七大『罪』
李斯身披枷锁，被关在大牢里，回想起自从沙丘密谋以来秦朝的种种暴政，他不禁仰天长叹道：“真是可叹啊！真是可悲啊！像胡亥这样无道的昏君，我为什么要为他出谋划策呢！看看历史上那些暴君残害忠臣的例子吧！夏代的暴君桀杀害了关龙逢[21]，商的暴君纣王杀了比干，吴王夫差杀了伍子胥[22]，现在我李斯难道也要重蹈几位忠臣的覆辙，因为尽忠而被杀害吗？秦二世治国，胡作非为，又残杀忠良，宠信佞臣，修建阿房宫，对天下百姓横征暴敛。并不是我不劝谏，而是他不听我的呀！现在天下一半的人已经开始造反了，而秦二世却还未觉悟，居然任用赵高这样的人来辅佐自己，我一定会看到盗贼攻进咸阳的那一天！”
秦二世便让赵高审理李斯的案子，给他定罪，逼迫他和他儿子李由说出谋反的供词。李斯的宗族和门客都被逮捕了。李斯本人被严刑逼供，被拷打了一千多棒。他忍不住刑罚的折磨，便屈打成招了。
李斯之所以没有自杀而死，因为他自负能言善辩，又对秦国有大功，再说他确实没有反叛之心。因此，他还希望能够向秦二世上书为自己辩护，希望秦二世能觉悟过来并赦免他。
李斯在狱中写了一封奏疏，他在其中罗列了自己的七条“罪状”，这七条“罪状”其实是七件大功。他之所以这么委婉曲折地表达，就是想让秦二世顾念到自己的功劳而赦免自己。
他不无感慨地写道：
“臣当宰相，当了三十多年了。秦国地方偏狭，先王在世的时候，秦国的土地方圆不过千里，兵数不过数十万人。而臣竭尽自己的微薄的才能，谨慎地尊奉着法令，运用着计谋，带着金银财宝，出使各国，游说诸侯，暗下里整修武备，修饰政教，赏贤授能，因此才使秦国得以挟持韩国，削弱魏国，攻破燕国、赵国，消灭齐国、楚国，最后兼并六国，降服各国国君，而尊崇秦国为天下的共主。这是臣的第一大‘罪’。秦国统一了六国，国土面积不是不宽广，然而在臣的辅佐下，秦国又向北驱逐胡人，向南平定越人，来显示秦的强大。这是臣的第二大‘罪’。尊重大臣，提高他们的爵位，用以巩固他们同秦王的亲密关系。这是臣的第三大‘罪’。建立社稷，修建宗庙，以显示主上的贤明。这是臣的第四大‘罪’。统一度量衡和文字，颁行天下，以树立秦朝的威名。这是臣的第五‘大罪’；修筑驰道，兴建旅行观赏的平台，以显示主上志满意得。这是臣的第六大‘罪’。减轻刑罚和税收，为主上赢得民心，使百姓感恩戴德，至死不忘皇帝的恩德。这是臣的第七大‘罪’。
“臣有此七大‘罪’，早就该‘死’了。而陛下您却能竭尽我的能力，以至于现在还让我活着，愿陛下您好好考虑一下啊！”
奏书已经呈上去了，谁知赵高却命令官吏截住，不让上奏。
赵高气愤地说道：“一个囚犯，怎么还能上书呢！”
赵高派自己的门客十多人假扮成监察官、传达官、近侍，轮流往复地审问李斯。只要李斯一说实话，这些人就严刑拷打他。后来秦二世真的派人来验证李斯的口供时，李斯以为还是假冒的，始终不敢改口供，自认自己有罪，愿意伏法。
等到结案，赵高把案情呈报给皇帝，让秦二世判罪时，秦二世高兴地说：“若没有赵君，我差点儿被丞相出卖了！”
于是，在秦二世二年（前208）七月，李斯被以谋反罪判处死刑。
李斯从大牢中被提押出来时，是跟他的二儿子一起被捆缚着的。这时，李斯回过头来对他儿子绝望地说道：“我想和你一起再牵着黄狗从上蔡东门出发，去打猎，追逐野兔，还怎么能做得到呢！”
说完，父子二人相对号啕大哭。李斯的三族都被处死。
后来，秦二世胡亥终于被赵高害死了。而赵高也被秦朝最后一个皇帝子婴，设计杀死了。