对各战区及其司令长官进行调整，力求战区的设置进一步适应战局的发展。例如，1937年9月底，国民政府因第一战区京汉线战事不利，决定将负责指挥该战区的副司令长官刘峙撤职查办，改调程潜前往指挥。 (59) 1945年6月，第一战区、第八战区在豫湘桂战役中一溃千里后，蒋介石决定对第一、第八战区进行整顿。为此，决定调整第一、第五、第八战区作战地境，并派陈诚接替蒋鼎文出任第一战区司令长官。 (60)
又如第五战区，抗战开始后的第一年里，其长官部从江苏徐州撤至湖北樊城，辖区也从鲁南苏北的整块区域变为分散在鄂西、豫西及敌后安徽、鄂东的小片零散地区。1938年11月下旬，武汉失守后，蒋介石为应对新的战局，对第五、第九战区的调整方案做出详细批示：（1） 苏北、鲁东自津浦路以东、黄河以南、长江以北，划为一临时战区，选派得力之将领任司令长官，或划为第三战区，另派副司令长官主持之。（2） 河北、察哈尔、热河三省另设一个战区，以鹿钟麟为司令长官，另设副司令长官一人到二人协助之。石友三部决调河北，归鹿钟麟指挥。（3） 第五、第九战区仍以长江为界。 (61)
第六战区在抗战时期更是随战局的发展而几度撤销与重建。抗战爆发后不久，第六战区在经历短暂的建立后即行取消。1939年10月，为防止日军进攻湘西，配合第一次长沙会战，陈诚在与白崇禧、林蔚等人商议后，向蒋介石建议将第九战区分为两个战区以利指挥。稍后，国民政府军委会即根据陈诚等人的建议重建第六战区，划第九战区湘江以西地区归该战区。 (62) 并将第九战区司令长官陈诚、副司令长官商震调任第六战区正副司令长官，并以商氏兼任第二十集团军总司令。同时升任杨森为该战区副总司令，仍兼第二十七集团军总司令。第九战区副司令长官薛岳则升任司令长官，王陵基出任副司令长官。 (63) 次年4月，国民政府调整战区设置，决定撤销第六战区，将其并入第九战区。 (64) 但不久，因宜昌在枣宜会战中失守，川东第一道门户大开，国民政府陪都重庆受到威胁， (65) 国民政府又于1940年7月重设第六战区，以陈诚为战区司令长官，寻图反攻，以为亡羊补牢之计。
抗战期间国民政府各个战区的划分及相关司令长官的任免调整，多受政治、派系等其他因素的干扰和掣肘，战区的设置一直存在不少问题，乃至于中央及最高统帅部对各战区的调动指挥时有不如意之处。
抗战开始后，国民政府将冀鲁分为第一、第五两个战区，并以韩复榘出任第五战区副司令长官，即多有提升韩氏地位，以促其抗战的动机。稍后又组建第六战区，负责津浦线北段，并以冯玉祥为司令长官，其实是希望利用冯氏威望统领其旧部，缘自战前的华北地区主要由西北军将领控制。 (66) 因此，华北战端一开，国民政府立刻就面临一个棘手的问题，即如何建立一套全体北方地方将领都能接受的指挥系统。
1937年8月，国民政府在华北划定了三个战区：平汉路北段沿线为第一战区，由蒋介石兼任司令长官；平绥路沿线为第二战区，阎锡山为司令长官；津浦路北段为第六战区。由于第六战区内的部队多为冯玉祥西北军旧属，因此冯玉祥复出，被任命为第六战区司令长官。即便如此，这一安排最终并未获得预想的结果。蒋介石虽然牢牢掌握了其嫡系部队，但在指挥地方部队时却遭遇重重困难。 (67) 国民政府在第六战区只能依靠冯玉祥和他旧部属的人际关系推行军令，并允许他有实际掌握该地区的权力，然而结果仍不令人满意。1937年10月，连冯玉祥本人亦对他统辖的部队颇为不满。冯玉祥在给军委会的报告中直言：“这些将领之间缺乏互信，就如同他们不信任中央政府一般。这种缺乏互信只能强化了各部队保存实力的本能，他们不愿与友军协同作战，生怕自己在危急时刻被友军抛弃。” (68) 对于蒋介石先后安排冯玉祥担任第三、第六战区司令长官的苦衷，陈诚感慨称：“明知其不行，然又非予以一试，不能见谅于国人。” (69)
