留校任教
樊庆笙毕业后被留校任教，在植物病虫害系担任植物学和植物分类学的教学工作。
金陵大学校友湖南农业大学的李宗道教授在缅怀恩师的文章中写道：“我1934年考入南京金陵大学农学院学习，第一年学习主要课程《植物学》，就是樊老师负责我们实验课，……樊老师对学生要求非常严格，……哪个学生实验报告做得不好时，一律重做，一次不行二次，二次不行三次，直到做好为止。……从那时起，樊老师教学严谨的作风，使我终生难忘，受益匪浅。盛承师同学自己当了湖南农业大学教授，仍把多年前樊老师修改批阅的实验报告一直珍藏至今，并经常拿出来给新任校长们看，希望学校像樊老师一样对学生严格要求。”[2]
金陵大学校友庄巧生院士回忆：“1935年1月，我考上了金陵大学农学院，主修农艺、辅修植物，第一天上课的头一节课就是樊老师讲的普通植物学。普通植物学是农学院的基础课，是一门内容广泛、描述性很强的入门课，听起来不难懂，但要一一记在脑子里就有些困难。樊老师记性好，讲课口齿清楚，有条理，重要的地方常常有意识的重复阐明以引起注意，同学们听起来不感到腻烦，留给人的印象比较深刻。为了配合讲解，他常在黑板上用有色的粉笔作图，或用事先绘制好的图解展示，其下笔的神速，技巧的精湛，几乎和书本上印刷的一样精确、细致，令人感叹不已。用今天的术语说，樊老师应是青年大学教师中的精英。如果他没有扎扎实实的真才实学做后盾，就不可能有那么出色的课堂效果。使我受益更大的是这门课的实验，它工作量很大，每次都要逐个地对实物、标本、切片进行仔细观察、绘图、标注来加深认识，以及回答实验指南中提出的问题，远远超过了规定的时间，只好另找时间补课，每周如此，这样，经过一个学期加班加点进行实验的实践和锻炼，养成了我对迎接沉重学习负担的适应能力，也体会到勤能补拙的实际效果。”[3]
金陵大学校友徐国帧回忆：“樊老师带我们实验课时，在做植物形态和解剖实验时，要求我们学会生物画图技能。凡是应该在显微镜下描绘的，一定要用左眼观察镜片图像，右眼看着纸和笔，进行勾画绘制，所绘图像，要求线条清晰，布点匀净，注释正确。有的同学的实验报告，被樊老师屡退屡改，屡改屡退，竟达七八次之多。”[4]
樊庆笙对家境困难的学生尽力相助。庄巧生回忆：“樊老师找我和黄率诚同学作助教生，帮助他照看每周两个下午的实验，我们欣然接受了这项工作，也有点受宠若惊。……通过作助教生取得了一些报酬，对我们俩个穷学生是很大的帮助，对自己的充实提高也有很大好处。”[5]
1935年，樊庆笙的论文“水生植物的适应”发表在《生物科学杂志》第一卷第一期上。文中分析了为适应水中的生活条件，水生植物器官形态上的变异和内部构造的特殊。文中20幅水生植物在水中鲜活的立体图和显微镜下精细的剖面图，皆为樊老师所画，可见功底之深，也为学生做了规范绘图的示范。
在植物病虫害系工作期间，樊庆笙多次带学生到湖南、安徽等地采集标本，调查和研究长江流域的森林资源和植物分布。他是金陵大学植物病虫害系植物分类标本室的奠基人之一。
1935年在湖南常宁县采标本时和当地的瑶族妇女合影左一樊庆笙，左三穿瑶装的刘德林，右一李养源
1935年在湖南常宁县采标本，左三樊庆笙
采集标本队和当地瑶族同胞在一起前排右二樊庆笙
樊庆笙拍摄的瑶族姑娘（1935年）
樊庆笙做的植物标本照片之一，白百合（标本原存金陵大学标本室，1952年院系调整后，被南京大学生物系接收）
1936年带金陵大学植物病虫害系学生去滁州琅琊山采标本前排左一樊庆笙
1935年的岳阳楼 樊庆笙摄
1936年樊庆笙先生和周珊珍女士订婚照
1936年樊庆笙先生和周珊珍女士在金陵大学校园