艰难曲折的回国路，冲破日寇围堵，飞越喜马拉雅山，回到祖国
因战时交通断绝，美国医药助华会接洽美国军部，让血库人员和物资搭乘美军运输船回国，因为只有穿军装的人才能上军船，所以中国总领事于焌吉给医疗队成员临时授予军衔，易见龙、樊庆笙为少校，其余6人为尉官[2]。
1944年1月20日，由易见龙、樊庆笙带队携带美国捐赠的血库，设备200余箱（重20余吨）以及所制备的冻干血浆，连同医药助华会准备的足够两年使用的各种消耗材料、配套用品，总共67吨，在纽约附近的一个军港，悄悄上了一艘美军运输船启程回国。
要把67吨医疗物资经海、陆、空多次转运，顺利运到中国谈何容易，不仅路途艰难，还有不可预料的危险随时可能发生。医疗队全体人员作了充分思想准备和应急准备，临危不惧。
归途充满险情。这艘船离开巴拿马运河进入太平洋后，即遭到日本军舰和飞机的围追堵击和轰炸，为修船，曾再次返回巴拿马。樊庆笙晚年患病后，和女儿谈起往事时说：“当时炸弹就在船的周围爆炸，掀起数丈巨浪。”女儿问：“你怕不怕？”他笑道：“当时没想到害怕。我们在船上设立了一个救护站，我被派在前舱甲板的救护站工作。遇警报时，我就要戴上钢盔，穿上救生背心，戴上防毒面具去前舱甲板值岗。得空时我还教美军官兵说中国话、认中国字”。
为了避免日本潜艇袭击，不得不迂回航行，光穿越赤道8次之多。然后运输船绕道新西兰及澳大利亚南部海域，进入印度洋，历经5个月的艰险航程，到达印度孟买。医疗队换乘火车经加尔各答到达利多，再搭乘美军的运输飞机，沿着“驼峰航线”（The Hump），飞越喜马拉雅山。1942年日军占领缅甸，滇缅公路被切断后，新开辟的驼峰航线是中国从东部沿海到西南运输战备进口物资的唯一途径，是世界上最艰巨，最危险的，付出代价最大的航线。二战时的飞机是螺旋桨飞机，飞不高，且无导航设备。1942年到1945年，美军在“驼峰航线”上摔毁了1500多架飞机，牺牲飞行员近3000人，中国损失了48架飞机，牺牲了168名飞行员。“驼峰航线”因此又被称为“死亡航线”。一千多架飞机残骸散落在喜马拉雅山脉的峡谷中，在阳光反射下，发出银灰色的光，铺成了“驼峰航线”的路标。血库人员乘的飞机起飞时虽然天气晴朗，但进入喜马拉雅山的崇山峻岭中飞行时仍危险重重，片片浓云不时涌进山谷，顿时云雾弥漫，飞机在乱云中上下颠簸，幸有时隐时现的“路标”依稀可辨，血库人员乘的这架飞机总算有惊无险，于1944年6月人员和所带物资设备平安到达昆明。
在昆明中央防疫处，研制成中国第一批盘尼西林，得到世界公认。以后又定了中国译名：青霉素
血库建在昆明的昆华医院内，在它南面隔着滇池不远就是当时的中央卫生署防疫处，处长汤飞凡是我国著名的细菌学家、病毒学家，他正领导一个小组进行盘尼西林的研制。汤飞凡见到樊庆笙非常高兴，立即邀请他参加他们的工作。当时血库尚在安装阶段，费时一月余，樊庆笙抓紧时间先投入盘尼西林的研制。他的加入，仿佛来了生力军，不仅带来了仪器、设备、试剂，还带来了优良的菌种，使得盘尼西林的研制进度大大加快。
樊先生用从美国带回来的两桶乙酸戊酯（Amylacetate）用作制取盘尼西林的萃取剂，带领助手朱既明夜以继日试制，克服种种难题，终于在1944年9月5日成功试制中国首批盘尼西林。第一批出品仅有5瓶，每瓶含盘尼西林5000牛津单位。其中1瓶寄往美国威斯康星大学送检，检验结果与送往英国的一瓶大致相同，分别得到英、美两国专家的肯定和鼓励。
医药助华会月刊（ABMAC Bulletin）1944年11/12期刊登了汤飞凡博士和樊庆笙博士在昆明研制生产盘尼西林成功的报道（附件1），摘录译成中文如下：
昆明实验室生产出盘尼西林
经过中央防疫处处长汤飞凡博士（Dr.F.F.Tang）和中国血库的细菌学家樊庆笙博士（Dr.C.S.Fan）两个月的实验，在昆明生产出了小批量的盘尼西林。用于生长这些菌株的孢子是由樊博士带回中国的，同时带回的还有ABMAC提供的玻璃器皿、化学药剂和其他仪器。
已经取得供外用的未加工的和部分提纯的盘尼西林，并且已经成功地用于治疗严重感染的病例。樊博士报告说，该实验室预期将其生产能力提高到每周500000个单位，并且正在进行进一步的试验以获取提纯的盘尼西林，用于肠外注射。
关于盘尼西林的应用和生产的最新文章由ABMAC定期寄给汤博士和樊博士。
附件1：医药助华会月刊（ABMAC Bulletin）1944年11/12期
1944年秋到1945年春，樊庆笙先生带领研究小组不断摸索，改进提纯方法，加强盘尼西林溶液富集和浓缩，制得的盘尼西林效价大大提升，每毫升溶液中含盘尼西林50000牛津单位，并用冷冻法制成更易保存的粉剂。经过无菌测试、毒理测试、发热测试，在昆明昆华医院进入临床试验，结果表明对骨髓炎、积脓、新生儿眼炎、子宫内膜炎、背痈、蜂窝组织炎、伤口感染等均取得良好的治疗效果，且无明显副作用。（附件2）
