一生致力于生物固氮研究和应用推广
樊庆笙教授从任教开始就专注根瘤菌的研究，1938年，他带学生在四川采标本时的野外记录就列入了观察根瘤菌的内容。他在美国威斯康星大学攻读学位时，曾以大豆根瘤菌不同菌株的共生固氮效率为研究课题，还试验过几种新合成的农药对根瘤菌的影响。20世纪50年代，他指导学生开展以“华东地区大豆根瘤菌优良菌系的分离”为课题的研究，获得纯培养的大豆根瘤菌几百株，从中筛出五个固氮效率高的菌系制成菌剂，进行小区接种对比试验，又对自生固氮菌和根瘤菌的形态、生理及生态进行探究。并在农业生产中推广应用大豆、豌豆等根瘤菌菌剂。[4]
20世纪80年代，樊庆笙参加了国家科学技术委员会生物固氮协作组的有关项目和江苏省科学技术委员会领导的关于花生、大豆根瘤菌接种技术的示范推广的开发计划。三年中，他奔波在江苏各地，指导各地农技站的科研人员，进行菌种选育、菌剂生产和田间试验、制作配套接种技术等，并亲自操作、演示，进行指导。在苏北23个县示范推广了3.3万公顷，豆科作物接种根瘤菌后，花生平均增产18%左右，大豆平均增产9.8%左右。经济效益显著，获江苏省科学进步奖[5]。
樊庆笙先生还率先将分子生物学的理论和技术运用到农业微生物的研究和运用中。1987年他主持了农业部课题“高效抗逆大豆根瘤菌的构建”和江苏省科学技术委员会的生物技术课题“固氮基因重组”，在这些课题研究中，他应用细胞融合和DNA细胞重组技术，对现有的根瘤菌进行改造，构造了高效抗逆大豆根瘤菌菌株，提高了大豆在逆境中结瘤和固氮效率，在中国沿海，特别是江苏沿海滩涂开发中发挥了作用。[6]
20世纪90年代，在樊庆笙教授的指导下，南京农业大学农业微生物研究室开展了对紫云英根瘤菌和紫云英识别的分子生物学研究，同时对固氮根瘤菌和田菁茎瘤的生态生理进行研究，并应用分子技术对固氮根瘤菌的遗传学进行研究，使田菁茎瘤和固氮根瘤菌的研究达到国际先进水平。[7]
1987年5月，中国土壤学会为了总结和交流中国共生固氮研究和应用50年的工作成绩，为今后的研究和技术推广提供有益的经验，三位中国农业微生物学的奠基人张宪武、陈华癸、樊庆笙在成都共同主持了“全国豆科植物——根瘤菌共生固氮学术讨论会”，会后陈华癸和樊庆笙主编了《中国共生固氮研究五十年》。
1982年樊庆笙教授在苏北试验点测试接种过根瘤菌的大豆生长情况
在田头考察接种根瘤菌后的田菁长势
1987年5月，樊庆笙教授（左一）和张宪武教授（左三）在“全国豆科植物”——根瘤菌共生固氮学术讨论会上
樊庆笙教授为德国发行的《生物固氮》一书撰写的《中国稻田采用的生物固氮系统》特约专稿英文版首页照片。