另外，抗战初期北方的第二、第五战区在军事上虽有其设置的必要，但也明显带有安置晋系、桂系军队的意味。又如组建第七战区，当时在军事上并非必需，国民政府如此安排，主要是应刘湘统一节制川军的要求，以实现调川军出川抗战。1937年12月初，当陈诚从战局考虑，向蒋介石建议将第三、第七两个战区合并为一个战区，并调整其战斗序列时，蒋介石即批示称第三、第七两战区暂不合并，但实际上可照此合并。 (70) 因此，当刘湘于1938年1月病逝后，国民政府即行将第七战区取消。 (71) 然而，根据国民政府方面的情报，到1940年初，川军将领王陵基、邓锡侯、潘文华等人又共谋恢复第七战区，并拟推王陵基为第七战区司令长官。而潘文华为达到出任四川省主席的目的，亦有意将所部抽调出川抗战，并拟派代表与国民政府方面接洽此意，但其部属则有一部分对潘氏要彼等前往前线牺牲有所不愿。 (72) 1940年4月下旬，蒋介石拟任命川康绥靖主任邓锡侯出任战区司令长官，以潘文华出任四川省主席，同时以川军编成一个军或集团军，由邓氏率领，负一战区之责任。邓有允意，但为所部川军，尤其潘系将领各师长强烈反对，认为蒋介石此举系“调虎离山，削弱川军之计”，决定对出川抗战，誓死反对，宁为“匪党”，亦所不惜，必须保存最后一点实力。 (73)
1938年6月，为使桂系李宗仁、白崇禧安心在第五战区作战，蒋介石决定将鄂东半部交由桂系将领李品仙，让其兼第九战区右翼总司令，认为“此实一关键也”。 (74) 7月，蒋介石又以西北对内对外情形复杂，“西北多有几人分任职责，或易进步”，决定将甘肃省主席朱绍良调任第三战区司令长官，以贺耀组继任甘肃省主席，原第三战区司令长官顾祝同调任第八战区司令长官，同时将西安行营取消，归并于第八战区，以使事权专一单纯。 (75)
又如在战区副司令长官职务上，最初规定只设置一人，但各战区为安置境内所辖之重要高级将领，便于指挥起见，往往赋予其副司令长官名义。因此，副司令长官实际上往往不止一人。例如，1938年1月，因第三战区内其他各主要军队主官已予以相当名义，“但对刘建绪、廖磊两部无隶属关系”，为安置刘、廖两部，顾祝同和黄绍竑电请国民政府中央，请委刘建绪、廖磊为第三战区副司令长官，以便指挥。 (76) 1939年2月，第二战区司令长官阎锡山又以副司令长官卫立煌远在前方指挥，商榷困难，电请蒋介石增委杨爱源、朱德为第二战区副司令长官，以利作战。 (77)
即便如此，国民政府对地方将领主持的各战区的调动指挥仍极为困难。武汉保卫战期间，蒋介石就为无法调动第五战区的桂系部队而大为苦恼。其1938年9中旬的日记中描述：
连日督促萧之楚军协同田家镇部队夹击敌军，始终未见实行，第五战区长官部亦坐视不动，殊为痛心，决定明日亲赴鄂东督战。下午八时到宋埠督促李品仙进攻田家镇北面之敌，彼先允第四十八军两师加入，并说已亲往栗木桥督战，及余到宋埠与之说电话，乃知彼仍在曹河未动，且只派一师参战，各官长对于作战与报告不实不力，敷衍了事，往往如此也。 (78)
1940年7月，枣宜会战后宜昌失守，苏联驻中国总顾问在检讨中方失败的原因时，即批评第九战区司令长官公然不执行军委会命令，战区司令长官、集团军总司令及军长等缺乏勇敢与主动精神，没有贯彻任务之毅力与决心：“五、三、九战区在作战过程中，完全没有协同。第三、九战区（尤其第九战区）之按兵不动，不但使敌从容由武汉南部抽调大批军队，转用于第五战区，以增强其进攻我五战区之兵力，且直无异促成敌大胆之冒险行动，结果遂使敌占领宜昌。敌占宜昌，乃第九战区消极不动所致。”为此，苏联顾问建议国民政府最高统帅部应在最近期间检讨组织，提高军纪，“加重高级将领达成任务之责任，此点尤须自各战区司令长官开始，例如第九战区司令长官及各集团军总司令与军长等，所有作战命令，应按时并切实达成之”，以确保各战区、各兵团及集团军间之协同动作。 (79)
