不断开拓微生物生态学的研究和应用，保持生态系统平衡

樊庆笙教授一生致力于我国微生物和大型真菌群体的生态研究和资源开发。他认为中国是从寒带、温带、亚热带、热带连接不断的国家，微生物资源极为丰富和特有。在温带和亚热带、亚热带和热带的交汇处，可能会有一些特殊分化的菌种，研究的前景广大。他常和学生们说：“我国是物华天宝，生物资源不同于任何国家和地区。”他从20世纪40年代就注意从微生物中筛选抗生物质，并注意群体生态的相克关系。^[8]

1989年，在西安召开的“全国第六届土壤微生物学术讨论会”上，他总结了微生物学工作者在发展微生物防治病虫害、微生物产生植物刺激素促进营养等许多方面的应用，意味深长地提出：“土壤微生物研究工作者，今后的研究方式要从土壤中走出来，既地下、也地上，地球上丰富的土壤微生物资源应该更多更好地为我国国民经济服务，为人类服务。”^[9]

他在《我国农业微生物学的现状和发展》一文中以高屋建瓴之势，剖析了我国农业微生物学发展的里程和现状，展望了我国农业微生物学的发展前景和攻关方向：“来源于土壤中的各种微生物要扩大它们的作用和应用范围于农业生产的各个方面和各个环节，成为发展农业的丰富资源和巨大生产力，从而使土壤微生物学迅速发展成为农业微生物学。”

他始终瞄准微生物学的科学前沿，20世纪80年代起，他积极呼吁和大力推动中国微生物学科研向新的领域——菌根学开拓。为此他做了大量的组织和研究工作，并邀请外国专家来华讲学和交流。他说：“中国地域大，物种多，要尽快培养一批菌根学专家。内生、外生菌都要搞。起步晚，要吃亏，必须加快步伐……”^[10][11]他领导了对菌根真菌的生态、生理、生化研究，为广东、海南、云南等地农业和林业中菌根的应用进行了基础性工作，培养出中国第一代菌根学研究的博士生。^[12]

他的思想永远是立体的，天上地下，万物竞生，纵横交错，相生相克，变化无穷又和谐统一。作为全国知名的生物学家，他的研究目光不只停留在微生物的圈子里，而是跳出这个圈子，着眼于生物群体，思索如何利用微生物独特的转化作用，保持生态系统平衡，构建一个良性循环的生物链。他在《我国农业微生物学的现状和发展》一文集中地反映了他的超前学术思想。文中他指出：“微生物作为生产资料和生产力，以独特的生物技术应用于农业生产的各个方面，发挥转化物质状态的巨大效率，变无用之物为有用之物，从低值提至高价值，并在有效调控中将一些微生物的有害活动转化为有益作用，发挥经济效益和社会效益。”他构建了农、渔、牧综合发展，使种植业、养殖业、畜牧业、加工业配套成龙的方案。在这个方案里，棉籽壳和木屑作培养食用菌的培养料，食用菌采收后，残渣中留有大量菌丝体，含有丰富的蛋白质酶和纤维素酶以及其他水解酶类，可将残渣干燥粉碎后，提取酶类，作为加工粗饲料的发酵剂，提取酶类后的残渣，仍含有丰富的菌丝蛋白，可作为养鱼的良好饵料和家畜的精饲料。或将残渣倒入沼气池发酵料中，促使青草或稻草以及牛粪中的纤维素物质分解，可加速发酵过程，提高沼气产量。沼气发酵后的残渣，因保留原材料中含有的总氮量，可作为农田的腐熟有机肥料，发挥肥效。从而实现农业生产无废物，变废为宝；实现生物界的良性循环，保持生态平衡，改善自然环境。在20世纪80年代，由于乡镇企业迅猛发展，引起环境严重污染。他在政协提出解决方案，受到有关领导的重视。

1989年樊庆笙教授在西安举行的全国第六届土壤微生物学术讨论会上讲话