2.1.1 生态系统
生态系统包括生态系统组成、系统结构和功能等部分。其中，生态系统组成包括生物和非生物部分，而生物部分包括植物、动物、微生物，非生物部分包括外部环境，即光照、温度、降水、土壤、地形和营养物质等；系统结构和功能等部分包括生态系统的功能、结构、生物多样性等。
1.生物部分
从生物组成部分分析，生态环境保护的主要对象是受影响区域的动物（包括人工饲养的动物、野生动物、常见动物、珍稀保护动物等）、植物（包括农田植被、人工林、天然林、珍稀保护物种、地方特有物种等）。
我国物种非常丰富，全国有高等植物3万余种，仅次于世界高等植物最丰富的巴西和哥伦比亚。其中特有种约 17 300 种，占全国高等植物的57% 以上。另外，581种哺乳动物中，特有种约110种，约占19%。
植物在整个生态系统中具有非常重要的作用，是食物链中重要的一环，也是生命系统存在的物质基础，同时起着涵养水土，改善环境质量，提供休憩、观赏场所的作用。因此，实施植物保护措施是生态环境保护的重要内容。
2.非生物部分
非生物环境与生物之间相互依赖、相互影响、相互适应，是构成生态系统的重要组成部分。非生物能够提供生物生存需要的营养元素，是生物赖以生存的物质和能量的源泉。
一般交通类建设项目，如公路、铁路建设对非生物环境的影响主要涉及的是由于占地开挖而引起的区域的地形、土壤、景观等环境变化。一般水利水电项目还涉及区域温度、降水等气候条件的变化。
建设项目新增占地会导致土地利用性质的永久性改变，使土地失去原有利用功能，进一步引起区域生态系统结构和功能的变化。
3.生态系统的结构、功能等
生态系统的结构、功能、生物多样性等也是生态环境保护的主要内容。我国生态系统类型多种多样，仅陆地生态系统就有森林、灌丛、草原和稀树草原、草甸、荒漠、高山冻原等不同类型，由于不同的气候、土壤等条件，又可以进一步分为各种亚类型约600种。不同的生态系统类型，具有不同的结构和功能。
生态系统的结构和功能的研究通常需要结合生态功能区划，从生态空间布局要求等整体上进行分析。