实际上，国民政府不仅难以指挥地方派系的战区司令长官，而且对部分直属战区的司令长官有时亦难以调动。1939年的冬季攻势是国民政府重要的战略决策，并对成功实现此次战略目标赋予极高期望，试图以这一战略来摆脱长期陷于大后方的不利困境。11月19日，蒋介石下达攻势作战要旨：“国军以消耗敌人导国军尔后作战有利之目的，以本会直辖整训部队主力，加入第二第三第五第九各战区，实行主攻”，并按此方针对各战区的攻击部署做出具体规定。 (80) 但冬季攻势中各战区的表现却完全出乎蒋介石的意料。在蒋介石嫡系将领顾祝同指挥的第三战区，战前蒋介石指示该战区司令长官顾祝同，只要其部队有攻击敌人的意愿，就应该给前线指挥官更多的自主权。但战斗一打响，各战区指挥官却顾盼不前。第三战区以14个师和配属的大量炮兵部队，负责攻击沿江防守的日军一个师团，但正式交战仅三昼夜即告停止。
又如，对已经有所“中央化”的粤籍将领薛岳指挥的第九战区，国民政府更是难以控制。1944年桂柳会战期间，在衡阳失守前，国民政府统帅部多次命令薛岳将第九战区主力调到湘西，均被薛岳拒绝。相反，薛岳将部队从衡阳外围撤退到湘东。副总参谋长白崇禧为援助柳州，曾七次命令第七、第九两个战区进攻敌后，负责截断日军后路，以保卫桂林，但薛岳均未接受。 (81) 对此，军令部部长徐永昌感慨称：“后者为本部尽力催促者，为章建议撤换薛岳方有效果，不然彼拥兵自卫，正准备做南斯拉夫之狄托，实无心为国家断敌人之后……援桂、柳问题必在十二月半以后方可计议……此外对援柳一节，实无能为力。” (82) 稍后，日军于湘粤桂间已有发动攻势模样，国民政府统帅部判断其意在先取得粤汉南段及遂川赣州机场等地。为此，又命令第九战区薛岳急速将该路破坏，但薛岳迄不遵行，最后蒋介石亲自出面嘱咐仍无效。 (83)
在两广的第四战区方面，各高级将领之间的人事关系更为复杂。进入相持阶段不久，蒋介石即鉴于该战区“情形复杂，名义慎重”，思虑再三后决定调张发奎南下广东执掌第四战区，同时在桂林设行营，由白崇禧出任主任负责。 (84) 但不久，在广东主持第四战区的张发奎即以广东省“人事复杂，党务政治均难离开现实环境”，电请准辞第四战区长官，并以余汉谋承代或另选贤员充任。 (85) 几个月后，张发奎又通过陈诚向蒋介石报告称第四战区地域辽阔，指挥不便，呈请以该战区南路及广西方面另设一新战区：
向华兄意以第四战区地域辽阔，指挥不便，尤以北江战况若继续演进，则对南宁方面更不能兼顾，拟请以南路及广西方面，另设一新战区，以便指挥，而专责成，至第四战区所辖地域，拟西由阳江、阳春、罗定、德庆、开建、信都、贺县之线，北沿湘粤、赣粤边境而含虔南、龙南、定南、安远、寻邬各县，东沿闽粤边境而含平和、云霄、韶安等县，以上连线各县，均属本战区。 (86)
陈诚赞同张发奎的意见，认为“以情况及事实上确有从新划分之必要”。对此，国民政府中央拟以张发奎至南宁方面指挥，将广东方面交由余汉谋负责。实际上，张发奎对于前往桂系地盘指挥的种种困难亦知之甚详，认为“桂省一切不易处也”。在陈诚的协调下，张发奎始考虑赴桂，表示以责任所在，亦只能听命。 (87) 1940年2月，张发奎将第四战区司令部迁移至广西柳州办公，广东韶关方面一时负责无人，事实上已难以兼顾，主动电请蒋介石以副司令长官余汉谋专任广东方面军事。 (88)
