项目结束好清算 政策把握是关键
东方实业（集团）公司是一家大型建筑企业集团，2012年初，参与当地政府的PPP项目开发，与有关金融企业、投资公司合资成立了一家项目公司——东方实业开发有限公司，负责老城区的改造，主要项目为临街房屋及道路建设。该公司的经营模式是实行项目制管理。其具体操作方式是：按项目注册成立项目管理公司，对开发项目进行单独核算和管理，项目开发结束，与该项目配套的公司就清算解散。
企业清算
为了使开发项目获得更高的利润，在国家宏观调控政策实施之前，将手上的几个项目都销售完毕，到2015年底，公司就有五个项目需要清算。2016年初，该公司组织专业人员对下属项目公司进行清算，为了提高工作效率，他们将土地增值税清算与企业所得税汇算清缴（清算）结合在一起进行操作。至2016年3月30日，该公司五个项目的企业所得税和土地增值税全部清算结束。
税务意见
但是，主管税务机关对有关资料进行审核的过程中，却发现了以下一些问题：
（1）商品销售收入中存在预收、未收（未开发票）划分不清等问题，在三个项目中涉及金额215万元。
（2）在两个项目中存在上交质量保证金没有开具发票的问题，涉及金额334万元。
（3）在四个项目中存在用开发产品安置回迁户的问题，涉及金额636万元。
（4）在两个项目中存在因为逾期开发而缴纳的土地闲置费665万元等。
政策分析
针对上述问题，当地主管税务机关对该公司发出限期整改通知。而该公司内部人员对此却不了解，于是请来咨询专家。咨询专家到公司现场了解情况后，结合《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号，以下简称《通知》）和其他资料对土地增值税清算中的部分业务问题进行了辅导。
（1）清算时以发票金额为标准确认收入。《通知》规定，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
（2）质量保证金以是否开具发票作为扣除前提。《通知》规定，房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质量保证金不得计算扣除。
（3）契税计入“取得土地使用权所支付的金额”。《通知》规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定缴纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
（4）逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。《通知》规定，不论房地产开发企业因何种原因，逾期开发缴纳的土地闲置费都不得扣除。
（5）明确拆迁安置土地增值税计算问题。对拆迁安置，《通知》规定了三项具体内容：一是房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）项规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。二是开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发〔2006〕187号文件第三条第（一）项的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费，异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。三是货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
（6）补交土地增值税不加收滞纳金。《通知》规定，纳税人按规定预交土地增值税后，清算补交的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补交的，不加收滞纳金。
（7）使用自有资金可以按比例扣除开发费用。为了减少开发商通过虚报开发费用等方式来避税的空间，《通知》规定，财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用上述两种办法。
土地增值税清算不认可《企业会计准则——基本法则》中关于借款费用资本化的原则，在清算时，对于已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。因此，需要将该处理原则与会计核算、企业所得税汇算清缴做出有效区分。
（8）明确转让旧房准予扣除项目的年限。《通知》规定，《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第二条第（一）项规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《土地增值税暂行条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时，“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年；超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
论证意见
（1）商品销售收入中存在预收、未收（未开发票）划分不清等问题，在三个项目中涉及金额215万元，属于销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补房款，在计算土地增值税时没有进行调整。
（2）在两个项目中存在上交质量保证金没有开具发票的问题，涉及金额334万元，扣留的质量保证金不得计算扣除。
（3）在四个项目中存在用开发产品安置回迁户的问题，涉及金额636万元，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）项规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。
（4）在两个项目中存在因为逾期开发而缴纳的土地闲置费665万元，在企业所得税前扣除，但是，在土地增值税清算的过程中，逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。