1945年英文版的《中华医药杂志》刊登了以中央防疫处为发表单位的论文《Experimental Production of Penicillin in China》。这是中国研制盘尼西林最早的，也是二战期间唯一一篇论文。（附件2）
论文的署名是C.M.CHU、Y.W.WONG、C.C.FAN、F.F.TAN，依序为朱既明、黄有为、樊庆笙、汤飞凡。
其中C.C.FAN的名字上特别加了脚注“Bacteriologist of Chinese BloodBank”，表明他是中华血库的细菌专家。这一脚注是必要的，因为樊庆笙不隶属于中央防疫处。也正因为这一脚注，署名和樊庆笙先生的英文名拼法（C.S.FAN）虽差一个字母，却能确定无疑是樊庆笙。
按论文排名来看，汤飞凡是领导，樊庆笙是指导研究的导师，朱既明和黄有为做具体工作，这与樊庆笙当时已经是博士、拥有制造盘尼西林的技术和经验的身份是相符合的。令人遗憾的是，后人不知道血库的细菌学家就是樊庆笙先生，没有把两者联系起来。加上种种历史原因，樊庆笙先生在研制中国第一批盘尼西林中的贡献在很长时间内不为人知，没有得到应有的重视。
附件2：1945年发表在英文版《中华医学杂志》上的论文《中国盘尼西林的研制和生产》首页
在汤飞凡博士和樊庆笙博士带领下，中国在抗战艰难的条件下，成功地研制出可用于临床的盘尼西林，成为世界上率先制成盘尼西林的七个国家之一。这一令人瞩目的成就得到了世界的公认[3]。
1944年美国援助中国的慈善机构曾考虑在美国建立一家工厂，并开发适应中国国情的技术。当他们了解到昆明的工作时，终止了该项目。因为中国人利用自己的专业知识和技能，已经跨出了盘尼西林制造过程中关键的第一步。[4]
1945年医药助华会总结该会1944年工作的高光时刻，其中之一即昆明中央防疫处用ABMAC提供的菌种和设备制成了盘尼西林，并有效地用于治疗皮肤感染。（附件3）
附件3：美国医药助华会月刊ABMAC Bulletin 1945年3/4月版总结1944年工作的高光时刻
抗战胜利后，樊庆笙回金陵大学工作。1946年随金陵大学回迁南京。他一直牵挂着盘尼西林的研制，当时进口的盘尼西林价格昂贵，有“一支盘尼西林一两黄金”的说法，一般老百姓根本用不起。他想把盘尼西林由实验室的小批量生产尽快转化为大规模的工业化生产，提高效价、降低成本，逐步让国产盘尼西林占领市场，造福于中国的普通老百姓。为此，他写信给正在美国留学的李扬汉先生，托他回国时把新的一代菌种带回来。
1946年冬，原西北防疫处处长杨永年受中央卫生署委派，在上海主建中央生物化学制药实验处，继续进行盘尼西林的研制，中央生化制药实验处急需这方面的专家，写信邀请樊庆笙参与，这和樊庆笙的想法不谋而合。于是他受邀担任实验处简任技正[5]，负责盘尼西林生产的关键环节——盘尼西林菌种的提纯复壮、发酵提取，从而为盘尼西林的批量生产打下基础。生化处还特地为他配备了两名助手——傅贻柯、黄凤秋进行菌种培育、发酵提取等工作。于是他每周忙完了金大的课务后，就立即乘火车奔往上海。他用李扬汉先生从美国带回来的新一代菌种制得盘尼西林，效价又有了提高。1948年上半年，生化实验处筹建盘尼西林厂，准备进行工业化生产。
樊庆笙在上海中央生物化学制药实验处的部分研究成果《柠檬素作为抗生素》发表在美国权威学术期刊《科学》1947年9月期上。论文的共同作者之一是毕业于金陵大学的有机化学家汪猷。（附件4）
附件4：1947年樊庆笙发表在美国权威学术期刊《科学》上的论文《柠檬素作为抗生素》首页
二十世纪四十年代penicillin（盘尼西林）被介绍到中国后，数种音译和意译名称并存。在试制盘尼西林的同时，樊庆笙先生就提出给它定一个统一的中国译名。作为微生物学家，他的命名不仅考虑到英语词源和译名规范，还考虑了微生物学分类和形态学的方面。
晚年他曾向外孙女杨帆讲过他命名的依据：一是从形态上，这种“菌株”属于真菌中丝状霉菌，呈青黄色，取其“青”；二是从意义上，英文中词尾“in”在生物学上常翻译为“素”，如维生素（vitamin）。两者合一，最终命名为“青霉素”[6]。这个命名不仅得到后来从美国回来的中央防疫处细菌学家童村的赞赏，也得到了学术界的广泛认可。
中华人民共和国成立后，1950年5月2日，文化教育委员会成立了学术名词统一工作委员会，专门负责学术名词的审定。1952年11月在由樊庆笙、王岳、马誉澂、蔡润生、沈善炯、张为申、汪猷等专家学者组成的抗生素名词审查会上，“青霉素”被确立为penicillin在中国的唯一译名，一直沿用至今。[7]
樊庆笙从美国带回国的三支青霉素菌种沙土管，蓝色的一支是做实验用的大肠杆菌冻干菌株