实际上，张发奎之所以屡次请求将第四战区一分为二，并愿意离开广东，主要是因为其与余汉谋的关系不和，尤其是张发奎支持下的邓龙光部与余汉谋极不相容。 (89) 1937年8月，蒋介石任命何应钦为第四战区司令长官，余汉谋为副司令长官。 (90) 次年秋，广州失守，国民政府方面决定对于第四战区副司令长官兼第十二集团军总司令余汉谋予以革职留任处分。即便如此，余氏在广东的势力和基础并未动摇。1940年1月，广州日军北犯，余氏率部在粤北进行了较为成功的抵抗。李济深、陈诚即以其在此次指挥有方，呈请蒋介石撤销此前的革职处分，以彰劳绩，获蒋介石批准。 (91) 与此同时，蒋介石亦在思考将第四战区划分为两个战区及其长官人选问题。 (92) 在各方的建议下，1940年8月，第四战区分为第四、第七两个战区。
又如在第五、第六战区的设置和调整上，更是体现了战区与战区之间，以及中央与地方实力派将领之间的复杂矛盾和冲突。1940年4月中旬，蒋介石经过与何应钦、白崇禧讨论，在最高幕僚会议上调整了军事机构和战区的划分与设置。因第一次长沙会战（1939年10月）而设立的第六战区和蒋鼎文的第十战区，分别归并入相邻战区。 (93) 裁并第六、第十战区亦合乎实际——在张发奎看来，鄂西并无大战，没有理由在此设置一个战区，而第十战区的设立也多是为了西安行营裁撤后安置蒋鼎文。 (94) 裁去这两个战区，既能够减少军委会指挥的负担，又便于临近战区更好地安排防务。但第六战区旋又于枣宜会战之后恢复，以陈诚出任战区司令长官。 (95)
但是，陈诚主持的第六战区与邻近的桂系第五战区之间隔阂甚深。1941年9月，主持第六战区兼湖北政务将近一年的陈诚，即以第六战区出现各种军政问题，“颇有为特奸制造机会之可能”，向蒋介石提出调整第五、第六战区辖境：
一、 五六战区以地形任务言，实无并存之必要，拟请取消六战区。如中央认为六战区有保留意义，以鄂北鄂东划归六战区，则似可将五战区东移皖省，以苏北鲁南划归五战区，以豫南豫西划归第一战区。如此调整，既可使各战区军政收一致之效，且可限制特奸之发展。即将来对敌反攻，亦有重大之意义。
二、 以上意见，如暂勿采行，则请于宜、沙收复后，乘时调整之。但目前危机亦急，宜设法补救。拟请严令各级军事长官，专心于部队之训练，纪律之整饬，反攻之筹划，不准干涉政治。俾地方政治不致支解，人民不致脱离政府，自可收防制特奸之效。 (96)
同年11月底，鉴于陈诚与第五战区的桂系李宗仁、李品仙等人隔阂、冲突愈发严重。倾向陈诚的第五战区副司令长官孙连仲亦向陈诚主动提出调整第一、第五、第六战区人事：将李宗仁调任第一战区，李品仙亦调主河南，由其继长第五战区，以达到第五、第六战区的协同一致。 (97) 陈诚即根据孙连仲的建议，向蒋介石提出：第五、第六战区军事政治，“均不能分离为二”，“应即在一个战区统一之下，安辑整理，以赴事机”，电请蒋介石取消第五战区名义，同时调孙连仲担任第六战区副司令长官，在老河口成立长官部，负责指挥该方面军事。 (98)
但是，蒋介石却另有其计划。1941年12月31日，蒋介石致电征询蒋鼎文可否先任河南省主席，而以孙连仲、汤恩伯任第一战区正副长官：“孙、汤二人皆不宜任主席，惟孙希望战区长官甚切。抗战以来，各地战区长官，甚少冀鲁豫地区籍者。此次第一战［区］长官易人，如能由仿鲁继任，对北籍官兵心理，自能慰勉。可否以弟先任豫主席，而以孙、汤任正副长官，则整顿一战区各军与军政配合亦较相宜。将来向东、向北进展时，吾弟再调任战区长官亦可，何如？” (99) 然而，最终的调整是调蒋鼎文出任第一战区司令长官，汤恩伯任副司令长官，调卫立煌任西安办公厅主任。