勇挑重担创建土壤微生物学科，培养微生物学人才
1950年5月—1952年6月，樊庆笙教授被委任为公立金陵大学教务长，1952年7月，院系调整后，由原中央大学农学院和金陵大学农学院合并成南京农学院。强强联合的南京农学院其师资和科研水平均处于国内领先地位，并在国际上有一定影响。樊庆笙被委任为南京农学院副教务长、学术委员会副主任。1953年第一个五年计划开始了，全国各地呈现一片欣欣向荣的景象，迎来了知识分子久盼的和平建设环境，也迎来了樊庆笙实现自己抱负、报效祖国的大好时机。当年他年届四十，年富力强，以满腔热情和过人的精力投入了新的教学和科研工作。
他率先在南京农学院建立起我国第一个土壤微生物学专业和土壤微生物学实验室，组建了土壤农化系微生物学教研组，并精心策划了以固氮微生物学为研究重点，展开了自生固氮菌和根瘤菌的形态、生理、生态的研究。他还招收了中国第一批土壤微生物学研究生、研修生，为新中国高校和农业科研单位培养了第一批从事微生物学教学的教师和从事生物固氮的研究人才。他经常上午给大学生上课，下午或晚上给研究生和研修生上课或指导科研。他对研究生要求十分严格，务求教学、科研全面，知识、能力并重。
他的研究生对他的治学严谨，讲课生动，指导科研有方深有体会。刘自强教授回忆：
樊教授学识渊博、经验丰富、治学严谨和求实的精神，渗透到每一个教学环节。他亲自为研究生讲课，讲授知识的精髓和要义。他的语言精辟，层次清楚，比喻生动，富有逻辑。常引用中外新科研资料，旁征博引，引人入胜。他定期和研究生展开讨论，启发我们独立思考，相互交流，并大胆提出自己的见解和疑惑。而他的解惑常常一语道破本质，使我们茅塞顿开。在指导科研时，不仅“授于鱼”，指导学生查阅资料，选定课题，规划设计，订立措施；而且“授于渔”，让学生独立承担一些科研项目，锻炼我们的科研能力。他及时地帮助我们处理科研中发生的问题，并不断教育我们说：“科学研究是反映客观事物的变化规律，一定要有实事求是的科学态度。”在总结试验结果时，樊师提倡畅所欲言，各抒己见，引发思考，促使争论，最后归纳总结，使我们懂得了分析总结科研的方法，学到了处理学术问题的正确态度。[3]
为了使研究生在教学和科研两个方面都得到培养和提高，要求他们除了学习研究生的必修课程外，还需随大学生跟班听课，学习课堂教学法，并负责大学生的辅导和实验课，以熟悉教学的各个环节，毕业后能在大学和科研单位独立承担教学和科研工作。
他还被聘为华东药专（中国药科大学前身）细菌学教授、中科院南京土壤研究所研究员。每周要到药专上“细菌学”课，当时药专为他配了两位助教赵守训、徐国钧。每周一次到中国科学院南京土壤研究所指导工作，帮助年轻学者确定科研方向，制定科研规划，设置课题，解答他们的难题，帮助他们培养科研人才。赵守训教授得知樊老师去世后寄来了亲笔书写的纪念文字：
怀念樊庆笙老师
建国初期我当过樊老师的助教，
他对学生像慈母般的谆谆教诲，
他对青年教师如兄长样的关怀帮助，
他事事以身作则堪称师德楷模，
一代宗师永驻学子心中。
中国药科大学教授赵守训
2001.3
院系调整后，原来丁家桥校区已不能适应发展，急需筹建新校区。院领导商请樊庆笙兼任基建办公室主任，对这个和他业务毫不相干的工作，他不但没有推辞，而是全力以赴。这样他更是忙上加忙，教学、科研、基建三副担子一肩挑。他带领基建办公室工作人员，去北京参加了政务院文教委员会组织的全国重点高校基建负责人的学习和考察。新中国成立不久，百废待举，国家投入大量资金进行高校建设，使他深感到新中国对教育的重视，“基建”对他来说是全新的工作，必须全力做好。回南京后，他多次去南京农学院森林系新院址武家庄[4]实地勘察，他和江苏省建筑设计院的工程师具体商讨校园规划的总体布局和教学实验大楼的细部设计。在基础施工和楼板浇筑的关键时刻，他不分昼夜，亲到现场检查、督促，即使节假日他也从不缺席。1954年冬天特冷，他冒着零下十几度的严寒，去工地检查工程进度，确保了工程质量，并慰问吃住在工地的工作人员。60多年过去，现在南京林业大学的教学大楼仍巍然屹立。
他每天都是从早忙到晚，一周七天连轴转。傍晚下班到家匆匆吃罢晚饭又走了，到他再回家时，孩子们都睡着了。孩子们抱怨：“我们的爸爸和人家爸爸不一样，从来不带我们出去玩。”母亲对孩子们说：“你们真不懂事，你们的爸爸很辛苦，他像老牛一样，没日没夜地负重耕田。”
华东药专52级细菌学科同学谢师照前排左五樊庆笙
1953年樊庆笙招收的第一批研究生和研修生前排左起：洪桢瑞 樊庆笙 刘自强后排左起：刘梦筠 王毓庆 程美琦
1953年4月，樊庆笙应中国科学院院长郭沫若邀请去北京参加“中国科学院会议”，应邀的都是各个学科领域的首席科学家，讨论各学科建设的总体规划。1956年，他和陈华癸合作完成了我国第一部农业院校微生物学教材《微生物学》，适应了中国第一个五年计划大规模经济建设的需要。随着微生物学的不断发展，两人合作的《微生物学》不断修订，内容不断更新，体系逐步完善。其中第三版、第四版分别适应20世纪80年代和90年代经济建设的需要，第五版是面向21世纪的教材。这本《微生物学》已成为一本有特色的被农业院校广泛使用的经典教材。
1955年，樊庆笙被聘为中国科学院土壤研究所学术委员会委员
1957年，樊庆笙、陈华癸编著的《微生物学》
【注释】
[1]陆庆良.一位爱国正直的知识分子.《樊庆笙教授纪念文集》29-30.北京：中国农业科学技术出版社（2003）.
[2]陆庆良.一位爱国正直的知识分子.《樊庆笙教授纪念文集》29-30.北京：中国农业科学技术出版社（2003）.
[3]刘自强.忆宗师，难忘怀.《樊庆笙教授纪念文集》45-48.北京：中国农业科学技术出版社（2003）.
[4]原南农森林系新址，后来以南农森林系为基础成立南京林学院，现为南京林业大学校址.