果断行动
25日晚上，俄情报部门切断了绑匪与外部恐怖组织的通讯联络，恐怖分子得不到上面的指令，变得焦急不安。26日凌晨2点，一年轻男子因为嘟囔了几句话而被打死。随后，绑匪又向1名妇女开了枪，之后又打伤2名人质，这引发了人质的恐慌和不安。当时几个特种小组已通过地下管道潜入剧院，他们观察到了绑匪枪杀人质的情况，但由于未得到行动命令，所以没有采取行动。
5时30分，应急指挥中心发出了强攻命令。预先埋伏在地下通道、楼顶、墙外的“阿尔法”小组的特种兵用爆破打开通道，从地下、楼顶、两侧和正面5个方向同时冲进剧院。其中，地下和楼顶突击是主攻方向，剧院正面的突击是佯攻。有一个突击小组预先通过地下通道潜入剧场下方，战斗打响后从出口跃出，发挥了出其不意的重要作用。
俄军在其指挥部墙外埋伏了一个突击组，当战斗打响时，正在饮酒的巴拉耶夫及其同伙还未意识到发生了什么事情即被破窗、破墙突入的特战队员以迅猛、准确的火力击毙，巴拉耶夫甚至没来得及放下手中的酒瓶子。在这次行动中，“阿尔法”小组预先施放了大量失能性化学气体，战斗打响时剧院大厅内的匪徒已经丧失了行动能力。特种兵们冲进大厅后，直接抵近射击那些昏迷的绑匪，然后卸下其身上绑着的炸药。几个守在走廊里放哨的匪徒向从正面进攻的俄军投掷手榴弹，并向从里面跑出来的人质开火，但被特战队员迅猛准确的火力消灭。
俄军控制剧院后，70多名救援人员迅速跟进疏散和救助人质，由于吸入毒气，多数人质都处于昏迷状态。这些人质都被抬上等候在剧院外的上百辆救护车，送往莫斯科市十几家大医院进行治疗。此前成立的“心理救助中心”也迅速派人到各医院对人质进行心理安慰。
▲“阿尔法”小组队员伏击中
整个行动历时40分钟，俄军参战官兵无一阵亡。据事后俄罗斯总检察院公布的调查结果，共有41名恐怖分子被当场击毙（其中包括19名女性），3人被生擒。因吸入过量失能性化学气体，人质陆续死亡129人，其中包括8名外国人。
营救行动结束后，莫斯科警方也在全市展开大搜捕，逮捕了30多名向绑匪提供情报的内奸。俄内务部还加强了对居民区、学校、医院及机场、车站等交通枢纽、重要设施的警戒和保安。据称，俄警方对遍布全国各地的武器弹药和爆炸物存放点加强了警卫。与此同时，俄军抓住有利时机在北高加索地区发起了代号为“高加索”的反恐行动，以期进一步扩大反恐战果。俄军驻北高加索联合集群司令部宣布，26日起在北高加索特别是车臣地区开始大规模清剿行动，对匪患较重的几个地区实施了重点清剿。(https://www.daowen.com)
“阿尔法”小组
“阿尔法”小组是在前苏联时期，根据克格勃主席尤里·安德罗波夫的指示建立的特种部队，它的最初名称是A小组，1991年以后又被称为“阿尔法”小组。
组建该小组的直接起因是在慕尼黑奥运会期间发生了针对以色列运动员的恐怖主义行动。“阿尔法”小组的任务是在国内外打击恐怖主义，它组织严密、行动极为敏捷，曾一度是苏联的骄傲。
“阿尔法”小组的队员不像普通的俄罗斯士兵，他们一般都身怀绝技，是狙击手、爆破手和通讯专家，擅长秘密作战和执行侦察任务，在强大的压力下能够保持冷静和清晰的思路。他们的训练极其艰苦。阿尔法部队每天24小时处于战斗值班状态。
今天的“阿尔法”小组大大年轻化了。来自其他强力机构的新人成为老战士们的接班人。同时，引进新队员的工作也在军校毕业生中展开。
普京总统10月26日前往医院慰问伤员并于当晚发表了简短的电视讲话，他高度评价了相关部门在解救行动中的工作，称赞他们“完成了一件几乎不可能完成的事——解救出几百名人质”。同时，对未能救出所有的人质表示歉意，“希望死难者的家人和朋友原谅我们”。普京总统坚定地表示，“我们以行动证明，任何人都无法使俄罗斯屈服”，“恐怖分子只有死路一条，而我们前途无量！”
在莫斯科人质事件中，预先潜入剧院的“阿尔法”小组在行动之前通过通风系统释放特殊气体，使操控爆炸物的绑匪丧失知觉，是此次营救行动成功的关键。但这种作法使绑匪失去抵抗能力的同时，也导致129名人质死亡。营救部队使用的是以“芬太尼”为基础的混合气体，它是一种化学类神经中枢麻醉品，主要用于外科手术麻醉，效力很强，在过量吸人，特别是在体质虚弱的情况下则会导致严重后果，可使人停止呼吸而死亡。“阿尔法”潜伏组在26日凌晨5点以前就开始释放麻醉气体，潜伏小组共施放了两次。第一次施放后，潜伏小组发现未起作用，遂补充施放，结果施放的剂量超过正常值的5倍。在人质3天未进食、精神高度紧张、身体极度虚弱和室内封闭的情况下，化学气体对人质的威胁非常大，而且人质疏散又用了一个半小时，使人质在化学气体中滞留长达2小时以上，这些是造成上百名人质死亡的主要原因。