同时向第五战区副司令长官孙连仲解释称：“以吾兄功绩资历，本应晋升。惟现时第五战区任务重要，且李长官（宗仁）又在告假期中，一切须赖兄指挥主持，故从缓升调。” (100) 然而，次日蒋介石在考虑各战区的人事调动时，又计划以孙连仲继任第六战区司令长官。 (101) 1942年1月中旬，蒋介石又以第三战区重要，而第六战区重要性已减，拟调陈诚前往负责第三战区。对此，陈诚原本表示“仍本过去之革命需要与委座命令而听”，但当蒋介石提出以李宗仁出任第六战区司令长官时，陈诚即表示强烈反对，认为“对李固须迁就，但三千万民众亦须顾及，以李之行为，恐激起民变之可能”，提出以孙连仲或吴奇伟接替其第六战区司令长官职务。 (102) 蒋介石对此未置可否，此议最终只能作罢。
此后，第六战区司令长官人选成为困扰蒋介石的一大问题。 (103) 1943年初，蒋介石决定调派陈诚前往云南负责远征军的整训，陈诚鉴于远征军“精神堕落，纪律废弛，生活腐化，将领骄横，非严加整训不可，整训部队唯一条件在能专心”，请辞第六战区司令长官职务，但建议以孙连仲接掌第六战区。蒋介石以第六战区因与李宗仁、白崇禧关系，接替人“无法应付”，决定仍以陈诚兼任。 (104) 1945年1月，国民政府任命第五战区司令长官李宗仁为军委会汉中行营主任。对此，李宗仁托在重庆的副参谋总长白崇禧面询蒋介石：“行营主任可否兼战区司令长官？”未获允许后又提出可否即以第五战区副司令长官孙连仲继任第五战区司令长官，而将原定的第五战区司令长官刘峙改任第六战区司令长官，亦未获准许。 (105)
对于当时战区设置中存在的种种问题，身处其中的当事人陈诚即以其经历和观察先后多次向蒋介石提出整改建议。
1940年1月，陈诚以军委会政治部部长身份向蒋介石提出缩小当前各行营及战区范围，增加单位，并调整战斗序列：
一、 窃查现行桂林、天水两行营，以及各战区，辖区辽阔，因战况之推移，交通通信，益感不便，更以天然地形之隔阻，已由事实上之需要，而不得不于战况紧急之际，临时为补救之策。如第九战区之划分为第六、九两战区，及最近第四战区之有再划战区之议，即为明证。
二、 在指挥系统上，若以本会仅指挥两个行营，而所有命令，如须行营递转，则有迟延时间之弊。因此常有本会越行营而直接下令于各战区，同时行营亦下令于各战区，同一事而有上下扞格之事，使下级受令者无所适从。
三、 如重行规划，增加单位，则本会仅须指挥各行营，由行营再指挥各战区，单位虽增加，然任战况如何推移，而于指挥运用上反觉便利、灵活，系统亦明，于人事上之安置，尤臻妥适。
四、 若必于战况紧急之际，始讲求补救之策，则难免无失机误事之虞。况我抗战，以持久为方针，似应预想未来战况之推移，参考天然之地形，兼顾人地之适宜，先作一整个之规划部署，以免临事仓皇失机。 (106)
在陈诚看来，原来的战区序列之精神在“守土有责，故以地区为名，惟行之已久，弊端百出，似应改为以反攻收复失地为主，以提高攻击精神，并打破一切”。 (107) 因此，陈诚紧接着又在向蒋介石提出的战区及其战斗序列调整意见书中，进一步指出对各战区及集团军的配置与区分，须着眼于一般地形与授予之任务，尤须立于主动，预想将来之攻势，或判断敌向我进犯时状况之演变，并兼顾全局而定，如此方可避免一遇情况稍有变化，即须变更战斗序列之弊。 (108) 同样，白崇禧亦认为，抗战时期各战区作战地境的划分，常有互相交错的情况，出现甲战区某地属乙战区指挥管辖的情形。这不但使乙战区指导增援困难，即甲战区之作战指挥亦受极大影响，且使日军有乘隙抵瑕之虞。 (109)
