樊庆笙带着珍贵的盘尼西林菌种和化学试剂、仪器、溶剂，并和医疗队一起带着“华人血库”全套设备回国
1943年，微生物学界发生了一件轰动世界的大事——盘尼西林（penicillin）在美国已成功进行工业化生产，并投入临床使用。这种神奇的青黄色霉菌制成的药物拯救了二战中成千上万伤病员的生命，这是当时微生物学最辉煌的成就。樊庆笙敏锐地想到中国人民正在艰苦抗战，前方将士天天在流血，中国太需要盘尼西林了，必须赶快回中国制造出盘尼西林，救治前方伤病员。
当时威斯康星大学正是美国盘尼西林的研制中心，樊庆笙的导师植物学家John Stauffer教授是负责筛选盘尼西林菌种的主要科学家之一，他和同事Myron Backus分离出战时计划中产量最高的盘尼西林菌种Q-176。樊庆笙在导师的帮助和支持下，广泛收集和研究盘尼西林研发和生产的最新技术资料，并向导师学习丁醇萃取盘尼西林的技术。他归心似箭，急于回到中国，报效祖国。但自从1941年太平洋战争爆发后，海上交通基本阻断，归国无路，他只能暂留美国。制取盘尼西林的一个重要环节是发酵，1943年8月樊庆笙在美国南方路易维尔的西格兰姆发酵研究所，获得一份待遇不错的工作，他一边工作，一边学习发酵技术，积极为以后回国研制盘尼西林的发酵生产做准备。
苍天不负有志人。两个月后，樊庆笙收到威斯康星大学转来的美国医药助华会（ABMAC）[1]的一封信，这使他看到了回国的希望。“美国医药助华会”是由美国医学专家发起并组织的民间团体。他们为在极其困难条件下艰苦抗战的中国人民提供许多无偿的援助。会长化学家Van Slyke博士和血库专家JohnScudder博士等人发起并决定捐赠一座输血救伤的血库给中国，用以帮助中国人民的抗日战争。血库的设备和冻干血浆的制备技术在当时都处于医学进展的最前沿，对中国人民来说，真是雪中送炭。信上说血库的筹建得到纽约华人和美国民众大力支持，进展顺利，暂定名“华人血库”，目前尚缺细菌学的检验人才，希望樊庆笙博士能参加。对樊庆笙来说，真是一个千载难逢的机会，这样就可以随医疗队回国参加抗日工作，同时把盘尼西林的生产技术带回国。于是他毅然辞去西格兰姆研究所的工作，到纽约应聘。因他隶属金陵大学，经美国医药助华会向金陵大学协商借用他一个时期，得到金陵大学复电同意后，樊庆笙于1943年11月到“华人血库”担任检验主任。
到血库工作后，樊庆笙向医药助华会会长Van Slyke坦陈了自己的想法：他想回国承担血库工作的同时，进行盘尼西林的研制，目的是要在中国生产盘尼西林。Van Slyke很尊重他的想法，并表示理解和大力支持，帮助他采购研制盘尼西林所需的仪器、设备、试剂、溶剂，更帮助他寻到两支极其珍贵的盘尼西林菌种。加上威斯康星大学又赠送了一支，共三支。这三支由樊庆笙带回国的盘尼西林菌种沙土管，当时比黄金还贵重。
在“华人血库”工作期间，樊庆笙专门到纽约中央医院（PresbyterianHospital，一译长老会医院）学习血液的检验技术和制造冻干血浆的技术。为把盘尼西林移植到中国来，他除了到图书馆广泛收集有关盘尼西林的最新科技资料外，还和Phillip Wong博士进行了研制盘尼西林的试验，结果表明在中国制造盘尼西林是可行的。当时的中国没有什么工业基础，加上战争的破坏，物资极度缺乏，设备简陋，不能完全照搬美国的生产方式。樊庆笙根据中国的国情，研究出在较为简陋的条件下，不违背盘尼西林的制备原理和工艺流程，制造出盘尼西林的技术和方法，为回国研制盘尼西林做了充分的准备。
美国医药助华会月刊（ABMAC Bulletin）1944年3/4期以“中国可以制造盘尼西林”为题报道了这一成功，同时还说明，樊庆笙将把研究数据和盘尼西林孢子带到中国，以便在中国进一步试验。
“华人血库”试运行期间，得到中国留学生、华侨、美国友好人士的支持，竞相献血。共采血1157份，采得血液制成57份干血浆，准备带回中国。医疗队招聘中国专家和医务人员8人：主任易见龙博士、检验主任樊庆笙博士、秘书林如斯（林语堂之女）、技师雷滋法、提炼陈秀英、助理伍葆春、护士长刘覃志云、护士窦路德。
美国医药助华会主要负责人和血库工作人员合影前排左起：Van Slyke博士 John Scudder博士 Frank Co Tui（许肇堆）博士 F.Meleney博士后排左起：樊庆笙博士 林如斯（林语堂之女） 刘覃志云 窦路德 陈秀英 伍葆春 易见龙博士