1.天人合一观
“究天人之际”是中国古代哲学与科学所共同关注的问题。在诸多的天人关系中，天人合一的整体观念最终占据了主导地位，成了中国传统文化的基质，并对中国传统科学文化各层面发生了深远的影响。浸润于传统文化母体的中医学，也无疑受到了天人合一这一整体观念的洗礼，从而形成了具有浓厚文化色彩的医学整体观，比较系统地揭示了人与自然界之间统一的关系。“天地一体观”是《内经》的基本思想之一。如说“天地者，万物之上下也”、“天地之间，六合之内，其气九州、九窍、五脏、十二节，皆通于天地”。简而言之，是说《内经》认为：自然界中的一切变化现象，都是相互影响，相互关联，相互依存的，因此万事万物都不能孤立地存在于自然界中。《内经》的思想路线，坚持把人与自然视为一个整体，从天、地、人相互联系中考察人的生理、病理、病机及防治疾病的方法，并在理论和实践中不断丰富这一思想。《内经》在这一观点的指导下，进一步提出了“人与天地相应”的整体恒动观。如说：“天覆地载，万物悉备，莫贵于人，人以天地之气生，四时之法成”。故“人与天地相应也”。即是说自然界中的一切变化，都可以直接或间接地影响人体的各种生理功能。但是另一方面，人体虽受自然界变化规律的影响，然机体亦能适应自然界四时变化的规律，完成自身的生命活动过程。
华佗由于受《内经》这一思想的影响，故在其遗著《中藏经》一书中，把散见于《内经》各篇章中有关“天人相应”的论述加以综合整理，第一次系统地对“天人相应”的观点进行了较为全面地阐述。并以《人法于天地论第一》为题，列为该书的首论。说明华佗对这一思想是高度重视的。他在论述中进一步阐发了《内经》的这一观点。如说：“人者，上禀天，下委地，阳以铺之，阴以佐之……人之动止，本乎天地，知人者有验于天，知天者亦有验于人，天合于人，人法于天。”华佗认为，人生活于自然界之中，并非孤立地存在，他无时无刻不在同自然界接触。因为，人是在自然界客观环境的直接影响下而生存的。这就明确指出，人与自然界的关系是非常密切的，是借助于天地间阴阳二气的铺佐而得以生存。又说：“立于天地之间，而受阴阳之辅佐者人也”，已再次加以说明之。由于人与自然界息息相关，是一个不可分割的整体。所以，华佗指出：“天地顺则人气泰，天地逆则人气否……观天地逆从，则知人衰盛。人有百病，病有百候，候有百变，皆天地逆从而生。”由此可见，人只有顺乎自然界四时规律的变化，才能健康地生存。一旦违背了这个规律或者自然界本身的规律失常，就可能导致疾病的发生。所以华佗认为：“人之动止，本乎天地”，而且“天合于人”，“人法于天”。这是华佗对《内经》“天人相应”观点的进一步阐发。
同时，华佗还认为人与天地宇宙一样，是一个完整的小天地，天地之变与人体之变相类似。他说：“天地有四时五行，寒暄动静……人体有四肢五脏，呼吸寤寐……阳施于形，阴慎于精，天地之同也。”从以上华佗的这些认识中，无疑可以看出是他秉承了《易经》“天人合一”的三才思想。而这一思想则又是形成华佗学术体系和临证实践的理论轴心。也正是这个轴心，对其在医学上的深入探索起到了主导的作用。
华佗在医疗实践中主张把人体的生理、病理现象置于世界万物的总体联系之中加以考察和认识，为病因、治疗学和养生学奠定了基础，即防治疾病必须法天则地，顺应和运用天地之道，无论是望、闻、问、切，还是针灸、中药等治疗方法，都是这一观念的具体体现。华佗在临床中还十分注意引起疾病的内因和外因以及不内不外因，外因主要指外感致病因素即所谓“六淫”：风、寒、暑、湿、燥、火；内因主要指精神致病因素，即所谓过度的“七情”：喜、怒、忧、思、悲、恐、惊；其他如饮食饥饱，叫呼伤气，尽神度量，虫兽致伤等，均为不内不外因。从天人合一的观点看，无论是内因、外因还是不内不外因，都可视为天人关系的失常。因此即便患者在治疗过程中症状相同，也要根据不同的引起疾病的原因，采取不同的防治手段。
华佗非常重视七情、饮食、起居等方面对人体健康的影响，《中藏经·劳伤论第十九》指出：“劳者，劳于神气；伤者，伤于形体……喜怒悲愁过度则伤肺”，强调“宜节忧思以养气，慎喜怒以全真”（《中藏经·论气痹第三十四》）。要求人们“愉悦爽神，和缓安气”，保持心情舒畅，精神愉快，减少不良的精神刺激和过度的情志波动，保持人体的气机调畅，使气血和平，正气旺盛，以减少疾病的发生。脾胃为后天之本，气血生化之源。如果食物摄入不当，就会损伤脾胃导致多种疾病。《中藏经·劳伤论第十九》曰：“饥饿过度则会伤脾”，《中藏经·论肉痹第三十六》云：“肉痹者，饮食不节，膏梁肥美之所为也。……宜节饮食，以调其脏，常起居以安其脾。”充分说明了饮食不节的危害性。指出宜饮食有节，不可过饱或过饥，切忌偏嗜，并控制肥甘厚味的摄入。《中藏经·劳伤论第十九》曰：“色欲过度则伤肾，起居过度则伤肝。”《中藏经·论五丁状候第四十》曰：“五丁者，皆由喜怒忧思，冲寒冒热，恣饮醇酒，多嗜甘肥，毒鱼酱，色欲过度之所为也。”说明了疾病的发生与生活起居关系密切。若起居无节，酒色过度，可损伤人体正气，导致各种疾病。故华佗在《中藏经·劳伤论第十九》中指出：“调神气，慎酒色，节起居，省思虑，荣滋味者，长大之大端也。”