在陈诚等人的督促下，1941年6月，国民政府军委会着手针对各战区的情况进行详细研讨与评判，以期使各战区皆有所竞进。 (110) 但是，国民政府的调整多为对具体问题的小修小补，对战区设置以来积累的各种问题始终未能提出实质性的解决方案。到抗战后期，随着整个国民党军队系统弊病百出，战区—集团军的架构本身的“机关化”和“防区化”等问题和弊端愈发严重，已经无法满足下一步的作战需要。在此情势下，在美方的建议和要求下，国民政府新的陆军总司令部—方面军的架构体系提上议程。
实际上，早在1942年初，时任第六战区司令长官的陈诚即针对战区—集团军体系的弊端和问题，提出在战区之上设置方面军，以打破此种专事守备的架构。 (111) 稍后，陈诚又通过侍从室主任张治中向国民政府中央详细阐述战区—集团军体系调整的必要性：
计自抗战初期迄今，战斗序列冠以战区名称，其原意重在“守土有责”，故完全以地区为准，并以防守性为主。时至今日，战区名义似已颇有流弊，一则容易形成地区观念，再则军政职责分际不清，对于纪律、士气、民心均有影响。为打破以上现象并转变军民观感与将士心理，并提高反攻精神，争取抗战胜利计，对于现行战斗序列似有重新研究之必要。
陈诚提出的解决方案为取消战区，重新设置若干行营，其下分为若干路，以现任各战区副长官同集团军司令担任路的指挥。 (112) 陈诚的这个方案颇有将战区—集团军体系改回战前“绥署（剿总）—路（军）”二级建制的意味。同年5月，陈诚又向时任军委会政治部部长的张治中阐述取消战区，获张治中的赞同和支持。军委会据此提出作战会报加以讨论，并签呈蒋介石。但是，蒋介石认为应暂缓实施。即便如此，张治中仍赞同陈诚的主张，认为改变战区地位“殆已刻不容缓”，遇到合适的时机将再向蒋介石及何应钦提出。 (113)
1944年中原会战结束后，陈诚被蒋介石派任第一战区司令长官，前赴第一战区进行整顿。 (114) 陈诚认为让其出任第一战区司令长官是“头痛医脚”，“绝无办法”，坚辞不就。 (115) 为此向蒋介石指出此时战区体制存在的问题已是整体性的，第一战区不过是其中的缩影而已：
此时对第一战区长官遽予变更，必增加纷扰。反多障碍，不仅人情事理说不过去，而影响作战，迟滞作战之关系实更重大。今日之事实为整个问题，而非个别问题。今日之病实为结果，而非原因……其次，部队危机既早已存在，同时亦逐日普遍而扩大。故就空间言，又实非一隅一地为然。第一战区不过若干战区之一，不过适逢其会，首先暴露而已，其他各处一旦事变，猝发其危机，不知暴露者究有几何地，几何人。且恐其危机之严重程度更有在第一战区之上者。 (116)
稍后，陈诚再次批评战区—集团军体系“单位复杂，松懈无力，指挥不便，协同尤难”，须“全盘彻底改革”。为此，陈诚设想将全国战区改为四或五个方面军，而后方的少量绥署、行营改为预备军团；集团军改为15—20个路。 (117) 陈诚的这个意见虽仍未被采纳，但已经比较接近半年之后统帅部对战区—集团军体系的调整方案。与此同时，蒋介石亦指示何应钦着手重新部署全国各战区军队，并加强其战斗力量，同时对于已经失去战斗力的部队如何编并，立即召集有关部会主官会同研拟方案。 (118)
太平洋战争爆发后，中国之抗战成为第二次世界大战的一部分，蒋介石在美国的支持下担任了中国战区的最高统帅。1943年开始，滇缅战场发生了有利于中国军队的转折，大量的美国援助即将到来，尽管豫湘桂会战遭遇惨败，但并没有妨碍中国军队展开反攻。在组织反击的问题上，蒋介石接受了美方参谋长魏德迈（Albert C. Weydemeyer）改组中国战区组织的方案，准备在西南地区新建一个体系用于反攻作战。 (119)
