临危受命，挑起重建南农重任
1981年4月，樊庆笙被任命为南京农学院院长，这时他年已古稀。南京农学院胜利复校了，但十年浩劫，在宁校舍、农场被占领，除绝大部分骨干教师、职工从扬州归来外，仪器设备、图书资料等绝大部分带不回来，可以说是白手起家。学校面临重新起步建设的关键时刻，虽已七旬而身体尚健的樊老，勇于挑起了院长重任。[2]樊先生说：“委以重任，难以推辞。南农刚复校，百废待举。不把这座曾是国内领先、国际知名的农学院教学、科研搞上去，愧对国家和人民。我身体还好，干上几年，把年轻人培养出来就好了。”[3]于是他不得不搁置酝酿已久的科研和写作计划，投入重建南京农学院的繁重工作。面对着一个搬得七零八落的烂摊子，摆在他面前的工作千头万绪。一切从头开始：校舍要重建，设备要更新，教学要整顿，师资要培训，科研要搞上去。他殚精竭虑地为学校的重建和发展而日夜操劳。
为了把失去的22年夺回来，加倍工作
在农业部党组、中共江苏省委和院党委的领导和支持下，20世纪50年代就主管过全院基建工作的樊庆笙先生，借鉴以前的经验，首先主持制订了学校发展规划和校园基本建设规划，初步确定学校规模为本科生5000名，研究生500名。接着他主持规划新建8093平方米的图书馆，12461平方米的实验大楼，6428平方米的培训部大楼，并决定在江浦农场新开辟千亩试验区。建成的图书馆可藏书100万册，是当时全国农业高等院校中面积最大，设施最好的图书馆。实验大楼建成后，由樊庆笙亲自主持决定全校大豆、植物病理、动物生理生化、农业微生物、作物营养等十个重点研究室进驻。[4]
樊院长还亲自出马，四处联系，先后争取到世界银行两笔贷款，用于购买高档仪器设备，为这些重点实验室取得丰硕的科研成果奠定了物质基础。在建设新校园的同时，要让回来的教师有住所，学校还每年新建教职工宿舍2-3幢，逐步改善师生的学习、工作、生活条件。仅仅两年，学校的面貌焕然一新。
高等学校是为祖国培养人才的地方，教学工作是学校的中心工作。新学期开始前，樊院长必定亲自审查各系的教学大纲和师资配备。开学时老院长亲自给新生讲话，并深入学生宿舍，和同学们促膝谈心，听取他们的要求和反映，激励他们为实现祖国四个现代化而发奋学习。为了和师生们有广泛接触的机会，在他的推动下，院长办公室和有关行政部门都搬到教学区内，便于他经常深入各系科，了解教学情况和师生们的反映。
由于“文革”十年造成的闭塞，教师们对国内外微生物学的进展知道甚少，为了尽快和世界水平接轨，迫切要有一本新教材。1979年，樊庆笙教授领导并主持了《微生物学》（第三版）的修订。与前面两版比较：增加了分子生物学的发展历史和基础理论；将微生物三大分类：细菌、真菌、病毒，分章阐述；对生物固氮研究在近二十年的重大发展做了重点介绍；对微生物学的最新研究成果在农、林、牧、渔业、医药业及环境治理等的广泛应用做了全面介绍。《微生物学》（第三版）适应了20世纪80年代国家经济建设的需要。
1979年陈华癸、樊庆笙主编的《微生物学》（第三版）
1981年4月樊庆笙教授出任南京农学院复校后的院长
工作中的樊庆笙教授
1985年南京农业大学土壤农化系农业微生物学教研室全体教师
第一排左起：殷永娴 林佩真 樊庆笙 文永昌 李惠君第二排左起：肖乃华 娄无忌第三排左起：黄为一 李顺鹏 卫雪民 李玉祥 沈标 蒋华平 刘友华 周惠民