他毕竟是科学家
苏联成功爆炸原子弹震惊了整个西方世界，美国人无论如何也不相信苏联这么快就造出原子弹。美国人认为，就当时苏联科学技术水平和工业生产能力，苏联要研制出原子弹至少需要20年。美国人不相信这是事实，以为苏联人吹牛，假宣传。他们派出间谍搜集苏联相关情报，出动高空侦察机取回苏联爆炸物放射性尘粒进行分析，种种情况均可证明，苏联的确成功爆炸了原子弹。
美国人把眼光转向自己内部，开始怀疑核研究部门出了问题，是苏联间谍窃取了美国原子弹的核心机密，联邦调查局在相关部门展开拉网式调查。
1949年9月中旬，美国联邦调查局破译出克格勃于1944年拍发的电报，其中一份电报内容令他们十分震惊。因为里面介绍了气体的扩散过程，而且还有提取标准铀用到的决定性技术。由此联邦调查局断定，参加“曼哈顿工程”的英国代表团里一定有间谍。联邦探员兰菲尔查阅了当初能够接触到与电报内容相关学术论文的人员名单，发现该论文的作者是福克斯。他调出福克斯的档案，找到一份从纳粹那里得来的关于福克斯的记载，上面称早在1933年就发现福克斯是共产党员。显而易见，福克斯成为最大的嫌疑分子。
这时，苏联驻加拿大武官处译电员古津科投靠西方世界，向美国人供出了拉蒙德的间谍身份。联邦调查局调查拉蒙德时，联想到他数次与福克斯妹妹克里斯杰勒的接触，于是，福克斯再次受到怀疑。
这时，英国人也感觉苏联在原子弹研究上有间谍行为，对能接近原子弹研究核心机密的人员进行逐个排查。英国反间谍机关军情五处接到联邦调查局情况通报后，他们先不动声色，故意在福克斯的同事中间制造一种互不信任的气氛，而美国联邦调查局则捏造假证据，说拉蒙德已经供出了福克斯。检察官也放出风声，说军情五处已有足够的证据起诉福克斯犯有间谍罪，接下来就是听他的供词了。
福克斯原本就不是一个职业间谍，而是一个科学家，根本不懂情报部门在审讯时所采用的真真假假、虚虚实实的花招，没有几个回合他就招供了，向英国军情五处坦白交代了自己的全部间谍行为。
对福克斯原子弹泄密案，最感到恼火的是美国人，福克斯向苏联人提供的原子弹研究的情报大多来自美国，于是美国提出要引渡福克斯到美国受审，英国当局拒绝了这一要求。
1950年2月2日，英国警方正式逮捕了福克斯，并以触犯国家保密法的罪名对他提出起诉。福克斯在监狱里平静地等待最严厉的判决，尽管早有心理准备，想到这么年轻就结束生命他还是异常痛苦的，当法官宣判他被处以14年徒刑时，他不敢相信是真的，以为自己听错了。直到他的辩护律师本克走过来说是14年监禁，他才缓过神确信是真的。英国人没有判他的死罪，理由是福克斯向盟国提供了国家机密，而不是敌对国，因为二战期间英苏是盟国；另一个考虑是福克斯是国际著名物理学家，对英美研制原子弹都有过贡献。
福克斯的国籍问题被提交到剥夺国籍委员会。福克斯既没有申辩，也没有请律师为自己辩护，他在写给委员会的信上说，他效忠谁现在已经不是什么问题，从被捕开始他就一直很真诚地与有关部门合作。1951年2月12日，根据英国内务大臣的建议，审判委员会以不忠为理由，正式剥夺了福克斯的英国国籍。(https://www.daowen.com)
福克斯进了牢房，英美就福克斯事件对苏联进行了严厉的指责，苏联人根本不承认，后来闹得相互找借口驱逐外交官。
福克斯心情非常平静，在狱中与其他人相处和睦，经常拿出自己的食物和香烟与大家共享，他热心地教那些爱学习的犯人科学知识。不久，监狱长安排他在图书馆管理图书，他非常认真细致地投入这项工作。由于狱中表现良好，1959年6月22日被减刑提前释放，这样，他在英国监狱里度过了9年多时光。
福克斯在警察的护送下来到伦敦机场，登上飞往德意志民主共和国柏林的班机，他在机场召开了一个记者招待会，宣布自己依然是一个马克思主义者，愿意成为东德公民，并且愿意为新社会而工作。几天后，他的入籍申请得到德意志民主共和国的批准。
东德热情地接待了他。在故乡人眼里他是一位坚强的社会主义战士，更是一位卓有成效的伟大科学家。他成为了德意志民主共和国科学院院士。1964年9月，东德核物理研究所所长哈维希教授叛逃到美国，福克斯博士便接替了他的职务，成为民主德国核物理研究所所长，在他喜欢的理论物理学领域辛勤工作，一直干到1979年退休。
回故乡不久，福克斯同他少年时代的恋人格蕾塔·凯尔松结了婚，终于过上了安稳的家庭生活。
奇怪的是，福克斯出狱回到民主德国后，苏联人没有去关心他，情报部门对他十几年忠心耿耿的合作，为苏联原子弹研究作出的贡献也保持沉默，更不用说表示应有的谢意。这多少使福克斯有些失落。
1988年2月28日，福克斯病逝，安葬在民主德国著名的共产党活动家公墓，苏联仍然未派任何人来吊唁。然而，随着美、英、德、苏等国众多秘密档案解密，福克斯为苏联原子弹爆炸所做的事情已成公开的秘密。
1993年，俄罗斯科学院院士哈里顿曾说，福克斯为苏联提供了内容广泛的情报资料，为此，全体苏联人民应该向他致以深深的谢意，感谢这位英国著名科学家为了信仰帮助苏联窃取美国的原子弹核心机密，使苏联用短短4年时间就研制出原子弹。
这一年，俄罗斯原子科学家们终于公开承认，他们的第一颗原子弹主要是根据福克斯提供的情报制造出来的。俄罗斯联邦授予福克斯人民友谊勋章。而这时，福克斯已经去世5年了。