1944年冬，蒋介石开始计划整顿各战区及其人事。 (120) 12月，“为联系盟军对敌转移攻势”，国民政府最高统帅部决定在昆明成立中国陆军总司令部，由军委会参谋长何应钦兼任总司令，负责西南各战区军队的统一指挥和整训。12月13日，蒋介石下令长江以南的中国军队，“除去重庆之本会总预备队（第十四军、第七十五军及第七十六军）及第三、第六、七、九各战区之部队外”，均归陆军总司令部指挥。其任务为“与敌军保持接触，并拒止敌由湘桂路各地及越南向昆明及重庆两处之攻击”。 (121)
1945年2月，蒋介石通令陆军总司令部所辖各军在美国的帮助下进行整顿。在命令中，蒋介石首先对抗战以来国民党军队的现状进行了较为全面的剖析和训示：
惟国军弱点，未能及时改进，反日渐增加，尤以军纪渐趋败坏，实为我革命战争中最大之殷〔隐〕忧。甲、就整军言：指挥机构与部队番号逐渐增加，而人马武器逐年减少，不仅人力物力之浪费不可计数，非国力所能负担，且指挥运用不灵，徒陷补充补给于绝境，甚至有少数将领不顾大局，把持军队，割裂人事，克扣饷糈，武装走私，如非彻底整革，将何以完成抗战建国之使命。乙、就训练言：每年调训各级干部，为数甚巨，而回队之后，未见运用所学，增进部队之学术。即高级将领，亦鲜有以身作则，转移风气，使训练与作战打成一片，甚至捏造计划表册，粉饰外观，以眩惑校阅官之耳目，如非彻底整训，将何以达成增进战力，蔚成劲旅之实效。丙、就作战言：命令不能彻底，调遣殊欠敏活，攻每不能克，守每不能固，甚至夸大敌情，捏造战果，以自欺欺人，如非彻底觉悟改过，将何以杀敌致果。 (122)
在此基础上，蒋介石提出当下进行整军的必要性：
综合上述一般状况及国军现状，实有切实整革、准备反攻、早日结束战争之必要。而整备要领，首在发扬革命精神，树立法治与学术思想，提高责任心与正义感，以身作则，转移风气，以争取个人之荣誉者增进国军之荣誉。我军编制、装备，均未划一，加以缺额过多，指挥运用补给，均感困难，自难发挥战力。此次盟邦以极大热情友谊，不惜以物资、精神同时对我援助，业经拟定整备计划（口述），不独协助我指挥作战训练及装备武器，划一编制，即交通通信卫生补给后勤诸项，亦均负责帮助办理，此正我建军整军之绝好机会，吾人自应热诚接受，确实施行……此次整备计划，即在求具备上述战胜诸条件，若徒拥有多数番号虚名，而无作战实力，是直视国军大事等于儿戏，纵国家民族存亡姑置不论，即将来编纂战史，展开敌我态势要图，我常以数倍乃至十数倍于敌之兵力（番号），不独未能歼灭敌人，反常受丧师失地之耻辱，能勿遗臭万年乎？即令战胜，亦虽胜不武，故吾人如不欲抗战胜利，革命成功则已，否则应有彻底之革新，抱定决心，贯彻此次整备计划。 (123)
据此，陆军总司令部逐步建立起一套全新的架构。1945年2—4月，陆军总司令部调整所属部队之建制，废除战区、集团军番号，裁撤司令部，将部队重新编组为四个方面军，以卢汉、张发奎、汤恩伯、王耀武为司令，方面军下直辖军、师，分别以云南、粤桂边界、贵州、湘西为其作战地区。国民政府此番调整颇为巨大，也引起了一些高级将领如卫立煌的抵触，但终究在蒋介石的干预下于短时期内完成了改组。 (124) 陆军总司令部组建之后，蒋介石对此寄予厚望，希望其“能够作为我们全国军队的模范，作为我们将来建军的基础”，成为“现代的机关”“现代的部队”。 (125)
1945年8月，日军投降后，陆军总司令何应钦更是承军委会委员长之命，全权负责中国战区内的全部敌军投降事宜，指导各战区和各方面军办理接受日军投降事宜。 (126) 因此，在抗战结束前夕，国民政府军队的组织系统实际上是陆军总司令部—方面军体系与战区—集团军体系两套制度并行，但主体仍为战区—集团军体系。