黄巾之乱
西京乱无象，豺虎方遘患。
复弃中国去，委身适荆蛮。
亲戚对我悲，朋友相追攀。
出门无所见，白骨蔽平原。
——（东汉）王粲《七哀诗》（节选）
东汉政权在宦官集团的掌控下日益处于崩溃边缘。饱受天灾人祸的百姓，不得不奋起反抗，寻求生的希望。
东汉时期，道教发展繁荣，各路道教流派也不断涌现。汉灵帝时期，民间流传一个称为“太平道”的道教支派。巨鹿人张角自称“大贤良师”，奉事太平道。他一边在江湖行医，一边传播太平道，蓄养弟子。经过十多年的积累，聚集了十万徒众，包括普通百姓、豪强以及官宦。在全国起义烽火蔓延的背景下，张角也决定利用太平道秘密地组织一场全国性的大起义。于是，他将十万多徒众分为三十六方（部），大方统帅万余人，小方统帅六七千人，每方任命一个首领。张角命令弟子四处传播“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的民谣，在各地进行动员。
光和六年（公元183年），张角号令各地首领，约定于中平元年（公元184年）三月五日同时起义。不料，起事前张角的一名弟子叛变，向朝廷告密，导致在洛阳的大方首领马元义被捕，惨遭车裂之刑，与太平道有关的官兵、百姓千余人被捕杀。朝廷还下令通缉张角，张角被迫提前起义。
中平元年（公元184年）二月，张角所部三十六方同时起兵造反，起义军以头裹黄巾为标志，故被称为“黄巾军”，张角自称“天公将军”，其弟张宝称“地公将军”，张梁称“人公将军”。起义军声势浩大，焚烧官府，捕杀官吏，瞬间在全国造成盛大声势，震动京师。
同年三月，汉灵帝紧急召集群臣商量对策，北地太守皇甫嵩奏请解除党人之禁，以解除积怨，笼络人心。汉灵帝犹豫不决，咨询中常侍吕强，吕强也建议释放党人，防止党人与黄巾军合作。于是，汉灵帝下诏大赦党人，“党锢之祸”终告结束。
四月，郎中张钧上书，认为张角能聚众十余万人起义，根源在于宦官，建议斩杀十常侍之首，并将其首级悬挂于京师南门示众，起义军就会自行散去。然而，这个建议激怒了汉灵帝。汉灵帝一直认为宦官是他的依靠，诛杀宦官就是拆他的后台。于是，他下令将张钧入狱处死。
东汉古栈道留下的碑刻
随后，汉灵帝任命皇后的哥哥何进为大将军，率兵屯于洛阳都亭，增修兵械，捍卫京师。此时，黄巾军主要活动于冀州（今河南省临漳县西南）、南阳（今河南省南阳市）、颍川（今河南省禹县）等三个主要地区。汉灵帝派遣北中郎将卢植率军攻打冀州地区张角所部黄巾军；命左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊、骑都尉曹操率兵四万围剿颍川郡黄巾军。
卢植率军连破张角，斩首万余人，张角被迫退至广宗（今河北省威县东）。此时，汉灵帝派遣宦官左丰视察卢植军队。因卢植不肯贿赂左丰，左丰回京便诬告卢植作战不力。汉灵帝将卢植召回京师治罪，改命中郎将董卓进攻广宗。
五月，皇甫嵩、朱俊和曹操合兵大破颍川黄巾军，皇甫嵩以功封都乡侯。朝廷继续派兵攻打汝南郡（今河南省平舆县北）、陈国（今河南省淮阳县），大败黄巾军，朱俊被封为镇贼中郎将。
从八月到十一月，皇甫嵩和朱俊连破东郡、曲阳和宛城的黄巾军，斩杀了张宝，平定南阳。至此，黄巾起义持续了九个月，黄巾军主力被全部消灭，起义失败，只剩下余部活跃于各地。
汉灵帝听闻黄巾军主力被消灭，以为危机已经解除，又重新开始大肆搜刮民脂民膏，暴敛天下。中平二年（公元185年）二月，洛阳发生火灾，南宫被毁。宦官中常侍张让与赵忠等人劝汉灵帝增加赋税以修宫室、铸铜人。于是，汉灵帝下令增加田亩税十钱，作为修宫钱。宦官、刺史、太守都从中牟利，私增繁多搜刮名目，百姓苦不堪言。一时间，农民起义再次爆发，黄巾军余部在益州（今四川、贵州与云南北部）迅速集聚十余万人。青州、冀州等地的黄巾军也聚众上百万。义军攻打郡县，诛杀官吏，声势浩大，形成燎原之势。
中平五年（公元188年）三月，为了镇压各地农民起义，汉灵帝在太常刘焉的建议下，改刺史为州牧，位居郡守之上，并选派列卿、尚书出任州牧，掌握一州的军政大权。从此以后，州牧各据一方，形同割据政权，为最终进入东汉末年诸侯割据的军阀时代埋下了伏笔。
为了加强京师警备，也为了分散外戚大将军何进的兵权，东汉朝廷下令在西园成立统领全国军队的统帅部，组织起一支新军。统帅部共设八校尉：上军校尉宦官蹇硕、中军校尉袁绍、下军校尉鲍鸿、典军校尉曹操、助军左校尉赵融、助军右校尉冯芳、左校尉夏牟、右校尉淳于琼。其中，上军校尉蹇硕是全国军队的最高统帅。
中平六年（公元189年）三月，汉灵帝去世。汉灵帝只有两位皇子，即王美人所生的刘协和何皇后所生的刘辩。汉灵帝去世前，本想要刘协继位，并将其托付给宦官蹇硕。王美人刚生下刘协便被何皇后毒杀，汉灵帝大怒，要将其废黜。何皇后重金收买了皇帝身边的宦官为其说情才得以保全。汉灵帝怕何皇后加害刘协，便将他交给母亲董太后抚养。
汉灵帝死后，何进拥兵入宫，拥立十四岁的皇长子刘辩继位，史称汉少帝。其母何皇后被尊为皇太后，临朝听政。何进与太傅袁隗共参录尚书事，执掌朝政。刘协被封为渤海王，后改封为陈留王。